ר' יצחק אברבנאל (1437-1508) נחשב לאחרון הוגי הדעות היהודיים בימי הביניים, ופירושו למקרא הוא מן הפירושים האחרונים שנכתבו בתקופה זו. פירושו מצטיין באריכות ימים וברחבות מרובה. יש הרואים ברחבות זאת מידה של חסרון עקב האריכות, אולם בהיותו מאסף לכל המחנות הרי מן הנמנע שלא יאריך בפירושו. האריכות בפירוש היא פרי תכנון מוקדם. הוא מודע לכך ומאריך רק במקום שהוא מחויב ומקצר במקום שהאריכות מיותרת. וכך הוא אומר בהקדמתו לפירוש שמואל:

"ואמנם בעניין סדר הדברים... אני אעיר עליו ואבאר היתרו בפרשה הי"ז מזה הספר ביאור מספיק והגון, ולא אתעורר עליו כאן פן יארכו הדברים במקום הזה יותר מדי והוא מתייחס שם לפירוש הפרשה".

התכנית לפרש את הספרים הייתה מתוכננת וערוכה מראש ולא מקרית. הפירוש לא היה אוסף מאמרים ודרשות שנערכו, אלא נכתב בכוונה ראשונה ע"י אברבנאל כדי שיהווה פירוש מסכם. אברבנאל מבקר את קודמיו על שקיצרו בדבריהם. הוא מתנגד לפירושו של ראב"ע כיוון שהסתפק ב"דקדוק המלות ושטחיות הפשט ועם זה היו דבריו בפירוש יותר קצרים מהפסוק עצמו".

פרשנים אחרים אחרי ראב"ע

"עברו על הספרים כעברם על ספר מדברי הימים ושיר מן השירים בקיצור גדול יורה באמת על קוצר ההשגה באמיתת הפסוקים. הלא ידעו אם לא יבינו שיש שבעים פנים לתורה... ואיך יפרשום במלות מועטות".

לעומת זאת פירושו שלו,

"לא כן אנוכי עמדי שבמקום שראוי להאריך איני רשאי לקצר".

בדברים שלהלן ננסה לאפיין את פירושו של אברבנאל ולנתחו באופן כללי מבלי להיכנס לפרטים.

שיטתו של אברבנאל בפירוש המקרא נמצאת בעמדת ביניים. מחד היא קשורה קשר הדוק לשיטות הפרשנות למקרא של ימי הביניים, אך מאידך אנו מוצאים בפירושו שיטות, דעות והשקפות חדשות. תרגומם הלטיני של פירושי אברבנאל משפיע על הפרשנים הנוצרים, ועזר להתפתחותו של מדע המקרא.
פירושו הולך בדרך כלל בדרך העיון הפילוסופי הרציונאלי, דוגמת פירושו הארוך של רס"ג
וכן פירושיהם של כספי ורלב"ג. הוא אינו מרבה לעסוק בפרשנות פילולוגית דוגמת רס"ג, ראב"ע ורד"ק, אך כמו רש"י ורמב"ן לפניו הוא מרבה להביא מדרשי חז"ל. לא תמיד מדרשים אלה משמשים כאסמכתא לדבריו. פעמים הוא מביא אותם כדי להסבירם ברוח פירושו ופעמים לחלוק עליהם. הוא גם מודע לידיעותיהם של המקובלים ואף שילב בכתביו את דבריהם, בין אם להסכים אתם ובין אם לחלוק עליהם.
אחד המאפיינים המובהקים של פירושו של אברבנאל הוא הדגשת הצד ההיסטורי בפירוש. כיוון פירוש כזה אופייני יותר לפירושיו לספרי הנביאים ודניאל. אף שהוא אינו הראשון להראות את הצד ההיסטורי שבנביאים, הוא הראשון שהרחיב מימד זה עד לכדי שיטה. אחד הגורמים שהביאוהו לפרש את ספרי שמואל ומלכים שעוסקים במלוכה בישראל, הוא ניסיונו הרב בשירות המלכים. הוא מדגיש שאף לא פירוש אחד מכל שהיו לפניו יכולים להיחשב לפירושים טובים העונים לבעיות שהספרים הללו מעוררים, כיוון שמחבריהם לא עסקו בפוליטיקה ועל כן לא יכלו להבין את הספרים כראוי. הוא, לעומת זאת , שכל עיסוקו בפוליטיקה, יכול להיחשב כעין מומחה לדבר, ויכול להתמודד עם ספרי המלכים בצורה טובה יותר. השכלתו הרחבה בספרות ההיסטוריה, הגיאוגרפיה והפילוסופיה הכללית, עזרו לו להבין את ספרי המקרא ולפרשם על הצד הטוב ביותר.
אפשר אם כן להגדיר את פירושו של אברבנאל באופן כללי כמזיגה של פרשנות היסטורית ופרשנות פילוסופית.

פירושו של אברבנאל שונה משאר הפירושים גם בצורתו, והוא עומד במדרגת ביניים בין הדרוש והפירוש. פירוש מאופיין בד"כ בכך שהמפרש מביא מילה או קבוצת מילים ואלה משמשים אותו כ"דיבור המתחיל" אותו הוא מפרש. המפרש עובר בצורה מסודרת פסוק אחר פסוק וכל הדרוש ביאור הוא מפרש. הדרשן לעומת זאת אינו עוסק במלה הבודדת אלא בקבוצת פסוקים שלימה עד לכדי פרשה אחת. הוא אינו מפרש את המלים אלא אם יש בפירוש חידוש שבו הוא ישתמש בהמשך הדרוש. לנגד עיני הדרשן הרעיון או המסר הוא העיקר, והמקרא משמש בסיס יציאה או מעטפת בלבד.

אברבנאל קבע לעצמו יחידות אותן הוא מפרש בשלמות כיחידה רעיונית. יחידות אלה אינן צמודות לחלוקת הפרקים המקובלת אלא לפי העניין כהבנתו של אברבנאל. ביחידה כזו שנידונה בשלמות בא לפעמים גם דיון בפרטי הפסוקים. בדיונים כאלה הוא סוטה לפעמים מן הנושא המרכזי לדיונים צדדיים, ארוכים או קצרים, בנושאים שביחידה ושאינם מגוף היחידה.
לא ברור אם מקורו של הפירוש הוא בדרשות שדרש אברבנאל, או שאימץ לעצמו שיטה זו של כתיבה דרשנית מסיבות השמורות עמו.

אין עדות ברורה לכך שאברבנאל דרש דרשות בבית הכנסת, ושערך לאחר מכן את דרשותיו, דוגמת ר' יצחק עראמה ור' משה אלשייך. ערמאה ערך את דרשותיו בספרו "עקידת יצחק", ואף שכפי הנראה צירף כמה דרשות לדרשה אחת כאשר עיבד את דרשותיו לספר, נשאר המבנה הכללי של הדרשה בעינו. אלשייך לעומתו עיבד את דרשותיו לפירוש ועדיין יש מסימני הדרשה בתוך הפירוש, אך כפי עדותו הוא הרי פירושו מבוסס על דרשותיו שדרש בציבור מידי שבת בשבתו.

אברבנאל לעומתם אינו מוסר כל מידע על פעילותו הדרשנית בציבור, אך לעומת זאת אפשר ללמוד מדבריו שהיו תלמידים שלמדו אצלו ולהם הוא דרש. בהקדמתו לפירוש יהושע הוא אומר:

"הנה פה הקרה ה' אלוקינו לפני אנשים חכמים וידועים חברים מקשיבים לקולי תורת ה' תמימה משיבת נפש, עימהם כל היום היא שיחתי. ומאשר לי שמעו ויחלו דעתי בפירוש פרשיות מספרי הנביאים הראשונים, ועלימו תטוף מלתי מה מתוק מדבש, הם הרהיבוני ויבקשו ממני לשלוח יד לפרש ספרי יהושע ושופטים ושמואל ומלכים ובאר על הלוחות ויכתבון מלי".

הדברים הנ"ל נאמרו כשהגיע לספרד מיד אחר בריחתו מפורטוגל. על ביתו בפורטוגל הוא אומר:

"ביתי בית ועד לחכמים, כי שמה ישבו כסאות למשפט, ומשם ייפרד מפי ספרים ומפי סופרים".

נראה לכן שהיה מפורסם בפורטוגל ושמו הלך לפניו לספרד. בהגיעו לשם נתקבצו סביבו תלמידים המבקשים תורה מפיו והוא דורש בפניהם. ובסיום הספר הוא אומר:

"הנה נשלם מה שכוונתי לפרש מספר יהושע כפי מה שנראה אלי בעת לומדי עם החברים מקשיבים לקולי לילה ללילה אחווה דעת".

בסיום פירושו לספר שופטים הוא אומר:

"הנה נשלם מה שראיתי לבאר מספר שופטים כפי מה ששם אלוקים בפי בזמן הלמוד עם החברים מקשיבים לקולי".

ניתן לשער כי השיעורים הסדירים שנתן אברבנאל לקבוצות החכמים התלמידים היו לאחר מכן הבסיס לפירושיו.

אברבנאל נוהג להקדים הקדמות לפירושיו. בהקדמות אלו הוא דן בהרחבה באחת מן הבעיות המרכזיות של הספרים, לרוב בשאלת המחבר והמבנה. ההקדמות בנויות על פי סכימה של מבנה חקירה פילוסופי המברר את ארבע הסיבות להתהוות הדבר: הסיבה החומרית, הסיבה הצורנית, הסיבה הפועלת והסיבה התכליתית. בכך מקיף אברבנאל בהקדמה את השאלות הכלליות הנוגעות לכל ספר וספר. הדברים נכונים לכל ספרי הנביאים, ראשונים ואחרונים. תרי עשר מהווים מבחינה זו ספר אחד.

ספר ויקרא ודברים הם הספרים היחידים בתורה שזכו להקדמה כוללת ומפורטת. לספר שמות הקדים אברבנאל הקדמה קצרה מאוד ולשאר הספרים לא כתב הקדמה כלל. נראה שהקדמת ספר דברים אמורה הייתה להיות הקדמה כוללת לתורה, ובהקדמת ויקרא חשוב הדיון בקורבנות.

בהקדמה הקצרה לשמות דן אברבנאל בשאלת קדימותו וחשיבותו של ספר בראשית, שאלה שכבר הביאה רש"י בתחילת ביאורו לתורה משמו של ר' יצחק. גם כאן מעלה אברבנאל ארבע סיבות:

1. בראשית הוא תולדות היחידים ושמות הוא תולדות האומה כאומה.

2. בראשית מספר את שושלת היחס של האומה ושמות מספר את מעלותיה של האומה.

3. הדמויות המרכזיות בבראשית הם האבות, ואילו בשמות משה הוא הדמות המרכזית. מבחינת ערכו בנבואה ובכלל שקול משה כנגד כל האבות.

4. ספר בראשית הוא ספר הסיבות, ואילו שמות הוא ספר הגלות והגאולה המסובבות מספר בראשית.

בסוף ההקדמה מקשר אברבנאל הקדמה זו להקדמתו הארוכה שהקדים לספר דברים, שהיה הספר הראשון שפירש. ומסיים אברבנאל ואומר:

"ומזה כולו יתבאר לך שחלוק חמישה חומשי התורה והפסקותיה וכן הפסק הסדרים והתחלתם וסופם הכל מרע"א עשאו מפי הגבורה והכל מכלל פי התורה אשר קבל".

פירושיו של ר' יצחק אברבנאל אינם מקיפים את כל ספרי המקרא. למעשה פסח אברבנאל על ספרי הכתובים פרט לספר דניאל, וההתייחסות לדברי הימים בתוך פירושי שמואל ומלכים. מפליא הדבר שדווקא הוא, הפילוסוף, פסח על פירוש ספרי החכמה. הפירוש לספר דניאל נכתב במסגרת כתביו המשיחיים, הטרילוגיה המשיחית שהם מעיניי הישועה (הפירוש לדניאל), משמיע ישועה, וישועות משיחו. לכאן יש לשייכו ולא למסגרת הפירוש למקרא. את פירושיו כתב לא לפי סדרם, ובהפסקות, הן בין ספר אחד למשנהו והן תוך כדי כתיבת הפירוש. את כתיבת הפירוש לספר דברים נאלץ להפסיק לתקופה ארוכה עקב עיסוקיו בחצרות המלכים. הוא התחיל לכתוב אותו עוד בהיותו בפורטוגל והמשיכו וסיימו רק לאחר הגירוש מספרד, הפסקה של כעשרים שנה.

גם את כתיבת פירוש ספר ישעיה נאלץ להפסיק, אך הפעם לא כתוצאה מעיסוק מדיני אלא כיוון שרצה להשלים חיבורים אחרים שכתב.

"והייתה התחלת הפירוש הזה באי קרופ"ו בר"ח אב שנת רנ"ה מהאלף השישי. ולפי שבוטלה המלאכה מפני חיבורים אחרים אשר עשיתי הייתה השלמתו בעיר מונופול"י ממחוז מפולי"א ממלכות נאפולי ביום ר"ח אלול שנת כי ירח"ם ה' את יעקב".

אחת השאלות שהעסיקה את אברבנאל היא שאלת מחבר הספר. בהקדמה לדברים הוא מציג את השאלה:

"שאלתי ובקשתי אם משנה תורה אשר שם משה לפני בני ישראל, רצוני לומר ספר אלה הדברים, היה מאת המן השמים, מהדברים אשר בו משה אמרם מפי הגבורה כיתר דברי התורה מבראשית עד לעיני כל ישראל... או אם ספר משנה תורה הזה אמרו משה מעצמו, חברו ואמרו כמבאר מה שהבין מהכוונה האלוהית בביאור המצוות... כדרך יודעי דעת ומביני מדע, שיבארו על ספר כל הדבר הקשה".

שאלה זו הפנה אברבנאל עוד בהיותו בפורטוגל לכל חכמי ישראל שבדורו. כלשונו:

"ואתנה אותה לפני כל יודעי דת ודין וכן גדולי חכמי הארץ יושבי על מדין והולכי נתיבות הטובות וראשי הישיבות".

בפירוש ספר זה שכתיבתו נמשכה כאמור כעשרים שנה, בא לידי ביטוי השינוי שחל בתפישתו ובהגותו. בפירוש לדברים ואתחנן ד' מתייחס אברבנאל לעניין החיזוי בכוכבים. הוא מביא דעות שונות מן התלמוד ועד לקבלה לגבי השאלה האם גורלו של עם ישראל ניתן לחיזוי, ואז הוא אומר:

"ולא אאריך בביאור עניין המערכה הזאת לפי שאיני מאנשי זאת המלאכה".

פירוש דברים נסתיימה כתיבתו בשנת רנ"ו. שנה לאחר מכן, בשנת רנ"ז, סיים את כתיבת פירושו לדניאל "מעיניי הישועה" המבוסס על האסטרולוגיה, דהיינו עניין המערכה שלא היה בקיא בה שנה לפני כן. מה עוד שבין הספרים הללו הספיק לכתוב כמה ספרים. גם בסוף ספר דברים הוא כבר נדרש לחכמת התכונה והפעם הוא אינו מציין שאינו בקיא בחכמה הזו. חייבים אנו לומר שבמשך עשרים השנה שעברו בין תחילת הפירוש לסיומו השתלם ולמד אברבנאל גם חכמה זו, וגישתו אליה הייתה יותר חיובית.

אברבנאל נדרש גם לשאלת קרי וכתיב במקרא. בשאלה זו דן בהקדמתו לפירוש ירמיה. אברבנאל מפנה את תשומת לבנו לעובדת ריבוי קרי וכתיב בספר ירמיה יותר מבשאר הספרים. אברבנאל ערך השוואה בין ספרי המקרא השונים לספר ירמיה, ומצא

"כי הנה תמצא שספר ירמיה בכמותו בכתיבה הוא דומה בכמות הכתיבה לספר התורה מבראשית עד תחילת בא אל פרעה. עוד תשוב תראה שספר ירמיהו זה הוא כמו ספרי יהושע ושופטים בקרוב בכמות הכתיבה".

בחלק התורה המקביל לירמיה נמצאים עשרים ואחת פעמים חילופי קרי וכתיב, בספר יהושע ושופטים ארבעים ואחת פעם, ואילו בספר ירמיה שמונים ואחת פעם. הוא מביא את דעותיהם של רד"ק והאפודי שאלו הם תיקונים של עזרא הסופר ובית דינו, שמצאו כמה עותקים של הספרים והעותקים הללו לא התאימו ביניהם. אנשי כנסת הגדולה תקנו והתאימו לגרסה אחת, ואת השינויים כתבו בשוליים בצורת קרי וכתיב. אברבנאל אינו מקבל טענות אלו ואומר:

"והדעת הזה אשר הסכימו בו החכמים האלה ועצתם רחקה ממני".

דעות אלו נדחות על ידו מכמה סיבות:
א. לא יתכן שימצאו ספרים שיש בהם שוני אחד מהשני, שהרי ספר תורה שנמצאה בו טעות אחת הוא פסול.
ב. דעה כזו מערערת את האמונה בנצחיות התורה, ושהיא לא תשתנה, כפי שהדבר מנוסח בי"ג עיקרים של הרמב"ם.
ג. יש עקביות בשינויים. כמו למשל שכל הפעמים בהם מופיעה המלה "נערה" בתורה היא חסרה ונכתבת "נער", פרט למקום אחד. האם יתכן שזו טעות סופר?

מסקנתו של אברבנאל היא:

"שאין הדבר כאשר חשבו החכמים האלה, ושרי להו מרייהו בדעת הזה. אבל אמיתת העניין אצלי הוא, שעזרא ואנשי כנסת הגדולה מצאו ספרי התורה בשלמותם ותמותם כמו שנכתבו. וקודם שהתעורר עזרא לעשות הנקוד, והטעמים, וסופי הפסוקים, עיין במקרא, והדברים אשר נראו אליו זרים, כפי טבע הלשון וכוונת הסיפור, וחשב לעצמו שהיה זה לאחד מב' סיבות, אם שכיוון הכתוב בדברים הזרים ההם סוד מסודות מסתרי התורה, כפי מעלת נבואתו ועומק חכמתו, ולכן לא מלאו ידו לגשת ידיו למחוק דבר מספרי האלוקים, כי הבין בדעתו שבחכמה יתירה נכתבו כן, ושלסבה מן הסבות נכתבו האותיות החסרות והמיותרות, והלשונות הזרים ההם, ולכן הניחם בכתב מבפנים כמו שנכתב. האמנם שם מבחוץ הקרי שהוא פירוש הכתוב הזר כפי טבע הלשון ופשיטות העניין".

ועל ירמיה הוא אומר שיתכן שירמיה שהתחיל את נבואתו בשלב מוקדם בחייו, עוד בהיותו נער, לא היה בקי בדרכי הסגנון והלשון, ונמצאו דבריו לקויים.

אברבנאל מרבה לבקר את קודמיו. פעמים שהוא סותר אותם ומבטלם, ופעמים שהוא משאיר את פירושיהם ומעדיף עליהם את פירושו. אחת ממטרותיו בכתיבת הפירוש הייתה בירור הפירוש הנכון מן המוטעה.
כמו למשל דבריו על מראה המרכבה שביחזקאל. הוא מביא כמה פירושים שהעיקרי שבהם הוא פירושו של הרמב"ם במורה נבוכים. על אף שלדעתו אין לפרסם את הסודות הללו בציבור הוא נאלץ לפרש את המראה בעצמו, כדי לתקן את ההבנה המוטעית שנבעה מדברי הרמב"ם. ולסיכום הוא אומר:

"שכדי להסיר מעלינו דעת הרב המורה ופירושו במרכבה ראוי לפרשה בדרך אחר פשטיי ולהורות בכל פסוק ופסוק ממנה שמה שפירש הרב לא ייתכן בו. ואף שלא יהיה מה שאומר אני בפירוש כוונת הנביא באמת יהיה הדבר דבור על אופניו מבלי הספקות והביטולים שיתחייבו בפי' הרב וכבר אמרו חכמים ז"ל שבעים פנים לתורה, ולכן גם אני לא אחשוך פי ואגידה אחד מהם".

דברים אלו נאמרו כהקדמה לביאור מרכבת יחזקאל. בסוף הביאור יש לדבריו אופי אחר. אף שהוא משאיר פתח לפירושים אחרים שונים מפירושו, כי "שבעים פנים לתורה", פירושו מבוסס כמעט על כל מקורי הדעת האפשריים. והוא אומר:

"הנה ביארתי המראה הזאת כפי מה שהורוני מן השמים, קרובה למושכל, וגם למקובל באומה, וכפי הסברה הישרה בפירוש הפסוקים ויישובם, והמוסיף על טוב טעם ודעת ישא ברכה מאת ה' וצדקה מאלוקי ישעו".

מבנה הפירוש

בספרי נביאים ראשונים ואחרונים יש אותו מבנה סכמתי. הספר מחולק לפרשיות, או נבואות שאינן זהות לחלוקה לפרקים הקיימת בתנ"ך. הנבואות מאפיינות את פירוש נביאים אחרונים ונבואות אלה מחולקות לפרשיות. בתחילת כל נבואה הוא מוסר את תוכנה ואת הפרשיות הכלולות בה. כל נבואה או פרשה בנויה כדלהלן:

1. מסגרת הנבואה - התחלתה וסיומה והפרקים שהיא מכילה. הציון אינו במספר הפרק, אלא על פי ציטוט המתחיל וציטוט מסוף הנבואה.

2. שאלות - בספרי הנביאים הגביל אברבנאל את מספר השאלות לשש. מספר זה שווה לכל הפרשיות, ארוכות או קצרות קשות או קלות. אברבנאל מודה שמסגרת שש השאלות היא מסגרת שווה לכל גם כאשר אין הדבר נחוץ וגם כאשר יש להוסיף. הוספות כאלה של שאלות מופיעות פעמים בגוף הפירוש. בניגוד לדרשנים המנסחים בד"כ את שאלותיהם בצורה קצרה ותמציתית, אצל אברבנאל הופכת השאלה לפעמים לדרשה בפני עצמה, והיא כוללת בירורים שונים.

3. סיכום הנושאים הנדונים באותה יחידה.

4. ביאור מפורט של פסוקי הפרשה על פי הסדר. פעמים שהוא יבאר כמה פסוקים יחד, ופעמים שהוא ידלג על פסוקים מבלי לבארם.

5. לפעמים כאשר הדבר נחוץ ירחיב אברבנאל במאמר מוסגר נושא פילוסופי או אפולוגטי מסוים בתוך הפירוש. הרחבה כזו יכולה להיחשב בדרך כלל כיחידה בפני עצמה שאינה מעכבת את הבנת הפירוש שכן סיכומה יבוא בד"כ בפירוש הפסוק.

הפירוש לתורה שונה מן המבנה דלעיל בכך שאין הוא צמוד למספר שאלות קבוע, אלא מספר השאלות שונה מיחידה אחת לשניה, כפי קושי העניין והבעיות שהוא מעורר. איו חלוקה לפרשיות או לנבואות, ואין הוא שומר על החלוקה לפרשיות המקובלות. את הפרשה הוא מחלק לחלקים כפי העניין. בד"כ מציין אברבנאל את מסגרת היחידה ולאחר מכן מביא את השאלות. גם כאן הוא מסיט את הדיון מידי פעם לדיונים צדדיים וארוכים.
שוני נוסף שיש בספר דברים ואינו בשאר ספרי התורה הוא קריאת השאלות בשם ספקות, ובכך שהוא שומר עדיין על מסגרת פרשת השבוע כיחידה אחת שלימה. כנראה שאלה נשארו מהטופס הראשון הקדום של הפירוש שנקרא אז בשם "מרכבת המשנה". משחזר אברבנאל להשלים את הפירוש לא שינה את הספקות לשאלות.

אברבנאל לא היה הראשון שהשתמש במבנה כזה של פירוש. והוא אינו מנסה להסתיר מפני הקורא כי היו לפניו פירושים בעלי מבנה דומה. הוא מזכיר שגם הרלב"ג וגם הוולגאטה נבנו באותה צורת פירוש.
אין הוא בא אלא לשכלל ולפשט את השיטה, באופן שתתאים גם לתוכן. החלוקה אמורה לעזור הן למפרש בבואו לפרש את הספר והן למעיין בבואו לעיין. חלוקה נאותה ועניינית של הספר מצביעה בעצם על ההבנה. וכך הוא אומר בהקדמת יהושע:

"ולהקל מעלי המלאכה המרובה הזאת ולהטיב ההקפה בסיפוריהם, ראיתי לחלק כל ספר וספר מהם אל פרשיות, אבל לא יהיו ארוכות וגדולות כמו שעשאם הרלב"ג ז"ל... וגם לא יהיו קטנות וקצרות כמו שעשאם החכם גירוני מ"ו אשר העתיק ספרי הקודש לנוצרים... אבחר דרכם בהבדל הפרשיות ולא אהיה מתכוון לא למעלה ולא למטה אלא בדרך אמצעי מתייחס כפי חומר הדרושים והבדל הסיפורים. ובתחילת כל ספר עשיתי מפתח לפרשיותיו בביאור דרוש הפרשה וחומרה והתחלתה וסופה בפסוקים. וזה בלא ספק ממה שיועיל מאד לזיכרון הדברים ושמירתם בלבבות".

כאמור לעיל נגד עיני אברבנאל בשעת כתיבת הפירוש עמדו פירושיהם של חכמי ישראל למקרא כמו גם ספרי הנוצרים. שניים מרבותיו היו ר' יצחק עראמה ור' יוסף חיון. אצל ר' יוסף חיון למד אברבנאל בהיותו בפורטוגל, והוא אחד מן החכמים אליהם שלח אברבנאל את שאלתו בדבר כתיבתו של ספר דברים. תשובתו של חיון משוקעת בהקדמתו של אברבנאל לדברים מבלי הזכרת שמו, אלא בלשון "וכבר השיב חכם מחכמי הדור". וכנראה שאברבנאל מביא ממנו עוד פירושים בצורה אנונימית. ר' מאיר עראמה בנו של ר' יצחק עראמה מאשים את אברבנאל כי בהיותו נכנס ויוצא בבית אביו בנאפולי, לאור גירוש ספרד, הכיר את ספריו של אביו והעתיק מהם מאמרים שלמים.

אברבנאל לקח מכל הפירושים שהיו לפניו ולא תמיד הזכיר את מקורותיו. בד"כ הוא מזכיר את מקורותיו במקום שהוא מתנגד להם ולא במקום שהוא מסכים אתם, פרט למקרים בהם הפירושים הם יוצאי דופן לטובה במיוחד.
וכך הוא אומר:

"ופעמים אסתייע בפירושם מעט מדברי המפרשים ומדרכי המדרשות. ופעמים אטה מהם אל השמאל ואיימנה ואם הימין ואשמאילה, והיה זה לפי שאת הטוב נקבל מהם ואת הרע לא נקבל".

למרות ריבוי הפירושים ומדרשי חז"ל שגם הם פירושים לספרי המקרא לא נמנע אברבנאל מכתיבת פירושו. אדרבא, ראה חובה לעצמו לכתוב גם הוא פירוש. בצורה כזו הוא מפרש את הפסוק בקהלת "ויותר מהמה בני הזהר עשות ספרים הרבה", לא על דרך השלילה אלא על דרך החיוב. ואומר:

"והיוצא מדבריו אלה כולם לימוד נאה באומרו ויותר מהמה בני הזהר עשות ספרים הרבה וגומר ואין הכוונה שיזהר מעשות אותם, אלא שיזהר וישתדל לעשותם. ושלא יאמר הרבה חברו הראשונים ולמה זה עוד אגע בחברי חבורים אחרים, כי הנה מקום הניחו לנו אבותינו להתגדר בו".

בדברו על משיחת שלמה למלך הוא נדרש לבאר באופן רחב את ענייו המשיחה. הוא מונה י"ג עיקרים או עקרונות במשיחת המלכים ביהדות, ובסוף הוא אומר:

"הנה ביארתי בדרוש היקר הזה י"ג עיקרים מיוסדים על הפסוקים ומאמריהם ז"ל, ונתתי בהם כפי הסברא הגוברת מחובר לשורשים התוריים סבות נאותות כאשר עם לבבי, והארכתי בזה למעלת העניין בעיני ולמה שלא ראיתי בו למחברים דבר".

או במקום אחר הוא אומר:

"והנה המפרשים פירשו הפסוקים באופנים אחרים וכל דרך איש ישר בעיניו".

בכמה מקומות מבקר אברבנאל את פירושי קודמיו. ביקורת זאת הוא מציג ככלל וכפרט. ככלל הוא מבקר את השיטה כולה של המפרש שלא מצאה חן בעיניו, תוך עימותה עם שיטתו שלו, שכאמור באה להשלים את השיטות האחרות. נביא מספר לשונות בהם הוא משתמש בהזכירו פירושי חכמים שהיו לפניו:

"והנה הנחתי דברים מדקדוק המלות שכבר באו בדברי המפרשים לבחירת הקיצור יעויינו משם"; "ואביא מהמדרשות ומאמרי חז"ל היותר נאות אצלי, ואזכיר מקומות דבריהם מה שלא עשה רד"ק ז"ל, ולא אמנע מהראות החולשה שבאה בדבריהם במקומות שהיו דבריהם על דרך הפירוש ולא היו מקובלים אצלם וכל זה בלשון מפואר"; "ולא אבוא לנסותך בחידות כראב"ע והרמב"ן ז"ל"; "והנה לא נתעסקתי להוציא תועלות מהספורים כדרך הרלב"ג להיותו פועל בטל בעיני כי דברי הנביאים כולם הם עצמם התועלות במדות ובדעות".

אברבנאל מתייחס הרבה לפירושי נוצרים למקרא, בין אם לחלוק עליהם ובין אם מתוך הסכמה איתם. הכל לגופו של העניין. הוא אף מציין לפעמים שפירושו ופירוש נוצרי משלימים זה את זה. כמו למשל בעניין תיאור בניין בית המקדש הוא אומר:

"ובזה כלו יפורשו הכתובים באותו אופן אשר פירשתי, וכאלו הפירוש הזה הוא מורכב ממה שפירשו חכמי הנוצרים בפסוקים וממה שפירשתי אני".

מקורות

כבר רמזנו לעיל על ריבוי מקורותיו של אברבנאל בפירושו. בפירושו הוא משלב תלמוד ומדרש, וכל ספרי הפרשנים העיקריים שהיו לפניו: רש"י, רס"ג, ראב"ע, רמב"ן, רלב"ג, האפודי, ודברים שהוא מביא מעקידת יצחק ומפירושי ר' יוסף חיון רבותיו.
הוא גם מביא מדעות המקובלים, בדרך כלל מבלי להזכיר מקור, אלא בלשון "והמקובלים אמרו" וכדו'. כפי שציינו לעיל הוא משלב בפירושו גם פירושי הנוצרים. בד"כ הוא מציין את גירוני מ"ו כמקור לדבריו. הוא גם מרבה להשתמש בספרי הפילוסופיה, כשמבין הפילוסופים היהודים הוא מביא מעיקר את הרמב"ם, שכידוע הוא גם כתב ביאור למורה הנבוכים שלו. מבין הלא יהודים הוא מביא בעיקר את אריסטו.