בכל הפעולות שבִיצעו הבריטים לאחר "ליל הגשרים", נהרגו ארבעה יהודים, נפצעו 18 ולמעלה מ-100 הושמו במעצר. אלא שכל זה היה מעין הקדמה למבצע גדול בהרבה, שנערך כשבועיים אחר-כך ונודע בשם "השבת השחורה".
אור לשבת ה-29 ביוני 1946, הוכרז עוצר בכל הארץ ו-17 אלף חיילים פשטו על מוסדות ומקומות יישוב כדי להחרים נשק ומסמכים וכן לעצור את מנהיגי היישוב ופעילי ה"הגנה". ממשלת המנדט הודיעה כי היא נחושה בדעתה לעקור את הטרור והאלימות, וכי פעולות הצבא קיבלו את אישור הממשלה המרכזית בלונדון. מבצע "אגאתה", כפי שכונה על-ידי הבריטים, בא בהפתעה והשיג את מרבית מטרותיו. נאסף חומר מודיעיני רב והוכנו מחנות מעצר מיוחדים ברפיח, מבלי שהדבר עורר את חשדו של הש"י. בירושלים, פשטו הבריטים על בנייני הסוכנות היהודית ולאחר חיפוש יסודי בחדרים ובעיקר בארכיון, החרימו מסמכים שהוטענו על שלוש משאיות גדולות. בין המסמכים היו מברקים שהוכיחו בעליל את חלקה של הסוכנות היהודית בהנהגת תנועת המרי העברי, כמו מברקו של יושב ראש הנהלת הסוכנות היהודית (דוד בן-גוריון) אל ראש מפקדת ה"הגנה" (משה סנה) לפתוח מיד במלחמה בשלטון המנדט הבריטי בארץ; תוכן ההסכם בין ה"הגנה" לבין האצ"ל והלח"י; או מברקים המאשרים ביצוע פעולות של אצ"ל ולח"י נגד הבריטים במסגרת תנועת המרי. כן נמצאו במשרדי הסוכנות היהודית תוכנם של שידורי "קול ישראל" (תחנת השידור החשאית של תנועת המרי) בהם נאמר, בין היתר, כי ייעשה הכול כדי "להכשיל העברת בסיסים בריטיים לארץ-ישראל ולמנוע את הקמתם בארץ".
חיפושים ומעצרים נערכו גם בקיבוצים רבים, אולם ההצלחה הגדולה ביותר היתה לבריטים בקיבוץ יגור בעמק-זבולון. שבוע ימים נערכו החיפושים ביגור, וכנראה שהיו לבריטים ידיעות מוקדמות על הימצאות מחסני נשק גדולים במקום. חברי הקיבוץ התנגדו התנגדות פסיבית, אולם הם פוזרו באמצעות גז מדמיע והושמו במכלאות שהוקמו על-ידי החיילים. תחילה היה לחיפוש אופי שגרתי, אולם לאחר שנמצא מחסן הנשק הראשון, השתנה היחס והבריטים חפרו מתחת לרצפות והפכו כל אבן בחיפושיהם אחר נשק. ואמנם כעבור שבוע ימים של חיפושים, נפל בידיהם שלל רב שכולל למעלה מ-300 רובים, כ-100 מרגמות של "2 , למעלה מ-400,000 כדורים, כ-5000 רימונים וכן 78 אקדחים. את השלל העצום הזה הציגו הבריטים במסיבת עיתונאים שערכו במקום, ולאחר שעצרו את כל הגברים שנמצאו בקיבוץ, עזבו את המקום.