ביום ד', 22 ביולי 1942, ערב תשעה באב תש"ב החל הגירוש. שאמור היה להקיף 70,000 מתוך 350,000 ששרדו בגטו. למחרת, ביום ה-23 ביולי, התאבד צ'רניאקוב, יו"ר היודנראט.
ב- 23 ביולי, יום הגירוש השני, התאבד צ'רניאקוב. סיפורים אחדים נפוצו על הנסיבות בהן שלח האיש יד בנפשו. הנפוצה ביותר הייתה הגרסה, שאמרה כי צעדו בא כתגובה לתביעה הגרמנית להגדיל את המכסה היומית של המגורשים, ולכלול בה גם ילדים. ברור הוא כי צ'רניאקוב ביקש לשים חיץ בינו ובין הגירוש. גם אם לא ידע לבטח מה יעלה בגורלם של המגורשים, קרוב לוודאי, שלבו ניבא שחורות. והאיש, שהיה מוכן להקריב הרבה כדי לסעוד אומללים, נרתע ממעשה ההסגרה, מההכרח להשלים עם עקירה שבה הוא נתבע למלא תפקיד פעיל. בעצם ימי ההתאבדות של צ'רניאקוב, ולאחר מכן, נכתבו דברים רבים על האיש ועל הדרך שבה נפרד מתפקידו ומהציבור בגטו, וניתק את חוט חייו.
קפלן, שהרבה לבקר את צ'רניאקוב, ולא חסך משבט לשונו כדי להוקיעו בחריפות, רשם בדפים האחרונים של יומנו, ב- 26 ביולי 1942:

"הקורבן הראשון של הגירוש היה הנשיא אדם צ'רניאקוב, שאיבד את עצמו לדעת על-ידי הרעלה בבניין הקהילה. במותו הנציח את שמו יותר מאשר בחייו. סופו מוכיח על תחילתו - שעבד, עמל וטרח לשם העם; שחפץ בטובתו ובחיזוק קיומו, אף כי לא כל הנעשה בשמו היה ראוי לתהילה ולשבח".

צ'רניאקוב היה אדם שנוי במחלוקת בימי כהונתו כראש היודנראט, והפולמוס חל גם על צעדו האחרון והטראגי. בספרי זיכרונות של ניצולים ואנשים מקורבים לצ'רניאקוב, מובעות דעות שונות ואף סותרות, באשר לדרך שבה נפרד מהציבור שעליו היה מופקד, ומהעולם בכלל. אנשים שהכירו את צ'רניאקוב מקרוב, מרבים להלל את אומץ לבו ויושרו האישי, תכונות שלא אפשרו לו לעבור את הקו האדום, כאשר נדרש להסגיר אנשים לגורל בלתי-ידוע ומעורר חרדה. ואילו הניצולים, הנמנים על מחנה תנועת ההתנגדות וראשי הלוחמים (למשל צביה לוטבקין), מותחים קו של ביקורת. אמנם, גם הם מודים שצ'רניאקוב היה אדם הגון, וכי הוא שם קו הפרדה בינו ובין שיתוף פעולה צייתני, אך לדעתם היה על צ'רניאקוב להזהיר את הציבור, לומר את האמת לפני ששלח יד בנפשו, ובכך להשפיע על תגובותיו ופעילותו לנוכח הגירוש והמוות.
דומני, כי הטחת קובלנה זו מתעלמת מהמציאות של ימי הגירוש הראשונים. אין ספק, שתש כוחו של צ'רניאקוב להיאבק מדי יום על שלום העדה. חששות קשים קיננו בלבו, ומצפונו אמר לו כי הוא הגיע לנקודת ההכרעה. עם זאת, אין כל וודאות שצ'רניאקוב ידע מה צפוי למגורשים, שיכול היה ומסוגל היה על-פי השקפותיו ואישיותו להתריע ולקבוע באופן חד-משמעי שהדרך של המוצאים מן הגטו מובילה לתחנה אחת, והיא מוות. סבורני כי הוא לא הגיע לוודאות פנימית כזאת, ולכן גם לא היה יכול להכריז על כך בפומבי. יתר על כן. לא רק צ'רניאקוב, אדם שביקש בדרך השתדלנות והפיוס להקל על מר גורלם של היהודים, לא השמיע תחזית אימים קודרת, אלא גם אנשים שהיו קרובים למחתרת ומעורים במעשיה, היססו באותה שעה מלקרוא להמונים להתקומם, בלי לחשוב על התוצאות העלולות לנבוע מאי-ציות וממרי גלויים. כפי שנראה היה באותם ימים, רוב הציבור היה בלתי-בשל להבנת המתרחש ובלתי-מוכן למעשה, והאתגר שהציבו אנשי תנועת ההתנגדות לא הלם את האיש ואת הימים בהם שם קץ לחייו.

יחסם של המוני היהודים לצ'רניאקוב לא היה אחיד - היו שבקרו את מעשיו בחייו, והיו שכתבו נגדו אף לאחר מותו. שתי נקודות מבט אלה בשני המקורות הבאים: ראול הלברג מתאר את התאבדותו כשלב בו לא יכל יותר לשתף פעולה עם הנאצים, ואילו יצחק קצנלסון, משורר השואה שנספה בורשה, כותב דברים חריפים נגד צ'רניאקוב, שרק בשלב כה מאוחר הבין שהוא משתף פעולה עם הנאצים.

התאבדותו של צ'רניאקוב / ראול הילברג
התאבדותו של צ'רניאקוב, מתוך "השיר על העם היהודי שנהרג" / יצחק קצנלסון
בשבוע הראשון לאוגוסט 1942 הודיעו לקורצ'אק, כי כל ילדי בית היתומים שלו חייבים להתייצב במסעף המסילה.
יאנוש קורצ'ק יכל להינצל, ולשלוח את ילדי בית היתומים שלו למוות לבדם. בן 62 היה, עייף וחולה, והוא העדיף להצטרף לילדים ולהקל עליהם את יומם האחרון. מרטין גילברט מביא את עדותו של אדולף ברמן (מסע אחרון, עמוד 95):

כל הסגל, ובראשם ד"ר קורצ'אק ועוזרתו הנאמנה סטפה וילצ'ינסקה, ליוו את הילדים. השלטונות הציעו לד"ר קורצ'אק את שחרורו בו-במקום, אך הוא סירב לחלוטין. הוא חשש שמא יחלו הילדים, שכן בגלל פתאומיות השילוח לא הספיקו לקחת עמם בגדים, ורבים היו לבושים חולצות-קיץ. וילצ'ינסקה, חיוך על שפתיה, טרחה להרגיע את הילדים הקטנים, אמרה להם שהם נוסעים לטיול, שסוף-סוף יראו עצים, יערות ושדות. השוטרים היהודים, שהיו נבוכים ונדהמים באקציות אלו, ניסו לעזור לקורצ'אק ולילדים. הם הכניסו אותם לקרונות מיוחדים, כדי שיהיה מסעם נוח יותר. כרגיל היו דוחקים לקרון 120 וגם 130 איש, אך הפעם הוכנסו לקרון 50 עד 60 ילדים. לאחר צפייה ממושכת יצאו קורצ'אק והילדים מה'אומשלאגפלאץ'.

פולני שהיה בגטו לצורך עבודה לא ידועה, כתב זיכרונות ששרדו. הוא כותב על גירושו של קורצ'אק דברים אלה (ספר מלחמות הגטאות, 77):

אתמול הוסע בית היתומים של יאנוש קורצ'אק, הסופר והמחנך הנודע. לו עצמו התירו אמנם הגרמנים להישאר - אולם הוא ויתר על ההיתר שלהם. יצא עם הילדים לדרכם האחרונה. אבל בעודם בכיכר האומשלאג, הפרידו ביניהם והכניסום לקרונות שונים. עדי ראייה אומרים כי לא ראו מעולם תמונה יותר מזעזעת. התנהגות כזאת אינה נדירה כאן. כל חבר העובדים של בית החולים היהודי לילדים, אף הם לא עזבו את החולים שעה שלוקחו. אל קורצ'אק נתלוו כל עוזריו. הוא עצמו, הכירה אותו פולין כולה בתור "הדוקטור הזקן", על פי שיחותיו ברדיו. ספריו לילדים יישארו קיימים בספרות הפולנית. יש רצון לקרוא בקול: תנו כבוד להכרעת הגבורה שלו, למותו שהכתיר חיים יפים ורבי ברכה. קלון עולם לתליינים, לרוצחי התינוקות.

קטעים משיחה של יאנוש קורצ'ק ברדיו