[א, א]
ויהי דבר ה' אל יונה -
אמרו חז"ל (בפ' החליל):
שיונה בן אמתי היה מצד אמו משבט אשר והוא היה בן האשה האלמנה שכלכלה את אליהו, ושאליהו החייהו, ומצד אביו היה משבט זבולון כמו שאמרו בספר מלכים יונה בן אמתי אשר מגת החפר, וגתה חפר היה בגבול זבולון (יהושע י"ט), ומבואר במלכים שם שהוא היה אשר משח את יהוא (כמו שאמרו חז"ל) והוא נבא לירבעם בן יואש שישיב את גבול ישראל מלבוא חמת עד נחל הערבה, וכ"ז לא הועיל כי ישראל לא שבו בתשובה עד שהיו מוכנים לילך בגלות על ידי מלך אשור, וכבר היה אשור מושל עליהם, לכן אמר לו ה'.

[א, ב]
קום לך אל נינוה וקרא עליה -
שישובו בתשובה ולא היה השליחות בשביל נינוה כי לא מצאנו שישלח ה' נביא מישראל להשיב את העכו"ם בתשובה, כי לא דבקה השגחת ה' לשלוח נביא רק בישראל, רק כי היתה ההשגחה על נינוה בשביל ישראל אחר שאשור הוכן להיות שבט אפו של ה' לרדות בו את ישראל שנתחייבו למקום, רצה ה' להשיבם בתשובה כדי שיהיו מוכנים למלאת גזרתו על ישראל, וגם כדי שלא יאמר המתלונן למה תביט בוגדים תחריש כבלע רשע צדיק ממנו, רצה ה' להראות שאשור יש לו זכות יותר מישראל שהם שמעו לדברי הנביא ועשו תשובה וישראל הקשו ערפם משמוע, וכאשר ידע יונה כי משליחות זה תצמח רעה לישראל, לכן חשב מחשבות בל ילך בשליחות זה, ובחר יותר לאבד את עצמו בים משיהיה הוא המסבב רעה לישראל.

וכבר כתב הר' יצחק אברבנל שמטעם זה אמרו חז"ל:

שיונה תבע כבוד הבן ולא תבע כבוד האב ושנתן נפשו עבור ישראל, (כמו שאמרו במכילתא פ' בא), כי בזה היה תלוי הצלת ישראל וכבודם בשני הטעמים הנזכרים.

והנה בפעם הראשון לא שלח על ידו נבואה מיוחדת כמו בפעם השני שא"ל קרא עליה את הקריאה אשר אנכי דובר אליך שהוא מה שקרא עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת, שאז לא נחתם עדיין גזר דין זה, ולא שלחו בתורת נביא מודיע גזרת עליון, שאם היה שולחו בענין כזה לא היה עובר על דברי ה', שנביא הכובש נבואתו חייב מיתה. רק א"ל קרא עליה סתם, היינו שיקרא באזניהם דברי מוסר ותוכחה להשיבם מעונותיהם, ובאר לו כי עלתה רעתם לפני, שעת תרבה הרעה במדה גדושה תעלה הרעה לפני ה' לקטרג, ואז בא רעתם וקטגה עליהם, ובעת יחתם גזר דין אז תרד הרעה שהיא הגזרה הנחרצה מלמעלה למטה. ואז עדיין לא נחרץ גזר דין, רק הרעה קטרגה עליהם, ושלחו להוכיחם, לא להודיעם גזר דינם, ולכן חשב יונה שבזה אינו בכלל נביא הכובש נבואתו כי לא נשלח לנבאות רק להוכיח ועובר רק על מצות עשה שצוהו ה' להוכיח, ולכן -

[א, ג]
ויקם יונה לברוח תרשישה -
באשר התירא פן ישלחהו שנית וישם דבר נבואה בפיו שילך בתורת נביא, שאז יהיה מוכרח ללכת, לכן הקדים לברוח מלפני ה'.
וכבר השקיף הר' יצחק אברבנל שיש הבדל בין מפני ה' ובין מלפני ה',
שמפני ה' - יאמר על ידיעתו והשגחתו ואיך יוכל לברוח מהשגחת ה' ואנה מפניו יברח,
אבל לפני ה' - בא על הדבקות והשראת השכינה בהיותו עומד ומתהלך לפני ה' ודבק בו.
ורצה לברוח לחו"ל ששם אין השכינה שורה, ומשם לא ישלחהו לנבאות, והנה בחר לרדת דרך ים ולא לברוח לחו"ל דרך המדבר, מפני שהנבואה תחול לפעמים גם בחו"ל כשחל עליו הרוח פעם א' בא"י כמו שאמר על מה שאמר ביחזקאל היה היה דבר ה' שנבא בחו"ל מפני שנבא כבר בא"י, ואליהו בברחו המדברה מפני איזבל ראה מראות אלהים בהר חורב, לכן עלה אל האניה, שחשב שבעת יהיה באניה לא תחול עליו רוח ה', אם מפני שיורדי הים דעתם בלתי מתישבת מצער הים עד בואם ליבשה כמו שאמרו חז"ל, אם מפני שאז לא יתבודד באשר היו על האניה עובדי אלילים שכ"ז תעכב בל תשרה השכינה עליו וזה שאמר וירד בה לבא עמהם תרשישה שרצה לבא עמהם בחברתם.

וכבר פירשו חז"ל, שנתן שכר כל האניה, כמו שאמר ויתן שכרה, וזה מבואר במה שאמר: וימצא אניה באה תרשיש שהיה ראוי לאמר אניה הולכת לתרשיש, רק שהאניה באה עתה מתרשיש, ודרך בעלי האניות שלא לשוב תיכף ביום בואם רק יעמדו כמה ימים עד ימצאו מכסת האנשים עוברי ים בדרך הזה שימלאו משכורת האניה, ומהר יונה לשלם שכר כל האניה, והיה לו בזה שתי כוונות:
אם שתלך תיכף,
ואם שלא ימצאו על האניה נפשות רבות, אחר שידע שהעוברים באניה יהיו בסכנה לא רצה שיאבדו נפשות רבות.

[א, ד]
וה' הטיל רוח גדולה אל הים -
באר שהרוח הזה לא היה בטבע הים אז, כי לא היה אז העת לסער, רק ה' הטילו בהשגחה, ולפעמים תבא הסערה מן היבשה ואז ינשוב הרוח בצד אחד ויגרש הספינה לצד שכנגדו, ואז ימצא הרוח בכל שטח הים, אבל רוח זה עמד בעומק הים מן המים עצמם, שלפעמים תבא הרוח מתהום המים. והיה סביב הספינה הזאת.

וכבר אמרו חז"ל: שהאניות האחרות עברו בשלום כי לא היה רוח כלל, ומתוך כך הרגישו המלחים שהוא עונש השגחיי.

ובמה שאמר: והאניה חשבה להשבר -
כתב הר' יצחק אברבנל:

שהאניה לא תשבר בלב ימים רק תטבע, ולא תשבר רק אם ישליכנה הרוח אל הסלעים אשר בחוף, וע"כ פירש שאנשי האניה מפחדם פן תטבע האניה בגלי הים ומשבריו חשבו מחשבות להטות האניה אל הארץ שתשבר שם, באופן שקצת ינצלו בהיותם קרובים אל היבשה.

וזה דוחק גדול שהלא אחר זה אומר ויחתרו האנשים להשיב אל היבשה, ומקרא מלא (יחזקאל כ"ז) רוח הקדים שברך בלב ימים, כי הרוח ישבר את התורן ומפרשי הספינה שהם עקר האניה כמו שאמרו בגיטין דף כ"ח.

[א, ה]
וייראו המלחים -
וע"י יראתם זעקו איש אל אלהיו בשהאמינו שהזעף הזה בא ע"י קצף אלהיהם, וגם עשו תחבולות אנושיות שהטילו את הכלים אשר באניה אל הים כדי שתקל האניה ותעלה על מי הים ולא תטבע, אמנם יונה ירד אל ירכתי הספינה וירדם, והיה כונתו באשר ירא שבעת תטבע הספינה ויפול לתוך הים יש אפשרות שיצוה ה' לגלי הים שיטרדוהו מגל אל גל עד יושלך אל היבשה כמעשה דר' עקיבא ביבמות, לכן ירד אל ירכתי הספינה.
שיש הבדל בין ספינה ובין אניה
שספינה - נקרא החלק מן האניה שהוא ספון ומכוסה למעלה והוא החדר התחתון שבאניה שמשם לא יפול אל הים רק יבואו מי הים עליו ויטבע שם, (וכמו שהתיר בשו"ת המבי"ט את הנשים שנטבעו בעליהם בחדר הספינה שאין לו דין מים שאין להם סוף לדעתו, באשר מי הים באים אל החדר).
וגם היה לו עוד טעם בזה, שבאשר ידע שהסער הזה הוא בשבילו ושאם ימות הוא תחלה יפסק הסער וינצלו אנשי האניה, ירד אל ירכתי הספינה ששם יכנסו המים תחלה ויחנקוהו, ואז ינצלו אנשי הספינה שהם עומדים למעלה.

[א, ו]
ויקרב אליו רב החובל -
הוא המנהיג את הספינה באשר אבדה כל תקוה מאתו להנצל בדרך הטבע, וחשב כי הסער הזה המשונה שבא רק על האניה הזאת הוא מפני הגזרה שנחרצה על אנשי האניה, וכשיקראו כולם אל אלהיהם יצוייר שיתנחם ויבטל הגזרה, אבל כשאחד מהם נרדם בלתי קורא לאלהים עדן תשאר הגזרה עליו, ותטבע האניה בשבילו, ועל זה אמר: קום קרא אל אלהיך אולי יתעשת פירש שישתנו מחשבותיו אל מחשבה אחרת ויבטל הגזרה, שלא נאבד.

[א, ז]
ויאמרו איש אל רעהו -
אח"כ הסכימו להפיל גורלות שעי"ז ידעו בשלמי הרעה הזאת, ופירש שיפילו גורלות רבות זה אחר זה שאם החטא תלוי בכולם יפול הגורל בכל פעם על איש אחר ואז ידעו כי כולם חייבים, ואם יפול בכל פעם על איש אחד אז ידעו כי הוא החייב, והנה יצוייר שהגם שיפול הגורל על איש אחד אינו החייב שעל ידו בא הסער, רק שהוא האיש היודע מי החייב ומה הוא הסבה להרעה, וגם זה נכלל במה שאמר ונדעה בשלמי הרעה הזאת, כי האיש ההוא שעליו נפל הגורל או שהרעה בשבילו או שהוא יודע ויודיע בשלמי הרעה, וספר כי הפילו גורלות רבות ובכל פעם נפל הגורל על יונה לא על זולתו.

[א, ח]
ויאמרו אליו הגידה נא לנו באשר למי הרעה הזאת לנו -
שאלו שתי שאלות:
א) על הצד שהוא עצמו החוטא אמרו הגידה לנו באשר הרעה הזאת לנו, היינו מה החטא שחטאת אשר עבורו באה הרעה, ועל הצד שהוא אינו החוטא רק שהוא יודע מי החוטא אמרו הגידה למי הרעה הזאת לנו, רצה לומר מי מאתנו הגורם זאת, והוסיפו לשאול מה מלאכתך וכו', באשר הקדמונים היו מאמינים כי יש על הים שר מיוחד שהוא אלהי הים. וההבילו עליו שיש לו שנאה על איזה בעלי אומניות מיוחדות שאינו מניחם לעבור בים, וע"ז שאלו מה מלאכתך, וכן אמרו שיש לו שנאה על מקומות פרטים ואינו מקבל אנשים שנכנסו אל הים באותן המקומות וע"כ אמרו מאין תבא, וכן שיש לו שנאה על ארצות מיוחדות ששונא יושביהם ועל עמים מיוחדים כנודע בהבלי הגוים הקדמונים ועל זה שאלו מה ארצך ואי מזה עם אתה.

[א, ט]
ויאמר אליהם עברי אנכי -
היא תשובה כללית לכל השאלות שהוא עברי שהם הולכי הים באניות ואין הים מתנגד לא להם ולא לארצם ולא למקומות שבארצם, כי הם לחוף ימים ישכנו, ועל מה מלאכתך אמר: את ה' אלהי השמים אני ירא שהוא נביא דבק באל עליון ואין הים מתנגד אל מלאכתו ויראת אלהיו. באשר ה' עשה את הים ואת היבשה והוא מושל בגאות הים, וזה היתה התשובה על הארבע שאלות האחרונות, ובודאי השיב גם על עקר השאלה ששאלו על מה הרעה הזאת והודיעם כי מלפני ה' הוא בורח, וכמו שאמרו בפסוק שאחר זה.
והר' יצחק אברבנל פירש: שמה שאמר את ה' אני ירא היינו שאני ירא מענשו על שברחתי מלפניו.

[א, י]
וייראו האנשים יראה גדולה -
כי מה שאמר תחלה וייראו המלחים היתה יראת הסכנה. אבל יראה זו היתה יראת ה' שהיא גדולה למעלתה לפי גדולת העצם שהתיראו ממנו, ויאמרו אליו מה זאת עשית, עי' המפרשים שהוכיחו אותו על רוע מעשהו, רצה לומר איך עשית כדבר הרע הזה לברוח מלפני ה', ומפרש כי ידעו זאת מפני שהגיד להם כנ"ל בפסוק הקודם.

[א, יא]
ויאמרו אליו מה נעשה לך -
שאלוהו אם רוצה לשוב בתשובה ולקבל עליו ללכת לנינוה, ואולי יהיה להם תקנה ע"י שישובו עמו ללכת אל חוף המוליך לנינוה, או שישיבוהו לא"י בחזרה ובזה ישתוק הים מעלינו.

[א, יב]
ויאמר אליהם שאוני והטילוני אל הים -
רצה לומר אין אני רוצה לשוב ולא ללכת לנינוה, וא"כ אין הסער כדי להשיבני לארצי או לנינוה, כי הסער בא לענוש אותי על העבר על שמריתי את פי ה', וזה יודע אני בבירור שאין הסער בשבילכם לענוש אתכם על מה שאתם מוליכים אותי לתרשיש כי אין זה מכונת ה', רק בשלי הסער מגדול הזה עליכם לענוש אותי לבד לא בשבילכם, וכשאטבע בים ישתוק הים מעליכם.

[א, יג]
ויחתרו האנשים -
והם רצו לנסות זה במה שחתרו להשיב אל היבשה וללכת בחזרה ליפו, ואם עקר כונת ה' להשיבו אל ארצו שברח משם הלא ראוי שיוכלו לשוב אל היבשה ולהשיב הבורח אל אדוניו, ולא יכלו כי הים הולך וסער אחר שיונה לא שב בתשובה, לא הקים סערה לדממה.

[א, יד]
ויקראו וכו' אל נא נאבדה בנפש האיש הזה -
רצה לומר אם לא נשליכהו אל הים הלא נאבד אנחנו ע"י נפש האיש הזה, שע"י נפשו החטאת נאבד כולנו וזה אין מן הראוי, ואם נשליכהו אל הים על צד זה נבקש אל תתן עלינו דם נקי להעניש אותנו על הטבעתו, (כי גם המחוייב עונש בידי שמים ויקבל ענשו ע"י בני אדם יענש הרצח אותו כמו שאמרו וגם את הגוי אשר יעבודו דן אנכי, וכמו שאמרו על והאלהים אנה לידו). כי אתה ה' כאשר חפצת עשית רצה לומר כי המעשה הזה לא תתיחס אלינו רק אליך שהקימות את הסער וחפצת להטביעו בים ואתה עשית, כי אנו מוכרחים לעשות זאת אחר שאם לא נשליכהו אל הים נטבע כולנו, א"כ המעשה מיוחס לך לא לנו.

[א, טו]
וישאו את יונה ויטילהו אל הים -
פירשו חז"ל:

שהטילו תחלה קצת גופו ושתק הים וכשהעלוהו חזר הסער,

וזה רמז במה שאמר: וישאו ויטלוהו, שלא הטילוהו תיכף רק נשאו אותו תחלה בידם ועשו בו נסיונות רבות וראו שע"י הטלתו עמד הים מזעפו, בענין שלא הטילוהו לים בלא הבחנה, שהיה להם הבחנות רבות, אם מאיכות הסער שהיה רק על האניה זאת, ואם מריבוי הגורלות שכולם נפלו על יונה, ואם מהודאת עצמו, ואם מן הנסיון האחרון שכל עת שטבלו אותו בים עמד מזעפו.