כך התיצב הגר"א לימין הפוסקים השוללים את הדעה, המיוחסת לרש"י ומובאת ע"י הרמ"א, (בהגהותיו ליורה דעה ס' ק"ס סעיף ט"ז): "יש אומרים דמותר לישראל לומר לחבירו ישראל, לך והלוה לי מעות מפלוני ישראל ברבית, ומותר לתת אחר כך הרבית לשליח להביאו לו, דלא אסרה תורה אלא רבית הבא מיד לוה למלוה, והשליח אינו עושה שום איסור, דהאי, רבית לאו דידיה הוא, ואי משום שלוחו של אדם כמותו - אין שליח לדבר עבירה" מרן ה"בית יוסף" טוען "שכל הפוסקים הם נגד זה, ולדעתו לא אמרו רש"י מעולם ואיזה תלמיד טועה כתבו". ה"לבוש" מוסיף "איישר חילי אצוה למוחקו מכל הספרים", וכן הביא דברי בעל "טורי זהב": "ושום אדם לא יסמוך על זה כלל וכלל, אפילו בשעת הדחק וצורך גדול". הרמ"א בעצמו המביא כאמור דעה זו מוסיף "ואין לפרסם הדבר בפני עם הארץ", אך הוא חוזר ומדגיש "וכן עיקר, אף על גב דיש מפקפקין בהיתר זה ומחמירים לאסרו, יש לסמוך עליו בעת הצורך", הגר"א שולל נמרצות ראיה זו וטוען "וכבר כתבו ב"י ולבוש וט"ז שהוא טעות גדולה, ואיזה תלמיד טועה כתבו, ואף ש"דרכי משה" (הוא הרמ"א עצמו) וב"ח וש"ך קיימוהו, לא נראה, וטעות גמורה היא".
יחד עם זאת יש לציין את יראת הכבוד שלו בפני הראשונים. לדברי התוספות (עירובין ע"ו ע"ב) המביעים דעה שאחד התנאים וכו' טעו מגיב הגר"א בהערותיו "חס ושלום דטעו", כן הוא מציין בפירושו לתיקוני זוהר וכן הוא בתורה שעתה אין אנו מקבלין שום דבר חדש בתורה, כמו בזמן בית המקדש אלא מה שאנו מוצאין כתוב בספרי הראשונים וכו', משא"כ עתה מלכה ושריה בגויים אין תורה, ואין לנו אלא ספיחי הראשונים, הלואי שנוכל להבין דבריהם, וכמ"ש ואינון בשולי כרמא, לא ידעין וכו' עד שיבא משיח".
יש לציין, כי בביאורו לשו"ע אין הגר"א מצטמצם לפסקי מרן והרמ"א בלבד ולפעמים הוא נזקק לבירור מקורות הרמב"ם. בשו"ע (אהע"ז סימן ל' סעיף ג') מביא המחבר את ההלכה בדבר מסירת כסף הקידושין לידי האישה והוא מצטט כמעט כלשונם את דברי הרמב"ם (בהלכות אישות ד', כ"א-כ"ד) בסעיף ה' נאמר "היו עומדים ברשות הרבים או ברשות שאינה של שניהם, וזרק לה קידושיה, קרוב לו - אינה מקודשת, קרוב לה - הרי זו מקודשת. מחצה למחצה או שהיו ספק קרוב לו ספק קרוב לה, ואבדו קודם שיגיעו לידה, הרי זו ספק מקודשת". בעל "באר הגולה" מעיר שמרן הולך בעקבות הרמב"ם (הלכות קידושין פ"ד הכ"ב). קודם לכן, בסעיף ד' מביא מרן את ההלכה בדבר "היתה עומדת בסימטא או בצידי רשות הרבים, וזרקם לתוך ד' אמותיה מקודשת", לא על יסוד הרמב"ם שכן הרמב"ם השמיט הלכה זו, אלא על יסוד המשנה במסכת גיטין (ע"ז ע"א). הגר"א מסביר שהרמב"ם לא כתב את הדין של ד' אמות "שאין דרכו לכתוב אלא מה שכתבה הגמרא להדיא, לכן לא כתב אלא מילתא דרבי יוחנן, דהוא דינא דמתניתין כן הקידושין, אבל מילתא דרב סמך על מה שכתב בהלכות גירושין, וכן בסעיף י"א לא כתב אלא דין חצירה שמפורש בגמרא בקידושין "ואם היה סלע שלה וכו'" אבל שאר החילוקים, שאמרו בגיטין (שם ושם ע"ט ע"א) לא הזכיר וסמך על מה שכתב בהלכות גירושין.
מתוך דיוקים במדרשי חז"ל, בש"ס ובמפרשיו, מגלה הגר"א מקור למנהגי ישראל שתורה הם, ואין צורך להוסיף כי בכלל מקורות ההלכה כלולים הזוהר וספרי הקבלה, ולפעמים מביא הגר"א סעד מדברי הזוהר להלכה הפסוקה או למנהג מקובל בישראל.
בשו"ע אור"ח (סימן תר"ד) פוסק הר"מ "גם אין אומרים קודם עלות השחר בערב יום הכיפורים הרבה סליחות ויש מקומות נוהגים להרבות בסליחות והכל לפי המנהג". הגר"א מציין כי לחילוקי המנהגים בדבר אמירת סליחות בערב יום הכפורים קודם עלות השחר יש שורש בתלמוד "מחלוקתם כמ"ש האחרונים דפליגי אם הלילה גם כן יו"ט או דוקא ביום" והוא מוסיף "והעיקר שאין המצוה להרבות אלא ביום, וגמרא ערוכה היא בכתובות דף ה' א', וע"י רש"י שם ד"ה אית ליה". הגר"א מדייק איפוא מקושית הגמרא שם "אלא מעתה יום הכיפורים שחל להיות בשני בשבת - ידחה, גזירה שמא ישחוט בן עוף, אי נמי התם אית ליה רווחא וכו', ורש"י מפרש "אית ליה רווחא - לשחוט בלילה", שהסעודה אינה עד למחר, ומכאן שהסעודה לא היתה אלא ביום, ובלילה לא היו נוהגים יום טוב, ועל כן מותר להרבות בסליחות בערב יום הכיפורים קודם עלות השחר, ואילו לדעה השניה הרי הלילה גם כן יו"ט ואין להרבות בו בסליחות.
אף מקורה של הגהת הרמ"א "נהגו שאין מתחילין בב' ובד' נושאין נשים אלא במילוי הלבנה" מסומנת ע"י הגר"א בזוהר ובתקונים (יו"ד קע"ט ס"ק ד' ה').
בשו"ע או"ח (סימן כ"ד סעיף ד') מביא מרן דעת-הראשונים: "יש נוהגים להסתכל בציצית כשמגיעים לוראיתם אותו", ובבאורו (שם ס"ק ח') מציין הגר"א מקור למנהג זה "ברעיא מהימנא (שלח קע"ד ע"ב) דא היא סימנא מלכא לאדכרא ולמעבד", וכן להלן (בסימן כ"ה סעיף א') "אחר שלבש טלית מצויץ יניח תפילין שמעלין בקדש", והגר"א מציין "דברי המחבר וכ"כ ע"פ הזוהר (ח"ג ק"כ ע"ב) שציצית ואח"כ תפילין, וכמו שכתוב בכמה מקומות שציצית הוא הכסא ותפילין הוא אדם שלמעלה (תיקוני זוהר סוף תיקון מ"ד). לדברי מרן "וילך לבוש בציצית ומוכתר בתפילין לביהכ"נ ושם יתעטף בטלית גדול", מציין הגר"א את מקורו (ח"ג רס"ה ע"א) ושם מודגש שבחו של הנוהג כך.
יש להוסיף כי היו לו כנראה דברי קבלה מפי רבותיו, ורבי מנחם מנדל משקלוב מוסר בשמו "שמעתי מאדמו"ר הגאון ז"ל כך קבלה בידינו מן הגאונים, איש מפי איש עד משה רבינו ע"ה".
הזכרנו כבר כי לעתים מציין הגר"א בדרך אגב מקורות לפסקי הרמב"ם, ומן הענין לציין הלכה אחת שבה מביא הגר"א את הזוהר, כמקור לדברי הרמב"ם וכן לשיטת סידור ההלכות על ידו, בהלכות יבום (פ"ד ה"ו) מפרט הרמב"ם את סדר החליצה "וחולצת המנעל ומשלכת אותו לארץ". הטור המביא את דבריו מוסיף "ואיני יודע - - - למה הצריכה להשליכה לארץ? ונושאי הכלים מסבירים בדרכים שונות את טעמו. בעל "בית יוסף" סבור שהרמב"ם אורחא דמילתא נקט, ולא משום דבעינן השלכה לארץ" ובעל "בית חדש" מציין את הטעם, שכבר הובא ע"י מהר"י מברונא, שהשלכה נועדה להראות כי לא חלצה אותו אלא לשם מצות חליצה, אולם אין הם מציינים את מקורו של הרמב"ם, עד שבא הגר"א ובביאורו לסדר חליצה (שו"ע אהע"ז קס"ט) הוא מציין כי "הוא מנהג קדמונים, ומביא מקור לכך מספר הזוהר (ריש חוקת ק"פ ע"א) להראות שנפש המת נרגעת, והיא מותרת להקים בית חדש.
לפעמים הוא מסתמך על דברי "ספר חסידים" מחסידי אשכנז. (ביור"ד סימן רסה סעיף יא) מביא הרמ"א מ"הגהות ר"פ בשם מנהגי מהרי"ל": "ולכן נוהגין שלא ליתן שני ילדים לבעל ברית אחד, כדאמרינן גבי קטורת, חדשים לקטורת". הגר"א מעיר על כך בניסוח נמרץ: "דבריו אין להם שחר, דאם כן מאי טעמא מאדם אחד דוקא, ואחר לא יעשה ב' פעמים לעולם", והוא מוסיף "ומעולם לא ראינו סנדק שמתעשר, אלא המנהג הוא לפי צוואת ר"י החסיד (סימן לה): "לא יעשה לחברו סנדק לשני בניו אלא אם כן מת אחד".
אין כאן מקום לעמוד בארוכה על מעמדו של הגר"א בין גדולי הפוסקים, אולם נציין את דבריו של בעל "חזון איש" כלפי מחבר שהעיז כלפי הגר"א:
"אנו מתיחסים להגר"א בשורה של משה רבנו ע"ה, עזרא ע"ה, רבינו הקדוש, רב אשי הרמב"ם הגר"א שנתגלה תורה על ידו, כקדוש מעותד לכך, שהאיר במה שלא הואר עד שבא ונטל חלקו - והוא נחשב כאחד מן הראשונים, ולכן חולק עליהם בכמה מקומות בתוקף עוז, וגם על הרי"ף והרמב"ם הוא חולק ומדרגתו ברוח הקדש, בחסידותו ובגודל תבונתו, וביגיעתו ובבקיאותו, בעיון העמוק בכל התורה המצויה עתה בידינו, אי אפשר כלל לצייר את אפשרותם", והוא מוסיף "כן לא יתכן לתמוה עליו למה יחלוק על השו"ע, המה למאות, קובץ אגרות (ח"א סימן ל"ב).
וכן הוא חוזר על כך בחו"מ ספר שלישי, ירושלים תשי"ב ס' ל"ה מכתבי ב) וטוען כי "הגר"א, שהוא כאחד מן הראשונים אשר ניתן לו רשות לחלוק על הראשונים".

ביאורו לארבעת חלקי שולחן ערוך נכתב ע"י הגר"א עצמו, כדברי רבי חיים מוולוז'ין: "ובקונטרסים ששלחו אלי ראיתי שהוא לשון הזהב של רבינו הגדול והק' נ"ע". וכן מאשר רבי ישראל משקלוב "כי חיבוריו הקדושים על כל הארבע שו"ע המה כתב יד עצמו הקדושה, ולשונו הזהב ממש", ורבני שקלוב מוסיפים בהסכמתם "והנה הנם פה בקהילתנו, אשר מהם נדפסו אות באות", אך נראה כי לפני מסדרי הביאור היו כמה מהדורות של הביאור, כדברי רבי ישראל משקלוב מסדר הבאור:
"וסדר חיבוריו כך הם, ראשונה חיבר על כל הארבע שולחן ערוך בארבע כרכים כפליים לתושיה - - - וחיבר עוד שלוש מהדורות בשלוש כרכים, על כל הארבע שו"ע, היו נקראים אצלו בשם ליקוטים, מפני שלא כתבם על הסדר כבראשונה, רק כל מה שעלה במצודת שכלו הקדוש והטהור, רשם אצלו בכתב אמת".