הפטרת קדושים נקראת, לפי רוב המנהגים, גם כאשר הפרשות אחרי מות וקדושים נקראות במחובר.
לפי מנהג הספרדים ההפטרה היא מפרק כ' בספר יחזקאל, ולמנהג האשכנזים מתוך עמוס פרק ט'.

פרשת אחרי מות עוסקת בקדושות המיוחדות לזמן, למקום, לאנשים מיוחדים. תחילתה בעבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים, יום אחד בשנה, במקום הקדוש ביותר: קודש הקודשים, על ידי האדם הקדוש מכל: הכהן הגדול.

פרשת קדושים פותחת בקריאה:

"קדשים תהיו, כי קדוש אני ה' אלוהיכם,"

ומסיימת:

"והייתם לי קדשים כי קדוש אני ה',
ואבדל אתכם מן העמים להיות לי."

רש"י מדגיש, על פי הספרא ויקרא רבה, שפרשה זו נאמרה אל כל עדת בני ישראל, כיוון שרוב גופי תורה תלויים בה.

בויקרא רבה פרשה כד ד"ה תני ר' נאמר:

"ר' יוחנן בשם ר' שמעון בן יוחי:
שלש פרשיות הכתיב לנו משה בתורה וכל אחת ואחת מהן יש בה מששים ששים מצות,
ואלו הן:
פרשת פסחים [כלומר פרשת בא]
ופרשת נזיקין [כלומר פרשת משפטים]
ופרשת קדשים תהיו.

החידוש הגדול של פרשת קדושים הוא, שמושג הקדושה אינו תלוי רק במצבים ובמקומות שמחוץ לסדר החיים הרגיל. לא רק במקדש, לא רק באמצעות מצוות טכסיות של טהרה וכפרה מגיעים לקדושה וטהרה. הדרך אל הקדושה נמצאת בבית וברחוב, בשוק ובשדה. כך גם אפשר להבין את אוסף המצוות בפרשה, הנראה לכאורה ללא קו מנחה או מאחד. אין פינה בתחומי החיים שפרשת קדושים אינה מגיעה אליה. קדוש יהיה מי שנזהר בממון חברו ובכבודו, מי שמכבד את הוריו, נשמר מעריות, מרבה לעשות חסד עם זולתו, שומר על סדרי ניקיון וטהרה של גופו, רכושווסביבתו, ב כל עת ובכל שעה. קיום המצוות היא הדרך להתקדשות.

הרמב"ן מוסיף כי בקיום המצוות לא די. הקדוש הוא האדם המקדש את עצמו במותר לו. מערכת המצוות היא הבסיס. אך האדם צריך להשתדל יותר. לא די בקיום המצוות על מנת לצאת ידי חובה.

את רעיון הבדלת ישראל וקדושתו מבאר עמוס, בהפטרה כמנהג האשכנזים.

הנביא פותח:

"הלוא כבני כשיים אתם לי בני ישראל, נאם ה',
הלוא את ישראל העליתי מארץ מצרים ופלישתיים מכפתור וארם מקיר".

לולא הברית, היו ישראל דומים לכושים, לפלשתים או לארם. הברית שנותנת זכויות לעם, מטילה עליו חובות. וכשאין העם מקיים חובותיו הוא מאבד את ייחודו:

"הנה עיני ה' אלוקים בממלכה החטאה,
והשמדתי אתה מעל פני האדמה,
אפס כי לא השמיד אשמיד את בית יעקב, נאם ה'."

"בחרב ימותו כל חטאי עמי,
האמרים לא תגיש ותקדים בעדינו הרעה."

הנביא מסיים בנחמה. לאחר העונש ישוב ישראל להיות עם ה'.

"ושבתי את שבות עמי ישראל."

בהפטרה על פי מנהג הספרדים סוקר הנביא תקופות בתולדות ישראל, תקופות בהן חטא העם, עד כדי כך שהקב"ה רצה לכלות את העם. בכל המקרים לא כילה הקב"ה את חמתו בעם רק כדי שלא יחולל שמו בגויים. יחזקאל מזכיר את בחירת ישראל במצרים, את היציאה ממצרים ואת התביעה:

"ואמר אליהם איש שקוצי עיניו השליכו,
ובגלולי מצרים אל תטמאו, אני ה'."

אך ישראל אינם נענים לתביעה להתקדש:

"וימרו בי ולא אבו לשמע אלי,
איש את שקוצי עיניהם לא השליכו,
ואת גלולי מצרים לא עזבו,
ואמר לשפך חמתי עליהם,
לכלות אפי בהם, בתוך ארץ מצרים.
ואעש למען שמי לבלתי החל לעיני הגוים אשר המה בתוכם,
אשר נודעתי אליהם לעיניהם, להוציאם מארץ מצרים."

גם במדבר:

"וימרו בי בית ישראל במדבר,
בחקותי לא הלכו,
ואת משפטי מאסו, אשר יעשה אתם האדם וחי בהם,
ואת שבתתי חללו מאד,
ואמר לשפך חמתי עליהם במדבר לכלותם.
ואעשה למען שמי, לבלתי החל לעיני הגויים אשר הוצאתים לעיניהם."

הנביא מסיים בקריאה לשוב ולהיות קדושים:

"אני ה' אלוהיכם,
בחקותי לכו, ואת משפטי שמרו ועשו אותם.
ואת שבתותי קדשו, והיו לאות ביני וביניכם
לדעת כי אני ה' אלהיכם."