2.1. התכנית מחייבת את עקרון המחזוריות, משום שחומר הלימודים אינו מתמצה בלימוד חד פעמי ומשום שעם השנים מסוגל הלומד לקלוט תכנים וערכים נוספים.
לפיכך נקבע:
1) מחזור ראשון בתורה יילמד בכיתות א'-ו'.
2) מחזור שני יילמד בכיתות ז'-י"ב.
3) מחזור ראשון של נביאים ראשונים יילמד בכיתות ד'-ז'.
4) מחזור שני של נביאים ראשונים יילמד בכיתות ט'-י"א.
2.2. מתוך רצון לעמוד בעיקרון שאין מדלגים בתורה ובנביאים ראשונים
(להלן 3.12) ומאחר שהזמן אינו מאפשר לימוד אינטנסיבי של כל הפרקים, הועמדו רמות הלימוד והידע על שלוש:
1. למידה לשם בקיאות והתמצאות: בלמידה זו יידרש הלומד להכיר את התכנים ואת מקומם ברצף העניינים.
2. למידה אקסטנסיבית: בלמידה זו יידרש הלומד גם להבין מוקדים מרכזיים בתוכן הנלמד.
3. למידה אינטנסיבית: בלמידה זו יידרש הלומד גם להבין את הכתובים בהקשרם ובהשוואה למקבילות, ולהבין את הפרשנות שניתנה להם.
2.3. החזרה על החומר הנלמד היא עקרון למידה חשוב. התכנית מניחה כי כל בית ספר ימצא דרכים משלו לעידוד החזרה. לדוגמה, שיעורי פרשת שבוע, נוסף לכך שהם משמשים להכנת הלומד להשתתפות פעילה בתפילה בבית הכנסת יכולים לשמש גם לתכלית זו.
2.4. מקובלים אנו ש"דברי תורה עניים במקומם ועשירים במקום אחר". אי לכך, במקום שהכתובים מאפשרים זאת, אנו שואפים להרחיב את הלימוד בפרטי מידע, המצטרפים יחד לתמונה מקיפה תוך השוואה של פרשה אחת למקבילותיה.
2.5. תכנית הלימודים מחייבת את עקרון הרצף, ואולם בהתחשב בזמן המועט המוקצב להוראת המקרא ובהיקף העצום של כ"ד ספרי המקרא על החלטה כזו להתחשב בכך, שההוראה צריכה לגרום חוויה עמוקה ללומדים ולעורר אצלם תהליכי חשיבה וכושר ללימוד עצמי.
2.6. ילדים בגיל בית הספר היסודי מזדהים עם גיבורים ולא עם ערכים מופשטים, ולפיכך נקבע כי ספרי החומש ונביאים ראשונים יילמדו ללא דילוגים, וכך יוכל הלומד להתרשם מן הספר בשלמותו, כפי שנמסר לנו על פי המסורה. לעומת זאת, בנביאים אחרונים ובכתובים תיערך ברירה. יועדפו פרקים -
א. שהם מרכזיים ומייצגים את ספרי נ"ך השונים;
ב. שיש להם נגיעה ישירה לעיקרי היהדות;
ג. שנכנסו לסידור התפילה או לסדר ההפטרות;
ד. שעוסקים בנושאים חוזרים ונשנים במקרא.
2.7. תכנית הלימודים בנויה על כך שהספר המיועד לכיתה יילמד ברמות שונות, ורמת הלימוד תיקבע על ידי המורה בהתאם לכישורי תלמידיו.
2.8. לפי תכנית הלימודים ספר דברים (משנה תורה) מסיים כל מחזור של לימוד התורה, מתוך כוונה שבעת לימודו יעסקו בלימוד משווה.
2.9. תכנית הלימודים מתחשבת בשלבי ההתפתחות הקוגניטיבית של הלומד. לפיכך:
1. ניתנה הדעת ליצירת רצפים כרונולוגיים.
2. נדחתה הוראת נביאים אחרונים עד לכיתה ח'.
3. נדחתה הוראת ספר בראשית במחזור שני עד לכיתה י'.
4. יושלמו עניינים על ידי הוראת מקראות מקבילים.
5. ניתנה הדעת להכנת תכניות אלטרנטיביות מבחינת החומר או שיטות ההוראה לאוכלוסייה הנמצאת במערכת.
6. ניתנה הדעת לצמצום כמות החומר הנלמד, כדי למנוע גודש וחזרות וכדי להעמיק בלימוד.
2.10. המטרות מפורטות בתכנית לפי התחומים האלה:
אמונה ורגש, הכרה, מיומנויות.