רעיון בחירת ישראל הכלול בדברי עמוס בפרק ג', מבוסס על דברים הכתובים בספר שמות ובספר דברים.

עמוס מבטא את רעיון הבחירה במשפט קצר אחר:

"רק אתכם ידעתי מכל משפחות האדמה, על כן אפקוד עליכם את כל עוונותיכם" (ג, ב).

בפרק ט' חוזר עמוס על הרעיון, ובניסוח שונה:

הלוא כבני כשיים אתם לי בני ישראל, נאם ה'. הלוא את ישראל העליתי מארץ מצרים, ופלשתיים מכפתור, וארם מקיר. הנה עיני אדני ה' בממלכה החטאה, והשמדתי אתה מעל פני האדמה.

פסוק זה, כביכול מבטל את הפסוק הקודם המדבר על בחירת ישראל ויחודו. אבל עמוס ממשיך מיד: "אפס כי לא השמיד אשמיד את בית יעקב נאם ה'". דהיינו: בכל זאת שונה עונשו של ישראל מזה של שאר האומות.

כיצד מתוארת בחירת ישראל בתורה? כאשר עולה משה להר סיני נאמרים לו דברי מבוא למעמד הר סיני ונתינת התורה. דברי המבוא הם אלה: (שמות יט, ד)

אתם ראיתם אשר עשיתי למצרים, ואשא אתכם על כנפי נשרים ואבא אתכם אלי. ועתה: אם שמוע תשמעו בקלי, ושמרתם את בריתי; והייתם לי סגלה מכל העמים כי לי כל הארץ. ואתם תהיו לי ממלכת כוהנים וגוי קדוש.

הדברים חוזרים בספר דברים (ז, ו)

כי עם קדוש אתה לה אלוהיך, בך בחר ה' אלוהיך להיות לו לעם סגלה מכל העמים אשר על פני האדמה. לא מרבכם מכל העמים חשק ה' בכם ויבחר בכם כי אתם המעט מכל העמים. כי מאהבת ה' אתכם, ומשמרו את השבעה אשר נשבע לאבותיכם הוציא ה' אתכם ביד חזקה ויפדך מבית עבדים מיד פרעה מלך מצרים... ושמרת את המצווה ואת החוקים ואת המשפטים אשר אנכי מצווך היום לעשותם.

מהי משמעותה של בחירת עם ישראל? במה ישראל הוא עם סגולה? האם סגולה מקנה זכויות יתר?

את משמעותה של הבחירה מסכם רבי יהודה הלוי בספר הכוזרי (ב, לב)

אמר החבר: האומות עובדי עבודה זרה, חשבו להדמות לאומה החיה, ולא יכלו להשיג יותר מדמיון חיצוני: הקימו בתים לאלוהים - ולא נראה בהם לאלוהים אות; הפרישו עצמם לנזירות כדי שתחול עליהם הנבואה - ולא חלה; החניפו והכעיסו ובעטו - ולא ירדה עליהם אש מן השמים, ולא מגפת פתאום כדי לברר אצלם שהוא עונש מאת האלוהים. אבל עניינם משתנה כפי רובם ומיעוטם, וחזקתם וחולשתם, ומחלקותם וחיבורם - ועל דרך הטבע והמקרה.

בהשוואה שבין אומות העולם לישראל, מציין רבי יהודה הלוי שני תחומים ראשיים: אין אומות העולם זוכות להארה אלוהית ולנבואה - ואין הם מקבלות עונש פתאום שאינו הגיוני ואינו צפוי. שני אלה, מדגיש ריה"ל, הם הם האישור להיות עם עם-סגולה.

ורבי יהודה הלוי ממשיך:

ואנחנו: כשימצא פגע את לבנו, אשר הוא בית מקדשנו - אבדנו. וכאשר יירפא - נרפא אנחנו, בין שנהיה רבים או מעטים. ובכל עניין, מנהיגנו ומלכנו והמושל בנו - אל חי!

משפט זה הוא המודגש בפי עמוס: "רק אתכם ידעתי מכל משפחות האדמה, על כן אפקוד עליכם את כל עוונותיכם". הקרבה של ישראל לה' גורמת לכך שעונשו יהיה חמור יותר מעונשם של עמים אחרים. רק "פרווילגיה" אחת לישראל: הוא לא יושמד לגמרי, בזכות ההבטחה לאבות.

תולדות ישראל בדור האחרון, לפי תפיסה זו, הנם עדות להיותנו עם סגולה: השואה הנוראה שפקדה עם העם, ותחיית עם ישראל בארצו - שני אלה הם שני פנים של "עם סגולה": עונש בלתי מובן ובלתי צפוי, ושכר בלתי מובן ובלתי צפוי.