א. האחריות על תהליך ההוראה והלמידה מוטלת על המורים, ועליהם להתחשב באווירה הלימודית, בדרכי ההוראה ובתנאיה. עליהם לעשות הכול כדי לקרב את הלימוד ללב התלמידים ולהביאם לאהבת תורה.

ב. בחטיבת הביניים יתבססו ההוראה והלמידה על שילוב החוויה הרגשית עם יסודות אינטלקטואליים בהתאמה לגיל הלומדים ולרמתם.
הצורך להכשיר את התלמידים לעמוד נגד הזרם מחייב הכנת ערכה שתכיל דילמות, בעיות, אירועים, משחקי תפקידים, סימולציות וכד', ובה יעלו נושאים המעסיקים את בני נוער בינם לבין עצמם ובינם לבין חבריהם הלא-דתיים, כגון סגנון חיים דתי מול סגנון חיים מתירני וכד'.
המורים יעמידו במרכז דרכי ההוראה פעילות יזומה של התלמידים שתשולב בהוראה הפרונטלית ותבטא התמצאות בחומר הלימודים. להלן דוגמאות לפעילויות למידה על פי התכנית:
    1. משחקי תפקידים להמחשת עמדות שונות
    2. בירור דילמות בקבוצות קטנות (VALUES CLARIFICATION)
    3. השתתפות ב"פנל" (במה ציבורית) להבעת דעות אישיות.
    4. למידה מודרכת בשיטת "חקר ועיון"
    5. יצירה אישית באמצעות הבעה חזותית ואינטראקציה כיתתית.

ג. תלמידי חטיבת הביניים יתוודעו אל התכנים הנלמדים ברמת היכרות בלבד. סוגיות מסוימות הנגזרות מתכנית הלימודים (דוגמה: אמונה, תפילה) יילמדו בהעמקה במסגרת לימודי מחשבת ישראל בחטיבה העליונה.

ד. יש לזמן מצבים בחיי יום-יום, המעוררים בעיות והתמודדויות, כגון: תלמיד חריג הנמצא בכיתה, עולים חדשים, נוסח תפילה קבוע, ולנצלם להכנת התלמידים להתמודדות ולקיום מצוות בהווה ובעתיד.

ה. יש להעמיק בעיון בטקסטים רלוונטיים ולהתחשב בכל לומד בנפרד, על בעיותיו, על קשייו, על קושיותיו ועל התלבטויותיו. אין להיבהל משאלות פרובוקטיביות של תלמידים. אדרבא, שאלות כאלה מאפשרות למחנכים התייחסות כנה וגלויה לשאלות אמיתיות המציקות לתלמידים.

ו. מומלץ להפעיל את התלמידים בעת הוראת מקצועות היהדות במשחקי למידה ובאמצעי המחשה קיימים, אם המצַּאי אינו מספק, מוצע שכל בית ספר יפתח אמצעי המחשה ומשחקים בתחום מקצועות היהדות, לפי צורכי תלמידיו.

ז. רצוי לקיים מפגשי תלמידים עם אישים דתיים מרשימים ובעלי השפעה: רבנים, סופרים, משוררים, מדענים, רופאים, עורכי דין, מהנדסים ואחרים. יש להרגיל את התלמידים להפנות שאלות שהם מתלבטים בהן לתלמיד-חכם בצד הקניית המיומנות: "ניתי ספר ונחזי".

ח. בבתי הספר תודגש ייחודיותם של זמנים מסוימים, כגון: ראש חודש, ערב שבת, ערב יום-טוב. לקראת זמנים אלה יש להכין פעילויות כגון: חגיגה, הצגה, תערוכה, ולקיים אירועים מיוחדים, שמטרתם הגברת קיום המצוות והעמקת האמונה. כיתות וקבוצות של תלמידים יתארגנו לקראת זמנים אלה לעשיית מעשי חסד ולתרומה לזולת - לפרט ולכלל.

ט. יש צורך ליצור מסגרות מתאימות (כיתה, קבוצה, חוג) שבהן ניתן להעלות נושאים המטרידים את בני הנוער בתחום האמונה ולדון בהם בצורה גלויה. היווצרות יחסי אמון בין מחנכים לתלמידים הם גם תנאי לקיום דיונים מסוג זה וגם תוצאה מהם. לדוגמה: ניתוח טקסטים מן התפילה ועמידה על משמעויותיה ועל תכליתה, תוך שילוב לימוד פרקי הגות ופיוט יש בהם כדי לפתח את הכרתם הדתית של התלמידים ואת מידת הפנמתם של ערכי אמונה נלמדים.

י. התהליך החינוכי יהיה מבוסס על לימוד, ביקורת ודו-שיח. תהליך חינוכי, לא רק שינון וניתוח לוגי - אלא תהליך של הפנמת ערכים, תהליך שלא רק יציג את העבר, אלא יכשיר להתמודדות, למעורבות ולבניית השקפת עולם בהווה ובעתיד, עשוי לחזק את תחושת הזהות, ההשתייכות והאחריות האישית של התלמידים לעצמם ולחברה במדינת ישראל.

יא. ממה שנכתב לאורך הדורות בתחום המחשבה היהודית, יש למצוא את המרכיבים הרלוונטיים, המשמעותיים והאקטואליים לתלמיד בן ימינו, וללמדם בהדגשה.

יב. יש להטיל על התלמידים משימות חברתיות ורעיוניות (מילוי תפקידים, טיפול בעולים חדשים, כתיבת עבודות, וכד'), וכן לערוך מבצעי התנדבות וחסד כדי לאפשר ביטויים של חשיבה דתית ושל התנהגות דתית.
הפגשת אוכלוסיות תלמידים מבתי ספר ממלכתיים דתיים במקומות שונים בארץ ועריכת דיונים משותפים ביניהם בנושאי דת, אמונה, חברה ומדינה ופעילויות משותפות שונות, היא אמצעי טוב לבירור נושאים רוחניים ואישיים.