משהוחלט למרוד, החלו לארגן את הכוחות שישתתפו במרד. הגרעין שהקים את תנועת ההתנגדות היה של תנועת "החלוץ". תנועה זו מנתה בשנים 34-35 כחמישים אלף חבר, מהם בורשה - אלפיים. התנועה עסקה בהכשרה חקלאית של צעירים לעבודה בארץ, כאשר תפיסת עולמה ציונית-סוציאליסטית.

ב-28 ביולי 1942 התכנסה ישיבת "החלוץ", וארגוני הנוער המסונפים לו: השומר הצעיר, דרור ועקיבא, והוחלט להקים ארגון יהודי לוחם.

המשימות שעמדו בפני מרכז החלוץ היו רבות, וביניהן:
- לשגר שליחים לכל הערים הגדולות, לארגון הגנתם של הגטאות שנותרו
- להגביר את שיתוף הפעולה עם המפלגות הפוליטיות הציבוריות.
- להשיג כספים לנשק ולבניית בונקרים
- לעסוק בתעמולה

המפלגות שיסדו את ארגון אי"ל היו החלוץ, דרור, השומר הצעיר, גורדוניה, פועלי ציון, הציונים הכלליים. היו בגטו ארגונים אחרים, שגם הם היו צריכים להצטרף ללחימה: התנהל משא ומתן עם ה"בונד", שהתנגד לפעילות בכל המדינה, על פי תפיסתו שסבל היהודים הוא חלק מהסבל הכללי, ואין לפרוש מן המרי הפולני. הוא הסכים רק לפעילות בורשה עצמה.

היו בגטו חברי "ביתר" - ארגון נוער של הרוויזיוניסטים (לימים, בישראל, תנועת החרות). ארגון זה נוהל בתחילת המלחמה על ידי מנחם בגין. חברי "ביתר" עברו באופן מסודר הכשרה צבאית ואימונים בנשק חם. (גוטמן, פנקס הקהילות, ורשה 76). הם הקימו ארגון לוחם, והחלו לצבור נשק, כבר בשנת 1940. הם ארגנו שתי פלוגות לוחמים, וקראו לארגונם "ארגון צבאי לאומי" (או: איגוד צבאי יהודי - אצ"י"). חברי אצ"י חששו להתאחד עם הארגון היהודי הלוחם. טענתם: הארגון קשור עם הבונד, והבונד קשור עם המחתרת הפולנית - שרבים בה האנטישמים. הם חוששים שאנשי המחתרת יבגדו באנשי הבונד, ואת המחיר ישלמו יהודי הגטו. הם מסרבים לקבל את מרותו של מרדכי אנילביץ, שאיננו איש צבא, בעוד שביניהם רבים בעלי הכשרה צבאית. לאנשי אצ"י היה ברור כי המפקד המתאים ביותר הוא פאוול פרנקל, מפקד אצ"י. הם רוצים להצטרף לארגון הלוחם כקבוצה, בעוד שארגון אי"ל מוכן לקבלם כיחידים. (יהודה באואר, תגובות , 95 לזר, מצדה 197). הלל זיידמן (יומן, 170), מדווח כי נפגש עימם, והצליח לשכנע אותם להצטרף למרד כחטיבה. המנהיגים יכנסו למפקדה הראשית של תנועת ההתנגדות. לא ברור עד כמה הסיכום אמנם בוצע ומנהיגי ביתר צורפו למפקדה הראשית.

ואמנם, חטיבה זו לחמה את אחד הקרבות הגדולים של המרד, ביום 27.4, באזור מוראנוב (קרמיש, מרד גטו ורשה בעיני האויב, 66, 111). מקבוצה זו לא שרד איש, ועל כן אין רשומות הקרב על הגטו מתעדות את מעשיהן (לוינסון, תולדות יהודי ורשה, 418).

והיו גם לוחמים אחרים, "פראים" - שאינם מאורגנים בשום מסגרת, אבל הם משיגים נשק, ולוחמים עד האיש האחרון. הלל זיידמן (יומן, 257) מדווח על קבוצה של שלושים בחורי ישיבה מחסידי גור, מצוידים בנשק, שהסתתרו בבונקר ברחוב מילא 17, והשתתפו בקרבות באזור זה.

יש לציין כי הארגון היהודי הלוחם (=אי"ל) היסס לקבל לשורותיו אנשים שאינם חברי התנועות המייסדות. כך גם מוסברים הקשיים בקבלת אנשי ביתר לשורות הלוחמים. וכך מסביר את הדבר יצחק צוקרמן (ספר מלחמות הגטאות 115):

הייתה לנו בימים הם עוד תקלה אחת, והיה צורך לסלקה: ברחובות העיר נראות קבוצות לוחמים פראיות ("פראי" - אדם שאינו רשום, אין לו כרטיס עבודה, והוא נחבא בבונקר). בקבוצות אלו היו אנשים שלא מצאו דרכם לאי"ל, וביקשו בכל זאת להילחם. אך היו ביניהם גם כאלו שרצו לנצל את ההזדמנות ולהתעשר בכוח. היו עורכים התנפלויות שוד בבתים יהודים, בשמו של אי"ל. פתחנו במערכה נגד קבוצות פראיות אלו, וחיסלנו אותן: במו"מ ובכוח. את הטובים, את האידאיים מבין אנשיהן צירפנו לאי"ל.
הארגון היהודי הלוחם היו בו עשרים וארבע פלוגות קרב, והרכבן - תנועתי. אמרו: ארגון יהודי לוחם צריך להיות מורכב מיחידות צבאיות, שהקשר בין אנשיהן אמיץ, והאמון ההדדי רב. אמרו: אנשים שהתחנכו כל ימי המלחמה יחד, חיו יחד, מכירים זה את זה, יילחמו ביתר שאת. אילו היינו מכינים את הארגון במשך שנים, ייתכן והיינו בונים אותו לפי עקרונות אחרים. אבל הזמן היה קצר, ידענו שאם בפלוגה לא ישררו יחסי אמון בין הלוחמים לבין המפקד, הפלוגה לא תהיה לוחמת. ראינו ביסוד תנועתי זה כושר צבאי. אין להסיק מכאן שכל הפלוגות היו אחידות בהרכבן, היו גם פלוגות מעורבות.

לעומת זאת פתחו לוחמי ביתר את שורותיכם לכל מי שרצה ללחום. לפני פרוץ המרד, פירסם אצ"י מודעה זו: