פסוק א
וירע. כי בנבואה נאמר לו שניחם ה' והיה רע בעיניו וחרה על עצמו כדרך המיצר:

פסוק ב
ויתפלל. התפלה היה מה שאמר במקרא שלאחריו קח נא את נפשי
הלוא זה דברי. התנחומין הזה היה עם מחשבותי בעוד שהייתי על אדמתי עד לא ירדתי אל הים ובעבור זה הקדמתי לברוח תרשישה טרם בא לי הנבואה פעם שנית
כי ידעתי. מאז ידעתי שאתה אל חנון וגו' ומקבל השבים ומתנחם על הרעה ולזה היה קשה עלי הנבואה הזאת כי היה טוב בעיני שלא ישובו ויאבדו בעונם ולא יהיו רצועה מרדות על ישראל, ולפ"ד רז"ל יאמר הנה בזה תוסיף כעסך על ישראל בראותם כח התשובה ואינם לוקחים מוסר ועל זה חשבתי מתחלה ולכן היה קשה עלי הנבואה:

פסוק ג
ועתה ה'. הואיל וכן הוא אבקש ממך שתקח את נפשי ממני כי טוב מותי מחיי לראות באבדן בני עמי אשר ע"י באה הסבה:

פסוק ד
ההיטב חרה לך. בה"א התימה וכאומר הנה אראך במופת שאין מהדין שיחרה לך וקצר בדבר המובן כי בדבר הקיקיון הנאמר בענין הראה לו זאת:

פסוק ה
עד אשר יראה וגו'. כי חשב אולי לא יעמדו בתשובתם ותחזור הגזירה למקומה:

פסוק ו
וימן. הצמיח עשב קיקיון וגדלה למעלה ועלה ממעל ליונה להיות לו לצל להצילו מזריחת החמה הרעה לו כי צל הסוכה הוא דבר שאינו מתמיד כי הולך ומתייבש מחום השמש ולא כן הקיקיון היונק רטיבות הארץ
וישמח וגו'. על כי היה לו לצל מתמיד:

פסוק ז
בעלות השחר. בעת שעלה השחר למחרת יום שמחתו
ותך. התולעת חתכה ופסקה את הקיקיון ממקום יניקתו ולא בא לו עוד רטיבות הארץ ולכן נתייבש מחום השמש:

פסוק ח
רוח קדים. היא העזה שברוחות וחמה ביותר ולא היה דבר עומד בפניה כי הוא ישב במזרח העיר
חרישית. ר"ל משמיע שאון רב עד שהיה מחריש את האזנים
ותך השמש. ר"ל השמש השליך ניצוציו על ראש יונה
ויתעלף. בעבור חמימת הרוח וחום השמש
וישאל את נפשו. שאל ובקש את נפשו להפרד ממנו למען ימות
ויאמר. אמר אל נפשו טוב מותי מחיי וזהו על כי נחלה מאד מתוקף חמימות הרוח וניצוצי השמש וסבל יסורים הרבה:

פסוק ט
ההיטב. בה"א השאלה ששאל לו אם מאד חרה לו על אבדן הקיקיון
עד מות. עד שאבחר המיתה בעבור זה או ר"ל עד המיתה יחרה לי ולא אנחם כל ימי עולם:

פסוק י
אתה חסת. הנה אתה חסת ונצטערת על אבידת הקיקיון אשר אתה לא עמלת בו בחרישה ובזריעה ולא גדלת אותו להשקותו ולזבלו כי הדרך שאדם חס ומצטער על אבידת דבר שעמל בו ולא כן יחוס ויצטער על אבידת דבר שלא עמל בו
שבן לילה היה. ר"ל ועוד שבלילה אחד גדל וצמח ומיד בלילה שאחריה נאבד כי בעלות השחר הכהו התולעת עד לא זרחה השמש וכאומר הלא אין לחוס על דבר הנעשה מהר ולא עמד זמן רב:

פסוק יא
ואני לא אחוס. ר"ל הלא נינוה היא מעשה ידי ואיך אני לא אחוס על עיר גדולה כזאת
הרבה וגו'. ר"ל יותר משתים עשרה וגו'
אשר לא ידע. אשר כל אחד מהם אינו יודע להבחין בין ימינו לשמאלו והם הקטנים שאין לחשוב להם עון ואין בהם עונש אלא בעבור האבות וכיון שהאבות שבו הנה הם בלא עונש וכן בהמה רבה שיש בעיר שאין להם עונש ועל כל אלה ראוי לחוס ולחמול: