"עבודתו של רס"ג אינה עבודה אקדמית, מחקר וספקולציות, אלא אוסף של תשובות חיות לבעיות חיות. הביטוי המופיע הרבה "אם ישאל השואל", לעולם אינו ביטוי תיאורטי, אלא הד לשאלה ממשית, שרס"ג פגש בספר או בחיים". (אלכסנדר אלטמן, סעדיה גאון, ספר האמונות והדעות, בתוך: שלשה פילוסופים יהודים, ניו יורק 1969 [אנגלית]).

"אין כאן אפילו הצורך הפנימי להיחלץ מהספק (כגון זה של אל-גזאלי). רס"ג עצמו יוצא מנקודת ראות של וודאות אישית. הוא בא להציל את זולתו מן הספקנות. אינטרס זה מצומצם מבחינת העיון הפילוסופי". (א' שביד, תולדות הפילוסופיה היהודית, מרס"ג ועד רמב"ם, ירושלים תש"ל ע' 13).

" ... כאב לבי על מיני מן המדברים והתעוררה נפשי לעמנו בני ישראל ממה שראיתי בזמני מרבים מן המדברים המאמינים, אמונתם בלתי זכה, ודעותם אינם ברורים, והרבה מהמכחישים מתגדלים בהפסד ומתפארים על אנשי האמת, והם התועים. וראיתי בני אדם כאילו טבעו בימי הספקות, וכבר כסו אותם מימי השבושים, ואין צולל שיעלה אותם ממעמקיהם, ולא שוחה שיחזיק בידם וימשם". (אמונות ודעות, הקדמה, מראה המקומות הם לפי מהדורת יוזעפאף, 1894, וחלוקת הפרקים שבמהדורה זו).

"וראיתי כי הועילם בו - חובה עלי, והישירם אליו מן הדין - עלי - וכמו שאמר הנביא: ה' אלוהים נתן לי לשון לימודים לדעת לעות את יעף דבר". (אמונות ודעות הקדמה)

"באיסלם...התפתחו אסכולות שונות, שהביאו את המאמינים לדרישה להגדיר את בעיות האמונה המדע והחיים. ביהדות בנוסף לאלה, עסקו בבעיות של ויכוח עם הקראים לגבי סמכות המסורת". (הוזיק, היסטוריה של הפילוסופיה היהודית בימי הביניים, ניו יורק 1969 [אנגלית]).

"ספרי הגאון ר' סעדיה ז"ל, מאירים השכל, ומחדדים הבינה, ומורים הפתי ומזרזים העצל".

"ואנו דנים את רב סעדיה לכף זכות, ונאמר שמא מה שהביאו לעניין זה ואף על פי שהיה יודע שהתורה אסרה זה, לפי שהיו בני דורו בעלי סברות רבות נשחתות, וכמעט שתאבד תורת ה', לולא הוא ע"ה, לפי שהוא גילה מן התורה מה שהיה נעלם, וחזק ממנו מה שנדלדל, והודיעו בלשונו, ובכתובו ובקולמוסו. וראה בכלל מה שראה בדעתו לקבץ המון העם ע"ד חשבון הקיצים, כדי לאמץ אותם ולהוסיף על תוחלתם, והוא המכוון, בכל מעשיו לשם שמים".

"אשביע כל מבקש חכמה שמעיין בו [בספר], בשם הבורא יתברך, שיכווין את לבו בעת שיקראהו, ויכווין בו כוונתי, ויעזוב התואנה והערבוב עד שתשלם לו הטובה, ותתום לו התועלת... וכאשר ינהג החכם והתלמיד בספר המנהג הזה, יוסיף בו המאמין אמונה, ויסתלק הספק מעל המסתפק, וישוב המאמין בקבלה להאמין בעיון ובהבנה, ויעמוד הטוען בשקר, ויתייסר המתעקש המתאנה, וישמחו הצדיקים הישרים... ובזה ייטבו מצפוני בני אדם ותיזך תפילתם, כאשר יהיה עמם בלבם גוער בם על התעות, ומעיר אותם על הנכונה... כל זה יהיה עם הסתלקות הספקות והסרת השיבושים, ותתפשט הידיעה באלוהים ובתורתו..." (אמונות ודעות, הקדמה, ב).

"כי כל הספר איננו מועיל כי אם לזכות הלב וכוונת תיקונו, כמו שאמר אם אתה הכינות לבך" (אמונות ודעות י, יט).

"כי התלמידים כשהם משלימים הלימוד, לא תהיה ביניהם מחלוקת ולא ערבוב. על כן אל ישיב הכסיל או הקץ חטאו על הבורא יתברך, הוא הטוב, אלה הספקות סכלותו וקוצו ועצלתו בהם" (אמונות ודעות, הקדמה).

"וכיוון שהגעתי לאמת אלה השלשה שרשים בדרך העיון" (מאמר ראשון, פרק ג). "ואחר הפנים האלה אשר בטלו אצלי שיהיה הדבר מחדש את עצמו" (מאמר ראשון, פרק ב) "ואלה, יישירך האלוהים, יותר סכלים" (מאמר ראשון, פרק ג). "והם יותר סכלים ממה שקדם זכרם"

"רצה החכם יתברך, בספרו, ללמד את בני דעת ולהנהיגם אליו למען ישמעו בקולו. והלמוד הזה יהיה על שלשה דרכים, אשר אחד מהם חזק מחברו:

והוא הרפה שבכולם, הוא שיאמר לאיש אשר ירצה ללמדו: עשה כזאת ואל תעשה כזאת, מבלי הודיע אותו פרי הצו והאזהרה ...

הוא, שיגלה לאיש המצווה והמוזהר פרי המעשה אשר יבחר בו, ויאמר לו: עשה כזה בשביל גמול, ואל תעשה כזה פן תענש כזה. והדרך הזה חזק מן הדרך הראשון...

שאחרי הודיעו את האדם המצווה והמוזהר גמולו הטוב בשמעו בקולו, יספר לו מה שקרה לאנשים ששמעו בקול המצווה והמזהיר והצליחו, ואחרי אשר ייעד לו העונש החמור על רשעתו, יגיד לו מה שנעשה לאנשי בליעל, אשר מרו בו ונענשו ונענו. והדרך הזה הוא חזק משני הדרכים הראשונים..."(הקדמת רס"ג הקצרה ל"פתרון התורה"
ב"אמונות ודעות", מאמר שלישי פרק ו).

"רס"ג אינו דורש מן הקורא, לא שיפתור חידות בדרך הראב"ע, ולא שיטרח ויתעמק ברעיונותיו כדרך הרמב"ם ותלמידיו, הוא אינו מתבל את ההוכחותיו ע"י סיפורים ומשלים כדרך ר' בחיי וריה"ל - סגנונו לעולם קר, בהיר ומפוכח". (היינמן, הרציונליזם של רס"ג, בתוך: רב סעדיה גאון, ירושלים תש"ג, עמוד רלג)

"אלקינו יתברך ויתעלה הודיענו כי כל הדברים מחודשים, והוא חידשם לא מדבר, כמו שאמר "בראשית ברא אלוהים" ... ואומת זה אצלנו באותות ובמופתים, וקבלנוהו".

"ואחרי כן עיינתי בעניין הזה, היתאמת בעיון כאשר התאמת בנבואה, ומצאתיו כן מפנים רבים, אקצר מכללם ארבע ראיות" (מאמר א, א).

"ואומר, שאלוהינו יתברך הודיענו על ידי נביאיו שהוא אחד חי יכול חכם, לא ידמה לו דבר ואין דומה לפעליו. והעמידו לנו על זה האותות והמופתים ... כמו שאמר "שמע ישראל ה' אלוהינו ה' אחד". ואמרו עוד ..."

"ואחר ששמענו אלה החמשה עניינים מספרי הנביאים, התעסקנו לקיימם מדרך העיון, ומצאנום כן" (אמונות ודעות, מאמר שני, א).

יש האומרים כי הוא הגורם לכל התענוגות והעסק, והנדיבות והכבוד והצדקה וההודות הם תוצאה של הכסף. הפסוק המובא כראיה לכך: "רבים יחלו פני נדיב"; "ומשלת בגויים רבים". "וזאת הממשלה" - מוסיף רס"ג - "בממון".

"ימצאו אנשים רבים שאומרים כי הטוב במה שיתעסק בו האדם בעולם הזה, עבודת אלקיו בלבד, והוא שיצום ביום ויקום בלילה לשבח ולהודות ... והנה אנחנו מוצאים בעבודה תענוג גדול, כמו שאמר "כי נעים נאוה תהלה", וששון ושמחה, כמו שאמר "עבדו את ה' בשמחה".

האמונה בחידוש העולם סותרת את החושים, ולכן עשוי הלומד שלא לקבל אמונה זו, כדי לשכנע באמונת החידוש, מסביר רס"ג, כי החידוש, למרות היותו סותר את החוש, אינו סותר את החושים יותר מאשר שיטת הקדמות, או השניות, או החומר ההיולי. (מאמר ראשון , פתיחה).

"כי הסHבה העולה בידינו באחרונה היא דקה מן האיד, אשר הוא יותר דק מן המים, אשר הוא יותר דק מן השלג, וזאת הסבה הדקה עליה כוון האדם והגיע" (מאמר שני, פתיחה).

"אני מקדים לספר הזה הודעת סיבת נפילת הספקות לבני אדם" (אמונות ודעות, הקדמה); "כיוון שהשלמתי ביאור הדעות האלה, ומה שהביא ממנו ראיה כל אחד מהם על דעתו, ומה שיתחייב לו מן הטענות - אסמיך לדברים האלה מה שאפשר שישאלו עליו קצת בני אדם בשער הזה" (אמונות ודעות, מאמר ראשון, ד); "וצריך שאבאר מאין אמרתי אלה הששה מאמרים, ואחר כך אומר הסיבה אשר הביאתני למנות אותם בתחילת המאמר הזה" (אמונות ודעות, מאמר שני, הקדמה).

"ואחרי אשר דברתי בעניHני הביטול במה שזכרתיו, וזכרתי הערבובים העולים על הלבבות בעבור מות הנביאים ואכילתם ושתותם ומשגלם ... אני רואה שאחבר אליהם שנים עשר עניינים, אני חושב שאם לא אדבר על אחד מהם, יתבלבלו לבות בני אדם ותפסד אמונתם" (אמונות ודעות, מאמר שלישי, פרק י).

"וכיוון שדברתי בשאלות האלה בחירה וידיעה במה שיש בו די, מתחייב המעיין בספר להשיב בתשובתם כל מה שימצאהו דומה להם" (מאמר רביעי, ה). וכך: "אחבר אל הדברים האלה כל הפסוקים אשר יש בהם ספקות ושבושים בענייני ההכרח ... והמעיין בספר הזה יחבר כל מין וכל איש אל מינהו בשכלו ובתבונתו" (מאמר רביעי ו).

"ואלה... יותר סכלים במה שנטו אליו מכל מי שקדם זכרו"... "ואלה סכלים מכל מי שקדם"... "הם יותר סכלים"... "ואין ספק שאלה יותר סכלים מכל אשר קדם זכרם" . .. "ומצאתי שטעו בפירוש העניין הזה מחמש עשרה פנים"... "ומצאתי אלה גם כן טעו בפירוש יותר מטעות הראשונים".. "וראיתי לגלות אוולתם"... "אבל בזכרי אלה השנים עשרה שרשים, ובארי השבר עליהם, כבר ביטלתי בזה סעיפיהם והכרתי פארותם, והתקיים השורש הראשון כי הדברים מחודשים"... (אמונות ודעות, מאמר ראשון, ג).

"וראיתי אחרים נתלים במה שאמר ה' נעשה אדם בצלמנו, ואומרים כי הלשון מורה על רבים. ואלה יותר סכלים מן הראשונים"... "ואחרים משתבשים בפרשת וירא אליו ה', ואבאר שאלו סכלים יותר מן הכל" (אמונות ודעות, מאמר ששי, ח).

"אמרו: יהושע נלחם בשבת. ואין הדבר כן כי לא זכר בכל יום מלחמה, אבל היו בכל יום נושאים הארון ותוקעים בשופרות, ואלו המעשים מותרין בשבת. אבל היום השביעי, שבו היתה מלחמה, לא היה שבת" (אמונות ודעות, מאמר שלישי, ט).

"חשב השומע, כי זה השב אומר כי הוא בעבור שתתקיים עליו מה שגזר בו אלהיו. ואיננו שב אמרו למען תצדק על "חטאתי", אך הוא שב על אמרו "ומחטאתך טהרני", והוא אמרו כפר לעווני עד שיתקיים מאמרך אשר אמרת וגזרת, כי מי שישוב אליך תכפר לו". (אמונות ודעות ד, ו).

"איש כרבנו סעדיה, לפעמים יחטיא את המטרה... כאשר ראינו... אשר למען סתום פיות המקטרגים מכת הקראים החליט פעם אחת כי תמיד היו היהודים מקדשים החודש ע"פ החשבון ולא על פי הראיה, דבר שהוא בודאי בלתי אמיתי, ואשר אי אפשר הוא, כי לא ידע רבנו סעדיה כי שקר החלטתו. וכן דעתו בזמן שני ימים טובים של גליות, שהוא סותם את פי המקטרגים בזה, כי כן מעולם צווה ה' את משה רבנו, והוא צווה לישראל שיהיו עושים בארץ יום אחד, ובגליות שני ימים... ופעם אחת כחש מכל וכל כי היתה מחלוקת בין בני בית שמאי ובית הלל עד הכאה, עד שפתח לו סלמון בן ירוחם הגמרא והראה לו דברים ככתבם".

"כי הנה שער (קאפח: עניין) טבעי יתברר לנו בו מי הוא המכוון בכל הברואים... כי המנהג והבניה משימים כל דבר נכבד באמצע הדברים אשר אינם נכבדים כמוהו. ונתחיל מהקטן שבדברים ונאמר כי הגרגיר ממוצע בתוך כל העלים, והוא שהגרגיר יותר נכבד מהם... וכן חלמון הביצה הוא הממוצע בה, כי ממנה יהיה האפרוח... וכן הוא הרוח הרואה באמצע העין.. וראיתי הארץ באמצע השמים והגלגלים סובבים אותה מכל צדדיה".

השליטה בבעלי חיים, המצאת הגלגל, ארגון צבא ומחנות צבא, ידיעת התכונה - כל אלה מוליכים למסקנה כי "המצווה המוזהר הגמול הענוש - כי הוא קטב העולם ומכונתו", כמו שאמר "כי לה' מצוקי ארץ, וישת עליהם תבל".

"בנין גופו חלש, מורכב מהדם והליחה ושתי המררות"; "חוליים באים עליו.. " החום והקור מושלים בו, הוא פגיע לארס החיות, התאוות שולטות בו (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ב).

"וממה שהוא נאות לצדק הבורא וחמלתו על האדם הזה שנתן לו כוח ויכולת לעשות מה שצווהו בו, ולהמנע ממה שהזהירו ממנו, וזה מבואר בשכל ובכתוב" (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ג).

הוא עוסק בבעיית הבחירה החופשית, ומשכנע כי ביד האדם חופש הבחירה (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ד);
הוא מסביר כי ביכולתו לבצע את שהחליט (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ג),
וכי כדאי לו להחליט החלטות בדבר קיום המצוות וההמנעות מעבירות (מאמר חמישי כולו).

"הבורא אין לו שום הנהגה במעשי בני אדם, ואינו מכריחם לעבודה ולא למרי" (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ד).

(א) "מדרך המוחש, שמצאתי האדם שוער בנפשו שיכול לדבר ויוכל לשתוק ויוכל לתפוס ויוכל להניח..."דהיינו: החוש הפנימי של האדם מראה על בחירה חופשית.

(ב) "מן המושכל, כי הראיות כבר תתקיימנה במה שקדם, על הפסד היות פועל אחד משני פועלים, ומי שחשב שהבורא מכריח את עבדו, כבר שם הפועל האחד לשניהם יחד. ועוד, שאם היה מכריחו, לא היה עניין לצוויו והזהרתו אותו... ועוד, שאם היו בני אדם מוכרחים, היה הגמול ראוי למאמין ולכופר גם יחד". פירוש: ההגיון אומר שלא יתכן לקיים מערכת של שכר ועונש, כאשר אין לאדם חופש בחירה, ומעשיו אינם רצוניים.

(ג) "ומן הכתוב... ובחרת בחיים" (אמונות ודעות, מאמר רביעי, ד).

"ונצטרך פרעה לחיזוק נפשו שלא יאבד במכות ההם, עד שישלמו לו שאר המכות... אבל סיחון נצטרך לחזוק לבו שלא יאבד מפחד שמע בני ישראל" (אמונות ודעות, מאמר רביעי, פרק ו).

"אפשר שיחטא אדם חטא גדול או חטאים רבים, עד שיתן הדין לפני דיין האמת, שהיא הפירעון מזה החוטא על חטאים אלו שעשה ברצונו ומדעתו, שמונעים ממנו התשובה ואין מניחים לו רשות לשוב מרשעו, כדי שימות ויאבד בחטאו שיעשה" (רמב"ם, תשובה ו, ג: וכן שמונה פרקים, ח).

"לא שה' יתברך ימנע מן האדם טוב בחירתו, חלילה, אמר הכתוב 'כי לא אחפוץ במות הרשע כי אם בשובו מדרכיו וחיה'. אלא שה' יתברך משאירו על בחירתו בלבד, בלי מכריח מחוץ, והוא בוחר דרך לעצמו. וזה היה עניין סיחון.. לפי שנתחייב לשם מחמת רשעו, אלא שהיה מתיירא מפני פחד ה' להתגרות בישראל, הביא הקב"ה עצות מרחוק להסיר מלבו המורך שקנה מצד המופתים ששמע שנעשו לישראל, כדי להשאירו על בחירתו בלבד". (עקרים ד, נה).

"על כל פנים לא יחדל מי שנעשה רשע, מהיות רשע לכשירצה, ולא יהיה מיד לצדיק. כשם שאין מי שחלה נעשה בריא לרצונו... כשם שאין הבחירה ביד זה שזרק את האבן להחזירה אליו, אבל היתה בידו הבחירה שלא לזורקה" (תורת המידות ג, ה,; ב 1113).

"רגש זה, התמיהה, מסמן מאין כמוהו את הפילוסוף, ורק מכאן נובעת הפילוסופיה... ההתפלאות היא שדחפה בראשונה בני אדם להתפלסף, כמו שהיא דוחפת אותם גם היום. תחילה התפלאות על הדברים המוזרים של יום יום, אחר כך התקדמו לאט לאט בדרך זו בעוררם שאלות על דברים חשובים יותר. למשל: על מה שקורה לחמה, ללבנה, לאדמה, לכוכבים, וכיצד זה שנתהווה העולם. המסתבך בשאלות והמתפלא, חושב את עצמו לבלתי יודע, (ועל כן גם האוהב אגדות הוא במידה ידועה פילוסוף, כי האגדה מורכבת מפליאות). מכיוון שהתפלספו כדי להימלט מאי ידיעה, ברור שביקשו את המדע לשם הדעת ולא לשם איזה צורך ממשי" (אפלטון, תאיטיטוס, תרגום יוסף ליבס, כתבי אפלטון, ירושלים תשל"ה, חלק ג, עמוד 92).

היא הרצון להבין תופעות חורגות בחיי היום יום. האדם המתרגל לעסוק בפליאות של חיי היום-יום מתרגל לפענח את הפליאות בכלל, ועל כן פתוחה הדרך בפניו לעסוק בשאלות "פילוסופיות" טהורות: מציאות העולם והתהוותו.

"כאב, לבי על מיני מן המדברים, והתעוררה נפשי לעמנו בני ישראל, ממה שראיתי בזמני מרבים מן המדברים המאמינים, אמונתם בלתי זכה, ודעותם אינם ברורים, והרבה מהמכחישים מתגדלים בהפסד ומתפארים על אנשי האמת, והם התועים. וראיתי בם אדם כאלו טבעו בימי הספקות, וכבר כסו אותם מימי השיבושים... "(אמונות ודעות, הקדמה, ב).

"היותם ברואים הוא עצמו חייב להם הספק והשיבוש" (שם, ג).

"מדברים מקובצים ומשובשים" (שם, ג)

"לא יחדלו בכוח השכל אשר בהם, מלזקקם ולצרפם במשך זמן, עד אשר יסורו מהם השיבושים, ויזוקק להם המזוקק ללא שום תערובת של ספקות" (אמונות ודעות, הקדמה ג, בתרגומו של הרב קפאח. תרגום א"ת מעורפל במקום זה).

"התלמידים כשהם משלימים הלימוד - לא יהיה ביניהם מחלוקת".
הלימוד המעמיק, המסודר, מבטל את הספקות. הלומד אינו יכול לצפות לנס, שבגללו לימוד חד-פעמי יבהיר לו את הספקות כולם:
"לא יתכן שיהיה מעשה ממעשיו ברגע אחד בהסתלקות הספקות, כי אז יוצא מחוק הברואים, והוא נברא".
לו היה אדם יכול ללמוד בפעולה אחת - היה חדל מלהיות נברא, שכן חוק הברואים הוא שישתלמו בתהליך ארוך. הלימוד מבטיח הצלחה:
"כל אשר יעיין האדם ויסתכל - יחסרו הספקות, עד אשר יזדקק (יהיה צרוף ומזוקק) בסוף העניינים" (אמונות ודעות, הקדמה, ג).

"וכאשר ינהג החכם והתלמיד בספר המנהג הזה [שיכוון ליבו בעת שיקראהו], יוסף בו המאמין אמונה, ויסתלק הספק מעל המסתפק, וישוב המאמין בקבלה להאמין בעיון ובהבנה" (אמונות ודעות, הקדמה ג).

"אמונה... - עניין עולה בלב,... וכאשר תצא חמאת העיון יקבלנה השכל ויקיפנה, ויכניסנה בלבבות... ויהיה האדם מאמין" (אמונות ודעות, הקדמה, ד).

"ועם אלה הבאורים יסתלקו כל הספקות אשר הם מדמים ההכרח" (קפאח: שנדמה שהם הכרח). (אמונות ודעות, ד, ו).

"ואחרי אשר דברתי בענייני הביטוי במה שזכרתיו, וזכרתי עוד מהסיפורים הנופלים על הבורא בהרחקת הדמות... אשר אם הייתי סובלם הייתי ירא שיכפרו בני אדם, אני רואה שאחבר אליהם שנים עשר עניינים, אני חושב שאם לא אדבר על אחד מהם, יתבלבלו לבות בני האדם ותפסד אמונתם. וכאשר נבארם, יסור שלטון ספקותם, ויברו הלבבות מהם..." (אמונות ודעות, ג, י).

"אחבר אל הדברים האלה כל הפסוקים אשר יש בהם ספקות ושבושים בעניין ההכרה ..." (אמונות ודעות, ד, ו).