כיון שראה הקב"ה באנשי נינוה ששבו מדרכם, נח מכעסו ועמד מכסא דין וישב על כסא רחמים ונתרצה ואמר: סלחתי!
מיד נפל יונה על פניו ואמר: רבש"ע, יודע אני שחטאתי לפניך מחול לעוני שברחתי לים, שלא ידעתי כח גבורתך, ועכשו ידעתי, שנאמר: ידעתי כי אתה (ה') אל חנון ורחום.
א"ל הקב"ה: אתה חסת על כבודי וברחת מלפני לים, אף אני חסתי על כבודך והצלתיך מבטן שאול.
ומרוב חמה שהיה במעי הדגה נשרף בגדו ומעילו ושערותיו, וזבובין ויתושין ונמלים ופרעושים שרויים עליו ומצערין אותו, עד שבקש נפשו למות, שנאמר: וישאל את נפשו למות.

מכאן אמרו:
כל שאפשר לו לבקש רחמים על חברו או להחזירו בתשובה ואינו מחזירו, בא לידי צער.
מה עשה הקב"ה?
העלה קיקיון על ראש יונה בלילה ובשחרית עלו עליו רע"ה עלין, וצל כל עלה ועלה ארבעה זרת וטפח, ארבעה אנשים יכולים לישב בצלו תחת הקיקיון לכבוש את השמש.
זימן הקב"ה תולעת והכה את הקיקיון ויבש ומת, וזבובין ויתושין שרויין עליו ומצערים אותו מכל צדדים, עד שבקש נפשו למות.
באותה שעה זלגו עיניו דמעות כמטר לפני הקב"ה, ואמר לו: יונה, מפני מה אתה בוכה?
יש לך צער על זה שלא גדלתו לא הכנסת בתוכו זבל ולא השקית בו מים לילה אחד חיה ולילה אחת יבש, כך חסת עליו ואני לא אחוס על נינוה העיר הגדולה?!
באותה שעה נפל על פניו ואמר: הנהג עולמך במידת רחמים, דכתיב: לה' אלהינו הרחמים והסליחות.