חוקרי המקרא לא עמדו על תפקידו של שפן בתולדות מדינת יהודה בדור שלפני החורבן. לעומת זאת זכה שפן שחז"ל הכירו לו טובה והתייחסו כלפיו בהערצה. לכתוב: "אתם נצבים היום כלכם לפני ה' - אמרו חז"ל:

מה אילו זה שעמד וקיים תורה בישראל לא הייתה תורה משתכחת, מה אילו לא עמד שפן בשעתו, עזרא בשעתו, ר' עקיבא בשעתו לא הייתה תורה משתכחת" (ספרי דברים פרשת עקב, מ"ח).

המקרא מזכיר חמשה דורות של משפחה זו:
דור ראשון - משולם, זקנו של שפן;
דור שני - אצליה, אביו של שפן;
דור שלישי - שפן, סופר יאשיהו המלך;
דור רביעי - גמריהו ואחיקם ואלעשה;
דור חמישי - מיכיהו וגדליהו.

השרות של משפחת שפן בחצר המלך יאשיהו, הנאמנות והמסירות לירמיהו והצלתו מידיהם של דורשי רעתו - כל זה מעיד, לאורך תקופה ארוכה, על נאמנותם לתורה.

על תפקידו של שפן בקשר לטיהור הארץ מעבודה זרה ובדק הבית במקדש שתי נוסחאות: לפי מל"ב כ"ב, ד זוהי שליחות מטעם המלך: עליו למסור לחלקיהו הכהן הגדול כי נסתיימה המגבית ויש להפעיל את אנשי המקצוע - לרכוש חמרי בנין ולחזק את הבית. הנוסח שבדבהי"ב ל"ד, ח מפורט יותר, מדובר על ועדת בנין שבראשה עומד שפן; בראשונה נערכה מגבית; על הלוויים, שמרי הסף, הוטלה המשימה לעבור בארץ, במנשה ואפרים מכל שארית ישראל ומכל יהודה ובנימין ולאסוף תרומות.

על מגבית קודמת למען בדק הבית מסופר בימיהם של יהואש המלך ויהוידע הכהן:

"ויקח יהוידע הכהן ארון אחד ויקב חור בדלתו ויתן אתו אצל המזבח בימין בבוא איש בית ה' ונתנו שמה הכהנים (בדבה"י הלוים) שומרי הסף את כל הכסף המובא בית ה'" (מ"ב יב, ט).

האמונים מטעם המלך על העבודה הזאת הם שפן בראש, מעשיה שר העיר, ויואח בן יואחז המזכיר, ההשגחה על בצוע העבודה בחצרות בית ה' הוטלה על חלקיהו הכהן הגדול, וזה מובן מאליו כי יש מקומות הטעונים תקון אבל הכניסה לשם אינה מותרת לכל אחד.

לפי מל"ב כ"ב, יח מצא חלקיהו את ספר התורה ולפי דבהי"ב ל"ד, יד מצא את ספר תורת ה' בידי משה.

על אופיה של השליחות נוכל לעמוד לפי סדר הדברים בפי שפן למלך; למרות ההתרגשות הגדולה על מציאת ספר התורה, שפן נאמן לפקודת המלך והוא מוסר תחילה דין וחשבון על הנעשה בחצר בית המקדש ורק אחרי שמסר כי מילא את השליחות הוא מוסר למלך על מציאת ספר התורה.

המלך נחרד מדברי הספר והורה "דרשו את ה' בעדי ובעד העם ובעד כל יהודה... על אשר לא שמעו אבתינו על דברי הספר הזה לעשות ככל הכתוב עלינו", המלך לא ציין אל מי לפנות והמשלחת הלכה לחולדה הנביאה. היא ידועה רק מפרשה זו, לא נודעה עוד לא בע"פ ולא בכתב. מתעוררת שאלה: מדוע לא פנו אל ירמיהו, שהחל לנבא בשנת שלש עשרה למלך יאשיהו, כלומר - לאחר חמש שנים שהוא מביא את דבר ה' לעם יהודה מירושלים.

המשלחת היא בת חמשה אנשים: חלקיהו הכהן הגדול, אחיקם בן שפן, עבדון בן מיכה (מיכיהו), שפן הסופר ועשיה עבד המלך. הבן אחיקם כבר נמצא בשרות המלך, מה תפקידו בחצר לא ידוע, שפן עודנו סופר המלך. משיתוף האב והבן בתפקידי החצר משתמע שבימי מאורע זה האב שפן כבר היה אדם בא בימים.

השאלה המרכזית שבפרקנו - מי הטמין את ספר התורה ואיפה, מתי ולמה?
רד"ק סובר שהטמינו את הספר בימי אחז ומקומו היה תחת הנדבך, כלומר - מתחת לרצפה; לדעת אברבנאל חיפש חלקיהו את הספר בהיכל, בקדש הקדשים ובדביר ומצא אותו כשהוא מונח במקומו, בצד הארון. המלבי"ם סובר שהסתירו את הספר בימי מנשה ואמון והיו מחפשים אותו ולא נודע מקומו.

אליה אורבך העלה רעיון המתקבל על הדעת. הוא מבסס את פירושו על יסוד הכתוב (דה"ב לד, יד): "ובהוציאם את הכסף המובא בית ה' מצא חלקיהו הכהן את ספר תורת ה'...". מגילת הספר הייתה מונחת בתוך תיבת התרומות.

אורבך סובר שהספר הוכנס אל תוך התיבה בעת הרקתה האחרונה, בשעה שהייתה פתוחה, כנראה בימי מנשה. מדיניותו והתנהגותו של מנשה ואנשיו הייתה למורת רוחם של רבים מנאמני ה' וראשי הכהונה, ואחד מהם, מ"אנשי חזקיהו" ביקש להציל את הספר והטמין אותו בארון התרומות בשעת הרקתו. לדעתו של אורבך הוטמן הספר בשנים 660-650 ונמצא בשנת 622.

בן שמונה היה יאשיהו במלכו. מסתבר עד שהתבגר, עד שהגיע לשנתו ה-ט"ו-ט"ז התנהלו עניני המדינה על ידי מועצה מטעם "עם הארץ" - ראשי הישוב שנטלו את השלטון לידם לאחר רצח המלך אמון. מועצה זו נשארה על יד המלך-הנער והדריכה אותו בכל תפקידיו; ניתן לאמר שבראש המועצה עמדו שני אישים נודעים: חלקיהו הכהן הגדול ושפן - סופר המלך.

בשנות חייו הראשונות של יאשיהו, בארמון סבו מנשה ואחר כך בארמון אביו - אמון לא יכול היה לקבל ידע כלשהו על תורת משה, להפך - בימיהם פרחה העבודה הזרה בצורות שונות, כנעניות, אשוריות וכיו"ב. באווירה זו לא יכול היה לקבל ידיעה והשראה מן התורה. ואם אנו מוצאים כי בעודנו נער כבן י"ג או י"ד, החל לנקות את העיר והמקדש מכל ע"ז, - הוא הרחיק לכת ועשה כן גם בערי מנשה ואפרים, - ברור שהיה מי שלימד אותו והשפיע עליו והדריך אותו בכל מעשיו אלה, והוא כנראה שפן הסופר, שנעזר גם בחלקיהו הכהן הגדול.

שפן היה מדינאי בן מדינאי. הכתוב מכנה אותו סופר המלך. אולם, אין הכוונה למי שכותב מפי המלך, אלא זהו האיש הקרוב ביותר למלך בתפקידיו המלכותיים כל יום ויום, שפן כחבר מועצת המלך מימיה הראשונים חינך את בן המלך הצעיר למלוכה ברוח התורה. משפן הסופר יצאה היוזמה להרוס ולהשמיד את כל תשמישי העבודה הזרה ולהחזיר למקדש בירושלים את מעמדו ואת כבודו. שפן התהלך לצדו של יאשיהו כל הימים וכשהזדקן ירש את מקומו בחצר המלך בנו אחיקם.

על עולמו הדתי והחברתי של שפן נוכל ללמוד גם מתולדות משפחתו, מבני הדור הרביעי והחמישי.

בני שפן משולבים בחוג העלית החברתית והמדינית, מרביתם מדינאים, ובכוח תפקידם הם עומדים לימינם של נאמני ה' גם בשנים שהמלך וביתו שקועים בעבודה זרה.
נוסף על מעמדו של גמריהו בן שפן כסופר המלך, יש לו תפקיד גם בחצר בית המקדש, יש לו לשכה "בחצר העליון פתח שער בית ה' החדש" (ירמיהו ל"ו, י) זה היה מקום כינוסם של נכבדי ירושלים.

גמריהו היה מחסידי ירמיהו והגן עליו פעמיים מעונש מות.

פעם ראשונה, בראשית ימי מלכותו של יהויקים, כאשר הזהיר מה צפוי למקדש ולעם מפני דרכו הנלוזה של המלך ואמר: "ונתתי את הבית הזה כשלה" (שם כ"ו, ו'). המלך והשרים דנו אותו למיתה, "אך יד אחיקם בן שפן הייתה את ירמיהו לבלתי תת אותו ביד העם להמיתו".
פעם שניה, כאשר ברוך בן-נריה קרא את מגילת הספר של ירמיהו, שהכילה דברי אזהרה לעם מהדרך בה הולך המלך ומה צפוי לו ולעם יהודה: "וברוך קורא את דברי המגילה באזני העם בבית המקדש". כאשר מיכיהו בן גמריהו שומע את דברי הנביא, הוא מבקש להביא את דבר הנביא לפני המלך. יהויקים שומע את דברי ירמיהו בשצף קצף ושורף את המגילה פרק אחר פרק. "וגם אלנתן ודליהו וגמריהו [בן שפן] הפגעו במלך לבלתי שרוף את המגלה ולא שמע אליהם". בתום הקריאה הוא מצווה לאסור את ירמיהו ואת ברוך, אולם הם ניצלו - "ויסתירם ה'" (ירמיהו ל"ו, כ"ה-כ"ו).
גם בפרשה האחרונה, כאשר נבוזראדן מציע לירמיהו ללכת עם הגולים לבבל או להישאר עם גדליהו בן אחיקם, הנביא מעדיף ללכת למצפה אל גדליהו, כי זהו נצר לבית שפן, מנאמני תורת ה' לאורך כל השושלת.

הכתר שהכתירו חז"ל את שפן הסופר והעמידו אותו בשורה אחת עם עזרא ועם רבי עקיבא נאה לו, חבל רק שחוקרי המקרא בימינו לא מצאו לנכון להתייחס אליו.