לפני כל עיון במחקר מדעי שואל האדם הדתי, אם השאיפה לדעת ולקלוט בהכרתו תמונה שלמה ואחידה של העולם החיצוני, היא יצר רצוי לפני הקב"ה, או שמא השאיפה הזו כשלעצמה היא חלק מהיצר הרע, שאיפה שיש לתקנה ע"י הדרכה באמונה. תשובות שונות ניתנו לשאלה זו. אלו, אשר לפי דוגמת הרמב"ם וחכמי ספרד מימי הביניים, חושבים שהשאיפה היא רצויה ולגיטימית, אינם יכולים לממש שאיפה זו כמו בדבר חסר משמעות לפני כסא הכבוד. היצר לדעת, והרצון להגיע לתפיסת עולם אחדותית, שייכים לכוחות המקורים ביותר באדם. ואם הם לגיטמיים, אזי הוטבעו באדם כדי להגדיל שמו של הקב"ה ולהאדירו.

אמצעי הביצוע לשאיפות אלו הם השגות החושים, והפעלת השכל על הנסיון שנעשה על ידם. רק כאשר נסיון החושים בדוק ומאושר, וכאשר השכל נקי מכל הנחות שוא, הם יכולים להחשב כמתאימים להשגת האמת. אין מקום בו הפתוי הבא מהנחות שוא ודמיון פסול יכול להזיק, כמו במסווה של 'מחקר מדעי', אשר בטוהרתו יהווה פתח לאמת.
מחקר הטבע של ימינו משתדל במדה רבה לקיים את התנאים הבאים:

1. קביעה העובדות ואישורן.
2. קביעת היחסים בין מצבים ופעולות, כאשר הם יכולים לבוא לבטוי מתמטי, על ידי חוקי הלוגיקה.
3. איחוד של יחסים מסוג זה לחוקיות אחת, הנעזרת ע"י תיאור מחשבתי אחיד.
4. אחוד של חוקיות שונות לתמונה שלמה ואחידה, לכל הפחות במדע אחד, בשאיפה להגיע לחוקיות אחידה של העולם.

כל צעד, מן השני ואילך צריך להוכיח את אמיתותו ע"י שינבא עובדות או חוקים אשר עדיין לא ידועים - והוא נחשב ללגיטימי אך ורק כאשר העובדות מאשרות את הניבוי שניבא. אם מופיעות עובדות חדשות הסותרות את החוקיות, אזי יש לבטל אותה או להתאים אותה לעובדות החדשות.

בדרך חשיבה זו נפלו במשך 50 שנים האחרונות רוב התפיסות וההנחות העיוניות השכליות, שנחשבו למובנות מעצמן ושאין להוכיח אותן: האקסיומות. לדוגמא: חד סיטריות של הזמן, אי-הגבלה של המקום, חוקים יסודיים של מתימטיקה אוקלדית שימושית, חוק הסיבתיות, נצחיות החומר והאנרגיה. באותה המידה שהשכל הזדכך בתהליך המחקר הזה, המדע נעשה פחות סביר - במובן המקובל של המלה הזו - מפני שעובדות היסוד של העולם אינן סבירות. לא סביר למה המיטען החשמלי של כל גרעין אטומי הוא חיובי, למה כל חומצה אמינית שבטבע מסבבת את האור הפולארי דווקא לצד שמאל. המדע אינו חושש לטפל בהנחה היסודית בשטה הקוסמוגנית של steady state of universe שהיא: יצירה תדירה של יש מאין, בלי להיפגע ע"י האבסורדיות של הנחה זו, בקטגוריה של סבירות מקובלת.
בשטח אחר של מחקר הטבע, במחקר השימושי, אנו מבדילים בין scientific attitude ובין craft attitude התפיסה הראשונה דורשת מן העובד המדעי לנתח כל בעיה המוצגת לפניו לכל פרטי דקדוקיה, ולבדוק כל פרט לפי השטה שתוארה לעיל.

בתפיסה השניה מסתמכים על הידע, שהעובד הצליח לרכוש במשך חקירות ולמודים קודמים, ומחכים לשפוט ישיר, אינטואיטיבי, אפילו אם יהיה בלתי-מדויק, המבוסס על הניסיון הכללי שלו. אין צורך בהוכחות, ביחסים מתמטיים, בחוקי טבע. מספיקה הערכה אפרוקסימאטיבית של הבעיה הנדונה. הדרך הזו יותר פורה, מהירה ויעילה מן הדרך המדעית הטהורה. ממליצים על craft attitude , היות ומסתפקים בתשובה נכונה רק ב - 95% , ומסכימים לשם ייעול הטפול, בסיכון של 5% תשובות בלתי נכונות. יש הטוענים שהתפיסה הזו היא הטבעית לשכל האדם ולמבנהו הנפשי, ושתפיסת המחקר הטהור היא זרה ומלאכותית. בכל אופן, אין משהו שיחכה לקבל מן ה- craft attitude. ופתרונותיה אמת מדעית. התפיסה הזו מוגבלת בשני תנאים:
1. היא באה לענות תשובה מעשית על שאלה מוגדרת מעשית.
2. שום דיוק ואמת לא נדרש בתשובה הניתנת מתוך אינטואיציה, וללא הגדרה מתודולוגית.
כאשר אנו פונים למדעי הרוח והחברה בדרישה לטהור השכל מכל הנחת שוא (ואפילו מן האקסיומות), אנו מוצאים תמונה שונה בהחלט. השלב הראשון, שהוא הקובע במדע המדויק - אינו קיים; העובדות הן חד-פעמיות, מקריות, ולפיכך קביעת היחסים ביניהן ובין מצבים ותכונות היא לקויה, וגם אין לאשר את המסקנות ע"י ניבוי מצבים חדשים.

היות ובכל זאת החוקר רוצה לקבוע יחסים, הוא משתמש בתפיסה סובייקטיבית ואינטואיטיבית במקום בחוקים אובייקטיביים.

פרופ' זליגמן, שדבר בהרצאתו על 'התורה כנושא למחקר מדעי', לא מצא לנחוץ להגדיר את מהות המחקר המדעי, ובזה הוא כנראה הסכים לתאור סובייקטיבי.
המושג 'תורה מן השמים' הוסבר בברייתא, סנהדרין צ"ט:

'כי דבר ה' בזה' - זה האומר אין תורה מן השמים. ואפילו אמר כל התורה כולה מן השמים, חוץ מפסוק זה שלא אמרו הקב"ה אלא משה עצמו, זהו 'כי דבר ה' בזה'. אפילו אמר כל התורה כולה מן השמים, חוץ מדקדוק זה, מקל וחומר זה, מגזרה שוה זו - זהו 'כי דבר ה' בזה'.

הברייתא הזו, הלכה כמותה, היות ואין מתנגד לה בכל הבבלי. היא מחייבת אותנו ותוכנה ברור, אם כי זקוק להסבר.
המשפט הראשון קובע בצורה חד משמעית שהתורה, דהיינו חמשת הספרים, נמסרו (פרוש: הוכתבו, או נוטעו לתוך לבו של משה ברוח הקודש), כולם מילולית למשה רבנו ע"י גלוי שכינה.
המשפט השני קובע, שלתורה בעל פה, עד כמה שהיא קשורה לנוסח התורה ע"י דקדוק, קל וחומר וגזרה שוה, יש תוקף אבסולוטי 'מן השמים'.
החיבור בין שני חלקי הברייתא מוכיח, שמטרתה לשרת בסיס השקפתי לאמונה ולקיום המצוות, וזיקתה להלכה ברורה. המציאו הרבה שיטות לביסוס קיום המצוות: - שלא יבוא האדם ריק לפני קונו; - שרבבות הרוגי מלכות קידשו את המצות במיתתם; - שאנשים רמי-מעלה, מלאי 'רוח קודש', הכתיבו את המצוות; - שעם ישראל כרת ברית עם הקב"ה ובתוקף החוזה הזה כל אחד מחויב לקיים את כל הפרטים, ועוד...
לעומת כל ההמצאות האלו באה הברייתא וקובעת בלשון פשוטה: בן-ישראל יקיים את המצות, בגלל שהקב"ה גילה למשה רבנו איך על האדם להתנהג, ומסר את הפרטים בצורה מחייבת בחוקת יסוד של תורה בעל-פה, כך שההכרה בבורא ומנהיג את הבריות מחייבת באופן ישיר את קיום המצוות.

עם כל ההדגשה ההלכתית (כרת על דיבור בלי מעשה!), אין להמנע מזה, שהברייתא קובעת עובדה מסוימת בתוך תהליך היסטורי, עובדה שבשום פנים ואופן אין להתאים אותה לשיטת 'המקורות'. היות ויהודי דתי מקבל את כל תוכן הברייתות והמשניות כקבלה אמיתית, אנו מקבלים ומסכימים לטענה שהקב"ה מסר את התורה מילולית למשה רבנו, ודוחים כל יצירה בהתפתחות. וגם אין לקרוא בברייתא זו יותר ממה שנאמר בה: כל פרשנות המכבדת את הברייתא הזו, תהיה זו של רש"י של אבן-עזרא, של הירש, של הופמן, של ברייער או של זליגמן, היא לגיטימית, עד כמה שהיא רק פרשנות ואינה זזה מן היסוד ההיסטורי הנקבע בברייתא. הפרשנות האותנטית 'מן השמים' של המדרשים ההלכתיים, כולל משנה ותוספתא, מתיחסת לבסוס ההלכה ולקיום המצוות.

כב' הפרופסור תיאר ארבע דרגות במחקר הפילולוגי:
1. החזרת הנוסח על בוריו.
2. חקירת הדקדוק, הסגנון ובנין המשפטים.
3. בדיקת המסיבות הארכיאולוגיות וההיסטוריות לזמן כתיבת המסמך והוכחות לברור זמן כתיבתו.
4. הערכה מוסרית ואסתטית, חברתית וכלכלית של המסמך.

בהדגישו שאין לו רצון לטפל בדרגה הרביעית לגבי התנ"ך, השתדל להדגים את שלוש הדרגות הראשונות במחקר התורה. כבר הוזכר למעלה, שחסרים כל קני מדה אוביקטיביים ל'מחקר' הזה. הגענו, במדע האקסקטי, להכרה, שהסבירות הנורמאלית אינה קיימת לגבי עובדות היסוד של היצירה; אנו חוששים לבטוח בחושים, ואפילו בשכל שלנו, וסומכים עליהם רק אחרי שהעובדות מאשרות כל מסקנותינו. אי אפשר להבדיל בין האנליזה השכלית במדעי הטבע ובין זו במדעי הרוח. ולפיכך מתעוררת השאלה, מה נקרא הוכחה מדעית, וודאות, אמת, בשטח הזה.
לאור החסרון במתודולוגיה מנוסה, הבה ונראה מה עדות המומחים עצמם:

1. בשלב הראשון, החזרת הנוסח על בוריו, כותב אלגרו, בספרו האחרון על מגלות קומרן: אחר שתאר מציאת נוסחאות הדומות לתרגום היווני של הספטואגינטה, במשך הדיון אם לשנות בהתאם למציאות אלו את נוסח המסורת:

'...כל העסק נעשה לאין ערוך יותר מסובך, וגם יתר סוביקטיבי. ...הרבה חוקרים יאמרו, במדה רבה של צדק, שהאחריות לבחור בין שתים ויותר נוסחאות של כתב קודש היא כה גדולה, שאין לדרוש מחבר אנשים לפעול בזה, ואפילו אין סיכויים לבצע את זה בתקוה קלושה להגיע ליציבות. יצביעו, לדוגמא, על שיטת הביקורת המדעית שהייתה נהוגה לפני עשרות שנים. לפי שיטה זו, ריאקציוני ומיושן כל ניסיון להשאיר שני פסוקים זה על יד זה, או לטפל בנוסח משובש בדרך שונה מאשר לקרוע אותו לרסיסים ולכתוב אותו מחדש לפי שיטת החוקרים (כאילו היו הם המחברים). האופנה בביקורת המקרא מתחלפת כמו ברוב הדברים, ואין לחכות להרבה יציבות בתרגום המקרא, התלוי במידה כה רבה בבחירה האישית של איזו חוקרים באיזו תקופה...'

אינני מתעלם מן הסברה שאם יסכים לנוסח המסורת 'הוא יכול לצמצם את שטח שיפוטו הסוביקטיבי למינימום', ויגיע בכל זאת למסקנה לתת לציבור את דעתו הסוביקטיבית הטובה ביותר.

אנחנו נמצאים פה עוד בשטח, שאיננו פוגעים בברייתא עם איסור כרת (חוץ מן הנוסח לגבי דקדוק וגזירה שוה) - אלא באמונת חכמים, שטרחו ועמלו במשך מאות שנים כדי לקבוע מתוך כל הנוסחאות הקיימות את הנוסח האותנטי. חכמי תרגם השבעים בחרו ביודעין נוסחאות בלתי אותנטיות, לפי המסופר במגילה ט, מסיבות 'סבירות' בעיני תלמי המלך והתרבות היוונית.

2. בשלב השני, מחקר הדקדוק והסגנון, נמצא מה שאולבריכט קורא internal evidence ההוכחות שהכריעו את ברייער ושאינו יודע עליהם תשובה אלא בקבלה: סגנונות שונים, סתירות פנימיות ובהשקפה, חלוקי דעות. ברייער אינו מפרט את עדותו על הצורך בהמשך עבודת פרופ' ד.צ. הופמן, ולפיכך קשה להתיחס באופן יסודי לטענתו לטובת הקבלה. אבל לאור חוסר כל מתודולוגיה מנוסה של מחקר אמיתי, נדמה שה internal evidence דומה ל- craft titta. הידועה מן המחקר השמושי: היא באה לתת תשובות לשאלות מקומיות, ואין לחכות ממנה לתשובות אמיתיות. אם משהו שולל א-פריורי את המוצא הלא היסטורי של חמשה חומשי תורה, ה'סבירות' של ההוכחות האלה מחזקת אותו; אם ההנחה א-פריורי היא 'תורה מן השמים', אין להוכחות האלה תוקף של אמת.

הטענה שנשמעה בתחילת ההרצאה, שסוד המפרשים הקלסיים אינו מספק את מי שמחפש את הפשט, והטענה של מאה עדים המכחישים את האמונה התמימה, מקבלות צבע דמגוגי, כאשר זוכרים שמאה עדים אלה טוענים, שעדותם סוביקטיבית, לקויה, ושהם עלולים לשנות את העדות כאשר ימצא כתב יד יותר עתיק, או אפילו בלי זה, במשך 10 עד 20 שנה. ההסבר של פרופ' זליגמן, לדוגמא, של הפסוק 'תנו עוז לאלוקים - תנו מוסיקה או כלי נגינה לאלוקים' - קובעת איזה סוביקטיבית ולפעמים אבסורדית במקום 'מחקר מדעי'.

3. בשלב השלישי, בדיקת המסיבות הארכיאולוגיות וההסטוריות בזמן כתיבת המיסמך ישנה עדות של אלברייט:

'החומר ההיסטורי התנכי מדויק הוא בשיעור העולה בהרבה על מה שמצטייר לו לאיזה מתלמידי-חכמים הביקורתיים בני זמננו, שבעקביות נוטים הם לטעות לצדה של בקרתיות יתר'.

השאלה היא מתודולוגית בעיקרה. צריכים לערוך מחקר ברור, מהן ההוכחות האוביקטיבית, העומדות לרשות המחקר הפילולוגי של היום. המחקר הזה התפתח תחת ההשפעה הפילוסופית של הוסרל ומקס שלר והאסכולה של הנומאנולוגיה. האסכולה הזו הצטיינה בזה, שמלכתחילה היא ויתרה על כל בקורת השכל, בנגוד לפילוסופיה הקלאסית, והסתמכה על הרושם הסטרוקטוראלי (והסוביקטיבי) שהחוקר קיבל מאיזו תופעה. כאשר מקבלים את ההנחה הזו בתור יסוד למחקר 'מדעי', אין גבול למה שיכולים 'להוכיח', ואין גבול לשרירות לב סוביקטיבית כל שהיא. בעיני חוקר שחונך לפי העקרונות של הפילוסופיה הקלאסית, אין זה 'מחקר מדעי' אלא התעסקות אינטלקטואלית על שטח המקרא, מטעם מי ששלל א-פריורי את היצירה הא-היסטורית של התורה.
א. במאמרו השני, אין ברייער מבדיל בין מחקר במדעי הטבע למחקר במדעי הרוח: אצלו כל מחקר, אשר אינו תחת שלטון האמונה, פסול, ואין למחקר כשלעצמו תוקף של אמת. אם מוצאים בסלעים מסוימים, בכל מקום שיופיעו בתבל, חומרים רדיואקטיביים בשלב אידנטי של התפרקות, המעידה על זמן מסוים של יצירת הסלע; אם מוצאים בפחם ציורים ושאריות של צמיחה מסוימת, או אפילו אם נמצאים שלדי האדם הקדמון בשכבות גיאולוגיות כל שהן, - יש לנו הברירה, בתור יהודים מאמינים, לקבל תפיסתם של אברהם וולף ושל ברייער: שהקב"ה יצר את כל הארץ לפני 5720 שנה בצורה, שכל חוקר שיבוא יצטרך לטעות ולהיות לכופר - וזה, כדי לנסות את אמונתנו - או לקבל את דברי ר' אבהו 'מלמד שהיה בורא עולמות ומחריבן, עד שברא את אלו' ולראות את כל הסמנים הללו כסימני עולמות שנחרבו. אין הוכחות לזה או לזה, אבל קשה להתאים לתמונת אלוקי אמת, שהוא ישלה את בריאותיו כולן, כדי לנסות את האמונה של שלומי אמוני ישראל המעטים.

ב. יבוא מישהו ויאמר: שאכן נפרדים שני סוגי המחקר: מחקר הטבע חותר לקראת הכרת הסבירות של הבורא, לא של בני בשר ודם, 'דעת השם', ומחקר מדעי הרוח שואף להבנת פעולות בני אדם, ולפיכך לסבירות של בני בשר ודם: והמתודה וההוכחות שונות ורחוקות אלו מאלו. נצטרך אז להפריד הפרדה עקרונית בין המושג 'מחקר מדעי' המתיחס למדע האקזקטי ובין זה המתיחס למדעי הרוח: הראשון ינסה להגיע לאמת אוביקטיבית, השני להבנה סוביקטיבית, השני להבנה סוביקטיבית של פעולות אנושיות. (המושגים אוביקטי וסוביקטיבי באים פה לשמוש המגמה של החוקר!)

הדעה שיכולים להגיע ע"י מחקר של פעולות האדם לחוקיות המסבירה את מבנה נפשו ושכלו, ואת הצורה אשר בה ארגן הקב"ה את התכונות השכליות והנפשיות של האדם בכללו, נשללת על ידי תפיסה זו; סבירות החוקר היא הקובעת, ובאותה המידה שהחוקר הוא בן זמנו מושפע ע"י סביבתו, כך החקירה שלו עצמה ניתנת שוב לחקירה פסיכולוגית, וכך עד אין סוף. ערך החקירה הזו בשביל האדם הדתי מפוקפק למדי, - אחרי שאין קני מדה אבסולוטיים למחקר הזה, אלא רק ההסתכלות הפנימית של החוקר הסובייקטיבי באוביקט החקירה.

אנו מרגישים את תקלות השיטה הזו במיוחד, כאשר אנו נגשים למחקר המקרא: אם ההנחה היא, שהמקרא היא יצירת הבורא באופן ישיר, אזי חלות עליו כל עקרונות ההוכחות הידועות לנו ממחקר הטבע; אם ההנחה המוקדמת היא שהמקרא מעשי ידי אדם הוא, יחולו - לפי דעה זו - קנה מדה של הסבירות הסוביקטיבית שבעיני בשר ודם. אם כן, השאלה, אם הוכחות שיטת ה'מקורות', הוכחות שכולן באות מהתרשמות פנימית הן משכנעות, תלויה בשאלה לאיזה שיטת חקירת התורה משתייכת. כנראה שהאספקט הזה נעלם מעיני ברייער.

שוב, יש במדע הזה חלק של מחקר שמושי, שיכול להיות רצוי ויעיל בעיני אדם דתי: אין ספק שהטכניקה הפילולוגית מועילה לפענח כתבי יד של ראשונים, או להשוות דפוסים שונים של הש"ס. למחקר שמושי זה ההגבלות העקרוניות שרשמנו לעיל: הוא נותן תשובה מעשית לשאלה מעשית ומוגדרת, אך שום אמת אבסולוטית לא ניתנת לשאלה מעשית ומוגדרת, ושום אמת אבסולוטי גם לא נדרשה ממנו.