דרך מיוחדת סלל שד"ל בנתיבי הפרשנות המסורתית ונחשב, בצדק, לגדול הפרשנים בדורות האחרונים. שני יסודות מתלכדים בו להוויה אחת - הדת והלאומיות. אף פרשנותו של שד"ל מודרכת ע"י שני האספקטים הללו. כדי לדון על אופי פרשנותו, מן הראוי לקבוע תחילה מה הם מקורות יניקתו הרוחנית, אשר הפרו את מחשבתו, והקנו לו שם-עולם כפרשן וכחוקר מקראי בעל עצמיות וגוון משלו.
אין שד"ל מתעסק בתחום אחד מתחומי היהדות, אלא הוא מקיף בעבודתו את כל מקצועות היהדות וחובק זרועות עולם. לציון מיוחד ראויים מחקריו הלשוניים במקרא, בלשון חכמינו ובשירת ספרד ובאוצרות הפיוטים הקדומים והמאוחרים וכן עיסוקו בקבלה בכלל ובזוהר בפרט. ידיעתו העמוקה בלשון העברית לאורך כל התקופות, ידיעתו את השפה הארמית והסורית ודרכי מחקר ההשוואתי בלשונות אלו, הטביעו חותמן על פרשנותו. יש בחידושיו המתקבלים על דעתנו ויש מהם נועזים ביותר, עד כי לעתים אין לקבלם ללא בקורת. שד"ל ספוג תורה שבעל פה: תלמוד בבלי וירושלמי, מדרשי חז"ל ואוצרות הגאונים. ידיעה רחבה לו בספרות הענפה של ימי הביניים. לזכותו של שד"ל יש לזקוף את ראשוניות חקר הדקדוק של לשון המשנה, והוא שמצא דרך לכלול גם את דקדוק לשון חכמינו בדקדוק העברי הכללי. הוא בקי בספרות ההגות ובשירה בת זמנו. הוא חקר את דברי ימי ישראל ובמיוחד תקופת בית שני וידיו רב לו ב"חכמת ישראל" על כל ענפיה.
בניגוד לפרשנות המחקרית הרי הפרשנות המסורתית היא בעלת אופי ייחודי. הפרשנות המסורתית מוגדרת כסכימה כללית של פרד"ס (פשט, רמז, דרוש, סוד) וכל פרשן מסורתי בחר לו נתיב פרשני כאחד היסודות הנ"ל או בצירוף כמה מהם. רש"י, למשל, מפרש ע"ד הפשט ודרשות חז"ל. רשב"ם הנו פשטן, קצרן ושכלתן. "אור החיים" משלב בפירושיו ענייני סוד וכן גם הרמב"ן, בציינו עניני סוד "על דרך האמת" וכל הדרכים הללו נאמנות הן, כי הן נשענות על האמונה והמסורת שנתקדשו בעם. ראוי להזכיר את הדרשה המפורסמת של רבי ישמעאל: 'וכפטיש יפוצץ סלע' - "מה פטיש זה מתחלק לכמה ניצוצות אף מקרא אחד יוצא לכמה טעמים" (סנהדרין לד, א). וכן: 'וריח שמניך מכל בשמים' - "אמר רבי שמואל בר נחמני, מה שמן זה, חלק, על ידי שאת מפטמו את מריח בו כמה ריחות, כך הפסוק הזה, את דורש ומוצא בו כמה טעמים טובים" (שהש"ר ד, כא). לפיכך, הפשט אחד הוא והדרש יידרש לכמה פנים בפסוק אחד, כפי שהפטיש (הפשט) יפוצץ סלע והניצוצות (הדרשות) מתפזרים לכמה צדדים. לפי זה אין סתירה מהותית בין דרש לדרש כי כל אחד מייצג נקודת ראיה אחרת בפסוק ו"אלו ואלו דברי אלקים חיים".

אף שד"ל אינו יוצר-חלוץ בשדה הפרשנות. קדמו לו גדולים וחשובים, שסללו דרכם בנבכי המקרא. אך שד"ל שילב בפרשנותו דברי מחקר בשטח הלשוני כשהוא נשען על המסורת.
שד"ל חדור הכרת שלימות התורה; הוא לוחם בחריפות נגד המאחרים את יצירתה והמתכוונים לערער את שלמותה; מתנגד לשינויי נוסחאות או הבאת מקורות שונים לתורה הכתובה והמסורה. ועם שהוא שלם בהשקפתו על שלימות התורה - הוא בן חורין בחקירותיו, המשלימות את הכרתו הנאמנה. בנ"ך מרשה לעצמו שד"ל, חסיד השלמות של התורה, תיקוני לשון ע"ד ההשוואה עם הלשון הכנענית והכתב העברי הקדום, כפי שאראה להלן.
בישעיהו יא, טו, 'בעים רוחו' הוא מתקן: "בעצם רוחו", וזה לשונו, כפי שהובא בפניני שד"ל עמ' 368: "לא אפשר לי להכחיש מה שמצאתי במשך כמה שנים שנפלו כמה תבות מספרי הקודש טעויות סופר מצד התדמות האותיות בכתיבה השומרונית (א-ת י-צ ב-מ ג-פ)". זוהי, אולי, דוגמה נועזת של שינוי נוסח המבוסס על חקירה פילולוגית.
א. במתן ביאורי מלים עפ"י הפשט, הדקדוק העברי, וההשוואה ללשון המשנה וללשונות הארמית והסורית.
ב. חדירה לרקע סדרי החיים בימי קדם (כגון, העמקתו בענין ערי המקלט).
ג. בהשקפתו הייחודית כי התורה היא "מוסרית ולא חכמתית" ובלשונו: "התורה האלקית, אשר אין מגמתה ללמד את העם חכמה ודעת, אלא להדריכם במעגלי צדק" ("המשתדל" לפ' ויקרא).

"רבוי המצוות מועיל בכל מקום ובכל זמן לתקן המידות, כי אין תחבולה לאדם להתגבר על יצרו ולמשול ברוחו, אלא בהרגילו עצמו לפרוש מן ההנאות לסבול הצער והדוחק".

מכאן התנגדותו של שד"ל לטעמי המצוות הרציונליסטיים של הרמב"ם.
יחס של חיבה והערצה מגלה שד"ל כלפי רש"י. שד"ל פתח כידוע את התיאוריה שלו על האיכרהיזמוס והאטיציזמוס ובא לידי מסקנה, שאין אופיו של האדם תלוי במוצאו האתני אלא בנשמתו ורוחו. לפיכך הוא קובע כי רש"י ורבי יהודה הלוי הנם בעלי נשמה איכרהיסטית, היינו יהודית. באחד ממאמריו של שד"ל ב"כוכבי יצחק" (פניני שד"ל, עמ' 822) בא לידי ביטוי מובהק הערכתו הבלתי מסוייגת של שד"ל לרש"י:

במסכת מכות ג, ב, כשהגמרא מדברת על אפשרויות של הלואות על מנת ששביעית לא תשמט - מסביר שם רש"י: "אם אמר לו הלווה: הלויני על מנת שלא תשמטני בשביעית", היינו התנאי הוא תנאו של הלווה, שהשביעית לא תשמטו. והנה קצת קשה כיצד יהיה זה התנאי של הלווה? ועל כן מגיה המרש"א ומציין כי במקום הלווה יש לומר: "המלוה", ולדעתו התנאי הוא תנאו של המלוה, שאילולא כן יניח המלוה כספו על קרן הצבי ורוצה להבטיחו. אומר שד"ל, כי כמעט ונתפתה לקבל הגהת המרש"א ונראה היה לו כי רש"י "אגב שיטפיה לא דק" ובפרט כי זקן היה וכוחו תש כשכתב הדיבור הזה. שהרי כשהגיע לדף יט - נאסף אל עמיו. אולם לאחר עיון נוסף דייק שד"ל בדברי רש"י ומצא כי הצדק עמו, שכן העני הוא המחזר על ההלואה ליתן לו ועל כן הוא-הוא המתנה תנאו: הלוויני על מנת שלא תהיה שביעית מפקעת זכותך אתה, המלוה. וכך אגב חקירת הפועל "שמט" מצא כי הוא נופל על המלווה 'שמוט כל בעל משה ידו' (דברים טו, ב) - היינו שמרפה ידו מהלווה, ואורו עיני שד"ל להבין כי אכן צדק רש"י, כי הלווה הוא המתנה, כדי שהמלווה לא יעכב מלתת ע"י שהשביעית לא תשמט את חובו של המלווה, והוא מוסיף בהערכה גלויה:

"ברכתי את רש"י, אשר גם באחרית ימיו היתה אמרתו צרופה ודבריו צריכים תלמוד".

דוגמא נוספת להערכתו את רש"י מובאת ב"אוהב גר" עמ' 18: על הפסוק 'ועשה בצלאל' (שמות לו, א) תירגם רמב"ן 'ועשה' לשון עבר ולדעת שד"ל קביעה זאת הוא שיבוש גדול. לא ייתכן לומר כי כבר עשה, שהרי בפסוק שלאחריו נאמר: 'ויקרא משה אל בצלאל' וכיצד עשה טרם שקראהו לעשות? והנה, אומר שד"ל ברוב התפעלות, לא פירש רש"י דבר על הפסוק הנדון (שנראה, כי היה ברור לרש"י שאין צורך לפרשו), אך במקום אחר, במכות דף יב, א, ד"ה ורצח, גילה פירושו, וז"ל: "'ורצח' איכא לפרושי לשון צווי, כמו 'ועשה בצלאל ואהליאב'". מכאן, 'ועשה' - צוהו לעשות.
עמדתו הברורה והגלויה של שד"ל ביחסו לפרשן רבי אברהם אבן עזרא מבוטאת בכל חריפותה באגרתו של שד"ל ליש"ר (הובא ב"מחקרי היהדות" בחוברת של ד"ר אלקושי). שד"ל מתקיפו על שהאמין באיצטגנינות ובסגולות המספרים, שהוא, שד"ל, רואה בחכמה זו זמורת זר בכרם ישראל. שד"ל בר הלבב רואה ב"התחכמויותיו" של הראב"ע ערמומית, לעשות עצמו חסיד לעיני קוראי ספריו. וחריפותו כלפי הראב"ע כה חמורה, עד כי ידמה נשמתו לנשמת אטציזטית. בהרבה מאיגרותיו הוא אוסר מלחמה על גישתו הביקורתית של הראב"ע.
כאמור, היה שד"ל הראשון, שנתן דעתו לחקר הלשון העברית והתייחסותה ללשון הסורית, השומרונית והארמית. בייחוד חקר את תרגומו של אונקלוס בספרו "אוהב גר". שם גולל את מכלול בעיות תרגומיו של עקילס - אונקלוס.

במכתבו לר' זכריה ישעיה איש לעמבערג (פניני שד"ל, עמ' 022), הוא קובע ברורות,

"כי לא הלשון הארמית נגזרה מלשון הקודש ולא לשון הקודש מהארמית, אלא זו וזו בנות אם אחת שאבדה ולעתים נשמרה הקדמוניות בזו ולפעמים בזו".

לדוגמה מביא שד"ל את השורש "אחז" - שהיא משורש "אחד" (ז-ד מתחלפות). ומכאן טוען שד"ל, שהמילה חידה נגזרת מן אחידה. כלומר, מאמר סגור וסתום; ולהיפך שתא (שנה), שהוא בתשלומו שנתא (כמו בשפה הסורית), משורש שנה, שאבד מהלשון הארמית. שד"ל דן עפ"י הקו המשווה בין הארמית, הסורית והעברית ולא עפ"י הקו המשוה עם הערבית, כפי שהיה קיים בזמנו בחקר לשון עבר. ובאחד ממאמריו ב"המגיד" שנה י' קובע שד"ל מפורשות:

"ואומר אני, כי ידיעת לשון ערבית היא רבת תועלת מכל הצדדים. אך לענין הבנת המקראות - בחנתי וניסיתי במשך ל"ג שנה, כי רק מעט תועלת יש לקוות ממנה".

כפרשן בעל טעם ססגוני מעמידנו שד"ל בהסברו המעמיק מה פשר הסיבה ללשון היחיד במליצה? מדוע 'סוס ורוכבו רמה בים' בלשון יחיד דוקא? לדעתו סיבה פסיכולוגית עמוקה לדבר. ברצות הפסוק להפעיל רושם, הרי לדעתו ההרגשה חזקה הרבה יותר, כשהתבוננות השומע מתכוונת לנושא אחד ממה שהוא "בהיות רוח השומע משוטטת בין נושאים רבים". ולהוכחתו הוא מביא דוגמה נוספת: 'שפטו יתום, ריבו אלמנה' - "מדוע לא יתומים ואלמנות? לפי שאז היתה המליצה מפסדת מכוחה הרבה". שד"ל קובע עוד כלל מעניין: מליצת השיר אוהבת להשתמש במלים בלתי מורגלות בפי העם ומשתמש במלים עתיקות וזרות כי "מיעוט ההרגל יוסיף להן נעימות וחן". על כן במקום: סוס ורוכבו השליך לים יאמר השיר: רמה בים: במקום אדם - אנוש; במקום עולם - קדם.
ב"השחר" חוברת 8 נתפרסם מכתב המסביר מעט מחידושיו הפילולוגיים של שד"ל בפירושיו על המקרא. חידושיו מבוססים על ההנחה המוקדמת בדבר "צד ההתדמות של האותיות". כי בכתיבה השומרונית ולא בכתב המרובע (א-ת י-צ ג-פ) חלות טעויות סופר הגורמות לעתים לפסוקים קושי בפירוש. והוא מביא דוגמאות אופייניות לחידושיו על רקע שיבושים אלה.

בירמיהו ג, ח: 'וארא כי על כל אדות אשר נאפה משבה ישראל'. לפי העניין: 'ותרא', כלומר, יהודה ראתה את ענשו של ישראל ולא לקחה מוסר. התיקון מבוסס, כאמור, על עקרון התדמות האותיות.

דוגמה נוספת: בקהלת י, א: 'זבובי מות יבאיש, יביע שמן רקח'. הקושי: הנושא 'זבובי מות' אינו מתאים מבחינת הגוף והמספר לנשוא 'יבאיש'. והנה תיקונו: זבוב ימות יבאיש. היינו, שד"ל מעתיק את הי' של 'זבובי' ומצמידו ל'מות' ונוצר: ימות, והכל אתי שפיר.

חידושו ב'בעים רוחו' - בעצם רוחו, ע"ד ההתדמות, כבר הזכרנו למעלה.

אולם אחד מפירושיו הנועזים והמפליגים הוא פירושו המפורסם לפסוק (יחזקאל ג, יב): 'ברוך כבר ה' ממקומו', פסוק שנתקדש בתפילות העם. שד"ל מתקן: 'ברוך' - "ברום". כלומר הכ' והמ' מתחלפות והוא מתבסס על פסוק אחר (שם י, ד): 'וירם כבוד ה' '. וכן (שם א, כד): 'ואשמע את קול כנפיהם... כקול שדי בלכתם וקול המולה כקול מחנה'. מכאן, שהמוטיב החוזר והנשנה - רוממות ה' וגדולתו. קביעותיו בדרך כלל פסקניות ללא היסוסים ודרכו עקבית והחלטית.
שד"ל דוגל באחדות האומה ורעיונותיו באים לידי גילוי מתוך בחינה זו, גם בעניינים שלכאורה אין להם ולעניין האידיאולוגי ולא כלום. נחלקו המפרשים בדבר יעודו של המשכן, כל מפרש ונקודת השקפתו שלו. הבעיה המרכזית היא מהי בכלל כוונת המשכן? היש בו תכלית מוחלטה, או שהוא ויתור מסוים לבני דור המדבר?

הרמב"ן:

"והנה הגלות איננו נשלם עד יום שובם אל מקומם ואל מעלת אבותם. כשיצאו ממצרים אף על פי שיצאו מבית עבדים, עדיין יחשבו גולים, כי היו בארץ לא להם נבוכים במדבר. וכשבאו אל הר סיני ועשו מקדש ושב הקב"ה והשרה שכינתו ביניהם - אז נחשבו גאולים".

ובסכמו את הקשר בין מעמד הר סיני ובנין המשכן קובע הרמב"ן בתחילת פירושו לפרשת תרומה:

"כאשר דבר ה' עם ישראל פנים בפנים עשרת הדברות... וישראל קבלו עליהם לעשות כל מה שיצום... והנה הם קדושים, ראויים שיהיה בהם מקדש... מקודש לשמו ושם ידבר עם משה ויצוה את בני ישראל... וסוד המשכן הוא שיהיה הכבוד אשר שכן על הר סיני שוכן עליו בנסתר".

ושד"ל, בהסבירו על שום מה באות הפרשיות תרומה ותצוה אחרי פרשת משפטים - אומר:

"אחרי שקיבלו עליהם המשפטים והתורות והיה ה' בישורון מלך ראוי שיעשו לו מקדש, כאילו מלכם שוכן בתוכם, כי יהיה סבה חזקה לשמירת האחדות באומה והתמדת דביקותה בתורה".

בעניין אחד שד"ל והרמב"ן תמימי דעים, כי המצוות הן הכנה למקדש ולמשכן, אך מתוך עיון קפדני נמצא שוני רב-משמעי בין שתי ההשקפות. לפי רמב"ן נועד המשכן להיות מקום השראה ממשי ומוחשי של שכינת ה' בקרב ישראל; לפי שד"ל - סמל אחדות האומה הוא יעודו של המשכן. הנה, כיצד רעיון אחדות האומה, אחד היסודות העקריים במחשבת ישראל, משתבץ בפרשנותו על המשכן והקשרו למצוות.
הצמדותו של שד"ל לחקר הלשון - הביאה בעקבותיה חידושים מעניינים לא בפרשנות בלבד, אלא גם בהבהרת מושגי-יסוד. עניין צלם אלקים הנאמר בבריאת האדם תשמש אילוסטרציה נאותה לעניין האמור.

בבראשית (א, כז) נאמר: 'ויברא אלקים את האדם בצלמו בצלם אלקים ברא אותו' - פסוק זה נדון ע"י המפרשים וכל אחד מפרשו בדרכו הוא.

רש"י: 'בצלמו' - "בדפוס העשוי לו". כלומר, צלם הוא דפוס. פירוש זה בא בעקבות חז"ל, שאמרו, האדם הוא חלק אלוה ממעל.

רד"ק: 'ויברא... בצלמו' - "בריאה זו על הנפש נאמרה כמו שאמר: 'בצלמו'. לפיכך אמר: 'ויברא' להבדיל בין הגוף ובין הנפש, כי בסיפור יצירת גופו אמר: 'וייצר ה' אלקים את האדם עפר מן האדמה' ".

אור החיים: 'ויברא אלקים את האדם בצלמו' - "הכוונה שברא גולמו וגם צלמו. ואח"כ אמר: 'בצלם אלקים' - בזה הודיענו הצלם שבראו בו כי הוא צלם אלקים".

והנה מעניין לבדוק מה תרם שד"ל להבהרת מושג יסודי זה במקרא. במאמרו שפירסם ב"בכורי העתים" (פניני שד"ל 602), הוא מנתח תחילה את המושג, מבהיר מתוך אספקט לשוני את המלה 'צלם' והמלה 'אלקים' ומתוך כך בא לידי מסקנה מעניינת למדי. וכה יאמר:

"ועתה בחקרי הוראת המלות האלה (צלם, אלקים) מצאתי, כי צורת הגוף לא תקרא צלם, אך תואר, כדברי הרב המורה (הרמב"ם), כי יאמר על איש אשר צורתו נאה יפה-תואר. צלם עשוי לדמיון דבר אחר כציור שהוא דמיון לצורת אדם מיוחד. ומכאן שצלם גזור מן צל שאף הוא כצורת גופות גשמיים".

לצורך הבהרת המושג שואל שד"ל, מדוע אלקים בצורת ריבוי? והוא מוצא לכך הסבר היסטורי-התפתחותי. השם נוצר תחילה בעבור אמונת הגויים, שהיו עובדים הכוחות הפרטיים המנהיגים את העולם ולא פנו אל הכוח הראשון אשר ממנו כל הכוחות.

"כאשר עמדו העבריים והכירו אחדות האל והשגחתו בשפלים, לא הרחיקו השם הזה עם היותו בלשון רבים לא שינו את לשונם. ואולם תחת אשר יאמר העכו"ם: כה יעשון לי אלהים - יאמר העברי: כה יעשה לי אלקים".

לאחר הנתוח הפילולוגי הזה מסיק שד"ל: נחקרו חכמי המחקר במהות האדם והבדלו משאר בעלי החיים.

שיטה אחת, המרחיקה לכת, קובעת, כי בעלי החיים נעדרי הרגשה הם והנם בחינת כלים מעשי אומן והם מוטבעים בטבעם כשעון המורה על חלקי הזמן. לעומתה קיימת שיטה, המסבירה, כי לכל ברייה חיים והרגשה משלהם הדומים לשל האדם, אך מובדלים בשכל. אין לבעלי החיים ידיעה במופשטות, לא תבונה מוסרית - היינו לדעת טוב ורע צדק או עוול והעדר מוחלט של כוח ההפשטה.

לעומת שתי שיטות אלו קיימת אחרת, המקרבת יותר את האדם לבעלי החיים וקובעת, כי מותר האדם מן הבהמה הוא ביחסיות השכל, מתוך ההנחה כי כל בעלי החיים הם בעלי נשמה. "בעלי החיים שכלם נופל משכלנו ודעתם קצרה מדעתנו".

לאחר ששד"ל מביא את כל הדעות הוא דוחה אותן ואומר: כל מין ומין מבעלי החיים נמצאת לו הכנה טבעית למידה מסוימת. הנמלה לעולם לא תטוש חריצותה. היונה לא תבגוד בבן זוגה וכו'. לעומת כולם עומד האדם כשהוא מורם מכל בעלי החיים בכך, שאינו בעל תכונה מסויימת ובלעדית כיתר בעלי החיים, אלא יש בו כל המידות כולן. ולא זו בלבד, אלא שיש בכוח האדם לסגל לעצמו תכונה מסוימת ולדחות אחרת. ולכן הבדל באדם מן הבהמה הוא: בעוד שהבהמה היא בעלת כוח אחד מיוחד, הרי האדם בעל הכוחות כולם. ומסיים שד"ל: ויפה נרמז זה בתורה באמרה שנברא האדם בצלם אלוקים. כלומר, הוא דמיון בעל הכוחות כולם. וכל כך הוא שמח על גילוי זה, עד כי הוא מסיים בשמחה: "והשבח לאלוקי האמת כי הנחני בדרך האמת לפרש דברי קדשו בענין המסכים עם השכל והמחקר".
ניסיתי להראות כיצד פרשנותו של שד"ל חתרה לה דרך מיוחדת משלה, כשהיא עקבית להשקפת עולמו והגותו. שד"ל מוצא בתורה סימוכין לרעיונותיו ומפרשם כיד הלשון הטובה עליו. הוא חש במעמקי לבו את יחודו הלאומי של עם ישראל והטיף לכך אגב פרשנותו על התנ"ך.