פרק טז, א
אחרי מות. כתיב לעיל (טו, לג) ולאיש אשר ישכב עם טמאה וסמיך ליה אחרי מות רמז למה שאמרו (שבועות יח, א) המשמש עם הטהורה ופירשה נדה תחתיו לא יפרוש באבר חי אלא ימתין עד שימות האבר ויפרוש. ועוד כתיב לעיל (טו, לב) זאת תורת וסמיך ליה אחרי מות מלמד שמתו על שהורו הלכה בפני רבם. ועוד כתיב לעיל (טו, לא) משכני אשר בתוכם וסמיך ליה אחרי מות רמז למה שנאמר (לעיל י, ג) בקרובי אקדש.
וסמך פרשת יום הכפורים לפרשת נדה לומר מה נדה תשב שבעה ימים קודם שתטהר אף ביום הכפורים מפרישין הכהן גדול שבעת ימים קודם שיכנס לשמש לפנים.

פרק טז, ב
ויאמר ה' אל משה. והלא כבר נאמר "וידבר", אלא הדיבור הראשון לומר לו מעשה פרה שגם היא צריכה פרישה ז' ימים קודם. אחרי מות שני. ראשי תיבות בגימטריא פרה אדומה.

פרק טז, ג
בזאת. עולה ת"י רמז לבית ראשון שעמד ת"י שנה.

פרק טז, ד
ולבשם. אותיות בלו שם שטעונין גניזה.

פרק טז, ו
וכפר. בגימטריא זה בוידוי דברים שמתודה על פרו.

פסוק ח
וגורל. ב' במסורה. וגורל אחד לעזאזל. וגורל לבוזזנו (ישעיה יז, יד). דהיינו המן שנאמר בו (אסתר ג, ו) ויבז בעיניו והפיל גורלות על ישראל ואמר הקב"ה איננו שוה לך כבר הפלתי גורלות ונפל חבלי בישראל מכל שבעים אומות. וז"ש גורל אחד לה' וגורל אחד לעזאזל שמכפר על עונותם של ישראל, דכתיב (פסוק כב) ונשא וגו' עונותם, עונות תם הוא מכפר. ג' פעמים כתיב עזאזל כנגד נושא עון ופשע וחטאה (שמות לד, ז) בזכות שלשה אבות.

פרק טז, יב
ומלא חפניו. ב' במסורה. ומלא חפניו קטרת סמים דקה. ואידך ומלא החבל להחיות (ש"ב ח, ב) גבי יואב על מלחמת מואב, שבזכות עבודת יום הכפורים היו נוצחים במלחמה.
סמים דקה. בגימטריא דקה מדקה.
דקה. ב' במסורה. סמים דקה. ואידך ואחר האש קול דממה דקה (מ"א יט, יב) ואז נראה כבוד ה'. וזהו כי בענן אראה אל הכפורת (לעיל פסוק ב) פירוש, כי בענן הקטרת שנאמר בה דקה, יהיה קול דממה דקה ויראה כבוד ה'.

פרק טז, יד
יזה. ב' במסורה. יזה שבע פעמים. ואידך כן יזה גוים רבים בפרשה הנה ישכיל עבדי (ישעיה נב, טו) שמדברת בענין משיח, שעתיד הקב"ה להחזיר שתי המשפחות שכשיבא מלך המשיח תחזור ג"כ משפחת כהונה לעבודתה.
ולפני הכפרת יזה שבע פעמים. למה מזה אחת למעלה ושבע למטה, כי די לתחתונים שיהיו אחד מז' בעליונים. וכן אמר דוד (תהלים קמח) ז' הללו את ה' מן השמים ואחד הללו את ה' מן הארץ, וכן משה לא הזכיר השם בהאזינו (דברים לב, ג) אלא לאחר כ"א תיבות. אמר די שאהיה אחד משבעה במלאכים שמזכירים השם אחר ג' תיבות.
י"ו הזאות על הכפורת כנגד י"ו בריתות שנכרתו בסיני. וי"ו על הפרוכת נגד י"ו שבאהל מועד. וי"ו על המזבח הזהב עם שיירי הדם שעל המזבח החיצון כנגד י"ו שבערבות מואב. והיינו דכתיב (שמות כד, ח) דם הברית.
וה' טבילות. כנגד ה' עבודות שמשנה חוץ לפנים ומפנים לחוץ, וכנגד ה' תפלות וכנגד ה' פעמים מלך הכבוד שבמזמור לה' הארץ ומלואה (תהלים כד). ובאת לכפר על הנפש שיש לה ה' שמות.
ויו"ד קידושין כנגד עשרה פעמים שמזכיר ה' בו ביום. ובפרשה י' פעמים ה' עד תטהרו (פסוק ל). וכ"ד כפרות כתובים בענין יום הכפורים בואתה תצוה ובהר סיני וכאן ובאמור אל הכהנים ובפנחס, לכפר על כ"ד עבירות שביחזקאל (טז) בפרשת הודע את ירושלים וכ"ד עריות הכתובים בזה הסדר.

פרק טז, טז
השכן אתם בתוך. בגימטריא אף על פי שהם היו טמאים השכינה ביניהם.

פרק טז, כג
והניחם. אותיות וי"ח מנה. בבקר היה לבוש בגדים של י"ח מנה.

פרק טז, כט
וכל מלאכה לא תעשו. ג' במסורה. הכא. ואידך גבי יום הכפורים וכל מלאכה לא תעשו (להלן כג, כח). וכל מלאכה לא תעשו וקדשתם את יום השבת (ירמיה ז, כב). שכל מלאכה שאסורה בשבת אסורה ביום הכפורים.