מאות מניינים נסתרים בכל ורשה. יהודים עורכים תפילה בציבור ואינם מדלגים אף על הפיוטים היותר קשים. גם מגידים ונואמים אינם חסרים בהם; הכל כמנהג ישראל. את התפילות מתאר ביומנו חיים קפלן:
אין לנו תפילה בציבור אפילו בימים הנוראים...
אף לימים הנוראים לא נתקבל רשיון לתפילה בציבור, אם כי איני יודע אם הקהילה השתדלה בזה. ואם לא אין זה אלא מפני שידעה מראש כי ההשתדלות תושב ריקם. בימי גלותנו היותר חשכים ואפלים לא נוסינו בניסיון זה...
וראה זה פלא: אף על פי כן אנחנו חיים. אמנם חיי בוז ושפלות כלפי חוץ, אבל כל כך קהו רגשותינו האנושיים עד שחדלנו להרגיש ואין רגש העלבון האנושי המקנן בכל בן אדם מתקומם אף לנגד העלבונות היותר ברבריים ואכזריים.
- הא למה הדבר דומה? לכלב רע שאינו נוהג בך מנהג של כבוד; האם תעלב? הלא על כן כלב הוא!
ועוד: הכל אסור לנו; והכל אנחנו אשמים! את "פרנסתנו" אנו מוצאים באיסור ולא בהיתר.
וכן בנוגע לתפילה בציבור: מניינים נסתרים למאות בכל מלוא ורשה עורכים תפילה בציבור ואינם מדלגים אף על הפיוטים היותר קשים. גם מגידים ונואמים אינם חסרים בהם; הכל כמנהג ישראל מקדמת דנא. במקום שאין מסירה אין האויב יודע בין ימינו לשמאלו. וחזקה היא על אדם מישראל, אף על ישראל יליד פולניה, שלא ילך להלשין על יהודים העומדים לפני קונם.
בוחרים על יד בית התפילה הראשי באיזה חדר צדדי, שחלונותיו נשקפים כלפי החצר ויוצקים צקון לחש לפני אלוהי ישראל. הפעם בלי משוררים ומקהלות רק תפילה בלחש, אבל לעומת זאת תפילה שבלב; אף לבכות ולשפוך דמעות אפשר בחשאי, ושערי דמעות אינם ננעלים...
את תפילת יום הכיפורים תש"ג בבית מאולתר מתארת ביומנה מרי ברג (גיטו ורשה, יומנה של מרי ברג, מאנגלית יהודה האזרחי, ת"א תש"ן):
--- "בית כנסת ארעי הוקם בחדרם של הגברים. הצבנו זקיפים שהוחלפו כל רבע שעה. תפקידם היה להזהירנו שמא יבואו הנאצים לביקור. אולם הללו לא באו.. שני נרות הוצבו על גבי צלחת פח הפוכה שהונחה על השולחן מחופה מפה לבנה. רק אנשים מעטים התעטפו בטליתות. אולם כולם התפללו מתוך דביקות. מלותיו של החזן הועמו בקולות הבכי ואנחות הסבל---".
על יאנוש קורצ'ק נכתב הרבה, אולם מסמך זה אינו ידוע: כאשר הורע המצב בגטו, ביקש יאנוש קורצ'ק לערוך תפילת יום הכיפורים בבית היתומים שלו. והסיבה: "בזמן הזה חשוב שתהיה תפילה בבית היתומים, תפילות יש בהן כדי להביא בני אדם להתרוממות הרוח בימים המרים האלו". על כך במסמך הבא:
תפילת יום הכיפורים בבית היתומים של יאנוש קורצ'ק
רבני הגטו תקנו תפילה מיוחדת, שהוטל על כל יהודי לאומרה בכל יום. תפילה זו גם מעודדת מתן צדקה ועזרה לעניים. וזה נוסח התפילה (מתוך: יחיאל גרנטשטין, הגבורה האחרת, ירושלים תשמ"ט, מארכיון רינגנבלום, יד ושם ירושלים).
(מתורגם מיידיש)
ריבונו של עולם, קבל את ביכיינו ואת אנחות ליבנו, ראה את צערנו ואת עינויינו והושיענו במצוקתנו הגדולה.
אנחנו, בני אברהם יצחק ויעקב, רדופים ולחוצים אנו, ומובלים כצאן לטבח, יהי רצון מלפניך, האל הטוב, להצילנו מכל רע, ולבטל מעלינו כל גזרות רעות.
קרובינו, נשים וטף, אבות ואמהות, אחים ואחיות, וכל שאר בני ישראל, שנלקחו מאתנו והובלו בשבי, מבלי שנדע היכן עצמותיהם מצויות. היה אתה, הא-ל הכל יכול, מגינם של כל השבויים. שמור עליהם מצוקה ומעוני, תן להם כוח להחזיק מעמד ולשאת בעינויים שמענים אותם נוגשיהם. הענק להם חיים, ויזכו לשוב בריאים למשפחותיהם. והילדים הקטנים שנקרעו מחיק אבא-אימא שלהם, ישובו יופיעו לפני הוריהם, כמו פעם, בגאולת מצרים.
הריני מנדב צדקה בשביל עניים רעבים, ובזכות זאת תגן ותעזור לפלוני בן פלוני שנלקח בשבי, והשב אותו (אותה) בחזרה חיים לבני ביתו(ה).
אל רחום וחנון, אתה רחום וחנון לכל הקוראים אליך בכל לבם. רחם על שארית הפליטה של עמך ישראל, אמור לצרותינו די, והגן עלינו, על שארית היהודים הקטנה שנותרה, כמו שגוננת על אברהם אבינו מידיו של נמרוד, ועל יעקב אבינו מידיהם של עשיו ולבן, ועל משה רבנו מידי פרעה, על דוד המלך מגלית הפלשתי, על חנניה מישאל ועזריה מידיו של נבוכדנצר, כמו שהצלת את דניאל מגוב האריות, וכמו ששמרת על מרדכי ואסתר מידי המן הרשע - כן תשמור על עמך מכל שונאיו, ושלח לנו גואל צדק שיגאלנו מהגלות המרה במהרה בימינו, אמן.
שמירת השבת ואכילת אוכל כשר הנם משימות קשות מנשוא בתנאי הגטו. הגרמנים הטילו איסור על שחיטה כשרה בכל מקום שהם הגיעו אליו. האיסור היה, כמובן, מטעמים הומאניים: השחיטה הכשרה גורמת צער לבעלי החיים, והגרמנים רגישים היו לכל צער שנגרם ליצורים חיים. גם המקוואות נסגרו, כי אין הם "היגייניים" מספיק, והם "מפיצים מחלות", והגרמנים דאגו מאוד לבריאותם של יושבי הגטו. על מאבקי היהודים להמשיך בשמירת מצוות על אף התנאים הקשים, במסמכים הבאים:
שמירת שבת
שחיטה כשרה
מקוואות