במהלך בריחתו של יעקב לחרן לן יעקב במקום מסויים. בחלומו התגלה אליו הקב"ה והבטיח לו שלא יאונה לו כל רע במסעו הצפוי להימשך שנים רבות. כשיעקב מתעורר הוא נרעש מהחזיון ואומר: "אין זה כי אם בית אלוקים וזה שער השמים...ויקרא שם המקום בית אל" התורה מוסיפה עוד פרט: "ואולם לוז שם העיר לראשונה" (כח, יז-יט). בפשטות ניתן ללמוד שהיה מקום שנקרא לוז לידו לן יעקב. בעקבות החלום יעקב שינה את שם המקום לבית אל.

בית אל מזוהה עם הכפר ביתין המשמר ככל הנראה את השם בית אל. תופעת החלפת האות למ"ד באות נו"ן מוכרת במקום נוסף כמו היישוב המקראי יזרעאל ששמו השתמר בכפר הערבי 'זרעין'. בביתין נערכה חפירה ארכאולוגית והתגלה שם יישוב מבוצר מתקופת האבות, ומתקופת הבית הראשון.

לכאורה הזיהוי ברור ואנו יודעים היכן בית אל. ואכן סמוך לביתין הוקם בימינו יישוב גדול ומפותח הקרוי בית אל, המשמר את השם הקדום מימי האבות ומתקופת המלוכה.

אולם מסתבר שהדברים אינם פשוטים כלל ועיקר. הרמב"ן בפירושו שואל האם בית אל זו היא אותה בית אל לידה נטה אברהם, זקנו של יעקב, את אהלו, כפי שכתוב: "ויט אהלה בית אל מים והעי מקדם"(יב, ח)? ועל כך הוא ענה שלא מדובר באותה בית אל שכן: "שם העיר ההיא לראשונה בימי אברהם וקודם לכן". לדעת הרמב"ן היו אפוא שני מקומות בשם בית אל. האחד ליד העי שהיה קרוי בית אל כבר מקדמת דנא עוד לפני ימי אברהם והשני לוז ששמו שונה על ידי יעקב.

על קיומם של כמה בית אל ניתן ללמוד גם מפרשת וישלח.

בפרק לה פס' ו נאמר כי יעקב מגיע ללוז היא בית אל ושם בונה מזבח וקורא למקום: "אל בית אל". ואילו בהמשך הפרק בפס' טו' נאמר שיעקב מקים מצבה וקורא למקום: אלוהים בית אל".

השאלה הנשאלת היא: יעקב קרא כבר למקום אל בית אל מדוע הוא קורא למקום שנית בית אל?

נראה אפוא כי יש לדייק בדברי הכתובים: מקום אחד נקרא אל בית אל, ואילו המקום השני נקרא אלוהים בית אל. מדובר אפוא בשמות שונים ובמקומות שונים, האחד נקרא בזמן יעקב לוז ואילו השני הוא מקום אחר שלא היה לו שם קדום. יהודה קיל בפירושו דעת מקרא על ספר בראשית, מגדיל לעשות וטוען שהיו שלושה בית אל: בית אל, אל בית אל ואלוקים בית אל (פרק לה, טו).

ואכן בתיאורי הגבול של שבט אפרים ושבט בנימין מתוארים שני מקומות כאלה, בתיאור גבול אפרים נאמר: "ויצא מבית אל לוזה" כלומר לוז ובית אל הם שני מקומות נפרדים (יהושע טז, ב), ואילו בתיאור גבול שבט בנימין נאמר: "ועבר משם הגבול לוזה אל כתף לוזה נגבה היא בית אל" (יהושע יח, יג). כלומר בית אל היא לוז.

בספר שופטים מסופר על כיבוש לוז על ידי בני יוסף: "ויתירו בני יוסף בבית אל ושם העיר לפנים לוז (שופטים א' כג). האם בית אל זו נמצאת בשטח יוסף או שמא הם כבשו עיר שהייתה שייכת לבנימין? שכן, בית אל מוזכרת כעיר בנחלת בנימין (יהושע יח, כב). פירוש דעת מקרא על ספר יהושע מציע שאולי יש לזהות את שני האתרים בשני מקומות סמוכים ששמרו את השם בית אל, האחד 'ביתין' שנזכר לעיל, והשני מכונה 'בורג' ביתין' שלא נחפר ואין אנו יודעים את תולדותיו.

באטלס דעת מקרא (ע' 250), מציעים זיהוי נוסף לאחד מהיישובים הנושאים את השם בית אל, והוא יישוב ערבי בשם ביתילו הנמצא כשנים עשר ק"מ מצפון מזרח לרמאללה, ומדרום ליישוב חלמיש המכונה על ידי תושביו 'נוה צוף'. אכן לא ניתן להתעלם מהדמיון בין השם המקראי לשם הערבי.

נראה כי בנוסף ל'בית אל' שהוזכרו, היה יישוב בשם זה גם בדרום הארץ. בסוף ספר שמואל א' בפרק ל' מסופר על דוד ששלח שלל מצקלג שבצפון הנגב למקומות שונים בדרום הארץ וביניהם יישוב בשם בית אל (פסוק כז). נראה אם כן שהיה יישוב נוסף בשם זה. שאלה מסקרנת ביותר היא היכן הונח עגל הזהב של ירבעם? באלו מבין 'בית אל' שאותם הזכרנו. בעוד שבתל דן נמצאו ממצאים לבמה של ירבעם הרי שבביתין לא נמצאו ממצאים המעידים על כך, עובדה שאולי מרמזת לכך שאפשר שהיה זה במקום אחר.

לאור הדברים הללו יש לשאול ואף לתמוה -מדוע היו כל כך הרבה יישובים בשם זה? על כך יש לומר שבעבר לא הייתה ועדת שמות ממשלתית כמו בימינו הקובעת שמות ליישובים. כל אחד יכול היה לקבוע שם ליישובו. נראה כי שם זה היה נפוץ במקומות בהם היו לאנשים שונים התגלויות אלוקיות, או במקום בו הקימו במה או מזבח והמקום הוקדש לגבוה.

דוגמה לתופעה זו אנו מוצאים ביישובים בבנימין הנושאים את השם גבעה, ככל הנראה מכיוון שישבו במקום גבוה. אנו מכירים את, גבע, גבעה, גבעת בני בנימין, גבעת שאול, גבעת האלוקים וגבעון. כולם נושאים את אותו שורש, אם כי יתכן שבחלקם מדובר באותו מקום שנשא שמות קצת שונים בעקבות אירועים שהתרחשו במקום.

נראה כי זה גורלו של השם 'בית אל'. אנשים רבים רצו ככל הנראה שביתם יהיה בבית האל. בראשית ההתיישבות המחודשת בחבל בנימין היו שני יישובים סמוכים: בית אל א' ובית אל ב'. היום יישובים אלה התאחדו לבית אל אחת בלתי מחולקת.