[ג, א]
ויהי דבר ה' אל יונה שנית,-
הר' יצחק אברבנל כתב על מה שאמרו חז"ל:

ששנית דבר עמו לא שלישית, שזה מוכרח ממה שאמר בסדר עולם שיונה משח את יהוא בשנת ג"א ס"ב לבריאת עולם וחיה עד זכריה שמלך ג"א קקס"ד,

הרי חיה מיום שהתחיל להתנבאות מאה ושתים שנה ולא מצאנו לו נבואה אחרת במשך הזמן הזה כי אם שתי הנבואות שנבא על נינוה מזה ידענו שנחדלה ממנו הנבואה מני אז, וראוי היה להעשות כן אחר שהוא נאץ את הנבואה ולא רצה למלאות דבר ה', ויפלא שהוא סותר את עצמו מה שאמר אחר זה בסמוך שנבואת יונה על נינוה היתה שש שנים לפני חורבן שומרון שזה היה בימי הושע בן אלה וא"כ נבא עוד י' שנים בימי מנחם בן גדי, ב' שנים בימי פקחיה בנו, כ' שנים בימי פקח, ושלש של הושע, הרי נמשך זמן נבואתו קל"ז שנה, וגם הלא נבואת נינוה היתה בסוף ימיו ואיך נביא ראיה ממה שלא דבר עמו ה' קודם למעשה זו לאמר שהיה עתיד ליקח הנבואה ממנו, ואז לא סרב עדיין בשליחות, עוד יתפלא שבס' נחום כתב שארבעים שנה מאותו זמן שנבא יונה היה חורבן שומרון ועוד יתחברו אל זה שמונים שנה והיה חורבן נינוה, והלא מן חורבן שומרון עד חורבן נינוה שהיה בשנת ד' ליהויקים היה קי"ד שנה, וגם סותר למה שאמר שנבואת יונה היתה שש שנים לפני חרבן שומרון.

[ג, ב]
קום לך -
בפעם הזאת כבר נחתם גזר דינם לכן לא אמר כי עלתה רעתם לפני, רק שלחהו בדרך נבואה שיודיע להם את אשר נגזר עליהם שנינוה תהפך בעוד ארבעים יום.

[ג, ג]
ויקם וילך אל נינוה כדבר ה' -
מפני שבפעם ראשון צוה שיקרא להם דברי תוכחה שישובו מעונותיהם, ובפעם הזה צוה שינבא להם את גזר דין שנגזר עליהם, היה ספק אצלו אם יקיים גם הדבור הראשון ויודיע להם היעוד של ההפיכה וגם יוכיחם על עונותיהם, באר שעתה לא קרא רק כדבר ה' שדבר לו עתה, שאחר שהודיע לו הגזר דין חשב שלא תועיל להם עוד תשובה ושנבטל הדבור הראשון, ונינוה היתה עיר גדולה לאלהים יחסה אל האלהים מפני גדלה כמו הררי אל שלהבת יה, או רצה לומר שהיתה חשובה בעיני אלהים לעיר גדולה עד שלכן חס עליה מהשחיתה.

[ג, ד]
ויחל יונה לבא בעיר מהלך יום אחד ויקרא -
מפני שהיה מסתפק מתי יתחילו זמן הארבעים יום אחר שהיתה מהלך ג' ימים ואם היה קורא תיכף, ביום הראשון יתחילו היושבים בקצה העיר לחשב הארבעים יום מאותו יום והיושבים בקצה השני יתחילו לחשב מיום השלישי, לכן המתין עד שהלך מהלך יום אחד וקרא ביום השני וחשב שמאותו יום יתחיל החשבון שהוא יום הממוצע, ויקרא עוד ארבעים חוץ מיום זה, שהוא ארבעים עם יום האחרון, ובזה תתקיים נבואתו בכל אופן.

והר' יצחק אברבנל:

חשב בכאן חשבונות רבים איך לא נתקיימה נבואת יונה, ופירש שמה שאמר ונינוה נהפכת נתקיים בכל אופן שהיה הכוונה או שתתהפך במעשיה ותכונתה מרעה לטובה או שתתהפך ממש, עוד כתב שנתקיים הדבר שפירש ארבעים יום היינו ארבעים שנה וחשבון עוד שמספרו שמונים. ורצה לומר עוד וארבעים היינו ק"ך שנה שק"ך שנה אחר זה נחרבה ע"י נבוכדנצר,

וכבר כתבתי שיש סתירה בחשבונותיו אלה, ובאמת א"צ לכל זה, כי היעודים האלהיים הם תנאים, אם לא ישובו מדרכם הרע נינוה נהפכת, כמו שאמרו: רגע אדבר על גוי וכו' לנתוש ולנתוץ וכו' ושב הגוי ההוא וכו', ומה ששאל שהיה לו ליונה לפרש שתהיה נהפכת אם לא ישובו בתשובה, אינה קושיא כי כבר ידעו זאת ממה ששלח להם נביא להתרות בם, שאם היתה הגזרה חרוצה בלי השנות לא היה צריך להודיע זה ע"י נביא שהנביא לא ישולח רק להשיב את העם בתשובה ולבטל הגזרה, ובאמת היה ראוי ליונה עצמו לעשות כן שכן נצטוה בפעם הראשון, רק הוא לא מלא כל הדברים ולא הכריז רק הגזרה שבאה אליו בדבור השני מפני שהיה רצונו שיטעו ולא יעשו תשובה, ואם נרצה לומר כדברי הר' יצחק אברבנל שנתקיים הגזרה אחר שנים, יש לומר שהיה שליחות יונה בימי מנחם בן גדי ונתקיים הגזרה קצת על מלכות אשור בשנת ט"ו לחזקיה שהיה ארבעים שנה אחר שליחות יונה שיצא מלאך ה' והפך את מחנה אשור שנינוה היתה ראש מלכותו, ובני המלך הכוהו בחרב, ונתקיים היעוד קצת.

[ג, ה]
ויאמינו אנשי נינוה באלהים -
והיה החדוש שהאמינו תיכף ולא בקשו אות או מופת ותיכף התחילו בתפלה ע"י שלבשו שקים לתענית והכנעה, והעם לא התעוררו לתשובה כי לא עלה על דעתם שהם חוטאים כי יונה לא הודיעם זאת כנ"ל.

[ג, ו]
ויגע -
אבל בעת שהגיע הדבר אל המלך אז התעורר גם הוא, אם להכנע בעצמו במה שקם מכסאו ויעבר אדרת מלכות מעליו ותחת אדרת ויכס שק, ותחת הכסא וישב על האפר.

[ג, ז]
ויזעק -
וחוץ מזה צוה להכריז, מטעם המלך וגדוליו ועצתיו יצא הכרוז לאמר:
א) האדם והבהמה (היינו הבהמה הנמצאת בבית האדם) אל יטעמו מאומה, והבקר והצאן הרועים בשדה אל ירעו, וכולם מים אל ישתו.

[ג, ח]
ויתכסו -
גם בכסוי השק יכללו גם הבהמה והוסיף:
א) תפלה, שיקראו אל אלהים בחזקה,
ב) תשובה שישובו כל איש מדרכו הרעה ומן החמס, כי על החמס אין מועיל הוידוי והחרטה עד שישיב את החמס הנמצא בכפיו, אל בעליו.

[ג, ט]
מי יודע ישוב -
שכל אחד ישוב מן העון שיודע, בענין שחייבם לעשות תשובה על הנסתרות ג"כ, וכמו שיתחרטו המה, כן ונחם האלהים מן הגזרה, ובזה הבטיחם שישוב האלהים מחרון אפו, כי ממה ששלח אליהם נביא הבין שיש להם תקנה בתשובה.

[ג, י]
וירא האלהים את מעשיהם -
רצה לומר שתחלה ששבו אנשי נינוה היה רק חרטה אבל לא שבו במעשה שיתקנו החטא העבר ע"י מעשה, אבל אחר פקודת המלך ראה אלהים את כל מעשיהם כי שבו, ששבו במעשה שהשיבו את הגזל ואת העשק בפועל, לכן וינחם האלהים על הרעה, והגם שלא שבו רק על חטא הגזל לא על ע"ז, בכ"ז אחר שגזר דין נחתם על הגזל וזה תקנו, לא עשה את הרעה, רצה לומר שאם היתה הרעה מוכנת לבא עליהם בטבע עפ"י המערכה היתה באה עליהם גם אז, אחר שעדן עבדו ע"ז והיו תחת המערכה לא ישדד ה' הטבע לעובדי ע"ז, אבל אחר שמצד הטבע לא היתה הרעה עתידה לבא עליהם רק ה' יעד לעשות הרע ע"י עונש השגחיי, וכששבו על חטא גזל לא עשה, והניחם להתנהג על פי הטבע והמערכה.