בהקדם לדיון בדבר היחס בין תאוריית האבולוציה לתורת ישראל, נגדיר את היסודות העיקריים של תאוריית האבולוציה מבחינה מדעית.
תורת האבלוציה כוללת שלושה מרכיבים בסיסיים (לפי משמעותה כיום):

א. הזמן - לפי תאורית האבולוציה היקום קיים בין 16 ל-17 מליארד שנים וכדור הארץ קיים 5 מליארד שנים.

ב. ההתפתחות - תאוריית האבולוציה טוענת שהמינים והגזעים לא נבראו כמות שהם היום, אלא התפתחו זה מזה דרך מוטציות (המכניזם עצמו של ההתפתחות הינו כיום בבדיקה מדעית).

ג. המקריות - לפי תאוריית דרווין (המקובלת כיום אצל הממסד) כל המינים של בעלי החיים, הצמחים והבקטריות הופיעי ע"י מכניזם אקראי לחלוטין. ישנם שני מנגנונים עיקרים:
1. הופעת המוטציות
2. תפקוד הברירה הטבעית המשאירה בחיים את המינים אשר הסתגלו לסביבתם בלבד.

האבולוציה מורכבת ומבוססת על שני תחומים מדעיים:

הראשון העוסק יותר בעובדות ובתכנים המדעיים כשלעצמם, דוגמת הפליאונטולוגיה החוקרת את המאובנים שנתגלו בתוך השכבות הגאולוגיים השונות, בניסיון לסדרם לפי סדר לוגי או לפי סדר השכבות: מן השכבה הנמוכה ביותר עד השכבה הגבוהה ביותר (ולפי"ז החדשה ביותר) עפי"ז מסבירה הפליאונטולוגיה שהמינים השונים הופיעו בהדרגה ולא בבת-אחת. אין מדובר כאן בבריאה אלא בהופעת המינים לאורך ההיסטוריה של כדור הארץ (אשר הוא, כאמור מסתכם במליארדי שנים).

השני העוסק יותר בתאוריה או במכניזם של העובדות הנ"ל, כלומר כיצד הופיעו והתפתחו המינים זה מזה, במאה ה-19 התמודדו בעניין זה שתי תאוריות אשר ניסו כוחן בהסדר המנגנון של ההתפתחות:

א. תאוריית לאמרק אשר לא תידון כאן, היות והיא נדחתה ע"י רוב המדענים במאה ה-20 (בעיקר האנגלים).

ב. תאוריית דרווין - היא הידועה והמקובלת כיום בעולם המדע, והיא הטוענת שהעולם הופיע והתפתח במקריות גמורה.

א"כ, אפשר לומר שהזמן וההתפתחות, הן נקודות מוכחות פחות או יותר מבחינה מדעית, מה שאין כן עקרון המקריות שהוא כבר התאוריה הבנויה על גבי הערכות.
א. הזמן - לפי תאורית האבולוציה כדור הארץ קיום 5 מליארד שנים, בעוד שהמסורת אומרת לנו לכאורה שהעולם נברא לפני 5753 שנים.

ב. ההתפתחות - תאורית האבולוציה הטוענת שהמינים נובעים זה מזה סותרת למה שתורה מלמדת אותנו שהאלקים ברא את המינים.

ג. המקריות - עקרון המקריות שטוען המדע לכאורה, סותר את מה שהתורה מלמדת אותנו בדבר בריאת העולם.

הזמן - המסורת אומרת שהעולם נברא לפני 5753 שנים. בתורה למלה "עולם" ב' משמעויות
- המילה עולם יכולה לציין (לפי המשמעות הפשוטה של המילה) את הקוסמוס - העולם כולו, התבל. אך היא גם יכולה לציין אדם - "אדם עולם קטן" (מו"נ ח"א פכ"ד, חוה"ל שער הבחינה פ"ב, כוזרי מאמר ב' סעי' ג').

לכן, כשנאמר ש"העולם" נברא לפני 5753 שנים, יש לברר על מה מדובר, על העולם (במובנו הפשוט), או על האדם. התורה לכאורה מדברת על האדם. בספר "סדר עולם רבה" בו מתוארת כל תולדות האנושות - החל מאדם הראשון - מתחילה ספירת הזמן מן האדם בלבד ולא מן הקוסמוס. לפני בריאת האדם התגבש כל הסובב אותו בשישה ימים, לפי התורה, אך ששת ימים אלו אינם נחשבים בספירת השנים הנספרים מאדם הראשון.

גם למלה "יום" ישנן בתורה שתי משמעויות, המלה "יום" יכולה לציין (בפשוטה של המלה) יום של 24 שעות, אך בתורה יש למלה משמעות נוספת - היא יכולה לציין תקופה ארוכה, בספר זכריה (פרק יד פס' ט) "והיה ה' למלך על כל הארץ ביום ההוא יהיה ה' אחד ושמו אחד". הנביא משתמש במלה "יום" על מנת לציין את תקופת המשיח, כאן ודאי אי אפשר לפרש שהכוונה ליום של 24 שעות, אלא הכוונה לתקופה. א"כ גם בבריאת העולם, כאשר התורה כותבת "יום" אפשר לומר שכוונתה לתקופה.

נוסף על כך, יש לשים לב שבסיפור המקראי (בבראשית פ"א) העולם נברא בשישה ימים, כלומר - בשש תקופות גדולות. כלומר - אפשר לחלק את תולדות היקום לשש תקופות גדולות אשר במקרא נקראות ששה ימים. אחרי תיאור התורה את הארועים שארעו באותו "יום", אומרת התורה "ויהי ערב ויהי בקר יום אחד", "ויהי ערב ויהי בקר יום שני" וכו', גם לגבי היום השישי נאמר "ויהי ערב ויהי בקר יום השישי", אולם לגבי היום השביעי לא נזכר בתורה "ויהי ערב ויהי בקר יום שביעי" במקום זאת נאמר "ויכולו השמים והארץ" מבלי לציין, שתם היום השביעי, מתוך כך יש מרבותינו שפרשו שהיום השביעי עדיין לא נגמר - אנחנו בעצם חיים את היום השביעי.
א. הציווי - האלוקים מצוה, נותן הוראה: "תוצא הארץ נפש חיה למינה, בהמה ורמש וכו'" או: "תדשא הארץ דשא עשב מזריע זרע עץ פרי עשה פרי למינו".

ב. ההוצאה אל הפעל של הציווי ה"ישום" "ויהי כן".
מספר פעמים רואים אנו הבדל בין ההוראה האלקית לבין יישומה (למשל "עץ פרי עשה פרי" בציווי, לעומת "עץ עשה פרי" ביישום כמבואר בדחז"ל). לגבי היום השביעי לא קיימת הוראה בספר בראשית, אפשר לומר שההוראה קיימת בעצם בספר ויקרא: "קדושים תהיו כי קדוש אני ה' אלקיכם". זהו היעד - זו המצוה שיש לקיימה ביום השביעי. ביום השמיני, לאחר שתגיע ההסטוריה האנושית לתכליתה, יגמר ספר התורה האלקי בו יהיה כתוב "קדושים תהיו כי קדוש אני ה' אלקיכם. ויהי כן, ויהי ערב ויהי בוקר יום שביעי" - כל האנושות תגיע לקדושה. ההסטוריה היא בעצם נסיון של קיום המצוה של היום השביעי - היום בו גם האדם שותף לבריאתו של הקב"ה- הבורא והאדם יחדיו מוציאים אל הפועל את תוכנית היום השביעי - כשם שהקב"ה בורא את העולם כך הוא בורא את ההסטוריה, כל תרבות אנושית מנסה לבצע זאת אך ברגע מסוים נכשלת, באים עמים זה אחר זה, אך רק אחד הוא המסוגל לבצע משימה זו - קיום המצוה של היום השביעי - העלאת העולם למדרגת הקדושה - זהו עם ישראל.
אלא, גם לגבי האדם ישנה סתירה לכאורה - לפי מדע הפליאונטולוגיה האדם קיים הרבה יותר זמן מאשר 5753 שנים. בצורה כללית אפשר לומר שאדם מניאתדראל אשר דומה קצת לאדם של היום (בעיקר בגלל עמידתו על שתי רגליו) חי לפי כ 100,000 שנים, אלא שאדם זה אינו דומה לא במראהו ולא במוחו לאדם של היום. מבחינה ביולוגית אי אפשר לקרוא לו "אדם". יותר מאוחר ממנו - לפני 30 או 40 אלף שנה חי האדם מיקרומינין המתקרב לאדם של היום, אלא שגם לו אי אפשר לקרוא "אדם", כיון שמוחו אינו מספיק מפותח, האדם של היום הופיע לפני קצת יותר מ 10,000 שנה (בתקופה זו הופיעו גם הדייג, החקלאות וכו') לאדם זה מבחינה ביולוגית אפשר לקרוא "אדם". (הוא מקביל מאוד לאדם של היום, בפרט בצורת גולגלתו).

אלא, שמבחינה תורנית אין די בצורה החיצונית ביולוגית על מנת לקבל את התואר "אדם", ודאי לא כאשר מדובר על אדם הראשון - אין די בזה שהוא מהלך על שתיים או שיש לו יכולת שכלית, אנטלקטואלית עצומה, הוא צריך להיות בעל כישרון רוחני, פן רוחני מיוחד, יוצא מן הכלל. האדם של התורה יכל להגיע למדרגות רוחניות שגם אנו איננו יכולים להגיע אליהן. חז"ל משוים את דרגתם של ישראל במעמד הר סיני לדרגתו של אדם הראשון קודם החטא (שבת קמו. ועי' ב"ב נח. שני עקביו כב' גלגלי חמה - אחרי מיתתו ואחרי החטא).

האדם שהתורה מדברת עליו הוא האדם בעל כישרון רוחני המכין אותו לקלוט את דבר ה'. לפי התורה אדם זה הופיע לפני 5753 שנה. אולם התורה אינה אומרת שהוא היה היחיד, יתכן שהיו איתו אחרים על פני כדור הארץ, אבל היחיד בעל הכישרון הנשמתי הזה (שהוא בעצם היחיד המעניין את התורה), הוא, אדם הראשון. יש כאן בעצם אדם הנבחר מכל האחרים כפי שעם ישראל נבחר מבין האומות בעצם מציאותם המיוחדת בקרבתם לאלקים, כך האדם הראשון - בו הוטבע הכשרון הרוחני הנשמתי של הדבקות באלוקים (אתם קרויים אדם, יבמות סא, ב"מ קיד)

א"כ, אם נעמיד את דברי התורה מול טענות הפליאונטולוגיה, נמצא שלא קיימת סתירה - תחומי העיסוק הם תחומים שונים. בעוד הפליאונטולוגיה עוסקת בגוף, בחומר, בצדדים החיצוניים של החיים, עוסקת התורה בצד הרוחני-פנימי שלהם, וברור שבתחום זה אין יכולת ואין גישה למדע הפליאונטולוגיה. הוא רק יכול לציין שלפני כ-10,000 שנה או יותר, האדם קבר את מתיו ובכך הראה שיש לו גישה רוחנית מסוימת לחיים. אבל כאמור, אין לזה יחס אל הכישרון הרוחני עליו מדברת התורה - אשר הוא אמור להופיע ולהתגלות בהדרגה לאורך ההסטוריה - לאורך היום השביעי. [וכך מבואר בדברי הכוזרי א' מ"ז שמניין שנות העולם נמנה לפי האלקים: "ולכן נמנה המניין לפי האלקים לבד", וזאת כיון שאין אנו מונים את הצד העולמי של העולם אלא את האלוקות שבעולם].

א"כ, נשארו לבירור שתי השאלות האחרונות - בהתפתחות והמקריות, בשאלת ההתפתחות נאמר שאין התורה עומדת בסתירה לרעיון זה, אדרבא - מושג ההתפתחות מושרש עמוק במחשבה היהודית. לדוגמא - הרב קוק כותב בספרו אורות הקודש (ח"ב, התגלות העולם סעיף יט עמ' תקל"ז) ש"תורת ההתפתחות... היא מתאמת לרזי עולם של הקבלה יותר מכל התורות
הפילוסופיות האחרות". הדבר מתאים גם לסיפור מעשה הבריאה ע"י התורה המתארת את הבריאה בששה ימים - העולם לא הופיע פתאום כמות שהוא- הוא הולך ונבנה בתהליך עיבוד הדרגתי - מן הדומם עד היום השישי עם הופעת הבעלי חיים והאדם, ועד הופעת האדם השלם בסיומו של היום השביעי כנ"ל. ראייה זו של התפתחות הדרגתית עם סימן של חץ וכיוון בזמן - היא ראיית המדענים בטענתם על האבלוציה, והיא חלק בלתי נפרד מהמחשבה היהודית. (עי' במבוא של הנזיר לספר אורות הקודש מעמ' 31 עד סופו והמקורות לזה. ועי' עוד בדרוש אור החיים לבעל תפארת ישראל הנדפס בסוף ח"א במשניות נזיקין: "מכל האמור נראה ברור שכל מה שמסרו לנו המקובלים זה כמה מאות שנים שכבר היה עולם פעם אחת וכו' ובכל פעם העולם התגלה בשלמות יתירה יותר מבתחילה, הכל התברר עכשיו, בזמנינו באמת, וצדק" עי"ש).

מאידך, בעניין ההתפתחות רחוק הוא מאוד מדעתם של היוונים על העולם. היוונים בדמיונם חשבו את העולם והזמן כמחזור אין סופי של הדברים. לדעתם אין חץ, אין כיוון בזמן. אם למשל שאלו את אריסטו מתי הופיע אדם הראשון - היה ודאי משיב שלא היה אדם ראשון - מאז ומתמיד היו אנשים ע"פ כדור הארץ. התורה מתנגדת לרעיון זה של זמן מחזורי ואומרת שיש כיוונים בזמן - העולם מתעלה, העולם של אתמול אינו העולם של היום. העולם הולך ונבנה, מתפתח ועולה.
אלא, שלפי המדע, ובייחוד תורת דרווין (המקובלת היום בעולם המדעי) האבולוציה נעשתה באקראי. ניתוח המצב העכשווי של המדע מחייב תזכורת היסטורית קצרה: לפני המהפכה הביולוגית בשנות ה 50, כלומר לפני גילוי ה-DNA והצופן הגנטי, חשבו המדענים שהתא הוא כעין תרמיל קטן אשר שורצים בו אנזימים רבים ללא סדר וארגון כל שהוא. המהפכה הביולוגית הוכיחה שקיים בכל תא, גם בכל בקטריה ארגון וסדר שאף אחד לא תאר לעצמו לפני גילוי הDNA, הצופן הגנטי, הריבוזום וכו'.

א"כ, השאלה היא כיצד הופיע ארגון כזה על פני כדור הארץ, לפי כל הנתונים המדעיים של היום אין שום סיכוי שארגון זה יופיע במקרה. לומר שתא מסויים נברא במקרה הוא כמו לומר שחלקים של מחשב מפורק הנטושים בחדר, יוכלו יום אחד להתאסף במקרה על מנת להרכיב את המחשב מחדש. הדבר כמובן בלתי אפשרי גם בנוגע לבקטריות או לתאים. מבחינה מדעית לא יכולה להיות שום יצירה של בקטריה, תא או נגיף על בסיס תגובות כימיות הנעשות לגמרי במקרה בסטרוקטורה הפרימיטיבית כפי שחשבו אנשי הביולוגיה בשנות ה-50. אחרי המהפכה הביולוגית אין יותר אפשרות לומר שהבקטריות והתאים השונים הופיעו באקראי.