בצד המערבי דרומי של הבנין, ליד עמודי השיש שסימנו את מרכז בית הכנסת, נראית "גומחה" או מבנה קטן בצורת חצי עיגול גבוה בהרבה מעל לרצפת בית הכנסת, שבמשקופיו נראו חרותים אותם הסימנים (מנורה, לולב, שופר) שתוארו לעיל. לאיזו מטרה נועד "מגדל" זה? הרי בשאר בתי הכנסת של אותה התקופה, במזרח או בצפון אפריקה, לא נראה דבר הדומה ל"בנין בתוך בנין" זה. מאידך, צורתו של "מגדל" זה (חצי עגול, שצדו האחד סגור, וצדו השני, כנראה, פתוח לקראת הקהל), מקומו (לצד "המערבי" של הבסיליקה), והסימנים החרותים במשקוף, המראים כי היה זה מזכיר מקרוב את המבנה ואת התפקיד של ה"אמבון" בכנסיות העתיקות: הוא המקום ממנו הוקראה הדרשה, הוא גם המקום המיוחד לקריאתו של האונגיל. היה זה אפוא מקום גבוה הנועד למקריא או לחזן: הוא אשר בבתי-כנסת הספרדיים נקרא עד היום הזה "תיבה". האם אפשר לזהות אותו עם "התיבותא" שיהודי יוסטוס, כפי המסופר בכתובת, הקדיש "לכבוד התורה"? מותר להניח שכן.

גב' סקוארצ'פינו טוענת בכתביה, שכאן היה מונח "ארון-קודש", או שהיה כאן מקום לשמירתם של ספרי תורה; והיא נשענת, בהשערתה זו, בשלוש עובדות: ראשית, גם בבית כנסת של היום יש מקום קבוע להנחת ספר תורה בצדה המזרחי של האולם, אליו פונים המתפללים; שנית, המלה "תיבה" מצביעה על ארגז או "ארון" או מקום לשמירת חפצים; שלישית, גומחא, כלומר מבנה חצי-עגול, אשר שימש נקודת פניה למתפללים היה קיים גם בבית הכנסת שבאשתמוע בדורה-אברופוס; ובכלל, ב"מקדשים" האליליים (והמנהג הזה נמשך בצורות שונות בכנסיות הנצריות) היה קיים באמצע או בצד מסוים של אולם-התפילה "shrine" "מקדש", אשר שימש aedi cole כלומר "בנין קטן" בנין בתוך בנין, שנועד היה להשכנת פסל האליל. ברור, טוענת הארכיאולוגיה הנוצרית-האיטלקית, שבתוך "בנין קטן" מקודש זה שמו היהודים לא את הפסל של האל, אלא את ספר התורה, ששימשה להם נושא להמחשה הקדושה.

ברם, גב' סקוארצ'פינו לא לקחה בחשבון עובדה שאין עליה לחלוק, והיא, שעד המאה ה- 10 לא היו קיימים בבית כנסת מקומות קבועים לספר תורה, כפי שנראה להלן "הארון" או נרתיק (בתלמוד "ארנא", ר' שבת כ"ב, א') שהכיל את ספרי התורה היה נייד; והספרים שנשתמרו אמנם בתוכו היו מובאים אל בעל-הקורא והוחזרו לאחר הקריאה אל מקום שמירתם שהיה מחוץ לכותלי בית הכנסת. הארון או הנרתיק ("ויהי בנסוע הארון") היה אפוא "נוסע" כדוגמת ארון-הברית במדבר, ספרי-התורה היו בודאי מתקלקלים לוא היו מחזיקים אותם על אבנים או ליד קיר רטוב; והמנהג, להביא לפני בעל-הקורא, בטכס חגיגי, את "ספר-הספרים" מספריה או ממחסן הנמצא מחוץ לכותלי הבנין המקודש קיים עד היום הזה בכנסיה הנוצרית והרי אף ארונות ניידים תוארו בכמה מציורי הקטקומבות.

על כל פנים, ברור כי באוסטיה מופיע חידוש אדריכלי רב חשיבות, בהשואה עם שאר בתי כנסת של התקופה ההלניסטית אשר נותרו לנו (דורה-אברופוס, פרונה, אשתמוע, טבריה והגליל), המצביע על קו מסוים שמצא את התפתחותו באיטליה.
ברוב בתי כנסת של התקופה ההלניסטית-ביזנטית נראית "אוריינטציה" (כיוון) לקראת ירושלים באחת משתי הצורות: או כניסה (על פי רוב בשלוש דלתות) בקיר המזרחי-הדרומי הפונה ירושלימה, כך שהמתפללים יכלו (לאחר ש"הסתובבו" בתוך בית הכנסת) להפנות את לבם אל עבר ירושלים דרך הדלתות הפתוחות, וזאת על פי הדוגמה של דניאל הנביא שכך עשה כבר בבל; או גומחה (אבסיס), בתוך הקיר הפונה לירושלים, כשקיר זה הוא סתום, והכניסה הועברה לקיר המערבי שממולו (בית כנסת בבית-אלפא הוא האופייני לסוג זה, שהושפע כבר על ידי הבסיליקות הנוצריות): במקרה זה הפך במשך הזמן תפקיד ה"אבסיס" להכיל את ספרי-התורה שאמנם מצאו לעצמם מקום קבוע זה רק לאחר המאה החמישית. רק אז התרגלו המתפללים היהודים לכוון את לבם לבית-המקדש שבירושלים החרבה כשראו לפניהם "מקדש מעט" שסימל אותו במובן מסוים.
נראה, כי המפנה הזה (סגירת הקיר הפונה לירושלים, העברת הכניסה לקיר שממולו, קביעת מקום קבוע לספרי תורה, מניעת ה"הסתובבות" של המתפללים) חלף בתקופה מאוחרת, תקופת היאוש כאשר ניצחונה הסופי של הנצרות במאה הרביעית עשתה את התקוות לבנין מהיר ומוחשי של בית המקדש לבלתי ריאליות; והמגע עם ירושלים שהיה בלתי-אמצעי, דרך האויר, בתקופת הדלתות הפתוחים נעשה סמלי יותר; והרי ה"מקדש מעט" או "הקודש" בחצי העגול שבקיר המזרחי בא להביע את מרכז-ההתעניינות הבלעדי של אולם התפילה. ברם, באוסטיה בבית הכנסת שנבנה בודאי לפני תקופת המפנה הנ"ל רואים אנו כבר שני מרכזים: גם אם (הבנין בתוך הבנין או aediculs) לא נועדה, לפי סברתי, אלא כמקום למטיף או לחזן או לדרשן ול- "ארון קודש" (כפי שטוענת גב' סקוארצ'פינו), ברור שהתפילות, או ההקראות נאמרו ממנו על ידי אדם שפניו אל הקהל כאשר המזרח מאחוריו. מצד שני, ברור שנכבדי העדה ישבו או עמדו על ה"בימה" הצמודה לקיר המערבי ופניהם אל הדלתות המכוונות לירושלים, מציאותם של שני מרכזים הכריחו את הקהל לתנועות והפניות מסוימות בזמן התפילה, עשו את מקומות הישיבה (ליד הקירות, הארוכים יותר, שבצד הצפוני והדרומי) לנוחים ביותר, הרגילו את הקהל להאזין ולהביט אל שתי נקודות ("בימה" ו"תיבה") מהם קיבלו הדרכה ואולי סימני ניצוח לשירתם המקהלתית, עשו את כל התפילה לדו-שיח דרמתי ומתמיד בין החזן או ה"קורא" והעדה כולה.

התיאור של ה"פרוסאוכה" (בית תפילה) הגדולה שבאלכסנדריה של מצרים (תוספתא סוכות ד', ו') מצביע על מגמות דומות: סדרות עמודי שייש באמצע הבנין, מקומות לזקני "הסנהדרין" על קדתראות בקיר האחד, ו"מגדל" באמצע הבית, ממנו ניצחו החזנים על הקהל והודיעו לו מתי עליו לענות "אמן" וכו'.

בתי הכנסת בימי הביניים

מתקופת ימי הביניים ידוע לנו אך מעט מאד על מבנה בתי כנסת באיטליה, שאמנם היו מרובים ומפוארים, כפי עדותם של הסופרים. בטראני שבקצה המזרחי-דרומי של חצי האי, ובקליארי שבסרדיניה נשתמרו בנינים שהפכו לכנסיות, אך אין ללמוד הרבה מצורתם הנוכחית. ואולם על קיום בתי-כנסת בעיר ווינוסה שהייתה כנראה עיר יהודית עצמאית או לפחות עיר בהנהלה יהודית מובהקת, ידוע לנו מהקטקומבות ומכתובותיהם, וגם מתיאוריהם של סופרים, מהם מסתברות שלוש עובדות יסוד:
א. קריאת התורה נעשתה בשפה מקומית ובעברית, ורבנים מארץ ישראל נהגו לתרגם ולהסביר, כנראה ממקום שהיה מיוחד בבית הכנסת לכך.
ב. הנוסח של התפילה, ונראה גם הלחן של פיוטים מסוימים היה קרוב לנוסח הנהוג בארץ-ישראל. הרי באותה התקופה נולד, בהשפעה ארצישראלית מובהקת, "המנהג האיטלקי" הקיים עד היום הזה, המבוסס בעקרו על "שירת מענה", על דו-שיח בין חזן וקהל, דבר המחייב צורה אדריכלית מסוימת בבנין בית הכנסת, כפי שראינו לעיל.
ג. דו-שיח או מענה או אמירת פסוקי דזמרה או פסוקי קינה או על ידי שני חזנים לחליפין היה נוהג מקובל מאוד בין היהודים; נוהג זה המקובל עד היום בכנסיה הקטולית והאורתודוקסית (חלוקת תפקידים בין כומר ראשי מכהן, "סגן" או סגנים, ו"מנצח" עם מקהלתו), שלמדה בודאי מהנוהג היהודי את שירת המענה, הטיפוסית לסגנון הפיוטי של התנ"ך.