התפילה היא בנוסח ספרד, כפי שמובא בסידורים "תפילת ישרים" ו"אור ישרים", הערוכים לפי רבי יוסף חיים ז"ל מבגדאד, כסברת רבינו האר"י זצ"ל.
1. בימי החול נערכת התפילה בהשכמה, כדי שהמתפללים יספיקו לסיימה ולהגיע למקום עבודתם. כבר עם עלות השחר עובר השמש מבית לבית, מעיר את המתפללים וקורא להם לקום לעבודת הבורא.
2. בבואו לבית-הכנסת יושב כל אחד במקומו הקבוע לו. החזן, או אחד המתפללים, מתחיל בפסוקי דזמרא, אותם משתדלים לסיים עם עלות השחר. אח"כ מתעטפים בציצית, מניחים תפילין והחזן ממשיך בתפילה מברוך שאמר עד הסוף. הוא מתפלל בקול רם ובמתינות, והקהל עוקב אחריו. הם מתפללים בלחש מתוך הסידורים שבידיהם או בעל-פה, ומי שאינו יודע קרוא ספר, מאזין לתפילת החזן. סדר זה נהוג בכל התפילות.
3. בית-הכנסת משמש לבני העדה לכמה מטרות:
מקום שבו מתאספים להתפלל,
מקום לימוד תורה בצבור, ובו נערכות הדרשות של החכם על פרשת השבוע ובענייני הלכה. בזמן האחרון מקיימים בו גם ישיבות ואסיפות של בני העדה.
האחראי לבית-הכנסת הוא הגבאי, שעל-פי-רוב היה ממיוחסי העדה, משרה זו עוברת בירושה. בימינו רוב בתי-הכנסת התארגנו כאגודות עותומניות, שהנהלתן נבחרת בהתאם לתקנות האגודה, בהן מפורטות הזכויות והחובות של הוועד והחברים. העומדים בראשה מנהלים את כל ענייניה. בהכנסות בית-הכנסת משתמשים לא רק לצורכי הוצאותיו, אלא גם לתמיכות בעניי העדה, לעזרה הדדית ולהכנסת-כלה.
4. המקורות להכנסות בית-הכנסת הם:
(א) תמורת מכירת ה"מצוות" (פצלי);
(ב) "קופת עריכה" - המשמשת בעיקר לקיום מצוות סעודות הבראה אצל האבלים;
(ג) תרומות.
5. ה"מצוות" נמכרות במכירה פומבית מדי שבת בשבתו אחר קדיש תתקבל בשחרית. במספר בתי-כנסת ממשיכים לנהוג כימי קדם ומוכרים את ה"מצוות" פעם בשנה, ביום שמחת-תורה, לכל ימות השנה.
המצוות הנמכרות הן:
(א) הקדיש - אמירת הקדיש לאחר פסוקי דזמרה לפני "הודו", וכן בליל שבת לאחר הפרק "במה מדליקין";
(ב) זמירות - פרקי המזמורים "רננו צדיקים" עד ו"יושע". ההורים קונים מצווה זו כדי להרגיל את בניהם לתפילה בצבור;
(ג) פתיחת ההיכל - הזכות לפתוח את ארון הקודש;
(ד) כתף ספר (ג'יליאן) - נשיאת ספר התורה מההיכל עד התיבה (בחלק מבתי-הכנסת נישא הספר כשהוא פתוח, ובאחרים - כשהוא סגור;
(ה) מגדורי - הגבהת ספר התורה כדי להראותו - פתוח - לקהל;
(ו) שושבין - עומד לימין הקורא בתורה, מכסה את היריעה במפת משי בזמן הברכה של העולה כדי שלא יראה כמברך מתוך ספר התורה;
(ז) סומך - עומד לשמאל הקורא בתורה כאשר חומש מודפס בידיו, כדי לתקן את טעויות החזן;
(ח) העליות: לוי, שלישי, רביעי, חמישי, ששי (סמוך) ושביעי (משלים);
(ט) רימונים - קישוטי כסף הניתנים על עצי החיים של ס"ת;
(י) הפטרות;
(יא) כסא ושעוה - הזכות ליטול את כסא אליהו הנביא בשעת ברית-המילה ולהחזיק את נר השעוה בעת קריאת המגילה (ר' להלן פרק ג, טו, 4);
(יב) קורבנות - נשיאת ספר התורה המוצא בקביעות בימי ראש חודש ובעת שנזקקים לשני ס"ת, מן ההיכל וחזרה אליו.
6. שלוש ה"מצוות": הקדיש, הרימונים וההפטרות נקנות כל אחת על ידי אדם אחד ואינן ניתנות לקניה בשותפות. ה"זמירות" וה"עליות" נקנות ע"י שנים, שלושה או ארבעה אנשים, שכל אחד מהם זוכה בחלק היחסי ("רגל"), כלומר חצי, שליש או רבע ממספר הזמירות או העליות שבמשך השנה.
7. הזוכים בעליות נקראים לתורה לפי התור, תור שנקבע ע"י גודל התרומות ששולמו תמורת החלק במצווה - "הרגל". זכות הקדימה למרבה במחיר, וכשהם שווים, זכות הקדימה למי שהביע את רצונו בקניה תחילה.
8. והבדל יש בין זכויות קוני עלית שלישי לזכויות קוני שאר העליות. בעוד אשר כל בעל "רגל" בעליית שלישי עולה בכל עליות השלישי שבשבוע, הרי בעלי "הרגלים" בשאר העליות מתחלפים אחר כל עליה, גם אם יש במשך השבוע קריאת התורה ובה עליות מאלה שקנו (ראשי חדשים, יו"ט וחוה"מ, חנוכה).
בעלי "הרגלים" בעליית שלישי מתחלפים מדי שבוע בעליית שלישי במנחה בשבת.
9. את המפטיר אין מוכרים פעם אחת לכל השנה אלא הוא נמכר מדי שבת בשבתו. לעתים קרובות דורש לזכות בו אבל לאביו או לאמו או מי שיש לו יום זיכרון ("יארצייט"). גם האבות אוהבים לקנות את המפטיר לבניהם, כדי לתת להם אפשרות להתרגל בקריאה.
