[ד, א]
וירע אל יונה -
פירש הר' יצחק אברבנל:
הרעה הנזכרת פה הוא חולי שבעצבון לבו נפל וחלה חולי ויבקש מותו, וזה לפי שיונה חשב שלא תשוב הגזרה מעליהם עד שישובו בין באמונות ודעות בין במעשים והם לא שבו רק מהמעשים כמו שאמרו וירא אלקים את כל מעשיהם כי שבו ועדן החזיקו בעבודות זרות, ובכ"ז נחם ה' על הרעה, מזה הבין שה' השאירם מפני שהם מוכנים להיות שבט אפו על ישראל וזה הרע לו, ופירש שהרע לו על שהוא היה הסבה להשאיר מטה חובלים על ישראל שנתן נפשו עליהם, וגם חרה לו על הדבר מדוע יגברו המה על ישראל אחר שהם עדן עובדי ע"ז?!

[ד, ב]
הלא זה דברי -
רצה לומר עוד בהיותי על אדמתי בא"י טרם שהלכתי אל נינוה היה זה דברי כי אתה נחם על הרעה. רצה לומר שידעתי אז שאין בדעתך להביא עליהם את הרעה ונחמת עליה תיכף בעת הגזרה מצד החנינה והארכת אפים אף שלא יעשו תשובה כראוי, שהרי הם לא עשו תשובה על חטא ע"ז ובכ"ז לא הבאת עליהם את הרעה מפני שנחמת על הרעה מאז ולכן בעלילה קלה בטלת את הגזרה, ועל כן קדמתי לברוח תרשישה רצה לומר שלא ברחתי מפני שחשבתי שיעשו תשובה כראוי שאז לא הייתי מסרב ללכת בשליחות להשיב תועים מני דרך רק מפני שידעתי שאף שישארו עובדי עצבים לא תשחיתם ע"כ לא רציתי ללכת בשליחות.

[ד, ג]
ועתה ה' -
אחר שהם לא עשו תשובה, ובכ"ז נשארו ויהיו שבט מרדות לישראל קח נא את נפשי, בשאני גרמתי זאת.

[ד, ד]
ויאמר ה' ההיטב חרה לך -
א"ל למה חרה לך מפני שיחשבו אותך כנביא שקר על שלא נתקיימה נבואתך, וכי הייתי מתנבא על דבר טוב שיחרה לך שלא נתקיים הנבואה, שאם היה הנבואה על היטב ולא נתקיימה אז יוחזק הנביא לנביא שקר כי היעוד הטוב הבא ע"י נביא מוכרח שיתקיים בכל אופן אף שהעם ירעו מעשיהם, מה שאין כן ביעידת הרע שאם ישובו בתשובה תבטל הגזרה ולא יכזב הנביא בזה, וכמו שהתבאר בדברי ירמיה לחנניה בן עזור (ירמיה כ"ח).

[ד, ה]
וישב וכו' עד אשר יראה מה יהיה בעיר -
שחשב שאעפ"י שבטלה הגזרה ולא תהיה מהפכה הכוללת בכ"ז א"א שלא יהיה איזה רושם ויהיה איזה רע בעיר וכמו מעשה העגל שכתב וינחם ה' על הרעה ובכ"ז ויגוף את העם אשר עשו את העגל, וכן פי' הר' יצחק אברבנל.

[ד, ו]
וימן אלהים קיקיון -
כי צל הסוכה לא היה מגין הרבה כמו שאמרו וישב תחתיה בצל, מבואר שלא היה הצל בכל הסוכה כי דפנות הסוכה לא סככו רק נגד הצד שעמדה שם השמש, והוצרך לישב בבקר תחת קיר מזרחי ובצהרים לא היה צל כלל והקיקיון עשה צל למעלה על ראשו להציל לו היינו לראשו שהיה מוכן לפגע מחום השמש, וישמח יונה על הקיקיון כי יונה דן מזה שרצון ה' שישב מקדם לעיר כי יתילד שם איזה דבר בעיר ומעכב אותו אשר שלומת רשעים יראה.

[ד, ז]
ותך את הקיקיון -
שחתכתו למטה בשרשו ועי"כ נתיבש.

[ד, ח]
רוח קדים חרישית -
שמחרשת האזנים מרוב המייתה והוא רוח חם מאד.

[ד, ט]
ההיטב חרה לך על הקיקיון -
שאל אותו וכי זה דבר טוב, בעבור קיקיון שהוא דבר קל מאד חרה לך, ויאמר היטב חרה לי רצה לומר ראוי שיחרה לי מפני שהוא עד מות שע"י חסרון הקיקיון הנני הולך למות כי נולד לו קדחת מרוב תבערת החום עד שהתעלף והגיע עד שערי מות.

[ד, י]
ויאמר ה' אתה חסת על הקיקיון -
מבואר אצלי שיש הבדל בין חוסה ובין יתר לשונות כמו חמל רחם, שהחוסה הוא מצד צרכו אל הדבר כמו ועינכם אל תחוס על כליכם, א"ל אתה חסת על הקיקיון מפני שיש לך בו צורך להיות לך לצל, הגם שזולת זה אין דבר מה שיעורר אותך שתתעצב עליו לא מצד שעמלת בו בנטיעתו או בגדולו, שעל זה אמר אשר לא עמלת בו, שדרך הפועל לחוס על מעשה ידיו ולא מצד הדבר עצמו שהוא דבר יקר וקיים, כי בן לילה היה ובין לילה אבד שהוא ציץ נובל שאין בו ממש:

[ד, יא]
ואני לא אחוס על נינוה -
שהם מעשה ידי, והוא דבר יקר שהיא העיר הגדולה והגם שרבים עובדים ע"ז שם, הלא יש בה הרבה משתים עשרה רבוא אדם אשר לא ידע בין ימינו לשמאלו שאין להם דעת להבחין בין עבודת האל המיוחד שימלץ בצד ימין, כמו שאמר כי מימיני בל אמוט, ואני תמיד עמך אחזת ביד ימיני. ובין עבודת השמאל שעובד להטבע והמערכה, המיוחס לצד שמאל, ואין להעניש אותם על הסרון דעתם, וגם יש בה בהמה רבה ואם אדם חטא בהמה מה חטאה, ובזה קבל מענה ג"כ על עונש ישראל שהם כבר למדו להבדיל בין הימין והשמאל כי קבלו דת אלהי ואמונה אמתית והם ראוים לעונש על ע"ז שעבדו, הגם שאנשי נינוה יענשו על זה.