[ג, א]
תפלה לחבקוק -
תפלה זו נחלקת לשלשה חלקים:
(חלק א' עד מהר פארן סלה פסוק ג') התפלל על זמן הגלות שלא יסתיר ה' פניו מעמו וסיים במלת סלה.

(חלק ב' מן כסה שמים הודו, עד ערות יסוד עד צואר סלה פסוק י"ג) התפלל על הנהגת ה' בזמן הגלות ועל התגלות ה' בעת הגאולה עת יצא לישע את עמו וסיים במלת סלה.

(חלק ג' מן פסוק י"ד עד סוף הסימן) התפלל על העת שיהיו ישראל למשסה ועל חבלי משיח והודיע שהחבוים והצרות יהיו סימן הגאולה.

[ג, ב]
ה' שמעתי שמעך -
רצה לומר אחר ששמעתי השמועה שהגדת לי, שאמר כי עוד חזון למועד ויפח לקץ שגלה את אזנו שאחרי גאולת בבל יהיה עוד גלות ושהגלות השני יארך מאד כמו שאמר: אם יתמהמה חכה לו יראתי, פן באורך זמן הגלות יאבדו ישראל בין העמים, ולכן הוא מתפלל על הגלות הזה, ה' פעלך התפלל שפועל ה' אשר פעל לישראל בימי קדם שפעל להם נסים ונפלאות והפלם לחלקו להשגיח עליהם בהשגחה מיוחדת, לא תופסק גם בקרב שני הגלות הארוכים, וזה יהיה בשני אופנים:
א) שלפעמים יהיה זה בדרך נסתר שהעולם מתנהג כפי דרך הטבע ופעולת ההשגחה נעלמת, ובכ"ז היא חיה וקיימת, על צד זה בקש ה' פעלך בקרב שנים חייהו, שגם בעת שפעלך יהיה נעלם ונסתר בקרב שני הגלות, בכל זה חייהו, שלא ימות הפעל הזה, רצה לומר שלא יופסק ויובטל לגמרי. רק יחיה, כדבר החי שאף בעת שאינו פועל ומודיע פעולותיו בכ"ז כחו טמון בו ונמצא בקרבו והוא חי וקיים.

ב) שלא יתעלם הפועל הזה תמיד, רק שיתעורר מפקידה לפקידה לעשות להם נסים גם בקרב שני הגלות עד שכולם יראו פועל ה' ויכירו כי משגיח עליהם מן החלונות ושגם בהיותם בארץ אויביהם לא מאסם להפר בריתו אתם ועל זה אמר: בקרב שנים תודיע, שלפעמים תודיע פעלך, שידעו הכל כי אתה משגיח עליהם, וגם ברוגז רחם תזכור וגם בעת שתרגז עליהם על עונותיהם בכ"ז תזכר לרחם עליהם לבל יכלו ויאבדו.

[ג, ג]
אלוה מתימן יבא -
ההנהגה הזאת תמשך עד שיגיע עת הגאולה שאז יבא אלוה מתימן לגאלם, ומצייר כי הגלות האחרון תתחלק בין שני מלכיות, שהם:
מלכות אדום המצויינת בשם תימן שתימן הוא בארץ אדום,
ומלכות ישמעאל המצויינת בשם הר פארן כמו שאמר אצל ישמעאל וישב במדבר פארן ומשם יבא השם לגאלם.
והנה תפס המליצה שנזכרה בתורה בברכת איש האלהים וזרח משעיר למו הופיע מהר פארן, אשר נבא כי יעמדו אומות אדום וישמעאל, אשר יתפארו בדתות המתדמות לדעת האלהית (וחז"ל ציירו במליצתם שה' החזיר את התורה לשעיר ולפארן ולא קבלוה, כי הדתות שקבלו על עצמם אינם הדת שבא ה' לתת על הר סיני אשר לא רצו לקבל אותה) ואז יבא ה' שנית ממקומות האלה להוכיח להם אמתת הדת אשר יכירו כולם דת האמת ויהפוך אל עמים שפה ברורה לקרא כולם בשם ה'.
ובאשר בדת שבשעיר חפאו דברים על האלהות ויחסו לו ענינים בלתי ראוים, אמר: אלוה מתימן יבא, שיבא להתוכח מצד אלהותו ואחדותו ורוחניותו, ובדת של פארן, לא יתנו דופי באלהות, ועל זה אמר: כי יבא קדוש מהר פארן ורצה לומר עד עת הגאולה שאלוה מתימן יבא. אבקש שתפעל פעולתך להשגיח על בניך שלא יכלו בגלותם, אם בסתר כמו שאמר: חייהו, אם בגלוי כמו שאמר: תודיע, סלה בזה סיים החלק הראשון ומתחיל תפלה אחרת.

כסה -
בתפלה הזאת השנית יפרש השלשה דברים שאמר בקיצור בתפלה הראשונה, והוא:
א) מה שאמר: פעלך בקרב שנים חייהו, וזה מפרש עד פסוק ה',
ב) מה שאמר: פעלך בקרב שנים תודיע מפרש בפ' ה',
ג) מה שאמר: אלוה מתימן יבא מפרש עד פסוק י"ד.
בעת אשר כסה שמים הודו רצה לומר בעת שהוד ה' מכוסה ואין נראה לבריות, כי השמים שהוא הנהגת הטבע והמערכת מכסים את הוד ה' ואין השגחתו נגלית באתגליא, כי העולם מתנהג כפי סדר הטבע והמערכת, ובכ"ז ותהלתו מלאה הארץ, הגם שאין רואים הודו יתחילו העמים להכיר את ה' ולהללו וידעו כי הוא המנהיג את הכל.

[ג, ד]
ונוגה כאור תהיה -
הנוגה הוא הדבר שאין לו אור מעצמו רק מקבל את האור המתפלש עליו ומגיה אותו, כמו הירח שאין לו אור מצד עצמו רק יש לו נוגה שהוא מקבל מאור השמש.
וכן בנמשל הגם שאור ה' לא יתגלה בארץ כי השמים יכסה הודו, ולא יהיה שם רק נוגה מן האור, בכ"ז תהיה הנוגה כמו האור העצמי, רצה לומר שבני אדם ישיגו בו תהלת ה' ואורו כאילו השיגו האור בעצמו, שגם ההשגחה הנעלמת ומעוטפת אז, תהיה די להכיר בה אור ה' והשגחתו קרנים מידו לו. שמן האור יאציל קרנים על הנוגה, עד שגם הנוגה יקרן ויבריק באור גדול ניכר לכל, רצה לומר שגם ההשגחה הנסתרת תשלח קרני אורה וברקיה שידעו כולם את השגחת ה', ושם חביון עזו, הגם שאז ה' חבוי בחביון, נסתר ונחבא בלתי מתראה הוא נמצא שם בהנוגה והוא חי וקיים, כמו שאמר: בקרב שנים חייהו, הגם שהוא מתחבא ובלתי נודע בגלוי.

[ג, ה]
לפניו -
שבכ"ז ילך דבר לפני העוז ההוא החבוי, להדביר ולהמית את אויביו, ורשף יצא לרגליו היינו לסבתו להשמידם ולאבדם, שהגם שתהיה ההשגחה נסתרת ומעוטפת חבויה במחבא, בכ"ז היא חיה ורבת פעלים בסתר להכניע את אויבי ה' ע"י רעות טבעיות דבר ורשפי אש.

[ג, ו]
עמד -
(עתה מפרש מה שאמר: פעלך בקרב שנים תודיע), עת שיעמוד העוז ההוא ויתעורר להנהיג הנהגה נסיית בהשגחה גלויה, אז וימודד ארץ, יחליף גבולי הממלכות להקים מלכין ולהעדה מלכין, וימודד גבולות ארץ לחלקם בחבל לכובשי ארצות, ראה, רצה לומר עת שלא יעצים עיניו רק יראה וישגיח, אז ויתר גוים, ינתרם ממקומם ויוליכם בשבי, ואז יתפוצצו הררי עד וישחו גבעות עולם, שהוא משל אל הורדת התקיפים והעריצים והאיתנים מוסדי ארץ מכסאותם ומארצותם, ואז פעלו בקרב שנים יודיע, כי אז יראו כולם כי הליכות עולם לו, שההנהגת העולם ותהלוכותיו מיוחסת לה' בעצמו ואל השגחתו הפרטיית לא אל כוכבי השמים וכסיליהם.

[ג, ז]
תחת -
עתה מתחיל לפרש מה שאמר: אלוה מתימן יבא, שהוא מה שיהיה כשיבא עת הגאולה, שאז ינוסס נס להתנוסס בנסים ונפלאות למעלה מדרך הטבע, ומצייר התחלת הנפלאות מה שיאמר לאשר בחשך הגלו דהיינו שעשרת השבטים שהגלו מעבר לנהרי כוש ישובו לבצרון, כמו שאמר: מעבר לנהרי כוש עתרי בת פוצי יובילון מנחתי, ואז יתחיל און ושבר לבני כוש שהם סמוכים אל הנדחים האלה, ומשם יצאו עשרת השבטים להלחם עם אומת ישמעאל, כי דרך ארצות ישמעאל ישובו לארצם, ועל זה אמר: תחת און ראיתי אהלי כושן, בעת שאהלי הכושים יהיו תחת און ושבר, אז ירגזון יריעות ארץ מדין, (שארץ הישמעאלים קורא ארץ מדין, כי ישמעאלים נקראים מדינים, כמו שאמר: ויעברו אנשים מדינים וימכרו את יוסף לישמעאלים וכו' והמדינים מכרו אותו, וכן (שופטים סי' ח') אמר על מדין כי ישמעאלים הם), היינו שירגזו ארצות בני ישמעאל כי במלחמות תנופה ילחמו בם.

[ג, ח-ט]
הבנהרים -
(המליץ יצייר פה נשגבות, בצד א' מצייר שבכל מקום מעברות ישראל יחרבו ימים ונהרות ויהיו לחרבה לעבור גאולים, וזה יצייר בפסוק ח' ט'. ובצד אחר מצייר ציור מתנגד לו, שבכל מקום מושבות הישמעאלים ישאו נהרות דכים והמים יעלו ויכסו הרים וישטפו הכל, וזה יצייר מפסוק יו"ד) אומר, הבנהרים חרה ה', כי אז יבקעו הנהרים והימים ויהיו ליבשה כמו שאמר: והחרים ה' את לשון ים מצרים והניף ידו על הנהר בעים רוחו והכהו לשבעה נחלים והדריך בנעלים, ומצייר זה כאילו חרה אף ה' על הנהרים ושפך עברתו על הים שלכן יחרימם ויוביש מימיהם, ושיעור הכתוב וכי בנהרים חרה ה', אשר בעת תרכב על סוסיך מרכבותיך ישועה נהרות תבקע ארץ. (ומה שאמר: עריה תעור קשתך שבועות מטות אומר סלה הוא מאמר מוסגר) מציין הישועה כעצם מופשט חי, אשר היא (הישועה) תרכב על סוסי ה' ומרכבותיו ותבא במהירות להושיע את ישראל, ובעת שהישועה תרכב על רכב ה' ותלך לתשועת ישראל בעת ההיא נהרות תבקע ארץ. רצה לומר אז הארץ תבקע את הנהרות לגזרים, ותעשה בם דרך לעבור גאולים.
ומדי הזכיר חורבן מי הימים ונהרות שהיא הכנעת כח המים הזורמים ושוטפים, עלה ברוח המליץ הציור של הקשת שהוא אות הברית הניתן להכנעת יסוד המים שלא יעלה וישטוף את הארץ במי המבול. וכאילו יתגלה הקשת על המים ומפני קשת ה' אשר נתן לאות ברית ישובו המים ולא יזידון לכסות הארץ, שע"ז המליץ (במאמר מוסגר) עריה תעור קשתך. רצה לומר הקשת של ה' שהוא יכניע את המים היא תתעורר להראות עריה, רצה לומר ערומה ומגולה, והקשת יתגלה עת יזכור ה' את השבועה אשר נשבע, שאז יתראה הקשת שהוא אות ברית ושבועה כמו שאמר: והיתה הקשת בענן וראיתיה לזכור ברית עולם בין אלהים ובין כל נפש חיה, ע"פ זה ימליץ כי הקשת הזה שיתגלה על המים להחריבם, לא יבא להזכיר שבועת המבול וברית נח רק יזכיר שבועה אחרת, שהיא השבועה שנשבע ה' אל השבטים לפדותם באחרית הימים, שהיא דומה כשבועת המבול, כמו שאמר: כי מי נח זאת לי אשר נשבעתי מעבור מי נח עוד על הארץ כן נשבעתי מקצוף עליך. וזה שאמר שבועות מטות אומר שע"י הקשת יזכר האומר של שבועות מטות, השבועה שנשבע למטות ישראל ושבטיהם, (ומלת סלה בא לציין הוא מאמר מוסגר).

[ג, י]
ראוך -
עתה בא הציור השני איך יתנשאו המים לעלות על ראשי ההרים ולשטוף את העולם לעשות נקמה בגוים, עד שיחרד יסוד העפר מיסוד המים הגובר עליו. וזה שאמר ראוך יחילו הרים כי המים מתנשאים לעלות על הררי עד, זרם מים אשר עבר נתן תהום קולו עליו ונשא ידיהו לרום לעלות אל ההרים ולכסותם, מציין שהתהום נותן קולו ופקודתו על זרם של מים העובר ושוטף, וע"י פקודת התהום ישא הזרם את ידיו אל הרום, כי המליצה תצייר כאילו התהום יתן קולו על המים כמו שאמר: תהום אל תהום קורא לקול צינוריך, וע"י קול התהום יתנשאו המים לעלות על ראשי ההרים וזה ציור מגביל נגד מה שאמר שבמקום שיעברו ישראל תגבר הארץ על הנהרות ותחריבם, ובהפך במקום צוררי ישראל יגברו המים על הארץ.

[ג, יא]
שמש ירח עמד זבולה -
מצייר עוד שבמלחמה זו שילחם עם אויבי ישראל לעתיד לבוא ביום קרב, יעמדו השמש והירח בזבולם כמו שעמדו בימי יהושע, ושגם אז יפלו אבני אלגביש כמו שנפלו על הכנענים, שעל זה אמר לאור חציך יהלכו, שה' ישלח חציו ויפיצם וברקים ויהומם, ומצייר שמה שיעמדו השמש והירח לא יהיה כדי שילכו לאורם כמו שהיה בימי יהושע שאמר: שמש בגבעון דום עד יקום גוי אויביו, כי אז לא ילכו לאור השמש והירח רק לאור חציך יהלכו, והמליצה שאז לא יפעלו השמש והירח וצבא השמים במעגלותם, כי לה' המלחמה והכל יהיה מאתו בבלי אמצעי:

[ג, יב]
בזעם תצעד ארץ -
כי בצד זה לא תרכב ישועה על רכב ה' להושיע רק ה' בעצמו יצעד ארץ בזעם ובמדת הדין ובאף ידוש גוים.

[ג, יג]
יצאת -
וזה יהיה בעת הגאולה בעת שיצאת לישע את עמך ולישע את משיחך כי אז יתגלה המלך המשיח וילחם מלחמות ה' וה' יושיעהו, ואז מחצת ראש מבית רשע, אם רק תמחץ ראש של הרשע במחץ קטן, ערות יסוד עד צואר, המחץ הקטן הזה תעורר ותשרש את יסוד של גויתו שהוא הגלגולת והמוח עד הצואר, סלה בזה נשלם החלק הב' של התפלה.

[ג, יד]
נקבת -
(חלק ג') עתה ידבר על העתים שיעברו צרות רבות ורעות על ישראל, וישטפו על ראשם המים הזידונים, וזה היה במשך זמן הגלות בשני פנים:
א) בעת שהתאספו העמים להשמיד ולהכרית שם ישראל והרגו אותם בכל מקום במיתות קשות וחמורות, והישמעאלים בעת קם נביאם שהתאספו כולם לבלע ולהשחית את ישראל בשמדות ואבדון.

ב) בעת שלא השמידו אותם בשמד כללי, ובכ"ז אכלו אותם בכל פה במסתרים ולקחו את רכושם וממונם, ועל זה אמר: נקבת, היינו בעת שדברת וגזרת, במטיו ראש פרזיו, בעת שהעמים הטו מוטות כנפיהם וחיילותיהם, רצה לומר בעת שהתפשטו ראשי פרזיו, היינו מספר גדודיו אשר התאספו מערי הפרזות רצה לומר בעת שהתפשטו העמים המונים המונים שהתפשטו כל ההמונים מערי הפרזות ללכת על ירושלים ולכבוש את א"י, וכן בעת שהתפשטו גדודי הישמעאלים ללחום מלחמת אמונתם, ואז נקבת יסערו להפיצני, רצה לומר דברת הגזרה, שהגדודים האלה יסערו על ישראל להפיץ אותם ולגרשם מן הארץ ולאבדם, כי כן היה שבכל עת שהתאספו המונים רבים להלחם על אמונתם עשו הרג רב בישראל. או בעת שלא השמידו אותם בפרהסיא בכ"ז עליצותם כמו לאכל עני במסתר, היה כל שמחתם אם יוכלו לאכול עני אחד מישראל במסתרים, שהגם שלא הרגו כולם בפרהסיא אכלו את העניים שלהם במסתרים, והרעו ליחידים וגזלו את ממונם.

[ג, טו]
דרכת -
אז בעת שדרכת בים סוסיך, ולא יבקע הים מלפניך כמו בימי קדם רק בהפך חמר מים רבים, שהמים יהמו יחמרו, והים ירעש ויגעש, שזה מליצה עת יתנשאו המים הזידונים בפקודת ה' ולא יכנעו מפחד ה', רק בהפך ירעשו המים להטביע את ישראל בשאון דכים, וזה ממליץ ג"כ על העת שיתקבצו העמים במלחמת גוג ומגוג כמים רבים כבירים ולא ינוחו מזעפם רק יהמו יחמרו מימיו לבלע ולהשחית את ישראל.

[ג, טז]
שמעתי -
שיעור הכתוב שמעתי ותרגז בטני יבא רקב בעצמי ותחתי ארגז לקול צללו שפתי אשר אנוח ליום צרה, רצה לומר כי ישראל יהיה קבלה בידיהם שא"א שיגאלו רק מתוך צרות גדולות ורעות שהם חבלי משיח שידמו כחבלי יולדה, שכל שיגדלו החבלים כן תגדל התקוה כי התשועה קרובה שיולד הולד, וכמו שאמר: כמו הרה תקרב ללדת תחיל תזעק בחבליה וכו' הרינו חלנו כמו ילדנו רוח,שבעת הצרות הגדולות יולד אצלם רוח תקוה ובטחון שהצרות הם סימן התשועה והגאולה, וז"ש לקול צללו שפתי אשר אנוח ליום צרה, שאז שפתי האומה יצללו דבור עמוק המצלצל באזנים ומהו הקול?
אשר אנוח ליום צרה, שבעת יבא יום צרה אז אנוח מן הגלות, שהצרה היא סימן אל המנוחה והגאולה, לעלות לעם יגודנו, שהצרה היא מוכנת לעלות אל העם אשר יתגודדו גדודים ויתאספו למלחמת גוג ומגוג, עליהם תעלה הצרה ואני אנוח, כ"ז צללו שפתי האומה בעת הצרה ויתנחמו בזה, ועז"א כי שמעתי לקול צללו שפתי ותרגז בטני ויבא רקב בעצמי, שבטני וכל איברי ירגזו מן הקול הזה אשר יצלצל באזניהם שא"א להם להושע רק מתוך צרות גדולות והריגות וחבלי משיח.

[ג, יז]
כי -
(גם זה מן הקול שיצללו שפתי האומה), הקול אומר שבעת שיראו שכל העולם שמם והכל חרב, אז יצפו לישועה, כמו שאמר: דור שבן דוד בא בו צרות רבות מתחדשות, ואמרו שהגפן לא יתן פריו ושיהיה רעב וכמה רעות, וז"ש שהקול אומר שבעת שתראה אשר תאנה לא תפרח ואין יבול בגפנים ושכחש מעשה זית ושדי תבואה לא יצמחו אוכל, וכן בעת שתראה שגזר ממכלה צאן, שספו בין הצומח בשדה בין הבהמות הצאן והבקר, אז סימן הגאולה.

[ג, יח]
ואני -
אז אני בה' אעלוזה שאז יתעורר כח ה', וגם אגילה גילה חדשה באלהי ישעי רצה לומר בהשגחתו המיוחדת עלי.

[ג, יט]
ה' -
כי אז בעת ההיא ה' חילי, וישם רגלי כאילות שארוץ במהירות לא"י, ושם ידריכני על במותי שהוא על הר ציון וארץ ישראל שהיא גבוהה מכל הארצות, ושם אנצח בנגינותי לאמר לפניו שירות ותשבחות בבית מקדשו.