א. מעצבי התכנית רואים חשיבות רבה בעבודה בין-תחומית במקצועות היהדות. ההוראה הבין-תחומית לא תבוא במקומה, או על חשבונה, ההוראה הדיסציפלינרית, אלא תשלים אותה, תוך התבססות על הלימוד הדיסציפלינרי והעמקתו. יש להדגיש, כי מדעי היהדות כחלק ממדעי הרוח הם בין-תחומיים במהותם. לפיכך, למידה מעמיקה ורב-צדדית של כל דיסציפלינה בפני עצמה מוליכה בהכרח למפגש בינה לבין דיסציפלינות קרובות. יש, אפוא, לפתח לימוד בין-תחומי רחב, הכולל מגוון גישות ומגוון דרכי לימוד.

ב. העבודה הבין-תחומית יכולה לבוא לידי ביטוי בלימוד משותף וממוקד של נושאים המקיפים מקצועות אחדים ולחרוג מלימוד מקצוע או דיסציפלינה. המקצועות המתאימים הם למשל: תנ"ך, תורה שבעל פה, דינים, ספרות, והיסטוריה, ובפיתוח עבודות עצמאיות של תלמידים וקבוצות תלמידים. העבודה הבין תחומית יכולה להפגיש באופן ביקורתי טקסטים מתקופות שונות או בנושאים שונים, המבהירים דילמות מוסריות-אישיות או הנותנים ביטוי לבעיות קיומיות. היא יכולה להפגיש אמצעי מבע אמנותיים ותקשורתיים עם קטעי תרבות ועם סיטואציות היסטוריות בעלות משמעות.
אפשר לשלב במהלך ההוראה טקסטים מתחומי ההלכה, המדרש והספרות העברית, יצירות אמנות, טקסטים אקטואליים מאמצעי התקשורת השונים, אירועים מחייהם של התלמידים, הקשורים לנושאים הנלמדים, כל אלה במגמה להביא את הלומדים להתמודד עם תחומי חיים שונים בהתאם להשקפת עולם המחשבה היהודי. יש לשלב בלימוד "מחשבת ישראל" גם פרקים מתאימים לבעיות גיל ההתבגרות, לנושאי-הזמן ולשונות שבין התלמידים, וכן לדרוש לשלב לימוד מתוך ספרי מוסר.

ג. העבודה הבין-תחומית צריכה להוות משקל-נגד-מתקן לנטייה של הלימוד המקצועי הדיסציפלינרי להצטמצם בהיקף, על-מנת לגלות מיומנות מתודולוגית, וליצור התמחות צרה. העבודה הבין-תחומית יכולה לחזק את הקשר הבין-אישי, לפרוץ את המסגרת החברתית הנבדלת של בית הספר ולהפגיש את התלמידים עם מחויבותם האישית ועם היותם חלק מקהילה. היא חשובה כדי להגביר את תחושת השוויון ושותפות הגורל של הקבוצה המתחנכת.

ד. לאמונה יש לחנך באמצעות כל מקצועות הלימוד, ולא רק דרך לימודי היהדות. עיון בפרקי תפילה והעמקה בתכנים ובמסרים שלהם יהיו מקור לחיזוק התלמידים מבחינה דתית. מקצועות כגון: היסטוריה, גאוגרפיה ומדעי הטבע, וכן אמנות ומוסיקה, עשויים לזמן הזדמנויות לחינוך לאמונה, בבחינת "כִּי אֶרְאֶה שָׁמֶיךָ מַעֲשֵׂה אֶצְבְּעתֶיךָ" (תהילים ח' ד).