בעבודה הוצגו שלושה סוגי מקורות עיקריים. מקורות חז"ל, ממצא ארכיאולוגי וממצא אתנוארכיאולוגי.
להלן תוצג הבעייתיות העיקרית של כל ממצא והשיטה שבה נהגנו, כדי להתמודד עם בעייתיות זו:
הבעייתיות העיקרית נובעת מאופיים וממטרתם של המקורות. לא היתה במקורות כל כוונה למסור מידע ופרטים היסטוריים, והמידע שיש בידינו הוא מידע מקרי. אולם ייתרונה הרב הוא בכך שזוהי ספרות חיה ונושמת, המתייחסת לחיי היום יום. לפיכך ההלכות מתייחסות למציאות ולחיי היום יום ובאות לענות על בעיות וצרכים קיימים בתקופה. מסיבה זו נעשה בעבודה שימוש רב בהלכות כמשקפות מצב קיים. עם זאת הייתי מודעת לכך שישנן הלכות, המציגות למעשה את "חיי בית המדרש" ואין להן כל השלכה לחיי יום יום.
כן ישנן מגבלות גיאוגרפיות. לגבי הגדרת תחום גיאוגרפי, בעבודה זו התייחסתי לכל מקור ארץ ישראלי, או לברייתות המופיעות בתלמוד הבבלי ולהיגדים מפי חכמים ארץ ישראליים בתלמוד הבבלי, כמייצגים מציאות ארץ ישראלית, ללא כל הבדל בין אזורים בארץ. לדעתי, בנושא כללי ובסיסי כנושא החצר, אין הבדל רב במציאות בין אזורים בארץ. לכן, התפישה היתה לכל ארץ ישראל כמציאות אחת. (את הנחתי זו חיזקה, בדיעבד, גם המציאות הארכיאולוגית, וראה בהמשך).
ההתייחסות למקור בבלי היתה, לרוב, כמפרש ומסביר את המקורות הארץ ישראליים.
המקורות הארכיאולוגיים מטרתם למסור תיאור פרטני של הפריטים הנמצאים. הבעיה העיקרית בה נתקלתי היתה העדר מידע על המתקנים הנמצאים בחצר. לרוב, המידע שהופיע היה מידע מועט.
נקודה זו בולטת בעיקר בחקר התנורים. בהרבה דוחות הופיע תיאור סתמי "נמצא תנור/טבון בחצר". דרך העבודה בה נקטתי במקרים אלו היתה: ליקוט כל הנתונים הקיימים, והשלכה מחפירות בהם נחפרו ותועדו היטב תנורים לחפירות אחרות. בסיס הנתונים, לגבי תנורים, היו תנורי מצדה ואנפה. מהם השלכתי לגבי שאר התנורים. יש לציין, כי למרות הנתונים המועטים, ניתן היה להגיע לתוצאות מעניינות.
ריחיים- תיאור הריחיים בדוחות ארכיאולוגיים טוב בהרבה מתיאור התנורים. אולם עם זאת יש לציין כי במקרים רבים החופרים מסתפקים בציון העובדה שנמצאו ריחיים בחצר. כמו שמופיע, לדוגמא, בכפר נחום, למרות שהדו"ח מפורט יחסית, ההתייחסות, לרוב, לגבי ריחיים היא: "נמצאו ריחיים מהטיפוס הנפוץ". עם זאת, יש לציין כי למרות הפירוט המועט ניתן לזהות בבירור, על פי הדו"חות, ארבעה טיפוסי ריחיים, גם אם לא זוהו, לעתים, כריחיים על פי החופרים. בעיית הזיהוי קימת בעיקר לגבי ריחיים של מסגרת. בכל זאת, התמונה העולה היא של דמיון בריחיים עצמם ללא הבדלים רגיונאליים בטיפוסי הריחיים.
בגלל ההתייחסות המועטת לריחיים, לא ניתן לתארך בוודאות את תחילת הופעתם של ריחיים מ'טיפוס ביניים' - ריחיים בעלות בסיס קוני עם רכב שטוח וריחיים שטוחות.
דמיון בפריטים ארכיאולוגיים קיים באזורים גיאוגרפיים שונים, בתנורים, בריחיים ובבורות מים, כפי שראינו בעבודה, נראה, שניתן להסביר דמיון זה בכך שישנה התפתחות מסוימת עד שמגיעים לטיפוס אופטימלי, וטיפוס זה מופיע בתפוצה רחבה בארץ (ובעולם), ולא ניתן להצביע על הבדלים רגיונאליים.
הימצאות דמיון זה וחוסר רגיונאליות בפריטים אלו הקלה על המחקר הארכיאולוגי. ניתן לומר כי למרות בסיס הנתונים, שייתכן ובעתיד ניתן יהיה להרחיבו, ניתן כיום להציג תמונה מקיפה ומהימנה למדי של פריטים אלו על-פי הממצא הארכיאולוגי.
עובדה זו של חוסר רגיונאליות, שהופיעה בממצא הארכיאולוגי, פותרת למעשה את בעיית הרגיונאליות במקורות חז"ל, וניתן לצאת מנקודת הנחה, לאחר שהוכחנו זאת מהממצא הארכיאולוגי, כי כל ארץ ישראל מהווה חטיבה אחת, לפחות מבחינת מתקנים כתנור, ריחיים ובורות מים. (יש לציין כי בנגב הבורות בנויים בצורת שונה, ורק במקרה זה ניתן להעיד על רגיונאליות, אולם עצם פעולתם וצורתם הכללית דומה).
הביסוס למחקר זה הוא ממצא התנורים שדומה לממצא הארכיאולוגי, יצאנו מנקודת הנחה שבכלי פשוט אופן השימוש ישמר ולא ניתן לצפות לשימוש בדרך שונה. בחנו תנור הבנוי על פי המסורת התימנית, יתרונה של מסורת זו, בניגוד למסורת הערבית, הוא היותה מסורת יהודית המשמרת מלבד המתקנים עצמם גם את ההלכות השונות לגבי עצם השימוש במתקנים אלו.
הבעיה העיקרית שנתקלתי במחקרי זה היתה שמירה על האוביקטיביות וניסיון לא "לשים מילים בפה" למרואינת.
כדי להציג את הדיווח בצורה אובייקטיבית נקטתי במספר שיטות:
1. הקלטה בוידאו של כל הנאמר, כדי לחזור ולבדוק שלא הוספו על ידי בטעות דברים שלא נאמרו.
2. צילום במצלמה של המתקנים.
3. מדידות ורישום בכתב.