הרבה מתורתו עדיין בכתב יד ובהקלטות מתוך שיעורים. מאמרים רבים מפרי עטו עלו זה מכבר לאינטרנט
באתר 'דעת'. עשרות הרצאות שמע והרצאות אורקוליות של שיעוריו הועלו
באתר מכללת הרצוג באלון שבות. האתר הנוכחי מספק קישורים לשני האתרים הללו. מטרתנו להוסיף לאתר עם הזמן חומרים נוספים מכתבי יד והקלטות.
• פירוש לספר יהושע (עם י"א זידמן), ירושלים (תש"ב) 1953.
• ארץ הגליל : מימי העליה מבבל עד חתימת התלמוד / שמואל קליין ; הושלם מתוך עזבונו המדעי של המחבר ונערך בידי יהודה אליצור, ירושלים (תש"ו) תשכ"ז.
• מלאכת המשכן, מאת משה לוין, מבוא והערות מאת יהודה אליצור, תל אביב 1970 (ומהדורה אנגלית, תל אביב 1989)
• פירוש לספר שופטים, דעת מקרא, ירושלים תשל"ו.
• אטלס דעת מקרא (עם י' קיל), ירושלים תשנ"ג.
• ישראל והמקרא, מחקרים גיאוגראפיים, היסטוריים והגותיים (בעריכת יואל אליצור ועמוס פריש), רמת גן תש"ס.
• הרואה והרועה: רשימות על ספר שמואל (בעריכת עמנואל מסטיי), אלון שבות תשס"ח.
52 מאמרים נכללו בקובץ
ישראל והמקרא, רמת גן תש"ס. להלן פירוט:
בפתחי שערים:
אמונה ומדע בפרשנות המקרא: עקרונות, תחומים ומגמות.
שער ראשון: פרקי בראשית
"מקדם" - תיבה שפשוטה כמדרשה
דרכו של מלכיצדק מספר בראשית לספר תהלים
ברית בין הבתרים וקניין מערת המכפלה
מגדל בבל וסולם יעקב
שער שני: מיציאת מצרים עד סוף תקופת השופטים
יציאת מצרים לאור ההיסטוריה
הנחיות אסטראטגיות בספר יהושע
תכנית כיבוש הארץ בספר יהושע
שופטים פרק א
רישומי גבולותיה של ממלכת ירושלים הטרום-ישראלית במקרא ובמקורות מקבילים
שני כתובים המכחישים זה את זה (שופטים א, יח-יט)
לפרשת חצור
יפתח בדורו כשמואל בדורו
ארון ה' בארץ פלשתים
אבן העזר
שער שלישי: ממלכה וקורותיה בראי ההיסטוריוגרפיה המקראית
שמואל הנביא והמלוכה
המלחמה בעמלק: מלחמת שאול בעמלק ומקומה בהגות המקראית
הנער המגיד ומשפטו בצקלג
דמותו של דוד לאור ההיסטוריוסופיה המקראית
פרשת דוד ובת שבע והמבוכה המוסרית של דורנו
דוד בן ישי - מופת לבעלי תשובה
עירא היאירי ובני דוד
פלישת שישק במקרא: היסטוריוגרפיה נבואית מול מציאות
עולת מישע
למהות הרגמים במערב ירושלים
שער רביעי: הרקע ההיסטורי של נבואות
משא מואב וכתובת מישע (ישעיה טו-טז וירמיה מח)
משא מצרים (ישעיה יט)
בשנת בא תרתן אשדודה (ישעיה כ)
ישעיהו מול חזקיהו ומראדך בלאדן (ישעיה לט ומל"ב כ)
בטרם יכה פרעה את עזה (ירמיה מז)
שני נביאים מול ארבע מפלגות: ירמיהו ויחזקאל בימי גלות יהויכין
פולמוס ארון הברית בימי יאשיהו
ישראל במדבר העמים (יחזקאל כ, לב-לח)
נחום הנביא, תקופתו ושליחותו
ארץ פלשתים בנבואת צפניה
שער חמישי: מאוצר מחשבת המקרא
תפיסת ההיסטוריה במקרא
ארץ ישראל במחשבת המקרא
משמעות הגלות במקרא
חברה וממלכה בהגות המקראית
ישראל ואויביו: מלחמה ושלום במחשבת המקרא
חכמות נשים בנתה ביתה - מקומה של האשה בחברה המקראית
חכמת הממשל במשל חכמה
שער ששי: גבולות ונחלות
גבולות נחלת אפרים
"ויצא מבית אל לוזה" (יהושע טז, ב): למהלכו של גבול בנימין-אפרים
ח'ליל אל-רחמן - חברון
ארץ גרר
בקעת אונו וארץ החוף במפת ממלכת שלמה
מדרשי האגדה ותולדות היישוב היהודי בארץ ישראל
גבולות הארץ במסורת ישראל
משנת הגבולין
הכותים בדברי התנאים: במשנה, בתוספתא ובברייתות
השמות פלסטיני, פלסטין, פלשתינה
מפתחות
• תולדות הרב פרופ' שמואל קליין ז"ל,
ידיעות החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה ז (ת"ש), עמ' 121-110
• ל"מקורו של מנהג קדום" (תגובה לש' ייבין),
סיני ח (תש"א), עמ' שסט-שעא
• הטיול כמכשיר בחינוך הנוער,
למדריך ח, ירושלים תש"ג, 32 עמ'
• קדמוניות יבנה: סקירה היסטורית,
מכורה ב, ירושלים תש"ד, עמ' 80-67
• בֵּרַי, בתוך קובץ
ביריה, בהוצאת המחלקה לעניני הנוער, ההסתדרות הציונית, תש"ו, עמ' 11-7
• מדינת היתרים או מדינת התורה,
יבנה ג (תש"ט), עמ' 71-64 (גירסה אנגלית: Ha-Gesher III [1949], pp. 1-19)
• פרשת אהוד בן גרא - מגמתה ועריכתה,
דברי הכינוס העולמי למדעי היהדות: קיץ תש"ז, א, ירושלים תשי"ב, עמ' 221-217 (בגירסה מורחבת, בתוך:
עיונים בספר שופטים [דיוני החוג למקרא בבית דוד בן גוריון], ירושלים תשכ"ו, 413-403, 434-430)
• "איש הדמים",
מחניים יד (תשי"ב), עמ' 45-43
• תקופת הפסח,
מעיינות (מאסף לעניני חינוך והוראה) ג (תשי"ג), עמ' 10-9
• אתה ובנך - על חינוך הבנים לשמירת שבת,
מעיינות (מאסף לעניני חינוך והוראה) ד (תשי"ד), עמ' 33-29 (הדפסה חוזרת:
מעיינות י [תשל"ד], עמ' 401-397)
• "בלכתך בדרך" - חינוך לתורה ולאמונה בטיול,
למדריך יב תשי"ד, עמ' 85-81
• מלכויות, זכרונות ושופרות,
עתידות 4, אלול תשי"ד (בעריכת ש' מלצר וב' בנשלום), עמ' 274-272
• אנציקלופדיה מקראית (בקורת),
החינוך כז (תשט"ו), עמ' 85-80
• הכינוס הארצי הרביעי לתנ"ך (סקירה),
בית מקרא א (תשט"ז), עמ' 125-123
• "הלוך הלכו העצים" - בשולי משל יותם,
מחניים מב (תש"ך), עמ' 60-58
• מבחן האמונה בירושלים ערב חורבנה,
מחניים מז (תש"ך), עמ' 46-44
• טוהר - הרהורים ליום הכיפורים,
מחניים מט (תשכ"א), עמ' 103-102
• הכינוס הארצי השביעי לתנ"ך (סקירה),
בית מקרא ז (תשכ"ב), עמ' 171-168
• הרהורים על ההגות ההיסטורית של המקרא,
אמנה (במה למחשבת היהדות) ב (תשכ"ב), עמ' 30-25 =
דעות כ (תשכ"ב), עמ' 74-69 (עיבוד אנגלי חלקי: El Ha'ayin 14, Jerusalem 1961, pp. 39-42)
• "כל אשר חפץ ה' עשה בשמים ובארץ",
מחניים פד (תשכ"ד), עמ' 107-106
• נבואה ודיפלומטיה בספר מלכים (ישיבת המאה של החוג לעיוני מקרא בשדה בוקר),
בית מקרא י (תשכ"ה), עמ' 96-81
• השכלה גבוהה בעלת צביון דתי - כיצד?,
דעות כט (תשכ"ה), עמ' 195-191 =
חינוך האדם וייעודו (כינוס שנתי למחשבת היהדות, שנים ט-י), ירושלים תשכ"ז, עמ' סא-עא
• דוד בן ישי בחיר האדם,
חינוך האדם וייעודו (כינוס שנתי למחשבת היהדות, שנים ט-י), ירושלים תשכ"ז, עמ' רנט-רעו
• "לרב תרבו ולמעט תמעיטו",
שיחות במקרא (בעריכת ב' צביאלי), ירושלים תשכ"ח, עמ' 48-47
• קברי קדמונים בהר הזיתים,
מחניים קטז (תשכ"ח), עמ' צח-ק
• גבולות ארץ ישראל - מציאות ימינו מול חזונות קדם,
שורות לחייל הדתי, תל אביב תש"ל, עמ' 11-7, 32
• "מים עד ים",
חופים ונמלים בתקופת המקרא (הרצאות כנס מטעם חבל ימי לישראל בשיתוף עם החברה לחקר המקרא), חיפה תשל"ב, עמ' 30-23
• רמת הגולן - מעמדה ביחס לעבר הירדן,
הצופה תשרי תשל"ה
• "And when Pharaoh Sent the People"; The Historical Exodus from Egypt, E. N.T. Associates of Cicinnati Inc., 1980
• גיל בר מצוה בתקופת המקרא,
במרחבים (בטאון לתורה והוראה בהוצאת 'מרחבים' מרכז תורני ליהדות וחינוך), ירושלים תשמ"ג, עמ' 88-86
• ירושלים בימים ההם ובזמן הזה, בתוך:
שאלו שלום ירושלים (בעריכת י' בריס וי' ביר) ירושלים תשמ"ה, עמ' 140-134
• "משלי שלמה בן דוד" - חכמת שלמה בספר משלי, בתוך:
אגרת לחברים (החברה לחקר המקרא, בעריכת י' פרוינד), תמוז תשמ"ט, עמ' 4-3
• תפילת חנה, בתוך:
קובץ לזכר תרצה לנדא, תל אביב תש"ן, עמ' 24-21
• מפקד העם,
עיונים בספר שמואל (דברי חוג העיון בתנ"ך בבית ד' בן גוריון, בעריכת ב"צ לוריא), ב, ירושלים תשנ"ב, עמ' 487-482, 502-499
• מלך מהפכן במצרים הקדומה (חוברת ללא תאריך)
• The Biblical Consept of the Exile, World Jewish Bible Society, Series III (n. d.)
• אשתורי (בן משה) הפרחי
• גבעון
• גבעונים ונתינים (עם צ' קפלן)
• גד
• גדעון
• דן
• זבולון
• חדקל, היסטוריה
• חורי, החורי במקרא
• יהושע
• יצחק
• ישמעאל
• שכר ועונש במקרא
• דוד פלאי ונאוה זוהר, על נצחיות התורה ועל בקורת המקרא,
קשת בענן (ירחון לליבון נושאים ביהדות), בית גשר, צפת תשל"ז, עמ' 3-2
• שמואל ורגון, מוטיב העורים והפסחים בספר שמואל,
הגות במקרא ה (תשמ"ח), עמ' 166-149 (גירסה אנגלית: Vetus Testamentum 46,4 (1996), pp. 498-514)
• יואל אליצור, אנשים ונחלות במנשה ובשבטי ישראל,
על אתר ד-ה (תשנ"ט), 249-243
• יואל אליצור, מילות מפתח ככותרת עומק לפרשיות במקרא ושאלת "ממחרת השבת",
מגדים לח (תשס"ג), עמ' 42-33
• אוריאל סימון (עורך),
עיוני מקרא ופרשנות ב, מנחת ידידות ליהודה אליצור, רמת גן תשמ"ו.
בספר זה:
• שמואל ורגון: יהודה אליצור - המורה והחוקר, עמ' 19-9.
• עמוס פריש: רשימה ביבליוגרפית של כתבי יהודה אליצור, עמ' 28-21.