1. נוסח התפילה של יהודי בבל הוא נוסח ספרד, כפי שהוא נהוג אצל רוב בני עדות המזרח ומובא בכל סידורי התפילה "כמנהג יהודי בבל ואגפיה". היום נפוצים במיוחד הסידורים "תפילת ישרים" - הוצאת צאלח מנצור; ו"אור ישרים" - הוצאת יצחק בקאל, שניהם נדפסו בירושלים.
2. את ברכות השחר נוהגים לומר בבית, מיד לאחר שנטלו ידיהם, רחצו את פניהם והתלבשו.
3. יש נוהגים להקדים לתפילות שחרית ומנחה "פתיחת אליהו הנביא" בארמית, תפילה המתחילה במלים: "פתח אליהו הנביא זכור לטוב ואמר". מעטים מאד מוסיפים "ותתפלל חנה" (שמואל א', פרק ב).
4. החסידים שבקרב העדה נוהגים לקום באשמורת הבוקר, להשכים לבית-הכנסת ולפזם שם כמה פיוטים המובאים בספרי הפזמונים שנדפסו בבגדאד, בהודו ובירושלים. נפוצים במיוחד הפיוטים:
(1) "ידיד נפש אב הרחמן" - סימן: יהו"ה.
(2) "אגדלך א-להי כל נשמה" - סימן: אברהם.
(3) "יה ריבון עלם ועלמיא" - סימן: ישראל.
(4) ומסיימים בפיוט המפורסם: "אדון עולם אשר מלך בטרם כל יציר נברא", שאין מוותרים עליו, והוא נעשה כאילו חלק מהתפילה.
5. בדרך כלל מתחילים תפילת שחרית ב"ברוך שאמר"; אך החסידים מקפידים להתחיל את התפילה בראשיתה, ב"אלהינו ואלהי אבותינו, זכרנו בזכרון טוב מלפניך", ואח"כ אומרים פרשת העקדה (בראשית כב), פטום הקטורת (שמות ל, כריתות דף ו), סדר המערכות (יומא לג ע"ב), עד פרק "איזהו מקומן של זבחים" (זבחים, פרק ה'), ואחרי כן י"ג מידות של ר' ישמעאל. לאחר אמירת קדיש אומרים את הקטעים "הודו לה' קראו בשמו", "אל נקמות ה'" ופרק ל בתהילים: "ארוממך ה' כי דליתני". לאחר סיום מזמור זה כל הקהל עומד על רגליו והחזן אומר "ה' הוא הא-להים" - ב' פעמים; ו"ה' מלך ה' מלך ה' ימלוך לעולם ועד" - ב' פעמים, ובכל פעם הקהל חוזר אחריו ואומר קטעים אלה.
יש שהחזן הרשמי אומר את כל הקטעים הנ"ל וממשיך הלאה; ויש שאחד מהקהל, מהמקדימים לבית-הכנסת, אומר את הקטעים הנ"ל בקול רם והחזן הרשמי מתחיל ב"ברוך שאמר". אח"כ אומרים פסוקי דזמרא, "ויברך דוד", יוצר, קריאת שמע, תפילת י"ח, וידוי (נפילת אפיים), לרבות ההוספות של ימים שני וחמישי, מזמור "תהילה לדוד ארוממך" וגו' (תהילים קמה), "ובא לציון גואל", "ברוך אלהינו שבראנו לכבודו", "תפילה לדוד הטה ה' אזנך ענני" (תהילים פו - נאמר ביום שאין בו תחינה), "בית יעקב", "שיר המעלות לדוד לולא ה' שהיה לנו" (תהילים קכד), שיר של יום "שהיו הלויים אומרים על הדוכן", "הושיענו ה' אלהינו", קדיש, "קוה אל ה'", "אין כא-להינו", "תנא דבי אליהו" ו"עלינו לשבח".
6. בתפילת מנחה, החסידים מתחילים ב"למנצח על הגתית" (תהילים פד) ופטום הקטורת, וכל האחרים מתחילים ב"אשרי יושבי ביתך". אחרי תפילת י"ח אומרים וידוי. בימים שאין נופלים על פניהם אומרים "יהי שם ה' מבורך", ואח"כ "למנצח בנגינות מזמור שיר" ו"עלינו לשבח".
7. יהודי בבל רגילים להשתמש בשם "עמידה" - לתפילת י"ח, ובשם "ערבית" - לתפילת מעריב.
8. יהודי בגדאד בלבד נהגו שלא ליפול על פניהם ושלא לומר וידוי בתפילות של הימים י"א באב וי"ז בטבת, משום שאלה נקראים "ימי נס", כי לפני שנים רבות קרה שהפרסים עמדו לכבוש בהם, פעמיים, את בגדאד, ולערוך טבח ביהודים וביתר התושבים. בשני הימים הנ"ל גורשו הפרסים מהעיר ויהודי בגדאד ראו במאורע זה "נס מהשמים" (פרטים על כך כתבתי במאמרי "שלושה ימי נסים ליהודי בגדאד ובצרה", ראה להלן ברשימה הביבליוגרפית).
9. יהודי בצרה בלבד נהגו, שלא ליפול על פניהם ושלא לומר וידוי בתפילות של יום ב' בניסן, משום שאף הוא נקרא
"יום נס", על נס שאירע להם בשנת תרל"ט (1879). באותו זמן נמצא בבצרה שד"ר הברון ר' יעקב בן חיים אלישר, שחיבר שירים על מאורעות הימים ההם וקראם בשם "מגילת פרס". עד לפני זמן קצר נהגו יהודי בצרה לקרא מגילה זו בבית-הכנסת ביום ב' בניסן, כמו שקוראים מגילת אסתר, ואף לחוג יום זה כיום הפורים ולשלוח בו מנות איש לרעהו (פרטים על כך ראה במאמרי הנ"ל; ובספר "ר' יעקב אלישר וחיבורו מגילת פרס", מאת מאיר בניהו, ירושלים תש"ך). בשנים האחרונות בטלו מנהגים אלו, וציון מאורע זה מצטמצם בעובדא שאין נופלים על פניהם וקוראים "יהי שם ה' מבורך" וכו'.
1. יהודי בבל נוהגים להתפלל ותיקין, מוקדם עד כמה שאפשר. המעונינים להתפלל יותר מאוחר מתפללים עפי"ר במניין שני.
2. אין יהודי בבל מקפידים להתפלל תפילת ערבית בשעה מאוחרת; עפי"ר הם מתפללים ערבית מיד אחרי סיום תפילת מנחה, כלומר בעוד יום. את קריאת שמע בעונתה קוראים בבית.
3. יש להם מנגינות מיוחדות לפיוטים ולכמה קטעים מהתפילה, כגון הקטעים הראשונים של "נשמת כל חי" ו"שוועת עניים אתה תשמע" וכו' עד "ובקרב קדושים תתהלל"; "נקדישך ונעריצך" ו"כתר יתנו לך" בחזרה של העמידה, וכיוצא באלה; אלא שלא תמיד הם משתמשים במנגינות אלה, הכל תלוי במומחיותו של החזן הרשמי, באווירה שבבית-הכנסת - אם הקהל תובע לקצר או להאריך. בעיקר משתמשים במנגינות אלה בחגים ובמועדים, בימים הנוראים, או כאשר נמצא בביהכנ"ס בעל שמחה, כגון: "אבי-הבן" (מי שנולד לו בן) חתן, בר-מצוה וכדומה.
4. בבבל נהגו למכור את העליות לספר תורה, כולן או חלק מהן; ובעיקר את עליות המשלים (עלית השביעי - העלייה האחרונה המשלימה את הפרשה) והמפטיר. בימים הנוראים ובחגים מכרו את כל העליות. העלייה המכובדת ביותר היא "עלית ששי", ואחריה, לפי הדירוג: עליות שלישי, ראשון, שני, רביעי וחמישי. בדרך כלל הם ממעטים להעלות לעליות נוספות, הנקראות בלשונם עליות "דילוג". בכמה מקומות נהגו להעלות נערים לעליית מפטיר, בפעם הראשונה עולה הנער בטכס מיוחד, ומשליכים עליו סוכריות ופרחים כדי לחנכו במצוות.
5. בבבל הגבאי נהג ללחוש באזני השמש לקרוא להעלות לס"ת אחד המתפללים, והשמש היה מכריז בקול רם: "כבוד פלוני בן פלוני יעלה בכבוד". בארץ ביטלו מנהג זה והגבאי או החזן בעצמו רומזים למוזמן לעלות לתורה בהשמיעם את המלה "בכבוד".
6. כאשר עולה האב לספר תורה, בניו, נכדיו וחתניו קמים ועומדים לכבודו. לאחר הקריאה, כאשר הוא חוזר למקומו, הם נגשים אליו ומנשקים את ידיו. וכן כאשר בן או חתן עולים לס"ת, בסיימם את הקריאה, ניגש הבן לאביו והחתן אל חמיו ומנשקים את ידיה אצל משפחות מעטות נהוג לעמוד גם לכבוד האח הגדול שעולה לס"ת, כנ"ל.