ספר זה נכתב בתום עבודתנו המשותפת בכתיבת ביאור מקיף ועדכני לכל חמשת חלקי ספר המדע. למרות שמדובר בספר דינים, בספר זה הרמב"ם מציג את עיקרי הגותו, שתעובד בצורה פילוסופית-מקצועית בספרו המאוחר יותר "מורה הנבוכים". הצגת שיטתו ההגותית בספר המדע איננה תמיד בסדר שבו היינו מבקשים לראות את הדברים בימינו, זאת משום שתי סיבות.
א. ספר המדע הוא בעיקר ספר הלכה ואופן העריכה שקיבל על עצמו אילץ את הרמב"ם להציג את דבריו בסדר מסוים מאוד.
ב. מאז שרבנו כתב את דבריו עברו למעלה מ-800 שנה. למרות שהרמב"ם בזמנו חידש בדרך בה כינס את דבריו וסדרם, דרכו לא בהכרח נוחה לטעמם של חוקרי ולומדי ימינו.
לכן מצאנו לנכון לשוב ולעיין בדבריו מחדש במטרה לסכמם באופן המקובל על הלומד המודרני.

במהלך חמישה עשר פרקי ספר זה פעלנו לפי קוו אחיד, באשר כל פרק פותח בהצגת שיטת הרמב"ם ואת מקורותיו. לאחר מכן מתפנים לביקורת שיטתו לאור דברי אלה החולקים עליו - לפניו, בזמנו ולאחריו. הרי מאז שהרמב"ם כתב את דבריו חלו תהפוכות רבות בתכני ההגות ובדרכיה. ממדע ספקולטיבי וחשיבה סכולסטית שאפיינו את חכמי ימי הביניים עברנו לתקופה המודרנית בה המדע הניסויי והחשיבה הביקורתית שולטים בכיפה. על כן יש טעם רב להעמיד את הגותו של הרמב"ם לא רק מול הגותם של יתר חכמי ימי הביניים, אלא גם מול הגותם של חכמי העת החדשה.
הגותו של הרמב"ם אמנם בעיקרה הגות דתית, אבל יש בה סממנים רבים גם של ההגות הכללית, באשר לעיניו היו ספריהם של גדולי פילוסופי יוון וערב. לפיכך אי אפשר לבאר את דבריו ולהבין את שיטתו ללא הרחבת היריעה והתייחסות לא רק לספרות חז"ל, אלא גם לחיבוריהם של חכמי ימי קדם. יתירה מזו, אם נהיה נאמנים לדרכו של הרמב"ם ראוי לשוב ולהעלות את אותם הנושאים שהוא העלה, ולבחון אותם מחדש לאור דברי ההוגים של העת החדשה. כך מסתבר שהוא היה נוהג אילו היה חי בתקופתנו. רבים מן הנושאים בהם עסק לא איבדו מן האקטואליות שלהם וראויים להידון ולהיבחן מחדש בכלים מודרניים.

לא מצאנו ביאור העונה על הדרישות שהוצגו לעיל בדברי נושאי כליו המסורתיים של הרמב"ם, באשר אלו הגבילו את עצמם לנושאים הלכתיים בלבד ולספרות חז"ל - או משום שלא מצאו עניין בדברי ההוגים הזרים או משום שמצאו פגם בעיסוק בדבריהם. מצאנו אפוא צורך חיוני להעמיד את דבריו בספר המדע לא רק על רקע דבריו ביתר חיבוריו אלא גם על רקע דברי מחברים אחרים - אף כאלה שדבריהם זרים ליהדות. במהלך עבודתנו השתדלנו לאתר כל מקור אפשרי שיכול היה להטיל אור על הגותו של הרמב"ם. מטרתנו היא אפוא ניסיון להבין דבריו לאשורם ולרדת לעומק כוונותיו ולהעמידם לעומת ההגות הכללית. מאחר והרמב"ם בעצמו לא היסס לצטט מדבריהם של גדולי אומות העולם כגון אפלטון, אריסטו, גלינוס, היפוקרטס, אנשי הכלאם, תלמי התוכן, אבן סנה, אבן ראשד וכו', יש צורך להתייחס לדברי מחברים אלה ולממשיכיהם כדי להבין את שיטת הרמב"ם על בוריה.

הרמב"ם היה חריג בדורו וכך נותר במשך מאות שנים. התופעה שאיש הגות דתי ומורה הלכה לא רק ינצל את הידע המדעי שהצטבר עד ימיו, אלא אף ישתלם במדעים בעצמו, היא נדירה מאוד. אך לפי השקפתו הוא חש מחויב להתמודד ולהבין יסודות הדת לאור ההגות והמדע כפי שהם מקובלים בדורו, על אף הסיכון האפשרי הטמון בדבר.
לא סוד כי רבים חלקו על דרכו, הן בחייו והן לאחר מותו, בטענה שאין להשתמש בכלים שמקורם אינו יהודי. הקשו עליו כיצד הלך אחרי אריסטו ומפרשי דבריו הערביים, במטרה לבסס יסודות דתנו? הרב אברהם יצחק הכהן קוק יצא להגנתו בדברים אלה:

ולא אדע איזה מקום יש לקנאות חתירה זו, וכי כל דרכי השכל האנושי המה דברים האסורים לישראל? ואיה אפוא יפיפותו של יפת שבאוהלי שם? ואיה השיתוף הכללי מצד צלם א-להים הכללי שנתן הקב"ה באדם שמתוך כך אנו מכבדים את כל חכם וישר לב שבכל האדם, ואנו מקבלים את האמת מכל מה שאמרו. והאומר דבר חכמה בספרותנו הנאמנה אפילו באומות העולם, נקרא חכם.¹

לכן הרב קוק מסיק ומביע דברי הערכה למפעלו ההגותי של הרמב"ם:

איך נוכל להעלים את עינינו מלהחזיק טובה לרבנו הרמב"ם על עבודתו הגדולה [...] להעמיד את יסוד קדושת האמונה על טוהרתו ולהרחיק את ההבלים הנוראים של ההגשמה בא-לוהות מעל גבול ישראל. נקל לנו לתאר מה היה גורל האמונה לולא עבודתו הקדושה הזאת אשר עבד בה במסירות נפש כל כך [...] ומפעלו זה גרם שברוך ה' בכלל תמה ונכרתה אמונת טעות זו מלב האומה כולה.²

לאורך כל עבודתנו חשנו כי אנו פועלים בנאמנות לדברי הרמב"ם אליבא דרב קוק. אם באמצעות חיבור זה נצליח לשתף את הלומד בחַוָויית העיון המעמיק בדברי ההגות של הרמב"ם - אותה חווינו בשנות עבודתנו המשותפת - יהא זה שכרנו.