מחלוקת בין חכמי התלמוד, ובעקבותיהם ובין הפוסקים לגבי התוקף של מצוות שביעית היום. האם המצווה כיום מן התורה, או מדרבנן. ההכרעה בדבר תוקף שביעית כיום תלויה בשלש שאלות:
א. האם קדושת ארץ ישראל שמימי עזרא ("קדושה שניה" או "קדושת עולי בבל") היא קדושה עולמית, או שבטלה לאחר שנכבשה הארץ ויהודים גלו ממנה?
ב. האם מצוות שביעית הוקשה ליובל? (היובל לכל הדעות אינו נוהג היום).
ג. האם שביעית דומה לתרומות ומעשרות הנוהגים מן התורה רק כאשר כל ישראל על אדמתם? ("כי תבואו" - ביאת כולכם)
למחלוקת זו יש משמעות לגבי דין שמיטה בזמן הזה. אם בזמן הזה היא מן התורה, אין אפשרות להקל בדיני שמיטה. אם שמיטה מדרבנן, אפשר להקל בדיני שמיטה בתנאים מסויימים.שאותם נראה בדבר התלמוד במסכת סנהדרין, במקורות ה-ו.
"ויעשו כל הקהל השבים מן השבי סכות, וישבו בסכות כי לא עשו מימי ישוע בן נון (נחמיה ח:יז). אפשר לומר כן? אלא, מקיש ביאתן בימי עזרא לביאתן בימי יהושע. מה בימי יהושע נתחייבו במעשרות ובשמיטין וביובלות וקדשו ערי חומה, אף ביאתן בימי עזרא נתחייבו במעשרות ובשמיטין ויובלות, וקידשו ערי חומה. והיו ששין ושמחים לפני המקום ב"ה, שנאמר "ותהי שמחה גדולה מאוד" (שם). וכן הוא אומר "והביאך ה' אלהיך אל הארץ אשר ירשו אבותיך וירשתה" (דברים ל:ה). מקיש ירושתך לירושת אבותיך. מה ירושת אבותיך בחידוש כל הדברים הללו, אף ירושתך בחידוש כל הדברים הללו. או יכול תהי לכם ירושה שלישית? תלמוד לומר "וירשתה" - ראשונה ושניה יש לכם. שלישית אין לכם.

לפי דברי רבי יוחנן, במסכת יבמות פב:ב, "מאן תנא סדר עולם - רבי יוסי." רבי יוסי בן חלפתא היה תנא בדור הרביעי, ומתלמידיו של רבי עקיבא. מסוגיית הגמרא שם עולה כי דעתו זו של רבי יוסי, שקדושת עזרא היא קדושה עולמית ואין צורך לחזור ולקדש את הארץ בעתיד, היא דעת יחיד, וכי חכמים חולקים עליו. חכמים סבורים שיש קדושה שלישית, ומכאן כי קדושת עזרא אינה מן התורה. הקדושה השלישית, העתידה לבוא, תהיה קדושה מן התורה.
כתיב "ויעשו כל הקהל הבאים מן השבי סוכות, וישבו בסוכות כי לא עשו מימי ישוע בן נון". .. הקיש ביאתן בימי עזרא לביאתן בימי יהושע. מה ביאתן בימי יהושע פטורים היו ונתחייבו, אף ביאתן בימי עזרא פטורים היו ונתחייבו.
ממה נתחייבו? רבי יוסי בר חנינא אמר מדבר תורה נתחייבו. הדא הוא דכתיב "והביאך ה' אלוהיך אל הארץ אשר ירשו אבותיך וירשת". אבותיך מדבר תורה, אף ירושתך מדבר תורה. "והטיבך והרבך מאבותיך", אבותיך פטורים היו ונתחייבו, ואתם פטורים הייתם ונתחייבתם. אבותיכם לא היה עליהם עול מלכות, ואתם אע"פ שיש עליכם עול מלכות. אבותיכם לא נתחייבו אלא לאחר ארבע עשרה שנה, שבע שכיבשו ושבע שחילקו, אבל אתם כיוון שנכנסתם נתחייבתם. אבותיכם לא נתחייבו עד שעה שקנו כולה, אבל אתם ראשון ראשון קונה ומתחייב.
אמר רבי אלעזר, מאליהן קיבלו עליהן את המעשרות. מה טעם? "בכל זאת אנו כורתים אמנה וכותבים ועל החתום שרינו לויינו וכוהנינו".

מחלוקת התנאים רבי יוסי בן חלפתא וחכמים, חוזרת במחלוקת אמוראים: מחלוקת בין רבי אלעזר בן פדת ורבי יוסי בר חנינא, תלמידי ר' יוחנן. רבי יוסי בר חנינא, כמו רבי יוסי בן חלפתא, סבור כי קדושת עזרא היא מן התורה. רבי אלעזר חולק עליו.
רבי אומר: וזה דבר השמיטה שמוט - בשתי שמיטות הכתוב מדבר: אחת שמיטת קרקע, ואחת שמיטת כספים. בזמן שאתה משמט קרקע, אתה משמט כספים, ובזמן שאי אתה משמט קרקע (בזמן הזה) אי אתה משמט כספים.
[וחכמים אומרים שביעית בזמן הזה דאורייתא].

מחלוקת בין רש"י ורבנו תם מה פירוש "שמיטת קרקע" בדברי רבי. רש"י מסביר: חרישה וזריעה בשביעית. רבינו תם מסביר: יובל, שבו חוזרות קרקעות לבעליהן. כמו כן מחלוקת מה פירוש "שמיטת כספים". רש"י: שמיטת חובות בשביעית. רבינו תם: שביעית, שנה שיש בה שמיטת חובות, בניגוד ליובל שאין בה שמיטת חובות. מכל מקום לדעת רבי שביעית בזמן הזה מדרבנן.
חיוב הארץ בשביעית ובמעשרות אינו אלא מפני שהוא כיבוש רבים, ומכיוון שנלקחה הארץ מידיהם, בטל הכיבוש ונפטרה מן התורה ממעשרות ומשביעית, שהרי אינה מן ארץ ישראל. וכיוון שעלה עזרא וקידשה, לא קידשה בכיבוש, אלא בחזקה שהחזיקו בה. ולפיכך כל מקום שהחזיקו בה עולי בבל ונתקדש בקדושת עזרא השנייה, הוא מקודש היום, ואע"פ שנלקחה הארץ ממנו, וחייב בשביעית ומעשרות על דרך שביארנו בהלכות תרומה.
התרומה בזמן הזה, ואפילו במקום שהחזיקו עולי בבל, ואפילו בימי עזרא, אינה מן התורה, אלא מדבריהם. שאין לך תרומה של תורה אלא בארץ ישראל בלבד, ובזמן שכל ישראל שם, שנאמר: "כי תבואו" - ביאת כולכם, כמו שהיו בירושה ראשונה, וכמו שהם עתידין לחזור בירושה שלישית, לא כשהיו בירושה שנייה שהייתה בימי עזרא שהייתה ביאת מקצתן. ולפיכך לא חייבה אותן מן התורה. וכן יראה לי שהוא הדין במעשרות, שאין חייבין בזמן הזה אלא מדבריהם כתרומה.
הרמב"ם ופוסקים אחרים תלו את מצוות תרומות ומעשרות בזמן הזה בביאת כל ישראל לארץ, כי כתוב בה "כי תבואו", ופרשו - ביאת כולכם. לכן תרומות ומעשרות בזמן הזה הם מדרבנן. נחלקו הפוסקים אם מצוות שביעית, שגם בה נאמר "כי תבאו אל הארץ" דומה לתרומות ומעשרות לעניין זה. המבי"ט (מקור יח) והמהרי"ט (מקור יט) סבורים ששמיטה דומה לתרומות ומעשרות, ואילו החכמים שפסקו ששביעית בזמן הזה מדאורייתא יסברו שאין שביעית צריכה "ביאת כולכם" ("כסף משנה" בהבנתו את רמב"ם ד:כה, ט:א, אך ראה ד:כט)