"לא יעשה כן - להניח שני זוגי תפילין - אלא מי שמוחזק ומפורסם בחסידות" - או"ח, הלכות תפילין, סימן ל"ד ס"ג. כך פסקו גם כל מפרשי השו"ע. אולם החסידים נהגו להניח תפילין של ר"ת, מבלי יוצא מן הכלל. רבי אברהם דוד לאוואט, מגדולי חסידי חב"ד, קובע אפילו: "מן התורה הרוצה לקיים מצוות תפילין כתיקונו מחוייב להניח תפילין דרש"י ורבנו תם".
זהיר ממנו האדמו"ר מקוידנוב, בעל "משמרת שלום", הקובע: כל מי שהוא יודע ספר וקובע עתים לתורה צריך להניחם... והנה ודאי אם ירצה אחד מהמוני העם להניח תפילין דר"ת ודאי לא מחינן בעדו" (ע' 16 ע' 21).
גם בענין זה צעדה החסידות בעקבות הקבלה. כבר הזוהר קובע את הצורך בהנחת שני זוגות תפילין - לאחר ששני נוסחות התפילין, הן מחלוקת קדומה ביותר.

נפסקה הלכה בשולחן ערוך: "בעל קרי מותר בדברי תורה ובקריאת שמע ובתפילה בלא טבילה ובלא רחיצה דתשעה קבין וכן פשט המנהג" - אורח חיים, סימן פ"ח, סעיף א'.
החסידים הקפידו ביותר על קיום טבילה זו, בעקבות המקובלים, וקבעו אפילו: "שאף אם הוא חלש ורחיצה תזיק במים מזקת לו, עם כל זה לא תזיק לו הטבילה כלל" (בית אהרן, קמ"ד) וכן נמסר בשם הבעש"ט "שהטבילה במקוה לא יזיק לו בשום אופן" (משמרת שלום סימן ב').
כשאחד הרבנים בפרוסיה, סגר את המקוה לגברים, תוקפו רבי צדוק "הכהן" מלובלין בחריפות רבה: "דברים שכאלה ראויים להאמר ע"י ממונה מלכות יון ולא על ידי רב בישראל" (תפארת צבי סימן כ"ז).
על דברי בעל ה"משנה ברורה" המציין אמנם: ו"מכל מקום מי שירצה לטבול תבוא עליו ברכה" אבל בתנאי "אם לא יעבור זמן תפילה", או: "אם על ידי זה יתבטל מתפילה בציבור גם כן אין נכון להחמיר בזה", כותב האדמו"ר מקוידנוב בעל "משמרת שלום" (סימן ב') "ושארי ליה מאריה על זה וחס ושלום להורות כן, כי ידוע שמי שנוהג בטבילה זו אינו יכול לכוון בתפילה בלעדה, והוא פשוט אצלו יותר מביעתא בכותחא".
יתר על כן, החסידים הקפידו לטבול מידי יום ביומו וכמה מן הצדיקים עשו זאת כמה פעמים ביום.
על הבעש"ט אמרו: "כי זכה לכל האורות והמדרגות שהיו לו, מחמת המקוואות שהיו לו תמיד והטבילות" (כתר שם טוב כ"א ב').
ולדברי רבי אהרן מקרלין: "על ידי המקוה יוכל האדם לפעול הרבה, ואף על פי שאין נבואה בחוץ לארץ, על ידי מקוה יוכל להיות" (בית אהרן קמ"ה).
בפרט הקפידו החסידים על טבילה בערב שבת והתירוה אפילו לאבלים בתום שבעה.
כן נהגו חסידים לטבול גם בשבת, על אף החשש של סחיטה.

"זמן תפילת השחר מצוותה שיתחיל עם הנץ חמה" - שו"ע אור"ח, הלכות תפילה סימן פ"ט סעיף א'. חסידים לא הקפידו על זמן תפילת שחרית ולא חששו מלהתפלל אפילו לאחר חצות היום, שלפי דעת הרמ"א - שם - כבר אסור להתפלל, ואף לא על זמן מנחה, שהיו מתפללים לאחר שקיעת החמה.
עוד רבי חיים מוואלוז'ין מעיד: "במקום אחד איזה אנשים שהורגלו בזה - איחור זמן התפילה - זמן כביר עד שכמעט נשכח מהם זמן תפילת מנחה שקבעו לנו חז"ל, ואדרבא נקבע להם בלבם ההרגל, כמו דין והלכה, שתפילת המנחה, עיקרה אחרי צאת הכוכבים וכשאדם אומר לחברו: נתפלל תפילת מנחה הוא משיבו: נראה ונעיין אם כבר נראו הכוכבים ברקיע, וה' יסלח להם ויכפר לשוגה ופתי" (בספרו "נפש החיים").
גם במכתבו המפורסם של רבי אברהם קצנלבוגן אל רבי לוי יצחק מברדיטשוב, בו הוא תוקף מרות את החסידות, הוא מציין: "אחשבה לדעת זאת עמל הוא בעיני שעושים הטפל עיקר והעיקר טפל מבלי מלך, מלכו של עולם, כי אסור לעסוק בהלכה שאינה פסוקה סמוך לזמן תפילה דלא ממשכא שמעתא, והמה בשאט נפש ובזדון עוברים זמן קריאת שמע ותפילה וחוטאים ומחטיאים את הרבים ליתן מכשול לאותם הנמשכים אחריהם ונטפלים עמהם להתפלל במנין שלהם". (נתפרסם ב"דביר", ברלין תרפ"ג, ע' 294).
אותה סיבה היא שגרמה לסערה הגדולה, בתקופה יותר מאוחרת, נגד ה"יהודי הקדוש" רבי יעקב יצחק מפשיסחא ותלמידיו, שהפכו לשיטה את איחור זנמן התפילה. נגדם כבר התאחדו גם כל גדולי החסידות. הם חששו פן איחור זמן התפילה יביא לזלזול גם במצוות מעשיות. זאת ועוד: שאר הצדיקים שאיחרו בזמן תפילה לא הרשו לעשות זאת לחסידיהם ואילו בפשיסחא הפכו את איחור התפילה לשיטת יסוד.
מאפיינים את ההתנגדות בין האדמו"רים לאיחור זמן התפילה של תלמידי ה"יהודי הקדוש" דבריהם של רבי קלונימוס קלמיש עפשטיין מקראקא בעל "מאור ושמש" וחברו רבי יהודה ליב מזקילקוב בעל "ליקוטי מהרי"ל". הראשון כותב:
"והאנשים אשר יעשו להם כהיתר לוותר על דברי הפוסקים, בחושבם כי אם לא יתפללו בזמנם, תפילתם יותר מעולה וכדומה, עבודתם אך שוא והבל" ("מאור ושמש" פ' ניצבים) וחברו מדגיש: "יש דרך פשוט בעבודת הבורא - לעשות את כל המצוות לאמתן, להתפלל בציבור ובזמנה ולהתרחק מכל מיני שחוק ובטלה וזה יקרא דרך צדיקים. ויש עוד דרך אחרת, דהיינו שלא להתפלל עם הציבור, ופעמים לאחר זמן התפילה, בכדי להתפלל בכוונה יהירה ושאר עניינים בדומה לזה, וזה נקרא מעשיהם של רשעים לשמה" (ליקוטי מהרי"ל פ' בראשית). כמוהם כותב גם חברם רבי נפתלי צבי מרופשיץ: "ואתחנן אל ה' בעת ההיא" - שלא יאמר אדם עתה אין לי מוח כראוי לתפילה ולא אתפלל עתה, רק כשאפנה אתפלל כראוי וכנכון, רק בכל עת ועת יתפלל, לפי העת ההיא של עכשיו, תהיה העת איזו עת שתהיה".
ברור שהצדיקים שאיחרו בתפילה ותלמידיהם לא נשארו חייבים ולמתקיפיהם ומצאו להם תשובות שונות להצדקת דרכם. רבי רבי ודרכו. תשובות על פי חסידות, תשובות חריפות-למדניות, תשובות לעגניות, משלים ותשובות בדרך פשט.
כאן נביא את התשובות השונות להצדקת איחור זמן התפילה, בהתאם לסדרם הכרונולוגי. הבעש"ט - יוצר החסידות (תנ"ח - ז' סיון תק"כ) היה מסביר: השטן מקטרג בשעת התפילה ובכל זמן התפילה הוא עומד ומשטין ואינו נותן לתפילות ישראל לעלות. אבל לאחר זמן התפילה, התפילות "סלקין לעילא". וכך פירש: "תפילה לעני כי יעטוף ולפני ה' ישפוך שיחו" (תהילים ק"ב א') "יעטוף" מלשון איחור ("והיו העטופים ללבן") כשאדם מתפלל בשעה מאוחרת - לפני ה' בעצמו ישפוך שיחו ללא מקטרג... והוסיף: לעני - ראשי תיבות נתיב לא ידעו עיט.
רבי יצחק מאיר מגור, אבי השושלת הגוראית (תקנ"ט - כ"ג אדר תרכ"ו) היה מוסיף הסבר בפסוק. אם אדם מאחר בתפילה מאחר שהוא עני בדעת - טרם מוכן הוא מבחינה נפשית, לתפילה, "לעני - כי יעטוף", אז "לפני ה' ישפוך שיחו". ה' בעצמו מקבל את תפילותיו ולא על ידי המלאכים כפי ששאר התפילות מתקבלות (הרבי מאלכסנדר בשמו - "חשבה לטובה" ע' 63).
בצורה חסידית היה מסביר גם ה"אוהב ישראל", רבי אברהם יהושע השיל מאפטא, (תק"ט - ה' ניסן תקפ"ל) את סיבת איחור זמן התפילה של רבו - רבי יחיאל מיכל שזלאטשוב תלמידם של הבעש"ט והמגיד ממזריץ (תצ"א - כ"ה אלול תקמ"ו) כי הרבה תפילות של ישראל אינם עולים למעלה והצדיק בתפילתו מעלה את התפילות כולן ועל כן הוא מאחר בתפילתו כדי שיוכל לעלות את כל התפילות אל שורשן. (קהל חסידים אות מ"ג).
עקרונית מסכים לאיחור זמן התפילה, גם חברו של ה"אוהב ישראל" - "החוזה" מלובלין והוא מסביר:

"חסידות הוא אהבה והוא בכל הנפש, ואם מזדמן לו לאחר הזמן, בשביל אהבת הבורא, והוא עוסק בדבקותו או בשבחים, או אם נראה לו, שיפעול לפניו יותר נחת רוח. אם לא יקרא קריאת שמע ותפילה, הגם שיצר הרע מוכיחו, אינו חושש לשום עונש, בשביל אהבת הבורא לפעול רצונו, ובאמת רחמנא ליבא בעי וגדולה עבירה לשמה ("זכרון זאת" פרשת פנחס).

הגאון בעל "נועם מגדים" - רבי אלעזר אב"ד טרנינגראד (נפטר בתקס"ט), תלמידם של ה"חוזה מלובלין ושל המגיד מקוזניץ, השיב תשובה חסידית-טיפוסית. את התשובה מביא בשמו רבי שלמה שפירא אבי שושלת מונקאטש ונכדו של רבי צבי אלימלך מדינוב. איני יכול להכין עצמי לתפילה בזמן - טען רבי אלעזר. משנשאל: יקדים לקום ויספיק. ענה: ישן אני בשעה מאוחרת ואי אפשר לי להקדים. נשאל: יקדים וישן - יקדים ויקום. ענה: כשמגיעה שעתי לישון הריני עושה חשבון נפשי ככתוב "וחשב עם קונהו" וכשרואה אני את רוב עוונותי נופל בי חשש שמא אשכב ולא אקום יותר ואז מהרהר אני בתשובה ועד שאני נרדם כבר ארכה השעה ואיני יכול להשכים ולקום ולהספיק בהכנות...
בעל ספר ה"ויכוח" טוען: "המאחרים סומכים על קריאת שמע קטנה, שקוראים בהשכמה, ובוודאי יש טעם נסתר, כי מי יבוא אחריהם, אחר שאנו רואים שהם צדיקים גדולים בכל מעשיהם, רק לא בפרט הזה שהוא זמן תפילה שהוא מדרבנן".
תשובה בהתאם להלכה היה משיב רבי יעקב יצחק ה"יהודי הקדוש". (תקכ"ו - ג' סוכות תקע"ד) ידוע כי ההכנה למצווה כמצווה. אם כן: ההכנות לתפילה כתפילה. את ההכנות הריני עושה בזמן תפילה. (שיח שרפי קודש ח"ד ע' 119) והוסיף: הכנה זו תורה המטהרת את המוח (תפארת היהודי אות כ"ט).
תשובה כמעט מדעית השיב תלמידו, הפיקח הגדול, הרבי ר' בונים מפשיסחא (תקכ"ז - י"ב אלול תקפ"ז) ישנם איברים באדם שגם לאחר שאדם קם משנתו עדיין הם רדומים ונאמר "כל עצמותי תאמרנה". על כן יש לחכות עד שכל האיברים יהיו נעורים לעבודתו יתברך (שש"ק ח"א, ע' 53, שמחת ישראל 48, מדור דור ח"ב ע' 145).
אף הוא השיב בעמקות לרבי אברהם טיקטין מחבר "פתח הבית". כתוב במשנה (ברכות פ"א מ"ב) "הקורא מכאן ואילך לא הפסיד כאדם הקורא בתורה". מה חידוש חדשה משנה? פשיטא! אלא כך הפירוש: שאם קורא אדם את פרשת המועדות בפ' אמור שבתורה, אפילו שלא בזמן, הוא מעורר את הזמן והופכו להיות זמן קריאה כן הקורא את שמע מעורר את הזמן והרי הוא כאילו קורא בזמן. (שש"ק שם בהערה. ורטהיים ב"הלכות והליכות בחסידות" מביא זאת בשם רבי יצחק מבנדר ששמע מרבי ברוך ממז'בוז - ע' 93 הערה 55) אף תשובה זו נאמרה בשמו: בתפילת שחרית אנו אומרים: "לעולם יהא אדם ירא שמים בסתר ובגלוי ומודה על האמת ודובר אמת בלבבו וישכם ויאמר" כלומר: רק מי שיש בידו כל המידות הללו, הרשות בידו להשכים ולהתפלל מיד, אבל אנו די לנו להתפלל אחרי הכנה רבה, (יאושזון: "פון אונזער אלטן אוצר", ח"ב ע' 164. "מדור דור" ח"ב ע' 145).
תשובה לעגנית השיב למתנגד חריף, - רבי משה טיטלבוים מחבר "ישמח משה" ואבי שושלות אוהילסיגוט-סטמר שבהונגריה (תקי"ט - כ"ח תמוז תר"א) ידוע - אמר ל"מתנגד" - שמי שמקיים את ה"שולחן ערוך" מגיע לו גן עדן ולהפך - חלילה - גיהנום. עתה צא וראה כל אותם צדיקים וקדושים המאחרים בתפילה "מגיע" להם גיהנום ואילו אלה המדקדקים בזמן תפילה - וכאן החל לחשוב מספר מרשעי המקום שעדיין היו מניחים תפילין ב"זמן" כמובן, - להם מגיע גן עדן. מוטב לי - סיים - לשבת עם צדיקים אלה בגיהנום מאשר עם האחרים בגן עדן... (זכרנ"י דף ל').
בלעג השיב גם רבי משה מפשוורסק למתנגד אחד: עד שאתה שואלני על איחור זמן התפילה, תשאל על המתנגדים שבכלל לא מתפללים...