הספר הראשון ב"משנה תורה" של ר"מ הוא "ספר המדע", והלכות תשובה מהוות את החלק האחרון של הספר. בהקדמתו ל"משנה תורה" ר"מ מפרט את תוכן "ספר המדע", ומדבריו גם מובן מדוע פתח בו את חיבורו.

ספר ראשון, אכלול בו כל המצוות שהן עיקר דת משה רבנו עליו השלום, וצריך אדם לידע אותן תחילת הכל, כגון: יחוד-השם ברוך הוא, ואיסורי עבודת כוכבים. וקראתי שם ספר זה: ספר המדע.

על פי ר"מ (להלן ה:ד ופירוש "לחם משנה" שם), השם "מדע" מובנו השקפות אמוניות. הלכות יסודי התורה אכן כוללות את עיקרי האמונה בה', הלכות דעות מורות כיצד ראוי להידבק בדרכיו, הלכות תלמוד תורה קובעות את חובת העיון בתורתו והלכות עבודת כוכבים הן ההוראות בגדר "סור מרע", דהיינו חובת ההתרחקות מאמונות כוזבות. הספר נחתם בהלכות תשובה, המתארות את מערכת היחסים בין הקב"ה ובני האדם. מעבר למצוה המוגדרת של "תשובה" (פרקים א-ד, ז), ר"מ מבאר עוד שלושה עניינים עיקריים: בחירה חופשית (ה-ו), תורת הגמול (ח-ט) ועבודת ה' מאהבה (י). הקשר בין ארבעה יסודות אלה יבואר עתה.

האדם חי במרחב המאפשר לו חופש פעולה מוחלט, אך מוטלת עליו חובה לנווט את פעולותיו לפי מערכת חוקים מחייבת - תורה ומצוות. מכיוון שלאדם יש בחירה חופשית, ובידו לקבוע את דרכו על פי רצונו, הוא נושא באחריות לכל מעשיו, ועליו לתת דין וחשבון עליהם לפני קונו. יחד עם זאת, אין מעמדו של האדם סטטי, ותמיד קיימת האפשרות של שינוי כיוון על ידי תשובה - לטובה או לרעה. על פי מעמדו של האדם, ועל פי שיקולים נוספים, שאין בידינו לדעת אותם, נקבע הגמול המגיע לו בזמן מן הזמנים. ברם, המצב האידאלי של עבודת הבורא הוא כאשר היא נעשית ללא כל שיקולים של כדאיות ונטיות אישיות, אלא מתוך "עשיית האמת מפני שהיא אמת" (י:ב) והעושה כן הוא העובד את ה' מאהבה.

סדר הפרקים והעניינים בהלכות תשובה אינו תואם תיאור זה, אף על פי שהוא לכאורה הסדר שההיגיון מחייב. אולם יתכן שר"מ נקט בשיטה דידקטית, שלפיה יש להתקדם מן הקל אל הכבד: בפרקים הראשונים ר"מ פונה לכל אחד ואחת ומבאר בלשון פשוטה את הצדדים המעשיים של מצות התשובה ואת מערכת השכר והעונש בלי להיכנס להיבטים העיוניים של תורת הגמול. ואילו החל בפרק ה' ועד סוף ההלכות - דבריו מופנים בעיקר לאיש המשכיל המסוגל להבין את הפן העיוני של מעמד האדם מול קונו ויחסי הגומלין ביניהם.

לפי דברנו גם מובן מדוע ר"מ מצא לנכון לכלול את הלכות תשובה ב"ספר המדע" ולא למשל ב"ספר זמנים" כחלק מהלכות יום הכיפורים כמו בשולחן ערוך, או ב"ספר אהבה"). ר"מ רואה את מכלול דיני התשובה כחלק של מערכת פילוסופית שמקומה ב"ספר המדע".

בספרו "מורה הנבוכים" ר"מ הציג את שיטתו הפילוסופית ואת השקפת עולמו, כאשר לפני עיניו עמדו האסכולות הפילוסופיות השונות של העולם המוסלמי שבתוכו חי. ידוע שר"מ גם הכיר את אריסטו (ועוד הוגים יווניים) דרך כתבי הפרשנים הערביים אל- פראבי, אבן-בג'א, אבן-סינא ועוד, ובחיבוריו השונים הוא התייחס לדעותיהם. נראה שחשוב לדעת עובדה זאת כאשר באים לבאר את דברי ר"מ ב"ספר המדע" בכלל ובהלכות תשובה בפרט.

מטרתנו בכתיבת הביאור להלכות התשובה של ר"מ היא לנסות ולהבין את דברי ר"מ לאשורם ולרדת לעומק כוונותיו, כאשר בעיקר הסתמכנו על דברי ר"מ עצמו ביתר חיבוריו: משנה תורה, מורה הנבוכים, ספר המצוות, פירוש המשניות ("ספר המאור") ואגרותיו, וכן על הידיעות שבידינו לגבי רקעו ותקופתו של ר"מ. נושאי כליו הקלסיים של ר"מ ("כסף משנה", "לחם משנה" וכו') מביאים באופן שיטתי מראי מקומות למקור דברי ר"מ בדברי חז"ל, ולכן לא עסקנו בפן זה של ביאור דבריו אלא אם כן היה נראה לנו צורך מיוחד.

בפירושנו לא התייחסנו אל מכלול הדעות הקיימות בכל נושא השנוי במחלוקת בין פוסקי ההלכה והוגי הדעות, והשתדלנו רק להבהיר ככל שביכולתנו את כוונת ר"מ על בוריה.