פסוק א
בְּרֵאשִׁית דגש הבי"ת עם טפחא תחת השי"ן. ב' רבתי. ובראש השיטה ובראש הדף וזו היא בי"ת של בי"ה שמ"ו. עיין ברבינו בחיי פ' בשלח וריקנאטי ריש פ' בראשית ובפי' שערי אורה למהר"ר מתתיה דלאקרט ז"ל במדה ראשונה על מלת ואת.

פסוק ב
ורוח אלהים. כתב בעל הטורים שנים דסמיכי הכא ואידך ורוח לבשה את עמשי (ד"ה א' י"ב) קרי ביה הכא נמי ורוח אלהים לבשה וגו'. ותימא גדולה על דבריו. כי אין דרך המסורת למסור סימן במה שלא נמצא בכתוב ולומר קרי ביה. ובלי ספק שנוסחא משובשת נזדמנה לפניו והנוסחא האמיתית היא ורוח אלהים לבשה את זכריה (ד"ה ב' כ"ד). וכן כתב מוהר"ר מאיר אנגיל במסורת הברית הגדול. ומה שנמסר בפ' ויקהל רוח אלהים ה' בלישנא. היינו כל הכתובים רוח אלהים בין בוא"ו בין בלא וא"ו כמו שמונה והולך שם.

פסוק ג
יהי אור. בגלגל ובלא מקף כן הוא בדפוס קדמון ובספרי ספרד. וכן הוא לבן אשר. ולבן נפתלי בלא גלגל ובמקף. וזהו חילוף ראשון שביניהם. והאנשים האלה היו שני ראשי ישיבות במסורת שם האחד יעקב בן נפתלי ושם השני אהרן בן אשר. וכמ"ר אברהם דבלנוש קרא אותו משה בן אשר. ובשלשלת הקבלה כתוב שאחרי דור רבינו סעדיה גאון היו שני חכמים גדולים שנחלקו על מלות הרבה שבתורה וטעמיהם. ונקראו ר' אהרן בר משה משבט אשר. ור' משה בן דוד משבט נפתלי ע"כ. ואנחנו סומכים על קריאת בן אשר. וכן סמך עליו הרמב"ם ז"ל וכמנהג מערבאי. ומדינחאי סומכים על קריאת בן נפתלי. וזה כלל גדול במקרא. על כן דע אותו ולא אצטרך לשנותו בכל מקום.

פסוק ו
רָקִיע. כתוב במכלול דף ק"י וכמו שנוציא אותיות או"י בנשימה לבד אף על פי שאינם נכתבות. כך נוציאם פעמים בהרגשת המוצאות אף על פי שאינם נכתבות כמו כֹּחַ רֵיחַ נִיחֹחַ שׁוֹמֵעַ נוֹסֵעַ שהוא כמו נוֹסֵאַע דכן כתב בס' עט סופר ז"ל. אנו נוהגים לקרוא אל"ף אחת בתיבה שיש בסופה אחת מאותיות ח"ע כמו מִזְבֵּחַ אנו קורין מִזְבֵּאַח. מִקְצוֹעַ מִקְצוֹאַע וזאת האל"ף תקרא אות גנובה עכ"ל. וכ"כ בס' צחות דף קל"ח ובספר מאזני לשון הקדש דף רי"א ובעל מקנה אברהם כתב בשער ג' בשם רבו הר"ר שר שלום שקריאת האות גרונית נוטה למוצא הכח שתורה עליו הנקודה הקודמת ליה. כי אם היא צירי או חירק. תתנועע הפתח במוצא היו"ד ואם הנקודה חולם או שורק. תנועת הפתח נוטה למוצא הוי"ו. אך היו"ד רפה מאד בקריאה עד שתראה כמעט נחה. ולשון הרמ"ה על מלות אלו ואתה עיף ויגע חסר יו"ד דקרי קדים לעי"ן ולא כתיבא כשמע עשו חסר וא"ו דקרי ולא כתיב. יהושע חסר וא"ו דקרי ולא כתיב. יהושע חסר וא"ו דקרי קדים לעי"ן ולא כתיב. וכתב הלונזאנו שנראה מדבריו שצריך לקרוא וְיָגֵיע כִּשְׁמוֹע יְהוֹשׁוּע. עוד כתב הרמ"ה לשוח בשדה מלא חד וא"ו כתיב וקרי. ושמו שוע מלא חד וא"ו כתיב וקרי. וכתב עליו הלונזאנו נמצא לדבריו וא"ו זו כאלו נקודה בשורק ובפתח. וכן וא"ו מדוע אתה יושב לבדך. כן ויאמר אם שמוע תשמע נקודה בחולם ובפתח.

פסוק יא
תדשא. כתב בעל שברי לוחות שעל מלת תַּדְשֵׁא נמסר כן הוא במאריך וכן הוא בספרים מדוייקים ועיין מה שאכתוב במאמר המאריך בסוף הספר בס"ד בתירוץ חקירה ב' דֶּשֶׁא. במקצת ספרים בזקף קטן וכן נראה כי כן דרך לבא זקף קטן אחר הפשט. אך בספרי ספרד ובדפוס קדמון הוא ברביע. וכן נכון כפי נגון הטעמים וכן העיר רד"ק בספר עט סופר.

עשה פרי למינו. וכן ועץ עשה פרי שניהם בדגש הפ"א הראשון מדין מפסיק ומדין אתי מרחיק והשני מדין דחיק שהוא במקף. עיין במכלול וספר פתח דברי בכלל אתי מרחיק ועיין עוד מה שאכתוב בכללי בג"ד כפ"ת דסמיך ליה"וא בסוף הספר בע"ה.

זרעו בו. בספרים כ"י ובדפוס קדמון שניהם במקף ובלא מאריך וכן כתב א"ת.

פסוק יד
יהי מארת. בפסיקתא דהחדש לא נברא להאיר אלא גלגל חמה בלבד שנאמר יהי מאורות מארת כתיב. ובירושלמי פ' בתרא דתענית ברביעי היו מתענים על התינוקות שלא תעלה אסכרה לתוך פיהם. דכתיב ויאמר אלהים יהי מאורות מארת כתיב. ופי' רש"י דכיון שהוא חסר משמע מארה והיו מתענים כדי שלא תפול המארה על התינוקות ועיין עוד ביפה מראה שם סי' י"ב ובזוהר דף י"ט ודף ל"ג מ"ו קמ"ו קס"ט ופ' בא דף ל"ה ופ' תרומה דף קס"ז ופ' ויקהל דף ר"ס ופ' פנחס דף רל"ד.

והיו לאתת. חסר דחסר עיין זוהר דף מ"ו.

ולמועדים. קריאת כל ווין שרוקין בראש תיבה באל"ף שרוקה כאשר כתב ר' יהודה חיוג וכאשר קבלנו קריאתן דור אחר דור.

פסוק טו
והיו למאורת. במסורת כתיבת יד נמסר עליו מלא וא"ו קדמאה וכן הוא בספרים כתובי יד ובדפוס קדמון גם הרמ"ה ז"ל כתב בלשון הזה יהי אור ויהי אור כל הדין לישנא באורייתא דאור מלא וא"ו כתיב מארת ב' חסר דחסר בלישנא וסימן ויאמר אלהים יהי מארת ויעש אלהים את שני המארת.

והיו למאורת ברקיע השמים. מלא וא"ו קדמאה וחסר וא"ו תניינא עכ"ל וכן הוא במלאים וחסרים שמצאתי בראש מקרא ספרדית כתיבת יד שהועתקו מספר הלל הסופר הוא היה גבר חכם בעוז המסורת וספרו היה בעיר טוליטולא כמו שכתב רד"ק פעמים רבות. וכתוב בספר יוחסין שבשנת התק"ו כ"ח לחדש מנחם היתה גזירה גדולה במלכות ליאון ואז הוציאו משם ספר הארבעה ועשרים שכתב אותם ר' הלל ומשם היו מגיהים כל הספרים ואני ראיתי חלק מהם שנמכרו באפריקא ובזמני היה ט' מאות שנה שנכתבו ע"כ. ובעל שברי לוחות כתב שלפי דעתו היה שמו הילל עיין שם. וזכור זה כי בכל מקום אשר אזכיר שמו זה הוא.

פסוק טז
את המאור הגדול. במקרא כ"י נמסר עליו לית וחסר אבל הרמ"ה כתב את המאור מלא וכל לישנא דמאור באורייתא דכותיה מלא בר מן אחד שמן למאר קדמאה דתרומה עד כאן לשונו. וכן הוא בספרים מדוייקים ופי' לית ר"ל אותה מלה שנמסר עליו לי' אין אחרת כמוה.

פסוק יח
ולהבדיל. במקצת ספרים הוא"ו בגעיא והלמ"ד בשוא ובמקצתם הלמ"ד בשו"א ופתח וכן כתב בעל א"ת שהוא"ו בגעיא והלמ"ד בשו"א ופתח וכן העיד הרב ר' מנחם המאירי בחבורו הנקרא קרית ספר. הזכיר שמו החכם קארו בא"ח סימן ל"ב וטעם המלה זקף קטן. ובמאמר המאריך אחוה דעי על אלו המאריכין ע"ש בתירוץ חקירה ב'.

פסוק כ
ויאמר אלהים ישרצו המים. פרשה פתוחה. ובמקצת ספרי הדפוס אין כאן הפסק פרש' וא"ת כתב שהיא פרשה פתוחה וכן העיד על זה במקומות רבות ועל שמו אכתבם. וכן ראיתי בספרים המדוייקים מגלות ירושלם אשר בספרד שאנו סומכים עליהם. וכן דעת הרמב"ם.

פסוק כא
התנינם. חסר יו"ד בתראה ע"פ המסורת וכן נדרש בב"ר פרשה ז' זה בהמות שדי ולויתן שאין להם בן זוגות. עיין יפה תואר שם סי' ה' ומזרחי וגור אריה וזוהר פ' בא דף ל"ד ופ' תרומה קע"ו.

הגדלים. דגש בגימ"ל.

עוף כנף. מלא וא"ו גם הרמ"ה ז"ל כתב.

ועוף יעופף על הארץ. תרוויהון מלאים וא"ו כתיב וכל לישנא דעוף באורייתא דכותא מלא.

פסוק כז
בצלם אלהים. קדש.

פסוק כח
וכבשה. חסר וא"ו כתיב ונדרש בסוף פ' הבא על יבמתו ובתנחומא פרשת נח ב"ר פ' ח' י"ד. עיין יפה תואר שם ורש"י ומזרחי וגור אריה.

פסוק ל
וּלְכָל עוף השמים וּלְכָל רומש. זה הכלל כל שנסמך נקמץ וכל שנטעם נחלם.

ירק. בשש נקודות.

פסוק לא
והנה טוב מאד. במדרש רבה פ' ט' בתורתו של ר"מ מצאו כתוב. והנה טוב מות ור"ל בספר חדושיו על התורה וכדאמרינן נמי התם שהיה רשב"א יושב ודורש דבר זה בשם ר"מ וכן צריך לפרש הא דאמרינן התם פ' כ' ויעש ה' אלהים לאדם ולאשתו כתנות עור. בתורתו של ר"מ מצאו כתוב כתנות אור והתם נמי אמרינן כי היא היתה אם כל חי. רשב"א אומר עם כל חי. ובפי' רש"י הנה טוב מות הדא היא דכתיב טוב שם משמן טוב ויום המות מיום הולדו דשוב אינו חוטא. ועיין זוהר פ' תרומה סוף דף קמ"ט ודף קס"ג ופ' פקודי דף רכ"ט ופ' אחרי מות דף ס"ג ברעיא מהימנא. וכתב בעל מתנות כהונה בשם הירושלמי דר"מ היה דורש אור בעד עור בחילוף אחה"ע וכן כתב רבינו בחיי ז"ל וכיוצא בזה אמרו בב"ר פ' ב' ויאמר אלהים יהי אור זה אברהם הדא הוא דכתיב מי העיר ממזרח וגו' אל תקרי העיר אלא האיר. עוד כתב היפה תואר יש לומר דמאד הוא מות בחילוף האל"ף בוא"ו והדל"ת בתי"ו. דאותיות אהו"י ודטלנ"ת מתחלפות ועיין מ"ש בפ' ויגש אצל ובני דן חשים וד"ה ב' ל"ג על ויעתר לו וצפניה א'.