החל ממרץ 1948 התחיל להגיע מספר גדול של ילדים למחנות העולים, והיה צורך למצוא להם מסגרת חינוכית מתאימה. תחילה ניסו להכניס את הילדים לבתי הספר הקרובים למחנה, אך עם גבור זרם העלייה, היה צורך למצוא פתרון אחר. חשוב לציין כי מדובר בתקופת המעבר, כאשר הועד הלאומי עמד לפני חיסולו, ומדינת ישראל עדיין לא קמה. המחלקה "להנחלת הלשון וקליטה תרבותית לעולים", בראשותו של נחום לוין, החליטה על דעת עצמה להקים כיתות לימוד לילדי העולים במחנות. הכיתות שנפתחו פעלו למעשה מחוץ למסגרת הזרמים ובניגוד לחוק חינוך חובה. להגנתו ולהגנת מחלקתו טען נחום לוין כי:

"בתנאים אלה ובנסיבות אלה (המצב במחנות העולים) לא הייתה כל אפשרות, לא אנושית, לא פדגוגית, לא תקציבית ולא תרבותית - לפצל את מרכזי הילדים על פי זרמים".

בהמשך הודה נחום לוין כי לא הרשה לחוגים הדתיים לפתוח כיתות דתיות במחנות, וכי "עשינו הכל כדי למנוע את הקמתן של הכיתות הדתיות". כמו כן טען נחום לוין שמנע גם את פתיחתן של כיתות לימוד מטעם זרם העובדים. מה שלא נאמר בתזכיר, הוא שבאי-פתיחת כיתות דתיות במחנות העולים, הייתה הפליה ביחס לחינוך הכללי-חילוני. על אף שהכיתות שנפתחו לא היו כיתות דתיות, ביקש נחום לוין לא לשנות את ההחלטה כדי לא לחולל מלחמת תרבות במחנות העולים.

כדי להבדיל את החינוך העתיד במחנות משיטת הזרמים הוקמה ועדת הקליטה בראשותו של יעקב הלפרין ובהשתתפותם של מפקחים מארבעת הזרמים. יחד עם זאת היה תפקיד פעיל מאוד גם ל"מחלקה להנחלת הלשון וקליטה תרבותית של העולים" בראשיתו של נחום לוין. אנו מגיעים אם כן למסקנה, כי למעשה היו שלושה גופים שהיו קשורים לחינוך העולים והם:
1. אגף החינוך ומחלקת החינוך בראשותו של י. בן-יהודה.
2. ועדת הקליטה בראשותו של יעקב הלפרין.
3. "המחלקה להנחלת הלשון וקליטה תרבותית של עולים", בראשותו של נחום לוין.

יש לציין כי לנחום לוין ולמחלקה להנחלת הלשון, היה תפקיד דומיננטי בכל פרשת החינוך והמשבר בחינוך ילדי העולים.

חשוב לשים לב לעובדה, שלא היה מנהל כללי למשרד החינוך, ומשרד החינוך "הצטיין" בעיניו בהעדר תאום מנהלי בין המחלקות השונות בכלל, ובין אגף החינוך לבין המחלקה להנחלת הלשון בפרט. כמו כן יש להדגיש את העובדה, כי בתוך תקופה קצרה של כ- 3 שנים כהנו שלושה שרי חינוך והם: דוד רמז, זלמן שזר והפרופ' בן ציון די-נור (דינבורג).

מבחינה פורמלית הייתה ועדת הקליטה אומנם ועדת משנה, אך למעשה היא זו שארגנה וניהלה את נושא החינוך במחנות העולים, בעקבות פשרה שהושגה בממשלה, הרי שבמחנות העולים היו צריכים לאסוף חתימות מההורים בדבר שיטת החינוך הרצויה להם. אך עריכת משאלים ואיסוף חתימות בצורה כזו אפשרו מעשים לא הוגנים (בלשון המעטה). ואמנם היו מקרים רבים בהם טענו שהיה זיוף בתוצאות המשאלים, או לחילופין מקרים בהם הורים חתמו על יותר מרשימה אחת.

חוסר התאום בין המחלקות השונות, ועצמאותה של ועדת המשנה והועדה להנחלת הלשון היו בסופו של דבר בין הגורמים העיקריים שאפשרו את התופעות ואת הפעולות שגרמו למשבר החינוך הממושך.

יצוין, כי אנשים כמו נחום לוין, יעקב הלפרין וכן מנהלי המחנות היו עצמאיים מאוד, ולמעשה ניהלו את המחנות ומערכת החינוך שבהם, כראות עיניהם.

ניתן אם כן להסיק את המסקנה שהמבנה המנהלי של מחנות העולים בכלל, ומבנה מערכת החינוך בפרט, היו בין הגורמים העיקריים למשבר שנוצר.
תוך כדי גיבוש דפוסי החיים במחנות העולים, והפעלת הגישה של "קליטה באמצעות מודרניזציה" התחילו להישמע טענות נגד שיטות הפעולה של אנשי הקליטה. רוב התלונות נגעו לתחום הדתי-רוחני, לחינוך ולהתנשאות של המדריכים במחנות וזלזול בעולים. הטענות נגד המצב במחנות נשמעו בעיקר ע"י שלושה גורמים:
1. ע"י העולים עצמם במכתבים שהיו מופנים לאישים ומוסדות שונים.
2. ע"י העסקנים של המפלגות ובראשם השרים וחברי הכנסת של החזית הדתית.
3. ע"י העיתונות (בעיקר העיתונות הדתית) וע"י חוגים דתיים שחדרו למחנות ו/או הפיצו כרוזים בין העולים.
עשרות ואולי מאות מכתבים נשלחו ע"י העולים עצמם לגורמים שונים. במכתבים שהיו מופנים למוסדות שונים התלוננו העולים מרות על הניסיון להעביר אותם על דתם, וכן הם הביעו תרעומת על יחס של זלזול מצד המדריכים ואנשי הסגל במחנות.
בחלק מהמכתבים ניכר שהעולים זכו לקבל "סיוע" בכתיבה. סגנון המכתב וצורת הכתב לא תמיד תאמו את סגנונם וכתבם המסורתי של יהודי תימן. ואולם לגבי רוב המכתבים אין ספק כי הם אכן נכתבו בידי העולים עצמם. ניתן לדוגמא להצביע על מכתבו של הרב יצהרי ממחנה ראש העין לבן גוריון. הרב יצהרי התלונן על יחס של בוז מצד המנהלים והמטפלים במחנות כלפי העולים. הרב יצהרי האשים את הגורמים הקולטים בהתנכלות לחיי הדת ולימוד התורה, וגיזוז פאות הילדים.
עוד באוקטובר 1949 נפגשו ראשי המפלגות הדתיות עם שר החינוך זלמן שזר. בפגישה זו קבלו העסקנים הדתיים "על הטיפול הבלתי מתאים בחינוך ילדי העולים במחנות". הנושא הועלה בפעם הראשונה בפורום רשמי ע"י ח"כ פנקס מהחזית הדתית (מזרחי) שהתרעם על כך שילדים דתיים במחנות העולים הוכרחו לקבל חינוך לא דתי (לאחר מכן טענו שהחינוך אנטי-דתי).

השרים הדתיים שיגרו מכתבים לבן גוריון, ודרשו את התערבותו. במכתביהם של השרים הדתיים הם התלוננו על התופעות של התנכלות לעולים על רקע דתי, אך יחד עם זאת הם נקטו ניסוח מתון למדי, תוך הבעת תקווה שניתן עדיין למנוע מלחמת תרבות. במכתב לבן גוריון כתב שר הדתות הרב י. ל. הכהן מימון בין השאר:

"... עובדה היא שהיו מקרים של הענשת ילדים בשלילת ארוחת ערב בשל השתתפותם בתפילת מעריב (במחנה בית ליד), בשל גזיזת פאות (בעין שמר) וכו'".

בהמשך מכתבו תובע שר הדתות לשמור על ריכוזם של העולים הדתיים, גם אחרי שאלו עוזבים את המחנות.

שר הסעד הרב יצחק מאיר לוין קשר את המצב למעמדה הנחות של "החזית הדתית" במסגרת הקואליציה. הוא דרש מבן גוריון להתחשב במפלגתו ולהפסיק את ההתנכלויות כלפי העולים. במכתבו רמז השר לוין, כי אם המעשים הנ"ל לא יפסקו, הדבר יגיע לידי משבר ממשלתי:

"... גם בלי מעשי כפיה נוצרה בארץ אטמוספירה המקשה מאוד על יהודי דתי העולה לכאן לשמור על מסגרת חייו המסורתיים. אך אם לכך עוד נוספים מעשי הפחדה ואיומים המכוונים להעביר עולים אלה על דעת קונם, הרי לפנינו מצב חמור ורציני שאין בשום אופן להשלים איתו...".

כפי שניתן היה לצפות יצאה העיתונות הדתית ובראשה עיתון "הצופה", במתקפה חריפה נגד המאורעות במחנות העולים. העיתון נתן פומבי לטענות שנשמעו ע"י העולים והעסקנים הדתיים. באותה תקופה רבו המאמרים בעיתונות הדתית אשר פרטו את המעשים שנעשו במחנות העולים. כנגד "הצופה" ולהגנת סגל העובדים במחנות העולים, יצא ביטאון ההסתדרות "דבר". במאמר שנשא את השם "להתקפת החוגים הדתיים בענייני החינוך" טען בעל המאמר, כי העולים מרוצים מהמצב הקיים במחנות. באשר לחינוך הילדים נאמר:

"ברור כי מלחמה זאת מכוונת בעיקרה נגד החינוך ההסתדרותי ובשורה שניה נגד הזרמים האחרים. אולם כפי שנודע ממקורות נאמנים עשויה ההסתדרות אם יאלצוה - לצאת להתמודדות כוחות זו בביטחון גמור לגבי התוצאות" .

עם הפרסומים הראשונים אודות הנעשה במחנות, נעשו ניסיונות מצד חוגים דתיים שונים, ובעיקר ע"י החוגים המקורבים לפעילי המחנה התורני (הפעילים), לחדור למחנות ו/או להפיץ כרוזים בין העולים. בכרוז מעין זה הזהירו החתומים, "נאמני התורה בארץ ישראל" נגד מנהלי ועובדי המחנות:

"המסיתים והמדיחים אשר בתחבולות שטן ויצר הרע זוממים להדיח אתכם מאלוקנו שבשמים ואשר רוצים הם להדיח את ילדיכם התמימים והטהורים ולחנך אותם שיחללו שבת, שיאכלו טריפות, שלא יניחו תפילין ושלא יתעטפו בציצית".

חשוב לזכור כי באותם הימים נדונו גם סוגיית שרות הביטחון ושרות נשים בצבא, כך שהאווירה הפוליטית כבר הייתה רוויה במתח כתוצאה מחלוקי דעות בנושאים בעלי רקע דתי. בישיבה מיוחדת של האקסקוטיבה של הפועל המזרחי, ובהשתתפותם של חברי המפלגה בממשלה ובסוכנות היהודית, הוחלט שאם לא יחול שינוי לטובה בעניין החינוך במחנות, יעזבו נציגי המזרחי את הממשלה ואת הסוכנות. עמדה זו אומצה מיד על ידי החזית הדתית על כל מרכיביה שבה היה המזרחי-הפועל המזרחי הגורם הדומיננטי. החזית הדתית הציגה בתור אולטימטום את התנאים הבאים:
1. הפסקת כל הלחצים והשכנועים כלפי הורים דתיים במחנות וביישובי העולים לשלוח את ילדיהם לחינוך לא דתי.
2. לאפשר לכל ההורים לבחור באלטרנטיבה של חינוך דתי.
3. להבטיח את עצמאותו של החינוך הדתי.

בישיבת הממשלה שהתקיימה ב- 17.1.50 נדון עניין החינוך במחנות, וכעבור שבוע הוחלט להקים ועדה בת חמישה חברים שתפקידה למצוא פתרון לבעיה. גם החלטה זו לא הייתה מקובלת על החוגים הדתיים, והם חידשו את איומיהם לפרוש מהממשלה. בינתיים סרבו השרים הדתיים להשתתף בישיבות הממשלה, עד שיובטח החינוך הדתי במחנות העולים. ואומנם השרים הדתיים לא נטלו חלק בישיבת הממשלה שהתקיימה ב- 21.1.50, על אף ששלושה ימים לפני כן, הזהיר ראש הממשלה בן גוריון את השרים הדתיים, כי יראה את העדרותם מהממשלה כהתפטרות מהממשלה, וכי בכוונתו להודיע על כך בכנסת. בן גוריון הוציא את הצהרתו לפועל באומרו בכנסת שאי אפשר שחבר ינהל את משרדו ולא יהיה שותף לאחריות המשותפת. ואולם בן גוריון לא זכה בתמיכת הכנסת כאשר רצה לראות בהיעדרות מישיבת ממשלה התפטרות אוטומטית מהממשלה.

המשבר הלך והחריף. ביטאון הפועל המזרחי "הצופה" דווח על "ציד נפשות במחנות העולים" ו"חטיפת נשמות במחנות העולים".
ההאשמות שהועלו גרמו למבוכה רבה במשרד החינוך. שר החינוך זלמן שזר הפסיק את חופשתו ויצא יחד עם המזכיר הכללי של המשרד למחנות העולים כדי לחקור את הטענות. ב- 17.1.50 פורסמו ממצאי החקירה של שר החינוך בעיתון "דבר" תחת הכותרת "חקירת משרד החינוך מפריכה את התלונות על רדיפות דת במחנות". לפי חקירת שר החינוך ומנכ"ל המשרד לא הייתה כל אמת בטענות ודובר בטענות שווא. לטענת אנשי משרד החינוך, לא היו כלל הפרעות ללימודי התורה. במחנה עין שמר לדוגמא -

"ישבו מאות ילדי תימן ועמם עשרות מלמדים עטורי פיאות לומדים תורה נוסח תימן ואין תרעומת וטענות קיפוח".

כדי לחזק את טענתם ציטטו אנשי משרד החינוך מורה חרדי שמשתייך לאגודת ישראל בשם יהודה רידר, שטען כי ההאשמה בדבר גזוז פאות "מופרכת מעיקרה". מעניין לציין שכעבור שישה ימים פרסם אותו יהודה רידר מכתב בעיתון "הצופה" תחת הכותרת: "משטר הכפייה במחנות נמשך". במכתבו הכחיש המורה את הממצאים של משרד החינוך, כפי שהם פורסמו בעיתון "דבר". במכתבו חיזק יהודה רידר את ההאשמות בדבר קיצוץ פאות:

"... בישיבת המורים הועלתה הצעה ע"י רכז התרבות מר אלדמע להתחיל בהסרת פיאות באמתלה של כינים.
... עם בואו של רכז התרבות הופסק לימוד התורה ע"י המלמדים התימניים.
... ניתנה הוראה מפורשת למורים שלא ללמד תורה ...".

המשבר הלך והחריף. גורמים שונים שלחו נציגים או "משלחות" למחנות העולים וליישובים החדשים כדי לחקור את הנעשה בתחום הדתי ובעיקר במה שקשור לחינוך. ב- 9.2.50 שלחו נציגי סיעת העובד הדתי בהסתדרות, ד"ר ישעיהו ליבוביץ ובנימין פרנקל, מכתב למחלקת ההתיישבות של הסוכנות היהודית ובו תלונות קשות על התנהגות המדריכים בישוב ליפתא תחתית שאיימו על העולים שלא יחתמו על בקשות לקבל חינוך דתי עבור ילדיהם. מכתבם של ד"ר ליבוביץ ובנימין פרנקל אינו שונה בהרבה מתלונות אחרות שנשמעו בקשר לנושא החינוך. אך המעניין הוא, שהטענות נשמעו מתוך גוף מוכר בהסתדרות העובדים (העובד הדתי).
אחד הגורמים היותר פעילים במשבר שנוצר, היה ועד הישיבות. ועד זה זכה להערכה רבה בחוגים השונים, ובין ראשיו נמנו הרב הראשי לישראל הרב הרצוג והשר לוין. ועד הישיבות חקר את הנעשה במחנות העולים בכלל ומחנות בהם שהו התימנים בפרט. בראשית פברואר פרסם ועד הישיבות תזכיר על המצב במחנות העולים. בתזכיר כלולות התקפות חריפות על ההתנכלויות לחיי הדת ולחינוך הדתי. במיוחד התלוננו ראשי ועד הישיבות על המצב במחנה עין שמר, בו נאסר על המורים ללמד לימודי קודש. לטענת ועד הישיבות נעשה המצב במחנות קשה במיוחד עם עלייתם של יהודי תימן. במחנה עין שמר לא רק שנאמר למורים ללמד חשבון ועברית בלבד, ורק במסגרת הכתות שנפתחו, אלא הופסקו בכוח ובאיומים לימודי הקודש בבית הכנסת במחנה. הדרישות של ועד הישיבות לפתוח כיתות דתיות נתקלו בסירוב מוחלט, כאשר הנימוק היה כי אין תקציב. גם ההצעה להביא מורים דתיים שילמדו בהתנדבות נדחתה בטענה, כי "במסגרת ממלכתית לא תתכן כל התנדבות".

תלונות דומות נשמעו על ידי השר לוין במכתב אל הנהלת ועד הישיבות. במכתבו כתב השר לוין, כי המדריכים והמנהלים במחנות השתדלו לשכנע את העולים "כי הדת הוא דבר שבגלות ואין בו צורך בארץ ישראל". גם השר לוין התמקד על הנעשה במחנה עין שמר ועמד בין השאר על מעצרם וגרושם של שני מורים דתיים שבאו למחנה כדי ללמד את הילדים.
ממדי המשבר והתלונות הרבות שנשמעו, הן מצד הוגים דתיים והן מצד העולים, התחילו להדאיג את ראש הממשלה דוד בן גוריון. בן גוריון חשש כי ועדת החקירה, שעל הקמתה הוחלט בישיבת הממשלה ביום 17.1.50, עלולה הייתה להגיע לממצאים לא רצויים מבחינתו שלו ושל חבריו בתנועת העבודה. אי לכך החליט בן גוריון לשגר "ועדת חקירה" מטעמו אשר תבדוק את המצב ורק לאחר מכן, ועל פי הממצאים של ועדת החקירה הראשונית, יחליט כיצד להתייחס לועדת החקירה הממלכתית. בן גוריון בחר בשני אנשי צבא, אלוף משנה חוטר-ישי וסגן אלוף נחמיה ארגוב שיבדקו את המצב בשני מחנות של עולי תימן, עין שמר ובית ליד. יש להניח כי בן גוריון קרא את המסקנות של הדו"ח בלבד, ולא התעמק בפרוטוקול המפורט של ביקור שני אנשי הצבא במחנות. לנושא זה חשיבות רבה, היות ויש סתירות ואי התאמות בין המסקנות המופיעות בדו"ח, לבין הפרוטוקול של השיחות ששני אנשי הצבא נהלו עם מנהלי המחנות והעולים.

באופן כללי משבח הדו"ח את התנהגותם של המנהלים וסגל העובדים במחנות העולים. בין השאר כתבו חוטר-ישי וארגוב כי:

"היחסים בין המנהלים והעובדים לבין עולי גולת תימן, מוכיחים על דאגה וטפול מיוחדים שזכו להכרה והוקרה ...
בשני המחנות מצאנו גלויי הערכה והודיה כנים על מה שנעשה עבורם ...".
"הנהלת המחנה בפרדסיה (בית ליד) פנתה אל רבנים ואנשי דת בישוב, לבוא לשתף עצמם בחגים לפחות בחיי המחנה, אך לא נענתה ..."

לדעת הועדה היו אלו גורמים מבחוץ שניסו להסית את העולים נגד עובדי המחנה. בין השאר מציינים שני בחורי ישיבה "שעוררו את אנשי מחנה עין שמר לקנאות דתית". באשר למצב החינוך מצאו חוטר-ישי וארגוב כי החינוך השביע את הרצון וענה על דרישות ההורים. הדו"ח דחה על הסף את הטענות של חילול שבת בפרהסיה. בקשר לתלונות של עבודה בשבת, כגון קליטת עולים ורישומם, טענו ארגוב וחוטר-ישי כי הייתה הצדקה לעבוד בשבת כדי להקל על העולים שהגיעו למחנה במצב קשה. העולים שהפגינו והתלוננו נגד חילול השבת הוסתו על ידי משגיח הכשרות. מעניין לציין, כי מלבד הגורמים המסיתים מבחוץ מצאו ארגוב וחוטר-ישי, כי המצב נבע גם מהמנטליות של העולים עצמם:

האופי המיוחד של גולת תימן עושה אותה קשת ארגון.
הקמת מוסד של נציגי הערים, נתקל אף הוא בקשיים:
תחרות, שאלת הכבוד, אי היכולת להכליל את כולם בממסד נבחר כזה.
כעדר ללא רועה הופכת עלית תימן במחנות לחומר ביד כל מסית או חורש רע.

כאמור לעיל, יש סתירות וחוסר התאמה בין מסקנות הדו"ח, לבין הפרוטוקול של השיחות ששני קציני הצבא ניהלו עם העולים. העולים במפורש התלוננו על מצב החינוך ואי לימוד תורה במחנה עין שמר. אף על פי כן נאמר בדו"ח, בקטע שעוסק בחינוך, כי "הנהלת המחנות מלאה בשטח זה בקשות ההורים ונציגי העדות". במחנה בית ליד התנגדו העובדים לניסיון של משגיח הכשרות למנוע חילול שבת בשעת קליטת העולים. אך שני הקצינים החוקרים טענו בסכום חקירתם, כי משגיח הכשרות הוא שהיה אשם במהומה משום "ששידל את המתקהלים לפרוץ בכוח הדלתות, למנוע חילול שבת".
כאמור לעיל, ראה בן גוריון כנראה רק את מסקנות הדו"ח ולא את הפרוטוקול. אחרת קשה להסביר כיצד בן גוריון סמך את ידיו על המסקנות הנ"ל. במכתב לרב מימון ולרב לוין דן בן גוריון בחקירה של שני הקצינים.

"...ונתברר לי שהספורים על אונס וכפיה וגזיזת פיאות אין להם שחר ...אין יסוד להאשמה שרוצים "לחנוק" החינוך הדתי במחנות או במקום אחר".

אין ספק כי החקירה והמסקנות של שני הקצינים הן אשר הניעו את בן גוריון להסכים לפשרה עם החזית הדתית. המסקנות שנבעו מן הדו"ח של שני הקצינים הרגיעו את בן גוריון ושכנעו אותו כי אין לחשוש מהחקירה של ועדת החקירה הממלכתית.

הסיבה השניה, שהניעה את בן גוריון לנסות ולהחזיר את השקט ושיתוף הפעולה בין מרכיבי הקואליציה, הייתה הדיונים החריפים בכנסת.

האירועים במחנות עין שמר ובית ליד, שנחקרו על ידי שני הקצינים שנשלחו מטעמו של בן גוריון, הועלו גם על סדר היום של הכנסת.

ח"כ פייגה אלנית דוברת מפ"ם בענייני חינוך, האשימה את הגוש הדתי בהסתה באומרה:

" ...ועל אחת כמה וכמה יש להצטער שחוגים אלו בחרו לעצמם כשדה פעולה את המחנות של עולי תימן שאליבא דכולם יש לעשות עבודה עצומה כדי להקל מעליהם את המעבר לחיים חדשים בארץ ואת השתרשותם בחיי העבודה והיצירה במולדת".

בהמשך דבריה הציעה ח"כ אילנית להקים ועדת חקירה פרלמנטרית שתחקור את הנעשה במחנות.

גם שר המשטרה בכור שטרית האשים את החוגים הדתיים בהסתה פרועה בשעה שהתייחס למעצרם של שני תלמידי ישיבה במחנה עין שמר בתאריך 14.2.1950. שר המשטרה מסר, כי הוא ושר הפנים ביקרו במחנות העולים ולא מצאו כל הצדקה לטענות נגד מנהלי ועובדי המחנות.

כאשר קם שר העלייה שפירא להשיב לטענותיו של שר המשטרה, התברר עד כמה הממשלה והקואליציה היו מפולגות בנושא החינוך ומחנות העולים. השר שפירא טען, כי התימנים לא מתפרעים סתם. לפי עדויות שקיבל רק 230 מתוך 1200 ילדים קיבלו חינוך דתי, ובמחנות עבדו רק שלושה מורים דתיים. השר שפירא האשים את מנהלי המחנות בהתנכלות מפורשת לחינוך הדתי במחנות. תגובה חריפה במיוחד באה משורות חרות, כאשר ח"כ אריה בן אליעזר טען "שקיים זרם חמישי בחינוך והוא מכוח הסתה והתפרעויות".

ניסיונותיו של שר החינוך זלמן שזר להרגיע את האווירה המתוחה בכנסת לא נשאו פרי. שר החינוך הותקף הן על ידי חברי מפ"ם והן על ידי חברי החזית הדתית. ח"כ ציזלינג ממפ"ם אמר שהוא לא סומך על ועדת החקירה שהוקמה, וכן טען שיש להקים ועדת חקירה פרלמנטרית. לעומתו טען ח"כ פנקס, שגילה פעילות רבה משך כל תקופת משבר החינוך, כי "שר החינוך הפקיר את חינוך ילדי העולים במחנות".

הדברים הקשים שהושמעו בכנסת ובעיתונות, דרבנו את בן גוריון לנסות ולהידבר מחדש עם חברי הקואליציה הדתיים. ואומנם ב- 21.2.1950 הגיעו הצדדים לפשרה, ולמחרת השתתפו השרים שוב בישיבת הממשלה. בישיבה הזאת הוחלט, כי ייערכו משאלים במחנות העולים כדי לאפשר להורים לבחור בזרם החינוך הרצוי להם.

הפתרון הזה היה זמני בלבד, וברור היה, כי קשה מאוד יהיה לבצעו, ועל כן הוצע כעבור שלושה שבועות פתרון חדש, אשר קבע כי במחנות העולים יהיו שתי שיטות חינוך דתי וחילוני, והעולים יבחרו אחת משתי השיטות הנ"ל. יתר עם זאת, הוחלט כי עולי תימן יקבלו רק חינוך דתי. האחריות לחינוך במחנות הוטלה על משרד החינוך. הכנסת אישרה הצעה זו כתוספת לחוק חינוך חובה ב- 1.3.50. ניתן לראות בהתייחסות של המפלגות לעניין, ביטוי לעמדתן כלפי חינוך הזרמים מול החינוך הממלכתי.

על אף הסכם הפשרה נמשך הויכוח סביב נושא החינוך במחנות העולים. בסוף מרץ 1950 הוצע בכנסת לבטל את סעיף 10 בחוק חינוך חובה ולאפשר לשר החינוך לקבוע את סדרי החינוך במחנות העולים. כוונת ההצעה הייתה שמגמת החינוך תהיה בהתאם לאופיים של העולים, כלומר, במחנות התימנים יהיה חינוך דתי בלבד. מפ"ם יצאה בחריפות נגד כוונה זו. ח"כ פייגה אלנית אמרה כי:

" ...אי אפשר להכריח עולים תימנים לחנך את ילדיהם במגמה דתית אם הם לא רוצים, רק בגלל שהם שייכים לשבט מסויים".

באותה תקופה הביעו החוגים הדתיים את חששם, כי המשאל בקשר לחינוך הרצוי במחנות ייערך בצורה לא הוגנת, תוך הפעלת לחצים על ההורים. החוגים האלו ניסו לדחות את עריכת המשאל, אך הכנסת החליטה לקיים את המשאל במועדו.
כאמור לעיל החליטה הממשלה כבר בשלב הראשון של המשבר להקים ועדת חקירה, שמתפקידה היה לבדוק את הטענות בדבר קיפוח החינוך הדתי במחנות וביישובי העולים על פי כתב המינוי של הועדה היא הייתה צריכה לטפל בשלושה נושאים:
1. לבדוק את כל ההאשמות בקשר לכפיה דתית במחנות העולים.
2. לברר אם הביקורת בעיתונות הייתה מוצדקת.
3. לבדוק את נושא התעמולה בחו"ל. הכוונה הייתה להאשמה שהועלתה כלפי החוגים הדתיים, לפיה פרסמו חוגים אלו את טענותיהם בחו"ל, כדי לקבל את תמיכת יהדות התפוצות אשר בין השאר איימה להפסיק את תמיכתה הכספית במדינת ישראל. יו"ר הועדה היה שופט בית המשפט העליון לשעבר ג. פרומקין, וכן היו חברים בועדה ח"כ אלמליח, ח"כ יצחק בן צבי, ח"כ הרב קלמן כהנא והרב אברהם שאר. כמזכיר הועדה מונה ישראל ישעיהו. בניגוד לועדות החקירה הפרטיות של בן גוריון, הייתה ועדה זו ועדת חקירה ממלכתית שקבלה צו מנוי ביום 21.1.50.
הועדה התכנסה ל- 33 ישיבות ושמעה 101 עדים, כולל שרי ממשלה ופקידים בכירים במשרד החינוך; כן בקרה הועדה בארבעה מחנות עולים.
הדו"ח נחלק לשני חלקים עיקריים. בחלק הראשון מובא הרקע הכללי למנוי הועדה, אופן החקירה ולקט של עדויות הבאות לתמוך במסקנות. החלק השני של הדו"ח מתמקד במסקנות שהועדה הסיקה בעקבות חקירותיה, להלן מובא מבחר של העדויות.

שר הסעד הרב לוין טען נגד התופעה של מחנכים חילוניים במחנות העולים בכלל, ובמחנות של עולי תימן בפרט. כן העיד הרב לוין שראה הרבה ילדים שגזזו להם את הפיאות לא מטעמי בריאות, "כי רק את הפיאות גזזו ואת הבלורית השאירו" .

נציג סיעת העובד הדתי בהסתדרות, ד"ר ישעיהו ליבוביץ אמר לועדה, כי אמנם הוחלט במסגרת ההסתדרות שבישובים שנמצאים בטפולה, יש לדאוג לחנוך דתי לעולים הדתיים, ואולם רבים מעובדי ההסתדרות לא פעלו בהתאם להחלטה.

מנהל המחלקה "להנחלת הלשון ולקליטה תרבותית בקרב העולים", נחום לוין טען, כי טיפל בנושא החינוך במחנות מחוסר ברירה. לפי דבריו נוצר המצב עקב קשיי תקציב וחוסר תאום בין המחלקות השונות שבמשרד החינוך והתרבות. בתנאים הקשים האלו ניסה הוא לתת לילדי העולים את המאחד ולא המפלג. על כן התנגד להכנסת חינוך לפי זרמים, והחליט על שיטת חינוך מיוחדת במחנות. שיטה זו באה להקנות לילדי העולים את "העוצמה הנפשית הישראלית במהותה שנתחדשה כאן". כן טען נחום לוין שמתוך 157 מורים במחנות העולים 77 היו דתיים כלומר כמעט 50 אחוז. נחום לוין טען גם שהאווירה שנוצרה הייתה תוצאה של הסתה מבחוץ. על גישתו של נחום לוין לנושא קליטת העלייה מצפון אפריקה ואסיה בכלל, ולקליטת העלייה מתימן בפרט, ניתן ללמוד מסיום עדותו בפני הועדה:

" ...אבל יחד עם שבט התימנים הוא פרימיטיבי מאד. פרימיטיביות מעין זו עוד לא הצלחתי לראות... סוף סוף מתפקידנו ומתפקיד המדינה לא להשאיר גלות בגלותה, אלא לעשותה שותף נאמן למהפכה הישראלית הכבירה הגדולה והמופלאה שנתחוללה ושביטויה הוא מדינת ישראל ומפעלה".

ד"ר ברוך בן יהודה, מנהל אגף החינוך במשרד החינוך והתרבות, דווח לוועדה על הפתרונות השונים שהוצעו כדי למצוא פתרון לבעיית החינוך במחנות העולים. לדעתו היה הפתרון העדיף, פתיחת בתי ספר דתיים לילדי עולי תימן תוך כדי הקפדה שכל המורים יהיו "שומרי מצוות ויראי שמים".

בפרק הדן בהאשמות הספציפיות, נאמר כי המצב המסובך נבע ממספר סיבות, ובכלל זה חוסר הניסיון הפדגוגי של המורים והמדריכים במחנות. העובדים שהיו ברובם עובדי ההסתדרות לא היו מתאימים לתפקידם. כן נמסר לועדה על מקרים רבים של הפרעות לתפילה וללימוד תורה. עיקר ההאשמות כוונו כלפי מחנות בית ליד ועין שמר. במחנה עין שמר התמקדו רוב התלונות ברכז החינוך של המחנה, ח. אלדמע, תלונות דומות נשמעו גם בקשר למחנה ישראל. מנהל מחנה ישראל בודניב, אישר בעדותו לפני הוועדה, כי מנע לימוד תורה בבית הכנסת של המחנה, אך טען להגנתו כי פעל לפי "ההוראות והנוהג" ובהתאם לכך נסגר בית הכנסת "בשעות שאינן תפילה".

העדויות שהושמעו בהקשר זה, אישרו גם את התלונות על הפרעות ללימוד תורה במושב עמקה. בפני הוועדה הובאו גם עדויות, על הפרעות לעבודתם של מורים דתיים שאושרו בתור מורים לילדים במחנות העולים. במיוחד, התרכזו העדויות בהתנכלויות והפרעות למורים דתיים במחנה עין שמר.

כדי להקשות על פעילי החוגים הדתיים להיכנס למחנות וליישובי העולים, לא אופשרה כניסתם של אנשים בעלי חזות דתית. לפי עדותו של נציג "העובד הדתי" ד"ר ישעיהו ליבוביץ, נעשה שימוש באמצעים פסולים כולל כפיה ואלימות כדי למנוע פתיחת בתי ספר דתיים במקומות שונים.

בסעיף הנוגע לצניעות ומוסר, הוגשו תלונות רבות בקשר למשחקים ובילויים שלא היו מקובלים על העולים, כגון ריקודים מעורבים, סרטי קולנוע וקיום מחנות נוער. רוב התלונות נגעו למחנות התימנים, כאשר עיקר התלונות הופנו כלפי רכז החינוך במחנה עין שמר א. אלדמע.

הועדה דנה בשני נושאים נוספים שגם לגביהם נשמעו תלונות רבות:
א. חילול שבת
ב. גזיזת פאות.

לגבי חילול שבת, דווח על מקרים בהם עודדו המורים חילול שבת, תוך כדי שהם עצמם נתנו דוגמא לכך, בטענה "שבארץ ישראל לא צריכים לשמור על השבת, אלא רק בתימן".

באשר לגזיזת פאות חקרו חברי הועדה את הנושא במחנה עין שמר, והגיעו למסקנה כי לא דובר על מקרים בודדים כפי ששר החינוך טען, אלא על שיטה של ממש. אחד העולים הצעירים העיד, כי נאמר לו שלא צריך פאות בארץ. עולה אחר סיפר, כי נאמר לו, ש"אין צורך 'בסימנים' בארץ. בתימן צריך מפני שיש ערבים".

בהמשך הדו"ח נאמר כי הועדה לא מצאה הוכחה לטענות כאילו נאסרה הנחת תפילין או הוסרו כיפות מעל ראשי העולים. בסיום הפרק דנה הועדה בעניין הפרדת נשים מבעליהן. הבעיה התעוררה היות ובנות רבות הושאו בעודן צעירות מאד ולפעמים לבעלים שהיו מבוגרים מהן בשנים רבות. לעתים לא אפשרו הבעלים לנשותיהם הצעירות ללמוד בבית הספר. במקרים מסוימים הוציאו מדריכי המחנות את הנשים האלו מהמחנות בניסיון להרחיק ולהעלים אותן מבעליהן. על אף שחברי הועדה הבינו את הרקע האנושי למעשים אלו, הם פסלו את הדרך שבה פעלו המדריכים, משום שהיא הייתה מנוגדת להלכה היהודית.
הוועדה לא מצאה ראיות כאילו הפרסומים בעיתונות בחו"ל נעשו ביוזמת חוגים מסויימים (דתיים) בישראל. באשר לעיתונות המקומית ציטטה הועדה שני מאמרים, האחד מתוך עיתון הארץ והשני מתוך ביטאון הסתדרות המורים.
במאמר השני נאמר בין השאר "כי שורש הרע נמצא בסידור המשונה לכאורה, שלחינוכם של ילדי משפחות התימנים, אנשי דת ואמונים עלי דת, הוזמנו דווקא מצעירי הנוער העובד הרחוקים מכל אותו עולם ואורחות חיים".
לאחר סקירה של עדויות מובחרות סיכמה הועדה את מסקנותיה. באופן כללי ניתן לומר שהמסקנות הן חדות וחד-משמעיות והצדיקו את רוב התלונות שהוגשו בקשר לכפיה (אנטי) דתית במחנות וביישובי העולים. לדעת חברי הועדה

"לא הייתה מצד הממשלה כל כוונה לכפיה דתית תחילה, (אך הייתה זו) שגיאה פטלית למסור את חינוך ילדי העולים בכלל ויוצאי ארצות המזרח בפרט, ובייחוד את יוצאי תימן טריפוליטניה ומרוקו לידי המחלקה להנחלת הלשון ולקליטה תרבותית בקרב העולים".

באשר להאשמות הספציפיות קבעה הועדה, כי:

1."גזיזת הפאות הייתה שיטה ולא מקרה, ויש לציין בצער שהטעו את שר החינוך והתרבות בהודעה כי היו רק 12 מקרים - ואלו מחמת גזזת".
2. "גם הפרעת לימוד תורה הייתה שיטה".
3. "לא דקדקו די בשמירת שבת ובתפילה ואף היו מקרים של הפרעת תפילה".
4. אף על פי כן לא מצאה הועדה כי הייתה מלחמה מחושבת בדת, והיא התנגדה לשימוש במונחים אינקוויזיציה ורצח תרבות עם.
5. אחת הסיבות העיקריות למאבק על החינוך במחנות הייתה התחרות המפלגתית.
6. לדעת הועדה היה שורש כל הרע:
"ההזנחה הקשה של ענייני החינוך הדתי במחנות וטיפולה של מחלקת התרבות בנושא זה".

מסקנות הדו"ח היו חמורות, ואשרו את הטענות של החוגים הדתיים בדבר כפיה אנטי דתית, התנכלות לחינוך הדתי ועוד. כן הזים הדו"ח את הטענות הנגדיות בדבר הסתה כפי שהגיעו לידי ביטוי בדבריהם של ח"כ פייגה אלנית ושר המשטרה בכור שטרית. על רקע המסקנות החמורות, ואולם בניגוד לרושם שנוצר בצבור, מי שמעיין בדו"ח הועדה יקבל את הרושם כי המעשים החמורים שפורטו, כגון השפעה דתית שלילית בכלל וגזיזת פאות בפרט היו פועל יוצא של מצב מיוחד ששרר בארץ בתקופת העלייה ההמונית. דבר זה אינו מדויק. כבר בזמן קליטת העלייה הגדולה מתימן בשנים 45-1943 נשמעו טענות כמעט זהות. במכתב לעיתון "הצופה" כתב הרב שאער, ראש ישיבת התימנים אור המזרח:

"בעניין גילוח הפאות של העולים בתער, אני מוכן להוכיח שזה קרה במחנה שבין כרכור וכפר פינס, והעולים עצמם מוכנים להעיד על כך. אני בעצמי שאלתי את המדריך והוא לא רק שהודה בפה מלא, אלא בעזות מצח ולעג גס הוסיף לחרף ולגדף את הדת ואת המנהגים הגלותיים והריאקציונרים כדבריו...".

זאת אומרת כי הטענות שנשמעו בשנים 53-1949 בדבר התנכלויות לעולים על רקע דתי לא היו דבר חדש, אלא יש לראות בזה המשך היסטורי למה שאירע בעת קליטת גל העלייה הגדול מתימן בסוף מלחמת העולם השניה.

בהקשר לסיכום מסקנות ועדת החקירה יש להוסיף נקודה נוספת והיא החלק האחרון של הדו"ח אשר נכתב בידי יצחק בן צבי. בן צבי היה ידוע כחוקר מושבע שלא החמיץ שום הזדמנות לפרסם את מחקריו ודעותיו בנושא העדות, ועל כן הוא נצל את דו"ח ועדת החקירה למטרה זו. אך לי נראה שבנוסף לעצם הרצון לכתוב על נושא העדות היה "הקישוט" הזה נועד גם להסיח את הדיון (הדעת) מהעיקר, ולתקן את הרושם העגום ואת חומרת המצב כפי שהם מצטיירים בדו"ח. מקרה דומה מצאתי במבוא לדו"ח ועדת החקירה בעניין ילדי תימן. מבחינה עניינית המבוא הזה מיותר לחלוטין, ובא כדי להקל על הרושם הקשה שנוצר אצל הקורא עקב קריאת הדו"ח.

המסקנה שלי משני המקרים היא שהיה ניסיון מצד עורכי הדו"חות להסיט את הדיון לאפיק לא מסוכן ולמצוא הצדקה מסוימת למחדלי הממשלה.
כפי שניתן היה לצפות נתקבל דו"ח ועדת החקירה ע"י עובדי "המחלקה להנחלת הלשון ולקליטה תרבותית" בהתמרמרות רבה. העובדים הכריזו על יום שביתה (14.6.50), ופרסמו גילוי דעת בו תבעו לבדוק מחדש את ההאשמות המיוחסות להם. העובדים הקימו ועדה מיוחדת מקרב עובדי המחלקה, אשר פרסמו חוברת ובה הסתייגויותיהם של העובדים בקשר למסקנות ועדת החקירה. בחוברת פורסמה דרישה לחקירה מחודשת בהאשמות הספציפיות כגון הפרעת לימוד תורה בתור שיטה. בין השאר טענו העובדים, כי העדויות לא היו מלאות ולא תמיד שמעו את הצד שלהם. באשר למורים ומדריכים לא דתיים טענו העובדים, כי המספר הקטן של עובדים דתיים היה תוצאה של מחסור במועמדים דתיים. חברי הועדה הפריכו את הטענות בדבר סנקציות נגד מורים דתיים ונגד ילדים לומדי תורה והוריהם. בעניין גזיזת הפאות טענה הועדה של העובדים, כי הדבר נעשה בגלל סיבות רפואיות. כן טענה הועדה, שהיה מקום לבדוק אם תופעה זו לא הייתה תוצאה של "תופעת התאשכנזות אצל נערי התימנים". העובדים טענו גם, שועדת החקירה לא התייחסה בהגינות כלפי רכז החינוך בעין שמר א. אלדמע, וכי אלדמע דאג לספר תורה עבור העולים במחנה. בסיום אמרו העובדים, כי ייחסו לעובדים כוח והשפעה שלא היו בידם. לדעתם הייתה גביית העדויות סלקטיבית ועל כן הם דרשו את חידוש החקירה בעניין החינוך במחנות העולים.
בישיבתה מיום כ"ב בסיוון תש"י (7.6.50) קיבלה הממשלה את ההחלטה הבאה:

הממשלה מקבלת בכללן מסקנותיה של ועדת החקירה בענייני החינוך במחנות העולים. הממשלה מקבלת לתשומת לבה הודעת שר החינוך והתרבות על פיטורי שני העובדים, י. א. אלדמע וצפורה זהבי, שבוצעו לפני הגשת הדין וחשבון, ועל התפטרותו של מנהל המחלקה נחום לוין, מתפקידו.
הממשלה מטילה על שר המשפטים להגיש על יסוד מסקנות הועדה שורה של הצעות לתיקון הדברים בעתיד.
הדין וחשבון יימסר לפרסום בעיתונות.

נוסח החלטות הממשלה מעורר שאלות מסוימות:
למה מודגשת העובדה כי הממשלה קיבלה את המסקנות ולא נאמר כי הממשלה קיבלה את הדו"ח כולו? האם יש כאן ניסיון לדחות את הדו"ח או לפחות חלק מההאשמות הקשות שבו, אך בכל זאת לאשר את המסקנות?

ואומנם זאת הייתה המגמה המוצהרת של השרים החילוניים. במכתב לחברי הממשלה מיום 20.8.50 כתב שר המשפטים פנחס רוזן בין השאר:

"... אם כי הממשלה קיבלה את מסקנותיה של ועדת החקירה רק בכללן".

גם בן גוריון הדגיש את העובדה שהממשלה אישרה את המסקנות, אך לא את הדו"ח כולו. במכתב לעורך הדין יעקב שמשון שפירא כתב בן גוריון:

"... ויש מרחק רב בין הדו"ח ובין המסקנות, משום כך לא קיבלה הממשלה הדו"ח - אלא המסקנות בלבד, וגם אלו רק בחלקן".

במכתבו לחברי הממשלה טען שר המשפטים, כי הנושאים העיקריים כבר תוקנו, היות והחינוך במחנות הועבר למחלקת החינוך. תגובת ראש הממשלה דוד בן גוריון לדו"ח מסקנות ועדת החקירה היא מעניינת. בן גוריון ידע, כי לא כל מה שנעשה במחנות וביישובי העולים היה "כשר". דו"ח ועדת החקירה שהוא מינה לבדוק את התלונות בכפר עמקה הבהיר לו היטב, כי אומנם הייתה כפיה אנטי דתית והתנכלויות לעובדים דתיים. ובכל זאת, לא ציפה בן גוריון לדו"ח כה חמור. במיוחד לא חשב כי יצדיקו את התלונות על המתרחש במחנות העולים. ועדת החקירה שבן גוריון הקים כדי לבדוק את הנושא במחנות העולים (הקצינים חוטר-ישי וארגוב) דחתה הרי את כל הטענות והתלונות בדבר רדיפות על רקע דתי וכו'. והנה בא הדו"ח של ועדת החקירה הממלכתית ומצדיק את התלונות, וכאילו מבטל את המסקנות של שני קציני הצבא שבדקו את הנושא מטעמו.

בן גוריון נבוך מאוד מהמצב, ועל רקע זה יש לראות את קבלת ההחלטה המשונה של הממשלה החליטה לקבל המסקנות, האם אין זאת אומרת שהיא אישרה את העובדות שהרי אם בן גוריון וחבריו דוחים את הדו"ח למה הם מקבלים את המסקנות הקשות? ואם הממשלה החליטה לקבל המסקנות, האם אין זאת אומרת שהיא אישרה את העובדות שעליהן התבססו ההחלטות?