(א): ויזכור אלוהים את נח ואת כל החיה ואת כל הבהמה -
הזכירה בנח מפני שהיה צדיק תמים וכרת לו ברית להצילו. ונח יכלול זרעו אשר אתו שם, ולא הזכירם כי בזכותו ניצולו. אבל הזכירה שאמר בחיה ובבהמה אינה בזכות, שאין בבעלי נפש זכות או חובה זולתי באדם לבדו. אבל הזכירה בהם, כי זכר את דבר קדשו שאמר והיה העולם, והרצון אשר לו בבריאת העולם עלה לפניו ורצה בקיום העולם במינין אשר ברא בו, והנה ראה עתה להוציאם שלא יכלו בתיבה. ולא הזכיר העוף והשרץ, כי זכירת החיה שווה עימהם, ויגיד עליו רעו:

(ג): ויחסרו המים מקצה חמישים ומאת יום -
דבק עם "ותנח התיבה", לומר שחסרו ביום ההוא חסרון גדול שנחה בו התיבה, כאשר פירשתי:

(ד): ותנח התבה בחדש השביעי בשבעה עשר יום לחדש -
כתב רש"י:

מכאן אתה למד שהייתה משוקעת במים י"א אמה, כפי החשבון הכתוב בפירושיו. והוא כן בבראשית רבה (לג ז).

אבל כיון שרש"י מדקדק במקומות אחרי מדרשי ההגדות וטורח לבאר פשטי המקרא, הרשה אותנו לעשות כן, כי שבעים פנים לתורה. ומדרשים רבים חלוקים בדברי החכמים:

ואומר אני שאין החשבון הזה שאמרו נאות בלשון הכתוב,
כי אם נסבול לפרש ותנח התיבה בחדש השביעי, ליום הזה הנזכר שכלא בו הגשם ושבו המים מעל הארץ הלוך וחסור, שלא כמניין החדש השני הנזכר בהתחלת הפרשה (ז יא), וכמניין האמור בסוף הפרשה (ח יד), איך יתכן שיחזור מיד בפסוק השני ויאמר עד החדש העשירי למניין אחר, שיהיה העשירי לירידת הגשמים?

והראיה מן התיבה שהייתה משוקעת במים מפני שנותן חסרון שווה לכל הימים, אמה לד' ימים, אינה ראיה, כי מן הידוע בחסרון המים, כי הנחל הגדול כאשר יחסר בתחילתו אמה לד' ימים, יחסר בסופו ד' אמות ליום אחד. והרי לפי החשבון הזה באחד לחדש אב נראו ראשי ההרים, ובאחד בתשרי חרבו המים, והנה בששים יום חסרו כל גובה ההרים הגבוהים שהם כמה אלפים אמה:

ועוד, כי שלח היונה בשבעה עשר יום לחדש אלול, והמים על פני כל הארץ והאילנות מכוסים, והנה חרבו כולם בשנים עשר ימים. ועל דרך הסברא, אם הייתה משוקעת במים י"א אמה, והוא יותר משליש קומתה, תטבע, בעבור היותה רחבה מלמטה וכלה אל אמה, כי היא הפך הספינות, ויש בה כבדות גדולה?

והנראה בדרך הפשט, כי חמישים ומאת יום האמורים בתגברות המים (לעיל ז כד): יכללו ארבעים יום של ירידת הגשם, כי בהם עיקר הריבוי והתגברות. והנה החלו לחסור בשבעה עשר בניסן, ותנח התיבה אחר שלשים יום על הרי אררט בשבעה עשר יום לחדש אייר, הוא החדש השביעי לירידת הגשם. ואחרי ע"ג ימים באחד לחדש אב, הוא החדש העשירי לירידה, נראו ראשי ההרים. והנה תקננו תיקון מועט בלשון הכתוב:

והנכון בעיני, כי חמישים ומאת יום היו משבעה עשר יום לחדש השני, הוא חדש מרחשוון, עד שבעה עשר יום לחדש השביעי, הוא חדש ניסן, והוא יום מנוח התיבה, כי אז העביר השם רוח קדים עזה כל הלילה וישם את המים לחרבה, שחסרו מאד, ותנח התיבה. והראיה, כי לא אמר הכתוב בכאן "ויחסרו המים בחדש פלוני ביום פלוני והיו המים הלוך וחסור עד החדש השביעי ותנח התיבה וגו'", כאשר אמר בחסרון האחר שנראו בו ראשי ההרים, כי ביום החסרון נחה התיבה:

והסדר בעניין הזה, כי ביום רדת הגשם נבקעו מעיינות תהום ונפתחו ארובות השמים וירד הגשם ארבעים יום, ובהם גברו המים חמש עשרה אמה מלמעלה. ונפסק הגשם בסוף הארבעים, ונשארו מעיינות תהום וארובות השמים פתוחות, והיה האוויר לח מאד וכל הארץ מלאה מים, ואינם נגררים במורד, ולא יבשו לעולם. ועמדו כן בגבורתם עד מלאת ק"נ יום לירידת הגשם:
ואז העביר השם רוח חזק מאד בשמים ובארץ ויסכרו מעיינות תהום, כי חזרו המים הנובעים מהם אל מקומם עד אשר נתמלא התהום כמו שהיה בתחילה, ונסגרו פתחי מעיינותיו וארובות השמים נסגרו, וייבש האוויר מאד ברוח המייבש, והמים אשר בארץ לחכה. והנה חסרו המים הרבה ביום ההוא, ותנח התיבה שהייתה משוקעת במים כשתים ושלש אמות. ואחר שבעים ושלש יום באחד לחדש העשירי, הוא חדש תמוז, נראו ראשי ההרים. ומקץ ארבעים יום, בעשתי עשר חדש בעשרה לחדש, פתח נח חלון התיבה, ואחרי שלש שבועות הלכה היונה מאתו. ואחר שלשים יום הסיר מכסה התיבה:

וטעם ויעבר אלוהים רוח על הארץ -
שהיה רוח גדולה וחזק יוצאה מבטן הארץ על פני התהום ומרחפת במים, ויסכרו בו מעיינות תהום, כי לא אמר הכתוב "ויעבר אלוהים רוח על המים".

וישכו המים -
שהיו נובעין מן התהום וינוחו, מלשון וחמת המלך שככה (אסתר ז י), שנחה. או לשון הסתר הדבר והבלעו, ללמד שנבלעו מי התהום במקומם. וכך אמר זה בסדר עולם (ד): המים העולים למעלה נגבה אותם הרוח, והיורדים למטה נבלעו במקומם:

וטעם ויכלא הגשם מן השמים -
שלא ירד עוד גשם עד צאתם מן התיבה, כי היו השמים ברוח הזה כברזל ולא הורידו טל ומטר כלל, וייבש האוויר וחרבו המים, כי גשם המבול כבר כלה מיום הארבעים:

וישובו המים מעל הארץ הלוך ושוב - יאמר שהיו חסרים מעט מעט עד שחרבו פני האדמה:

(ה): והמים היו הלוך וחסור עד החדש העשירי -
טעמו מסורס, שהיו הלוך וחסור עד שנראו ראשי ההרים בחדש העשירי, הוא חדש תמוז. והודיענו הכתוב שחסרו בע"ג יום חמש עשרה אמה. אבל החסרון אשר מתחלה למנוח התיבה לא ידענו כמה היה, כי לא הוצרך הכתוב להודיע השקוע ולא החסרון:

והנראה לדעתי בשוט התיבה, כי הייתה מפני היות המים נובעים מן התהומות, והיותם עוד רותחים כדברי רבותינו, כי בעבור כן תלך על פני המים. ואם לא מפני זה הייתה נטבעת בכבדותה כי רבים אשר בתוכה, והמאכל והמשקה היה הרבה מאד. וכאשר שככו המים מנביעתם, או מרתיחתם גם כן, וחסרו ברוח, מיד נכנסה התיבה אל תוך המים בכובד משאה ותנח על ההר:

ועל דעת המפרשים (הראב"ע, והרד"ק):
המספר בתגבורת המים חמישים ומאת יום, ומנוח התיבה, וראיית ראשי ההרים, וארבעים יום אחרי כן, הכל ידענו בדרך הנבואה, כי הכתוב מודיע אותנו כן, אבל נח לא ידע, רק שהרגיש כי נחה התיבה, והמתין לפי דעתו זמן שחשב כי קלו המים:
והנה גם לדברינו גם לדברי רבותינו וכל המפרשים יהיו הרי אררט מן "ההרים הגבוהים אשר תחת כל השמים" (לעיל ז יט): שהיו המים עליהם ט"ו אמה, ולכן יקשה זה, כי הידוע בהר היוני שגבוה מהם הרבה מאד, וארץ אררט בשפל הכדור הקרוב לבבל. ואולי נאמר כי היה החסרון בי"ז לחדש השביעי גדול מאד מט"ו אמה, וקודם לכן נראו ראשי ההרים הגבוהים, לא הרי אררט, ויקר מקרה התיבה שהייתה בארץ אררט בחדש השביעי, ותנח על ראשי ההרים ההם:

והנה נח מעת שכלה הגשם היה פותח החלון וסוגר אותו כרצונו. ואחר ע"ג יום ממנוח התיבה השגיח מן החלון ונראו לו ראשי הרי אררט, וחזר וסגר אותו. והגיד הכתוב כי אחר ארבעים יום שלח העורב, ולא אמר הכתוב "ויהי בחדש פלוני וביום פלוני ויפתח נח", ואמר "ויהי מקץ ארבעים יום", להגיד כי מעת שנראו לנח ראשי ההרים המתין ארבעים יום, כי חשב בלבו שבזמן הזה נראו המגדלים ונגלו האילנות, וימצאו העופות להם מנוח באשר תקנינה, ופתח החלון לשלוח העורב. ובחדש הראשון, הוא חדש תשרי, חרבו המים. ובחדש השני, הוא חדש מרחשון, בשבעה ועשרים בו יבשה הארץ, ובו ביום יצאו מן התיבה. והנה כל מנין הפרשה כפשוטו ומשמעו:

ודע, כי אחרי שהסכימו שבתשרי נברא העולם, כאשר תקנו "זה היום תחילת מעשיך זיכרון ליום ראשון", וכן הוא סדר הזמנים, זרע וקציר וקור וחום, יהיה ראש השנים מתשרי. וכן החדשים ממנו הם נמנים, עד שהגענו ליציאת מצרים, ואז ציווה הקב"ה למנות בחדשים מנין אחר, שנאמר (שמות יב ב): החדש הזה לכם ראש חדשים ראשון הוא לכם לחודשי השנה. ומשם ואילך בכל הכתוב ימנה תשרי החדש השביעי, ועדיין נשאר בשנים החשבון ממנו, דכתיב (שמות לד כב): וחג האסיף תקופת השנה. וכך תרגם יונתן בן עוזיאל "בירח האיתנים בחג הוא החדש השביעי" (מ"א ח ב), אמר בירחא דעתיקיא דקרן ליה ירחא קדמאה וכען הוא ירחא שביעאה. ובמכילתא (בא א ח): החדש הזה לכם, ולא מנה בו אדם הראשון:

(ט): ולא מצאה היונה מנוח -
אין מנהג העופות לנוח בראשי ההרים הגבוהים על הארץ ואין אילן שם, אף כי בהיות המים על פני כל הארץ, ולכן לא מצאה היונה מנוח אשר ייטב לה, ובעת הראות האילנות הלכה לנפשה, כי בדליותיהם תקננה:

(יא): והנה עלה זית טרף בפיה -
מפשוטו של פסוק זה יראה שלא נעקרו האילנות ולא נמחו במבול, כי לא היה שם נחל שוטף, בעבור כי נתמלא כל העולם מים.
אבל בבראשית רבה (לג ו): אמרו:

מהיכן הביאה אותו,
רבי לוי אמר: מהר המשחה הביאה אותו דלא טפת ארעא דישראל במיא דמבולא, הוא שהקדוש ברוך הוא אמר ליחזקאל בן אדם אמור לה את ארץ לא מטוהרה היא לא גושמה ביום זעם (יחזקאל כב כד).
רבי ביריי אמר: נפתחו לה שערי גן עדן והביאה אותו:

והנה כוונתם שנעקרו האילנות ונמחו במקומות המבול, ואף כי יהיה העלה נבל.

וכן אמרו (ב"ר ל ח):
אפילו איצטרובולין של ריחים נמוחו במבול, ודרשו בו אבנים שחקו מים (איוב יד יט):

ומאמרם "דלא טפת ארעא דישראל במיא דמבולא", שלא היה עליה גשם המבול, כדכתיב לא גושמה, ולא נפתחו בה מעינות תהום רבה, אבל המים נתפשטו בכל העולם וכסו כל ההרים הגבוהים אשר תחת כל השמים, כמו שכתוב מפורש (לעיל ז יט), ואין סביב ארץ ישראל גדר לעכב המים שלא יבאו בה.

וכך אמרו בפרקי רבי אליעזר (פרק כג):

ארץ ישראל לא ירד עליה מי המבול מן השמים אלא נתגלגלו המים מן הארצות ונכנסו לתוכה, שנאמר בן אדם אמור לה. והנה לדעת רבי לוי, מפני שלא ירד בארץ ההיא הגשם השוטף ולא נפתחו עליה ארובות השמים, נשארו בה האילנות, ובכל העולם נשברו ונעקרו במבול ומטרות עזו:

ואני תמה על מאמרם "מגן עדן", אם כן לא ידע נח שקלו המים מעל הארץ, כי שם לא נכנסו מי המבול. ואולי היו שעריו סגורים שלא יכנסו שם המים, וכאשר קלו המים נפתחו.

ומדעתם זו אמרו שם (ב"ר לו ג):

ויטע כרם (להלן ט כ), ומהיכן היה לו, אמר רבי אבא בר כהנא בכניסתו לתיבה הכניס עמו זמורות לנטיעות ייחורים לתאנים גרופיות לזיתים:

טרף בפיה -
כתב רש"י:

אומר אני שזכר היה ולכך קורא אותו פעמים לשון זכר ופעמים לשון נקבה, לפי שכל יונה שבמקרא לשון נקבה הוא. טרף, חטף. ומדרש אגדה לשון "מזון", ודרשו "בפיה" לשון מאמר, אמרה יהיו מזונותי מרורין כזית ובידו של הקב"ה ואל יהיו מתוקים כדבש ביד אדם:

ואין כל זה נכון בעיני, כי חזרת זכר היונים מנקבה לזכר במקום אחד מן הפרשה אין בו טעם, ואם הלשון לקרוא כלם בשם הנקבות למה שינה בכאן. וכן מדרשם בהגדה, לא שיעשו "בפיה" לשון מאמר כלל, אבל מדרשם מפני שהביאה העלה הזה, כי אם נאמר שאירע כן, לא על חנם פירש אותו הכתוב, כי היה לו לומר והנה עלה טרף בפיה. והזית איננו בא מן האילנות הגבוהים מאד שישכנו בו העופות לארך דליותיו. ולכך אמרו כי היה בזה רמז שהעופות נוח להם להיות מזונותם מרים כלענה ביד הקב"ה ולא שיהיו טובים בידי אדם, וכל שכן בני האדם שאין רצונם להתפרנס זה מזה:

ולשון בראשית רבה (לג ו):

אמר רבי אבהו: אילו מגן עדן הביאה אותו לא היה לה להביא דבר מעולה או קינמון או פפולסמון, אלא רמז רמזה לו, נח מר מזה מתחת ידו של הקדוש ברוך הוא ולא מתוק מתחת ידך.

אבל בגמרא (סנהדרין קח ב) הוסיפו:

מאי משמע דהאי טרף לישנא דמזוני הוא, דכתיב (משלי ל ח): הטריפני לחם חקי, כי מפני הטעם שאמרנו עשו לזה סמך, מלשון "הטריפני", ירמוז כאילו אמר והנה עלה זית טרף בפיה:

ופשוטו של מקרא פרשו בו (אונקלוס, הראב"ע, והרד"ק):

שהוא תאר לעלה, והנה עלה זית טרוף בפיה.

וסמך לדבר שהוא קמוץ כי כן משפטו, אבל נמצא מהם בזרות, כי הוא טרף וירפאנו (הושע ו א), והשיב את הגזלה אשר גזל (ויקרא ה כג), על שגגתו אשר שגג (שם שם יח), וזולתם רבים:

(כא): ויאמר ה' אל לבו -
לא גלה הדבר לנביא בזמן ההוא, רק ביום צוותו את משה בכתיבת התורה גלה אליו, כי כאשר הקריב נח קרבנו עלה לפניו לרצון, וגזר שלא יוסיף להכות את כל חי. וכבר כתבתי בזה (לעיל ו ו): סוד נרמז לרבותינו ז"ל:

וטעם בעבור האדם -
כי בעבורו נענשו, ואם אדם לא חטא היו הם ניצולין אף על פי שהשחיתו גם הם דרכם:

כי יצר לב האדם רע מנעוריו -
מלמד עליהם זכות שיצירתם בתולדת רעה בימי הנעורים ולא בימי הזקנה, ואם כן אין להכות את כל חי מפני שני הטעמים האלה. וטעם המ"ם כי מתחילת הנעורים הוא בהם, כמו שאמרו (ב"ר לד יב):

משננער לצאת ממעי אמו נתן בו יצר הרע.

או יאמר כי מן הנעורים, כלומר מחמתם תהיה רעת היצר באדם, שהם יחטיאו אותו:
ויש אומרים שהוא כמו בנעוריו, וכמוהו מטרם שום אבן אל אבן בהיכל ה' (חגי ב טו), וכן זאת הארץ אשר תפילו מנחלה לשבטי ישראל (יחזקאל מח כט)