[ב, א]
וימן ה' דג גדול -
ה' הזמין במקום הזה דג גדול שבלעו כולו שלם ולא שבר עצמותיו, וזה ידוע שמן הנמנע שיחיה אדם במעי הדג אפי' שעה אחת, שהאדם צריך שאיפת רוח קר מבחוץ, אולם באשר כבר נגזר עליו מיתה ונחשב כאילו נולד שנית שם לו ה' טבע העובר, הנוצר ומתקיים ט' חדשים במעי אמו מבלי שאיפת רוח.
כמו שאמר הר' יצחק אברבנל: והיה זה א' מפלאי הבורא כנס של חנניה מישאל ועזריה בכבשן האש וכדומה.

[ב, ב]
ויתפלל ממעי הדגה -
חז"ל אמרו:

שהיה תחלה במעי דג זכר ואח"כ פלטו ובלעתו דגה נקבה והיה צר לו שם מן הביצים אשר במעיה,

ובאמת שם דג כולל זכר ונקבה, ושם דגה הוא שם הקיבוץ, כמו: והדגה אשר ביאור מתה, וממה שכתב ממעי הדגה מורה שהיה במעיה קיבוץ דגים רבים, ומזה מבואר שהיה דג נקבה בעת ההשרצה שכבר ימצא בדג א' כמה רבבות ביצים שהם דגים רבים, ודבריהם אמת.

[ב, ג]
ויאמר קראתי -
תפלה זו נחלקת לג' חלקים:
חלק א' - יספר עת השליכוהו לים שאז התיאש מן החיים, אבל כשבלעו הדג חי במעיו ראה כי יתנוסס עמו נס ופלא ושחיה יחיה,
חלק ב' - אחר שפלטו הדג שנשלך שנית בעמקי תהום רבה התיאש שנית, וכשבלעתו הדגה ראה שנית כי חיה יחיה,
חלק ג' - עת הצר לו במעי הדגה שאז קבל על עצמו לשמוע בקול ה' וללכת לנינוה כדבר ה', ואמר תחלה דרך כלל קראתי מצרה אל ה' ויענני על שני הפעמים שהושלך לים וקרא אל ה' ויענהו ע"י שבלעו הדג והדגה, ועתה מבטן שאול שועתי, היינו בטן הדגה הנמשל כשאול המוכן להשחיתו ואבטח כי שמעת קולי, ותוציאני לרויה.

[ב, ד]
ותשליכני -
חלק א' - מתחיל לפרש מה שאמר קראתי מצרה אל ה', שתחלה השלכת אותי מצולה בלבב ימים שהוא מה שהשליכו אותו מן האניה אל הים, ונהר יסובבנו, שם נהר בא אל המים המושכים, ומובדל מן הים שהמים שבו עומדים ונקוים, אבל אז שהסערה שהתחוללה בים היה מן התהום שמי הים עצמו התרגשו ונשאו דכים למטה, נקרא נהר, כי אז לא עמדו המים רק נמשכו בעיגול סביב עצמם, וסבבוהו סביב סביב, ואז, כל משבריך וגליך עלי עברו, שלא צף על הגלים כמעשה דר' עקיבא רק נפל בעומק הים מקום שהמים שוטפים למטה והגלים עברו עליו מלמעלה.

[ב, ה]
ואני אמרתי -
רצה לומר אז חשבתי כי נגרשתי מנגד עיניך, אך במה שראיתי את הנס שבלע אותי הדג ונשארתי בחיים ראיתי כי עוד עיניך והשגחתך עלי, ובזה ידעתי כי אוסיף להביט אל היכל קדשך.

[ב, ו]
אפפוני -
חלק ב' - אח"כ כשפלט הדג אותו שנית אל הים, אז אפפוני מים עד נפש, ולא המים שבשטח הים כבתחילה, רק תהום יסובבני כי הדג היה עמו בעומק תהום ולשם הקאו, וים סוף שהוא המים שלמעלה מן התהום שנקרא בשם סוף (כי הדג הוליכו דרך ים סוף שמשם הוליכו לנינוה) היה חבוש לראשי, כי היה הים למעלה מראשו אחר שהוא היה בתהום רבה.

[ב, ז]
לקצבי הרים ירדתי -
שהיה בעומק התהום שתחת ההרים, כי ההרים מכסים על התהום מלמעלה עד שהארץ המכסה את התהום שתחת הארץ שמה בריחיה בעדי לעולם, שלא היה אפשר שיצוף על פני המים אחר שעליו היתה הארץ שעל התהום סוגר כבריח ודלתים, ובכ"ז ותעל משחת חיי, שהוא ע"י שבלעתו הדגה שנית ונשאר שנית בחיים, וכ"ז מפרש מה שאמר קראתי מצרה לי אל ה' ויענני.

[ב, ח]
בהתעטף -
חלק ג' - יפרש מה שאמר מבטן שאול שועתי, כי עתה בהתעטף עלי נפשי שהיה קרוב למות במעי הדגה ע"י דוחק הולדות שבמעיה, את ה' זכרתי עתה זכרתי להתפלל ולשוב בתשובה ולהבטיח כי אמלא דבר ה' ותבוא אליך תפלתי אל היכל קדשך.

וחז"ל אמרו:

שהיה בתהום שתחת הר ציון שעליו עומד הבהמ"ק, שעל זה אמר: לקצבי הרים ירדתי, ושמעת תפלתי מהיכל הקדש:

[ב, ט]
משמרים -
עתה שקבל על עצמו ללכת לנינוה ולהוכיחם כדבר ה', אמר אל עצמו דברי תנחומים, הלא אלה אנשי נינוה שהם משמרים הבלי שוא ומאמינים בע"ז, הכי אפשר שחסדם יעזבו שיעזבו את הע"ז שלהם (מלשון חסד וחרפה) הלא בודאי לא ישובו מחטא ע"ז שבידם, או רצה לומר הגם שישובו לפי שעה הלא אח"כ יעזבו חסדם ויתחייבו כליה שנית.

[ב, י]
ואני -
ולכן אזבח לך בקול תודה, כי ארבעה צריכים להודות, יורדי הים וכו' רצה לומר אביא זבח תודה ואודה לך חסדך, וגם אשר נדרתי אשלמה ללכת אל נינוה, ומה שיראתי שע"י מלך אשור יגיעו רעות לישראל שלכן מנע את עצמו מלכת כנ"ל, ישועתה לה' אקוה שה' יושיע את ישראל מכל צרותם.

[ב, יא]
ויאמר ה' לדג -
העיר את רוח הדג שילך עמו אל שפת הים ויקיאנו אל היבשה.

וחז"ל אמרו בפרקי דרבי אליעזר:

שהדג הלך עמו תשע מאות וששים וחמשה פרסאות. וזכר לדבריהם לה' ויאמר ה' לדג ויקא את יונה בגימטריא הכי הוה: