ספרות המחשבה היהודית לדורותיה, החל ברב סעדיה גאון עד ימינו, מציגה אמיתות יסוד מתורת ישראל ומבארת אותן בדרך שיטתית. את אמיתותה של תורת ישראל וייחודה לעומת דתות אחרות והשקפות עולם שונות, מציאות ה' בורא העולם ומנהיגו, אשר בחר בעמו ישראל ונתגלה אליו במעמד הר סיני ובו נתן לו, על ידי אבי הנביאים, תורה א-לוהית נצחית - אמיתות יסוד אלה מתבררות בספרות המחשבה.

במסגרת הדיון בהן דנו הוגי הדעות לדורותיהם בשאלות עיוניות רבות:
• מהות האדם ותכלית חייו;
• שלמות דתית ומוסרית;
• ייחודה של המוסריות הדתית;
• היחס בין תבונה להתגלות;
• היחס בין יחיד לחברה;
• יחסי גומלין בין יחיד לעם;
• תפקיד ההתארגנות המדינית-חברתית;
• משמעות רעיון הברית והבחירה;
• ייחודו של עם ישראל במסגרת האנושות וייעודו בה;
• בחירה חופשית;
• הצדק האלוהי;
• רעיון הגאולה.

ההתמודדויות הרבות הנדרשות מבני דורנו, החיים בתוך עולם התרבות המערבית ומרכיביה, ותוצאות מחקרים בתחום ההתנהגות האמוּנית והדתית בקרב הנוער הדתי המתבגר, על רקע פער בין לימוד אינטלקטואלי להפנמה ערכית, מקנות משנה תוקף וחשיבות לצורך בגיבוש השקפה אמוּנית מוצקה המעוגנת ביסודות איתנים של תורת ישראל.

תכנית הלימודים במחשבת ישראל מבקשת לסייע לבוגרי החמ"ד להשתלב בתחומי החיים השונים של מדינת ישראל, במנהיגות התורנית, בהתיישבות, במדע ובכלכלה, בתעשייה, בצבא ובאקדמיה, ולאפשר להם להוכיח את ההשפעה החיובית של לימוד תורה וקיום אורח החיים הדתי על רמתם האנושית ועל תפקודם האישי והמקצועי. היהודי-הציוני-הדתי הוכיח במעשיו, שאורח-חיים דתי ואמונה דתית אינם מעכבים מילוי תפקידים בצמרת הרוחנית והמדעית של החברה הכללית.