פסוק ב
וקרא עליה. ר"ל שיוכיחם ויזהירם וכדרך הנביא ועדיין לא פירש לו מה יקרא
כי עלתה רעתם. הרעות שהם עושים עלתה למרום לעמוד לפני לקטרג עליהם (ולפי שננוה הוא ראש מלכות אשור שבט אפו של המקום ב"ה רצה להחזירם למוטב למען יעמדו להיות רצועה מרדות על ישראל) :

פסוק ג
לברוח תרשישה. הוא חוץ לארץ מקום שאין הנבואה שורה על הנביאים וז"ש מלפני ה' ור"ל מהמקום שהוא לפני ה' והוא א"י שהוא מקום קבול הנבואה כי פחד פן יבוא לו הנבואה עוד פעם ויפרש מה יקרא ויוכרח ללכת ועל כי העמדת נינוה היה רעה לישראל לכן לא היה חפץ להיות שליח בדבר כי היה טוב בעיניו שיעמדו ברשעם ויאבדו ולא יהיו לשטן לישראל, ורז"ל אמרו שחשב יונה שהנה העכו"ם קרובי תשובה הם ויחייבו את ישראל שאינם ממהרים לשוב
וירד יפו. מקום שפורשים שם הספינות
באה תרשיש. היתה מוכנת ללכת ולבוא לתרשיש
ויתן שכרה. הקדים ליתן שכרה תחילה ולא עוד אלא שנתן שכר כל הספינה למען תמהר ללכת
לבוא עמהם. עם אנשי הספינה:

פסוק ד
הטיל. הסיע והמשיך אל הים רוח גדולה והיה סער גדול בים
והאניה. ר"ל אנשי האניה חשבו שהאניה תשבר מחוזק הרוח המוליכה ברדיפה ונדנוד רב מהרמת הגלים וכובד משא הספינה מונע הרדיפה והוא סיבה לשבירת הספינה:

פסוק ה
וייראו המלחים. מוליכי הספינה פחדו וכ"א מהם צעק להתפלל אל העכו"ם שלו
ויטילו. השליכו את הכלים מן הספינה אל הים להקל מעליהם המשא למען תוכל ללכת ברדיפה מבלי מונע
אל ירכתי. ר"ל אל אחת מהירכתים וכן ויקבר בערי גלעד (שופטים יב) :

פסוק ו
מה לך נרדם. מה לך שנרדמת כאומר וכי אינך מרגיש שאנו עומדים בסכנה
קרא אל אלהיך. התפלל לפניו
אולי יתעשת. ע"י התפלה אולי יחשוב האלהים לנו שלא נאבד :

פסוק ז
ויאמרו. אנשי הספינה
גורלות. אמרו להפיל גורלות הרבה כי לא רצו לסמוך על גורל אחד כי פן במקרה נפל על זה אבל כשיפול פעמים מרובות על אחד יהיה נראה שאין זה מקרה
בשלמי. בעבור מי בא עלינו רעת הסכנה הזאת
הגורל. ר"ל כל גורל וגורל :

פסוק ח
הגידה נא לנו. הואיל וכל הגורלות נפלו עליך הגידה עתה לנו באשר למי ר"ל במה היה החטא ולמי חטאת שבסבתו בא לנו רעת הסכנה הזאת וכאלו יאמרו אם היה בדבר העושק א"כ אפשר להחזיר העושק ואם הרעות למי בדבר הגדוף וכיוצא אפשר לפייסו בממון
מה מלאכתך. ר"ל אולי יש בידך מלאכת רמיה והונית אנשים מרובים עד שלא תדע מי ומי המה להחזיר להם העושק
ומאין תבוא. ר"ל שמא עשקת במקום שבאת משם ואולי רב הדרך ואין לבוא שמה להחזיר העושק
מה ארצך. ר"ל שמא עשית דבר היפך מנהג ארצך וכאלו חטאת לכולם ומי יכול לפייס את כולם
ואי מזה עם אתה. מ"ם השמוש כמו הפוך כאלו אמר ומאי זה עם אתה ר"ל מי הוא אלהיך וכאלו יאמרו פן עשית דבר שלא כדת אלהיך ואין א"כ מקום לפייסו בממון:

פסוק ט
עברי אנכי. כאומר אין לכם לשאול כל השאלות הללו כי לא חטאתי לבן אדם ולכן על השאלה ששאלתם באחרונה ואי מזה עם אתה ע"ז השיב עברי אנכי ולתוספת ביאור אמר ואת ה' אלהי השמים אני ירא וכאלו יגיד בזה שאליו חטא
אשר עשה את הים ואת היבשה. ר"ל כמו שעשה את היבשה כן עשה את הים ובכל מקום משלה ידו וכאלו יאמר הנה גם בים מצאה אותי יד ה' וכאלו יכריחני ללכת לנבאות על נינוה וזהו האמירה לגבוה ועל חנם ברחתי בחושבי שפה לא יבוא אלי דבר ה' והנה כאלו באה:

פסוק י
וייראו וגו'. בשמעם שחטא לה' ואין א"כ מקום לפייס בממון לכן פחדו מאד
מה זאת עשית. לא אמרו כשואלים אלא כמתמיהים כאומר איך עשית דבר כזה למרוד פי ה' ולברוח ממקום הנבואה ודוגמתו מה עשית ותגנוב את לבבי (בראשית לא) שהוא ענין תימה
כי ידעו האנשים. היה נודע להם שהוא בורח מלפני ה' ממקום הנבואה
כי הגיד להם. ר"ל ע"פ הדברים שאמר הבינו אמיתת הענין כאלו הגיד להם בפה מלא:

פסוק יא
מה נעשה לך. מה נעשה עמך שישתוק הים מעלינו ולא יוסיף להרעיש עוד בהרמת הגלים
כי וגו'. ר"ל הנה הים מרעיש בגליו בכל פעם יותר ולכן אין פנאי להתעכב ולהתיישב בדבר לזה אמור אתה מה נעשה עמך וכן יקום:

פסוק יב
שאוני. קחו אותי והשליכו אותי אל הים ובודאי ישתוק הים מעליכם כי ידעתי שבעבורי בא הסער הגדול הזה עליכם:

פסוק יג
ויחתרו. היו משתדלים עם המשוטות להשיב הספינה אל היבשה בחשבם ששם יטלו את יונה אל היבשה והם ילכו לדרכם
הולך וסוער עליהם. ר"ל הרעשת הגלים היה עליהם מן היבשה למול פניהם להרחיק את הספינה אל תוך הים:

פסוק יד
אל נא נאבדה. לא נהיו עתה נאבדים בעון שנשלח יד בנפש האיש הזה להשליכו אל הים
ואל תתן וגו'. ר"ל אל תחשב לנו כאילו שפכנו דם נקי
כי אתה ה'. ר"ל הלא הכל בידך ומעולם עשית כאשר חפצת ואם היה חפצך להמיתו שלא על ידינו הלא אין מעצור בידך להמית אותו לבד אלא ודאי הגזירה היא להמיתו על ידינו:

פסוק טו
ויעמוד. שתק ונח מקצף הרעשת גליו:

פסוק טז
ויראו וגו'. בראותם השגחת המקום ויכלתו
ויזבחו. ר"ל קבלו על עצמם לזבוח לה' בבה"מ
וידרו נדרים. לחלק צדקה לעניים: