"התשובה היא... מן האמונות אשר לא יתישר מציאות בני אדם שומרי התורה אלא בהאמין בם, כי לא ימלט כל איש מחטא... ואילו יאמין האדם כי אין תיקווה לרפא זאת המחלה לעולם, היה הולך במחשכי פעליו תמיד, ואפשר שיהיה מוסיף בחטאיו כשידע שאין לו תיקווה ולא עצה, אבל כשיאמין כי יש תשובה - יתקן מעשיו וישוב למוטב, ועל דרך השלמות יותר ממה שהיה קודם חטאו". וכך אמנם קרה לאלישע בו אבויה - אחר - כפי שמסופר בגמרא (חגיגה טו.) אחרי שהוא שמע מבת-קול שאיבד את חלקו לעולם הבא אמר: "הואיל ואטריד ההוא גברא מההוא עלמא ליתהני בהאי עלמא. נפק אחר לתרבות רעה". לולא חשב, בטעות, שתשובתו לא תתקבל, הוא לא היה יוצא לתרבות רעה והיה אולי חוזר בתשובה.לדעת רבנו, העובדה שהקב"ה מצפה מבני ישראל שינהגו על פי התורה מחייבת קיום אפשרות מחיקת העוונות. אילולא כן, היות ו"אין צדיק בארץ אשר יעשה טוב ולא יחטא" (קהלת ז:כ), היהודי יעזוב את הדרך הטובה מתוך ייאוש וישתקע עוד יותר בחטא. מאידך, אם הקב"ה מוחק את העוונות בעקבות הוידוי, ודאי לא מדובר בצעד אוטומטי, אלא בתהליך הדורש מאמץ מצד האדם. לכן, מאחר והקב"ה דורש מאתנו להיות "צדיקים", סברה זאת הופכת לצו המחייב כל יהודי.
"וכי בשביל שעבר ושנה בה הותרה סלקא דעתך, הנה האזהרה הראשונה המונעתו מחטוא טרם שחטא, היא מונעתו מחטוא גם אחרי שחטא... על התשובה בעצמה אין לחשבה למצווה חדשה... אמנם מצוות התשובה אשר על זה צריך מצווה פרטית הוא, שאם חטא ועוזב את חטאו מצווה להתוודות".
"האדם אחראי על תיקון החטא והוא חייב לעשות ככל יכולתו לתקנו. אבל הוא אינו אחראי על מציאות הרע בעולם. הקב"ה "לוקח על עצמו" את האחריות לאותו רע הנובע ממעשה הבריאה הא-להי, כי הוא גם "בורא רע" (ישעיהו מה:ז). "האחריות על הרע מחולקת אפוא בין הקב"ה הבורא רע לבין האדם. לאחר שהאדם התאמץ כפי יכולתו לתיקון הרע, הרי האחריות לגאולת העולם מהרע היא על ה'. אף שני שעירי יום הכיפורים מציינים את האחריות הכפולה הזו, המחולקת בין ה' וישראל: שעיר אחד הוא לה', לכפר עלינו על חלקנו באחריות והוא שעיר חטאת של תשובה, ואילו השעיר השני הוא לעזאזל, לכוחות הרע, כפרה על ה' כביכול, שברא את הרע. והוא "הנושא את עונותינו אל ארץ גזרה", כי עוונותינו אינם רק תוצאה של מעשינו, אלא נובעים מעצם כוח הרשעה העולמית, כוח המדבריות, הריק, השממה והחורבן, ואלה נושאים בחלק מן האחריות".רבנו סובר, שהשעיר המשתלח הוא קרבן לה' (כר' שמואל בן חפני). הוא "כפרה על כל ישראל" ולכן מוטל על הכוהן הגדול, בתור נציג של כל עם ישראל, להתעסק בו. גזירת הכתוב היא שהוא "מכפר על כל עבירות שבתורה", וב"מורה הנבוכים" (ג:מו) מסביר רבנו מדוע דינו שונה מדיני יתר הקרבנות:
"הוא נושא כל החטאים, ולפיכך אין מתעסקין בו בשחיטה ולא בשרפה ולא בהקרבה כלל, אלא מרחיקין אותו תכלית הריחוק ויושלך לארץ גזרה שאין בו ישוב. ולא יסתפק שום אדם כי החטאים אינם גוף המועברים מעל גב פרט זה לפרט אחר, ואין כל המעשים הללו אלא משלים להקנית צורה בנפש, כדי שתהא שם התפעלות לתשובה, כלומר, כל מה שקדם ממעשינו כבר ניקינו עצמנו מהם והשלכנו אחרי גוינו והדחנום בתכלית ההדחה".במלים אחרות, רבנו סובר שהקרבן הזה הוא כל כך טעון עוונות (כביכול) עד שאין מקום עבודתו בבית המקדש, אלא, בצורה סמלית, ובאופן שהרעיון יירשם בתודעתנו, מגרשים אותו "בתכלית הריחוק" ומתפטרים ממנו כמו שמתכוונים להתרחק ולהיפטר מסך כל עוונותינו.
"כאשר עבר על מצוות עשה - התשובה מכפרת על זה, ותיכף מוחלים לו, כי רק ישב בטל מן המצווה ולא קרב עצמו אל ה', ועל כן התשובה מכפרת ששב אל ה'. אבל כאשר עבר על מצוות לא תעשה, נתרחק ממדרגתו הראשונה, ויש בו פחיתות וטומאה, לכן תשובה תולה, ויום הכיפורים מכפר, והייסורים ממעטים נפש האדם וחיותו. כי מי שייסורים שולטים בגופו חייו אינם חיים, וזה שחייב מיתה הייסורים ממרקים, שהרי כבר אינו נחשב חי. אבל כאשר חטא בחילול ה', עונשו שלא יהיה במציאות כלל, מפני שחטא בשמו ית', אשר שמו מורה על מציאותו, ועוד יותר מזה: אין ראוי שיהיה בעולם המחלל שם כבודו, כי כל אשר ברא הקב"ה בעולמו לא ברא אלא לכבודו, ומי שמחלל ה' אין ראוי אליו המציאות שהרי כל הנמצאים הם לכבודו ית'" (עיין שם בהרחבה).הסבר זה מתאים למשמעות הגלויה וההגיונית של מושג הכפרה, שהיא חזרה בעזרת אמצעים מתאימים למדרגה הרוחנית המקורית.
"אצל חסידי אשכנז התפתחה תורה שלמה של עינויים, סיגופים וייסורים שהאדם צריך לקבל על עצמו כדי שיעשה תשובה. לתורה זאת ניתן תוקף הלכתי ממשי ב"ספר הרוקח" של ר' אלעזר מוורמש, והתורה הפכה להיות מאבני היסוד של היסוד של החסידות האמיתית. סיפורים רבים, גם ב"ספר חסידים" וגם במקורות אחרים, מעידים שחסידי אשכנז נהגו כך למעשה. אנשים ישבו בשלג או בקרח שעה שלמה באמצע החורף, או חשפו את עצמם לנמלים ולדבורים בקיץ; - והכל כדי לשוב בתשובה ולהתכפר".נראה שחסידי אשכנז לא הגבילו קבלת ייסורים למקרים של עבירות עם עונש כרת או מיתת בית דין כמו רבנו, אלא פסקו קבלת ייסורים גם לעבירות בעלות דרגות חומרה פחותה.