הנצי"ב, רבי נפתלי צבי יהודה ברלין, נודע ביחסו המיוחד ללימוד התנ"ך. הוא ראה בו ערך חשוב ביותר, ובכך חרג מהמקובל בעולם הלמדני-מסורתי. בעניין זה, בדומה לעניינים רבים, היה ממשיך נאמן לדרכו של הגר"א, אשר ראה את לימוד התנ"ך כחובה המוטלת על כל העם.

נראה שהנצי"ב הדגיש במיוחד את ערכו של לימוד התנ"ך, הן מחמת החשיבות העצמית שהוא ייחס ללימוד זה, והן מחמת הצורך להגיב על דרך לימוד התנ"ך שהייתה נפוצה בקרב המשכילים, שאהבו לעסוק בו מתוך גישה לא מסורתית. באופן מיוחד דרשה תגובה הולמת גישתם של מבקרי המקרא, אשר מצאו בתנ"ך תחום פרוץ להתגדר בו, מאחר ובדורות הללו התמעטו מאד העוסקים בתנ"ך בקרב לומדי התורה.

עם הערכתו את לימוד התנ"ך אין הנצי"ב חורג מן הגישה הלמדנית הקלאסית, הרואה בתורה שבע"פ את הלימוד המרכזי במסגרת לימוד התורה. אולם גם בלימוד המקרא ראה ערך חשוב, ודרש מתלמידיו לעסוק בו.

הוא היה נוהג להוכיח את תלמידיו בגלותו אצלם בורות בתנ"ך בדברים אלו:

"כיום אין אתם יודעים לא את דברי התורה, לא את דברי הנביאים ולא את דברי הכתובים, כל התנ"ך זר לכם. אבל חזקה עליכם כי תבואו בימים, ותהיו לרבנים בקהילות ועדות, ותהיה חובתכם לדרוש לפני הקהל, אז תעיינו בדברי נביא זה או אחר, תדרשו איזה פסוק מן הכתובים, ותגיעו סוף סוף לידי ידיעה כלשהי בנ"ך. אבל את החומש - דברי התורה - לעולם לא תדעו אם לא תשכילו ללמוד עכשיו".

באומרו ללמוד - התכוון להעמיק ולהבין את המקרא, ולא רק להיות בקי במלותיו, וכפי שכותב הוא בהקדמתו לשאילתות:

"דזה ברור... במשמעות המדרש, דת"ח צריך להיות זריז בכ"ד ספרים, שאין הכוונה, שיהיה בקי בהם בלי פשוט קמטי המקרא, דבזה אין בו מעלה לחכמתו, אלא הכוונה, שהת"ח צריך שיהיה זריז לדעת היאך לפשט הכתובים, ולהשכיל מהם חכמות ומוסרים ומידות טובות, לפי הנדרש ממנו באותה שעה. וכל אחד לפי ערך חכמתו כך הרגשתו בכתבי הקודש".

בצד דרישתו מתלמידי החכמים לעסוק בלימוד התנ"ך תוקף הוא בחריפות את לומדי התנ"ך שאינם תלמידי חכמים, ועל כן מפרשים אותו תוך התעלמות מדברי חז"ל:

"ומי שרוצה להפשיט לפי דעתו, כל עוד לא עמד על דעת חז"ל, יש לחוש שהוא אפיקורס, ומטה המקראות אחר דעתו".

בדברים אלו משתקף בברור חששו של הנצי"ב מהמציאות האקטואלית - של פרשנות "אפיקורסית". נוסף לכך חושש הנצי"ב שמא יחדור לבית המדרש יחס חילוני לתורה, כפי שמצוי היה בקרב אנשי ההשכלה, יחס של זלזול וביטול למקראות הנראים מוזרים, מיותרים ואולי אף לא אמיתיים:

"ולא באנו בזה להאמית את מאמרי הקב"ה והתורה והמצווה, שניתן מפיו ית' לעשות, אלא בשביל שאנו רואין מהתורה הגלויה לנו מאמרי בני אדם וסיפורים, שאין בהם ממש לפי הנראה, ואע"ג שבודאי כך היו הדברים, מכל מקום אין בהם עניין קיים ונצחי, שיהא נקרא אמת... מש"ה אנו אומרים בברכה, שכל התורה היא אמת, שהצרופים שבפסוק "ותמנע הייתה פילגש" שווים לפסוק "שמע ישראל", והן הן בכלל עיקר הבריאה...".

הפסוק "ותמנע הייתה פילגש" מופיע בחז"ל ובספרות הפרשנית כדוגמא מובהקת לסיפור, הנראה לכאורה חסר משמעות מוסרית או רעיונית, ולמרות זאת דורש מאתנו יחס שווה ליחסנו אל הפסוק הידוע בחשיבותו "שמע ישראל".

בגלל מציאות זו של השתלטות דעות, הכופרות בקדושת התורה, מוצא הנצי"ב לנכון לחזור ולהדגיש את הנחת היסוד הבסיסית ביותר של החברה המסורתית, שהתורה היא אלוקית, וכל מילה וכל משפט המופיעים בה, מכוונים למטרה מסוימת. אם נתקלים אנו במקומות בתורה, שנראה לכאורה שאינם מדויקים כל כך, אזי יש לחפש את סיבת חוסר הדיוק במילה או בפסוק, ולנסות להבין מה רצתה התורה לרמוז ולהשמיע בחריגה זו, כדרך שעשו חז"ל בדרשותיהם, המבוססות במקרים רבים על מקראות האומרים דרשני.

לשון המקרא שונה מהותית מלשון בני אדם, כשוני בין אדם לציור מלאכותי של אדם:

"משלי בני אדם המה רק "גלמים", מה שאין כן מקראי קדש שיש בהם רוח חיים של רוח הקודש".
"לפיכך, מכל מה שנכתב שלא בדיוק כל כך... הגיעו רבותינו לדרוש איזה כוונה מעניין או שלא כעניין... וכל הכתובים כפטיש יפוצץ סלע, ומשליך ניצוצות במקומו ושלא במקומו, שלא עלה על דעת המפוצץ שייפול שמה, כך רמז הכתוב כמה עניינים וסודות אפילו שלא מעניין המדובר כלל".

את קריאתו לתלמידיו לעסוק בלימוד התנ"ך ובפרשנותו בנאמנות לדרך המסורתית דתית, ניתן להבין כשאיפה להפקיע את השליטה על לימוד התנ"ך מידי לומדיו על פי הגישה המשכילית- חילונית.

"עלינו, מי שיש לו יכולת, לחקור בעומק לשון התורה והוא כבוד אלוקים".

קריאה זו עלולה להדחות על ידי החברה המסורתית בטענה, שכבר הזהירונו חכמים: "מנעו בניכם מן ההגיון", ופירש רש"י: "לא תרגילום במקרא יותר מידי". כנגד זאת טוען הנצי"ב, כי אזהרה זו אינה מסתייגת מלמוד התנ"ך, אלא דורשת את הקדמת למוד התלמוד ללמוד התנ"ך:

"בעוד לא גדל בלימודו... אפילו לימוד המקרא והעיון בו... באים חכמות חיצוניות... ומטים המקראות לעקלקלות".

בדבריו בנושא לימוד התורה שבע"פ מאריך הנצי"ב לבאר את חשיבות לימודה, והיותה הכוח העיקרי, המגן על ישראל במאבקיו הרוחניים. פרט למגמה כללית זו של הלימוד, שבמקומות רבים בכתביו הוא חוזר ומדגיש חשיבותה, אין הנצי"ב מתייחס בדבריו למגמות ישירות של לימוד התורה שבע"פ. אין הוא רואה בלימוד התורה שבע"פ אמצעי לגילוי חכמה או מוסר וכדו'. אפילו גילוי ההלכה למעשה, הנובע מלימוד התורה שבע"פ, שולי הוא במשנת הנצי"ב לעצם העיסוק בתורה בחידוש ובפלפול בה, שהם המהווים את כוח ההגנה של ישראל, כאמור.

ביחס ללימוד המקרא אין הנצי"ב נוהג כך. לימוד זה לדעתו הוא אמצעי להשגת מטרות שונות בתחום החכמה והמוסר:

"ועל ידי הבנת המקרא, שהוא דברי אגדה, ונמשל לטל, מגיע למוסרים טובים, ואיך להתנהג בהליכות עולם ולהגביה הנפש".

הוא מאריך לבאר תכלית זו בהקדמתו לשאילתות בדיון הנוגע ללימוד התנ"ך. הדיון מתבסס על מאמר חז"ל:

"'ויתן אל משה ככלותו...' א"ר לוי אמר רשב"ל: מה כלה מתקשטת בכ"ד קישוטין , כך תלמיד חכם צריך להיות זריז בכ"ד ספרים".

ומסביר הנצי"ב:

"דכשם שהכלה, מלבד עיקר נדוניתה ואופני הנישואין, אשר בזה היא באה לבית הנישואין, עוד היא משתדלת למצוא חן בעיני הבעל וכל השמחים עמה, כך תנאי תלמיד חכם, אשר לבד גופי הלכות ללמוד על מנת לעשות, אשר באלה הוא בא למעלת תלמיד חכם, עוד יש לו להתקשט במידות ומוסרים וחכמות הרמוזות בכ"ד ספרי קודש, למצוא חן בעיני אלוקים ואדם, ובזה זך וישר דרכו בדרך ארץ ובאהבת בני אדם ושמירת כבודם, ושוחר רצונם וטובתם ושלומם ושם שמים מתקדש על ידו".

ובהמשך:

"מבואר דתכלית ספרי קודש אלו להגיע מהם להנהגות ישרות".

כן דורש הנצי"ב מתלמידי החכמים, שלא יסתפקו בבקיאות במקרא, אלא יהיו זריזים "לדעת האיך לפשט
הכתובים, ולהשכיל מהם חכמות ומוסרים ומידות טובות, לפי הנדרש ממנו באותה שעה". בהתאם להדרכתו זו נהג אף הנצי"ב בפרושו לחומש, "ובינותי בכמה מקראות להוציא מהם יראת ה' ומוסרים טובים".מכיוון שלימוד המקרא לדעת הנצי"ב אינו תכלית לעצמו, אלא נועד ללימוד לקח ומוסר, הרי שההתמקדות וההרחבה נדרשת בפרשה שליקחה רב בהתאם לצורכי הדור, כדרישתו "לפשט הכתובים ולהשכיל מהם... לפי הנדרש ממנו באותה שעה", ולכן רואה הנצי"ב לנכון להאריך בלקחו בנושא לימוד התורה והחזקתה, שהוא הנושא הצריך לדעתו חיזוק בתקופתו:

"ובייחוד במקום שהגיע להראות לעם ה' כמה חפץ ה' בצדקו, לזכות בה את עמו בהחזקת תורה ומשענה, והוא הבריח המחבר את ישראל לאביהם שבשמיים, ומקיים את האומה בכל אפסים, ובאשר השעה צריכה לכך, לא חדלתי מהרחיב דבר בזה".

הבדל זה בין גישתו ללמוד התורה שבע"פ, שהוא לדעתו תכלית לעצמו, לבין לימוד המקרא שנועד לדעתו ללימוד חכמה ומוסר, יתכן שנובע מההבדל בין השניים במידת היותם מקובלים בקרב הציבור הלמדני. לימוד התלמוד מבוסס בקרב הציבור הזה כחובה גדולה, ואין הוא דורש הצדקה של מגמות חיצוניות. אדרבה, כיוון שהחסידות חיפשה בו מגמות חיצוניות של השגת דבקות וכיו"ב, יש להדגיש את תכליתו בו עצמו, וכדרך שעשה ר' חיים ב'נפש החיים'. לעומת זאת לימוד המקרא שנזנח, ורואה הנצי"ב צורך להחיותו, נדרש להצדקה, ואותה מוצא הנצי"ב במגמה של השגת חכמה ומידות טובות, מגמה המקובלת על כל העולם היהודי.

הייחוד בפרשנותו של הנצי"ב למקרא מתבטא בשתי פנים:
א. במגמתיות החינוכית והאקטואליזציה הקיומית של הנושאים.
ב. בדרך פרשנות המבוססת על שלוב בין התורה שבכתב לתורה שבע"פ.

א. לכל אורכה מאופיינת פרשנותו של הנצי"ב במסרים אקטואליים רלוונטיים ללומד. מושגים רבים במקרא - הן ברובד הסיפורי והן ברובד ההלכתי - מבוארים לאור הפרשנות הקלאסית הקדומה, והסימבוליקה המקובלת של הפשט והדרש. אולם הייחוד שבפרשנותו הוא בלבוש האקטואלי הקיומי והמשמעותי שבדבריו.

נזכיר לדוגמא את פרשת האדם בגן עדן -מוקד להבהרת מצבו האקזיסטנציאלי של האדם ביחס לתכליתו בחיים, לעבודתו את הבורא, להתייחסותו לצרכיו החומריים וכיו"ב. את חיי האבות כדגם לחיים אידיאלים, ליחסי אנוש נכונים, למערכת ערכים רצויה, לניבוי יחסי ישראל והאומות ועוד. מצוות מסוימות מתפרשות תוך הסברת תהליכים היסטוריים, המשכן וכליו כמסמלים את יסודות הקיום של עם ישראל, וכיו"ב.

ב. ביסוד שיטתו בלימוד התנ"ך מדגיש הנצי"ב את הקשר הקוהרנטי בין התורה שבכתב לתורה שבע"פ. ניתן לקרות בדבריו ניסיון להתמודד עם גישות, הרואות במקרא או בדברי חז"ל יצירות אנוש בלבד. לדעת הנצי"ב התורה שבכתב אינה ניתנת להבנה אמיתית, אפילו מן הבחינה הטקסטואלית, בלי מסורת בע"פ, היא המסורת שהועברה ע"י החכמים.

כדי להביע רעיון זה, משתמש הנצי"ב בדמוי התורה לשירה על פי פרוש חז"ל לפסוק: "ועתה כתבו לכם את השירה הזאת" כמתייחס לתורה כולה. בשני עניינים רואה הנצי"ב את ייחודה של השירה על פני הפרוזה - "בטבע ובסגולה". טבע השיר הוא התכונות המאפיינות את הדרך שבה מבטא המשורר את התוכן והרעיון שהוא בא להביע בשירו, וסגולתו היא האמצעים הספרותיים המשמשים את המשורר, כדי לרמוז בשירו על דברים שאינם נוגעים לתוכן השיר.

ביחס לטבע השיר אומר הנצי"ב:

"דבשיר אין העניין מבואר יפה כמו בסיפור הפרזי, וצריך לעשות הערות מן הצד, דזה החרוז כיוון לזה הספור, וזה החרוז כיוון לזה, ולא מקרי דרוש, אלא כך הוא טבע השיר".

ובנמשל:

"כך הוא טבע התורה, שאין הסיפור שבה מבואר יפה, אלא יש לעשות הערות ופירושים לדקדוקי לשון, ולא מקרא דרוש אלא כך הוא פשט המקרא".

ובהמשך הוא כותב:

"והנה הבא לעמוד על כוונת השירה של איזה מחבר, עליו לדעת טבע והליכות המחבר בשירותיו במקום אחר... ומכל שכן עלינו להתבונן על טבע התורה".

לכן סובר הנצי"ב, שהבא ללמוד את התורה ללא הידיעה שזו תכונתה, הריהו כמי שבא ללמוד שיר כפרוזה וללא ידיעת המתודולוגיה, המייחדת את השירה. את הדרך הדרשנית של התורה שבע"פ, רואה הוא כמתודולוגיה הנכונה ללימוד התורה שבכתב. כמו כן בחז"ל יש לראות את המומחים בטבע התורה ובהליכותיה, ועל פירושם יש לסמוך, כשם שסומכים על אדם הבקי בכלל כתבי המשורר, ביחס לפרוש אחד משיריו. על פי זה מגדיר הנצי"ב את פירושי התורה שבע"פ על התורה שבכתב כפשט התורה, המתאים לכוונתו האמיתית של הכתוב.

עניין נוסף המאפיין את טבע השירה משמש לנצי"ב בסיס לתביעה ללימוד התורה שבכתב רק על בסיס פרשנות חז"ל:

"ומושכל עוד, דמי שיודע בטוב העניין, שהביא לידי מליצה זו, שנתחבר עליו, מתוק לו אור לשון של השיר ודקדוקה הרבה יותר מלאיש, שאין לו ידיעה מתכונת העניין, ורק בא להתבונן מן המליצה תוקף העניין, ומזה כלול הוא להשערות בדויות, מה שלא היה מעולם, ולא לזה כיוון המשורר".

ובנמשל:

"מושכל עוד, שאין אדם יכול לעמוד על דקדוק דבר ה' אם לא שמכווין לאיזה דבר הלכה או מוסר ואגדה הבא בדברי חז"ל".

כשם שלצורך הבנת השיר יש לדעת את הרקע לכתיבתו, ומחוסר ידיעת הרקע ניתן להגיע להבנה מוטעית של כוונת המשורר, כך גם בתורה, בידי חז"ל מסורות נאמנות, המתייחסות לדברים שעליהם רומזת התורה בדקדוק לשונה. לכן רק על בסיס מסורת זו ניתן להבין כראוי את כוונת התורה, הנמשלת לשירה.

ביחס לסגולת השיר אומר הנצי"ב:

"דבשיר יש סגולה לפארה ברמזים מה שאינו מעניין השיר, כמו שנהוג לעשות ראשי החרוזים בדרך א"ב או שם המחבר... וידוע, דסגולה זו מכרחת הרבה פעמים להמחבר לעקם את הלשון כמעט, רק כדי שיחלו ראשי החרוזים באות הנדרש לו".

ובנמשל:

"ודבר זה ממש הוא בכל התורה כולה, שמלבד העניין המדובר בפשט המקרא, עוד יש בכל דבר הרבה סודות ועניינים נעלמים, אשר מחמת זה בא כמה פעמים המקרא בלשון שאינו מדויק כל כך".

קשיים לשוניים בפשט המקרא, שחוקרי המקרא ראו בהם שיבושים שחלו במשך הזמן, רואה הנצי"ב כתכונה המאפיינת את התורה, אשר כוללת לא רק את התוכן הפשוט, אלא גם את הסודות והרמזים, השייכים לתורת הסוד. אלו אמנם נמסרו בקבלה בעל פה, אך גם התורה שבכתב רומזת עליהם בשינויי לשונותיה.

דברים אלו חשובים מאד ביחס להערכת דברי חז"ל ומשמעותם מחד גיסא, ושלילת הפרוש העצמאי, המנותק מחז"ל, מאידך גיסא.

לצורך המחשת הרעיון משתמש הנצי"ב בדרך מקורית בפסוק מספר משלי, הממשיל את דברי התורה לכסף ולמטמונים:

"על שני הדברים הללו, היינו על טבע דבר ה' ועל סגולת דבר ה' כתוב במשלי ג': 'אם תבקשנה ככסף וכמטמונים תחפשנה אז תבין יראת ה' ודעת אלוקים תמצא', פירוש: טבע דבר ה' הוא הפשט המכוסה ונצרך לחקירה יפה לעמוד עליו. הרי זה דומה לכסף המכוסה בעפרורית מוצא הכסף, ונצרך למצרף והשתדלות להוציא את הכסף מזוקק".

זוהי הפרשנות ודרישת התורה המיועדת לכל הלומדה על פי שכלו. מעבר לרמה זו קיימים הרמזים והסודות:

"אבל סודות התורה, שהיא סגולתה, הרי זה כמו שידוע, שיש מטמונים באדמה... היינו אוצר זהב וכסף טמון, ואין מקום על פי שכל אנושי והשערה לדעת מקום המטמון, אם לא שמתגלה בסיעתא דשמיא, כך סודות התורה, שאינו מעניין הפרשה, אי אפשר למצוא מצד שכל אנושי. מכל מקום הודיע החכם ברוח הקודש, אשר אם תחפשנה ככסף - הפשט מעניין הפרשה, וכמטמונים תחפשנה - הסודות המרומזים בה, אז תבין יראת ה' - היינו פשט המקרא, שהוא הלכות או אגדה או מוסר, ודעת אלוקים תמצא - היינו מטמוני מסתרי התורה".

אם במשל הראשון שבו מדומה התורה לשירה, טוען הנצי"ב כנגד המבקרים את התורה שבע"פ, כי לא עמדו על אופייה של התורה ועל הדרך המתודולוגית הנדרשת ללמודה, במשל זה המדמה את התורה לכסף, הוא מדגיש את הצורך ב"חקירה יפה" וב"השתדלות". ויתכן שהנצי"ב רומז כאן לכך, שטעות המבקרים נובעת מכך, שלא עמלו בתורה כראוי ולפיכך לא זכו להבינה.

הנצי"ב מרחיב ומעמיק רעיון זה על ידי משל נוסף, המבוסס על פסוק בישעיהו, המדמה את התורה לעולם הטבע ולחוקיו. כשם שבחוקי הטבע יש כאלה הגלויים לכל, אך ישנם חוקים המתגלים רק לאחר חקירה מדעית מאומצת, הבאה מתוך מפגש של חוקרים עם תופעות היוצאות מן הכלל הידוע, ואשר אותן רוצה החוקר להבין, אף בתורה כן:

"הרי זה כמו בריאת אלוקים טבע שמים וארץ, דיש טבע פשוטים וידועים לכל אדם, ויש הרבה סתרי הטבע, אשר מתגלה בכל דור על ידי חכמי הטבע, כוח המשפיעים מכל יסוד ויסוד ומכל בריה וצמח ואדמה, וקודם שנתגלתה אותה ידיעה אם נראה לפעמים דבר יוצא משיטת הטבע הגלויה לכל, כסבורים שהוא מקרה יוצא מן הטבע, ולא חקרו על עומק הדבר, כדי לעמוד ולדון מזה למקום אחר. מה שאין כן אחרי שעמדו על החקירה, ונודעו, שאינו אלא סתרי הטבע, והוא פשט הבריאה, שוב למדו מזה עוד עניין רב לתועלת העולם ומלואו. וכך הוא ספק מכתב אלוקים: קודם שבאים לידי חקירת טבע לשון התורה וכללותיה, אם נראה מקרא משונה בלשונו, כסבורים שהוא מקרה ודבר ריק ח"ו ... אבל אחרי שנעמוד על החקירה, ויהי נודע שכך הוא טבע, והוא פשט הספר, שוב נלמוד מזה עניין רב לכמה מקראות וידיות בהלכות או באגדה...".

משל זה מוסיף על קודמיו: לא רק שיש לחשוף את ההבנה הפשוטה, העומדת באחרי מילות התורה, כדרך שעושים לצורך הבנת השיר או צירוף הכסף. אלא שיש לתת משקל מיוחד דווקא לחריגות הלשוניות או הענייניות, שלדעת הנצי"ב מהוות מפתח להבנה עמוקה יותר של טבע התורה.

דווקא על ידן ניתן יהיה להבין הרבה מקומות והרבה מקראות אחרים. ההנחה, אשר אותה מנסה הוא לבסס, היא ערכה הקדוש של כל מילה וכל אות בתורה. כתופעת טבע, אין היא ניתנת לשינוי או להתייחסות הטוענת לצורך בשינוי, במקרה והיא חריגה או לא תקינה. להפך, בכל מקרה זוהי הצורה הנכונה ביותר, ומשמעות עמוקה ושלמה יותר תתגלה ע"י חקירה ודרישה של תופעות אלה. דבריו אלה מיועדים לענות על השאלות, המתעוררות אצל אדם האמון על הנחת היסוד המסורתית בדבר קדושתה המטפיזית של התורה, עקב פגישתו בהתייחסות הביקורת לביטויים הקשים שבה. על פי הפרשנות הביקורתית החילונית נובעים הם מחמת שיבושים, שנפלו בטקסט במרוצת הזמנים. כנגדם טוען הנצי"ב שלא חקרו דיים, ולא השיגו את הכוונה האמיתית, המסתתרת מאחורי דרכי הביטוי המיוחדות של התורה.

על קביעתו, כי כל ניסיון להפריד בין תורה שבכתב ותורה שבע"פ הוא מלאכותי, חוזר הנצי"ב בהמשך הקדמתו לחומש, והוא משתדל לפרש את התורה בהתאם לקביעה זו.

בהצגת שיטתו בפירוש התורה הוא כותב, כי עיקר מגמתו להסביר את התורה על הצד הנגלה שלה, תוך התייחסות לבעיות המתעוררות מתוך דקדוק המקראות. "הודות לה', שהגיעני לבקשת טבע התורה, שהוא המקרא ודקדוקיה".

ואכן מציב הוא פעמים רבות בראש פירושו שאלות, שמקורן בדקדוק בפשט, כמו קשיים טקסטואליים ותחביריים, וקשיים הנוגעים לסדר המקראות ולהקשרם. אולם לעיתים קרובות מוצאים אנו כי בוחר הנצי"ב לפרש את המקרא על פי דברי חז"ל, המתאימים יותר לתחום של ה"דרש" ולא לתחום של ה"פשט", לפי הגדרותיהם המקובלות. אך לדעת הנצי"ב, כיוון שפירושו מבוסס על קשיים בפשט הפסוקים, ותוכנו תואם את המקובל מפי רבותינו, הרי שזהו פשוטו של מקרא. דרכו זו ניכרת בפירושו לחלקים הסיפוריים והרעיוניים שבתורה, אך היא ניכרת באופן בולט יותר בחלקים ההלכתיים, שבהם הוא משלב במסגרת פירושו לפסוקים דיונים הלכתיים נרחבים. ניתן לאמר, כדברי בנו, שהנצי"ב בביאורו למקרא:

"מכניס את התורה שבע"פ אל התורה שבכתב", "ויותר ממה שהפסוקים מאירים ומפורשים ע"י ביאורים אלה, מתבארים בעזרתם מדרשים ומובאות של דברי חז"ל".

מבחינה מסוימת ממשיך הנצי"ב בכך את דרכו של הגר"א. גם הגר"א קבע:

"שאי אפשר לידע התורה שבכתב, רק על ידי תורה שבעל פה".

אף באוריו למקרא שבספרו "אדרת אליהו" רוויים בדברי מדרשי ההלכה, אך הנצי"ב נוטה מדרכו של הגר"א, בקביעתו שדרשות חז"ל הם פשוטו של מקרא, בשעה שהגר"א קרא להבחין בין הפשט לדרש.

בפרשנות הנצי"ב לתורה ניכרת עצמאות רבה. פעמים רבות הוא מסביר את העניין באופן אחר מהמצוי בקרב הפרשנים הראשונים, כשהוא תולה זאת בעמל הרב שהשקיע בכדי להבין דקדוקי הפרשה.

כשם שבלימוד התורה שבע"פ רואה הנצי"ב חלק חשוב בעשיית הכללים לשם דרישת התורה, כך גם לצורך לימוד המקרא עלינו לגלות לפי דעתו את החוקים לפירוש המקרא.

דומה הדבר לל"ב המידות שקבע ר' אליעזר כיסוד ליצירת האגדה. ואכן בסיום הקדמתו לבראשית מביא הנצי"ב שורה של כללים, שהעמיד בפירושו לתורה. אלה מתבססים ברובם על דיוק קפדני בשרשי המילים ובמבנה הפסוקים. חלקם מופיעים אצל פרשנים קדמונים, כמו הראב"ע, וחלקם משמשים את חז"ל בדרך פרשנותם המדרשית.

הוא אף דורש בקיאות רבה בפסוקי המקרא על מנת לפרשם כראוי, כדרך שראה את הבקיאות בתורה שבע"פ בסיס לפלפול וחידוש אמיתיים:

"הבא לעמוד על כוונת השירה של איזה מחבר עליו לדעת טבע והליכות המחבר בשירותיו במקום אחר... ומכל שכן עלינו להתבונן על טבע התורה".

ואכן ניכרת בקיאותו הרבה בפסוקי התנ"ך המשובצים לאורך כל פירושו לחומש.